| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_136 | = 1566 | 1 (0.010) | 563 (0.610) +C |
148/294 | 0.0 | 99.9% | intergenic (‑55/–) | intA_6/– | Prophage integrase IntA/– |
| ? | Xen14_141 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑23) | –/Xen14_04755 | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
CCGCTGGATTTGATAAGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_136/1420‑1567 | aGTAGCTCAAGGCCATCGCCATCATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgag < 1:1874609‑M1/150‑19 (MQ=255) cgccatcATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaatta > 1:1812868‑M1/1‑116 (MQ=255) cgccatcATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaatta > 1:3644221‑M1/1‑116 (MQ=255) ccatcATAGAGAACGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaa < 1:1147319‑M1/150‑37 (MQ=255) cGTAGTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagc > 1:2292377‑M1/1‑101 (MQ=255) gTCCGCTTCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcaggg < 1:1770842‑M1/150‑54 (MQ=255) ttCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAGCGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgag < 1:2504484‑M1/150‑60 (MQ=255) tCCTTGGTGTCACTAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGtttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagt > 1:828338‑M1/1‑90 (MQ=255) 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aGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgg < 1:2679487‑M1/150‑86 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTTCTGATTCAGTAGAGcttatggtcacttttgagacaggtatggaaattaaaatccggcacaagcagggaatgagtggccgggcgattgccagagaactggg < 1:2796457‑M1/150‑87 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg > 1:1938271‑M1/1‑64 (MQ=255) gTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactggg > 1:732299‑M1/1‑64 (MQ=255) tGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCCTGATTCAGGAGAGcttatggtcacttttgagacagttatggaaattaaaatcctgcacaagcagggaatgagtagccgggcgattgccagagaactgggg < 1:1372282‑M1/150‑88 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |