| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | Xen14_17 | 79,802 | T→G | G156G (GGA→GGC) | Xen14_02064 ← | IS4 family transposase ISEc13 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Xen14_17 | 79,802 | 0 | T | G | 91.6% | 10054.2 / inf | 3747 | G156G (GGA→GGC) | Xen14_02064 | IS4 family transposase ISEc13 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (172/143); new base G (1867/1561); total (2041/1706) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 3749 total aligned reads displayed.
CCCAGTTTCGCCAGTTTCAGACAGGCCCATTTCAGTGTCGGCATCTGTGACGGAAGCGGTTTTCCTTCCAGCTTAACCCACAGTAGTTTCCACTCTGTCGGCGTCAGTATTTTCTCACAGCTGTCATTTTGTGTTTCTTCACTGATACCTCCCTGCCGCAGGCCCAGCACCCGCACCGCGATAACCACCATGCGCTCAAGGTTATCCCGGGTCTGCATTCGCAGCGATTCCACACATGTACCACCACTTTTCCACGCTTTGTGGTATTCCTCTATCAGCCAGCGTTGCTCGTAATGGC > Xen14_17/79653‑79950 | tttCGCCAGTTTCAGACAGGCCCATTTCAGTGTCGGCATCTGTGACGGAAGCGGTTTTCCTTCCAGCTTAACCCACAGCAGTTTCCACTCTGTCGGCGTCAGTATTTTCTCACAGCTGTCATTTTGTGTTTCTTCACTGATACCGCCCTg < 1:403897/150‑1 (MQ=255) ttCGCCAGTTTCAGACAGGCCCATTTCAGTGTCGGCATCTGTGACGGAAGCGGTTTTCCTTCCAGCTTAACCCACAGCAGTTTCCACTCTGTCGGCGTCAGTATTTTCTCACAGCTGTCATTTTGTGTTTCTTCACTGATACCGCCCTGc > 1:53103/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGTTTCAGACAGGCCCATTTCAGTGTCGGCATCTGTGACGGAAGCGGTTTTCCTTCCAGCTTAACCCACAGCAGTTTCCACTCTGTCGGCGTCAGTATTTTCTCACAGCTGTCATTTTGTGTTTCTTCACTGATACCGCCCTGcc < 1:1233314/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |