| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | = 57512 | 15 (0.110) | 115 (0.900) | 76/278 | 0.3 | 92.7% | intergenic (‑128/+353) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | = 57808 | 4 (0.030) | intergenic (‑424/+57) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGCCAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATGTTCTATAGTTATCTTTATTTGCAGTTTTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGTTGCGTCGAGCTACAGAA > Xen14_19/57364‑57661 | gtgcgttataccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCAt < 1:3562604‑M1/10‑1 (MQ=255) gCCAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAac < 1:742958‑M1/150‑3 (MQ=255) ccAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAact > 1:2713826‑M1/1‑147 (MQ=255) gttataccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTg < 1:2158658‑M1/14‑1 (MQ=255) gttataccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTg < 1:2158667‑M1/14‑1 (MQ=255) agTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtct < 1:626137‑M1/150‑8 (MQ=255) ataccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACt > 1:1595769‑M1/134‑150 (MQ=255) ataccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACt > 1:465276‑M1/134‑150 (MQ=255) tttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCATTTTGACTCa > 1:3014770/1‑150 (MQ=255) ttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatat < 1:2315018‑M1/150‑12 (MQ=255) ccgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCAt < 1:817746‑M1/20‑1 (MQ=255) ccgccagtaatgctgctcgttttgcaggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaataaaagacgaTTGGGGCCATTTTGACTCAt < 1:3546493‑M1/20‑1 (MQ=255) cnccggtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATa < 1:3145571‑M1/21‑1 (MQ=255) cgccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATa < 1:1065313‑M1/21‑1 (MQ=255) gccagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATag < 1:1405523‑M1/22‑1 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata > 1:194560‑M1/1‑135 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata > 1:194555‑M1/1‑135 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata > 1:95588‑M1/1‑135 (MQ=255) tttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataa > 1:2422720‑M1/1‑134 (MQ=255) tgctgctcgttctgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaaaaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGc < 1:3722277‑M1/30‑1 (MQ=255) tgctgcTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataag > 1:866536‑M1/1‑129 (MQ=255) gctgctTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGACAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagt < 1:471197‑M1/150‑23 (MQ=255) ctgctTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagtt > 1:3390373‑M1/1‑127 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |