| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | = 57512 | 11 (0.080) | 96 (0.730) | 63/278 | 1.3 | 90.8% | intergenic (‑128/+353) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | = 57808 | 9 (0.070) | intergenic (‑424/+57) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CCAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATGTTCTATAGTTATCTTTATTTGCAGTTTTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGTTGCGTCGAGCTACAGAA > Xen14_19/57366‑57661 | ccAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAact > 1:2816265‑M1/1‑147 (MQ=255) agagTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAactgt < 1:318406‑M1/150‑6 (MQ=255) agTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtct < 1:1078787‑M1/150‑8 (MQ=255) tttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctata > 1:2696796‑M1/1‑140 (MQ=255) ttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatat > 1:3280644‑M1/1‑139 (MQ=255) tAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAacgggctatatc < 1:4070932‑M1/150‑13 (MQ=255) aTTTTCATGATGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGGCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCacggtctatatcat < 1:3996720‑M1/150‑15 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTATACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata < 1:2265756‑M1/150‑16 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata > 1:2996556‑M1/1‑135 (MQ=255) cATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaata < 1:379772‑M1/150‑20 (MQ=255) cATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaata < 1:2093723‑M1/150‑20 (MQ=255) ccgctttCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagtt > 1:2323623‑M1/3‑127 (MQ=255) ccgctttCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagtt > 1:2323626‑M1/3‑127 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |