| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_29 | = 59 | NA (NA) | 41 (0.580) | 20/296 | 1.7 | 35.3% | intergenic (–/+64) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain |
| ? | Xen14_43 | = 39557 | 75 (0.860) | intergenic (‑21/+364) | yhdJ_2/Xen14_03575 | DNA adenine methyltransferase YhdJ/hypothetical protein | |||||
GGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_29/3‑59‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGTAAGAGAAGGAGTTTTGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTCCGTGACCGTTCCGGGCGCACCAT < Xen14_43/39557‑39412 GGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATC < 1:1068117/150‑1GGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATC < 1:1068118/150‑1GGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATC < 1:1068121/150‑1 GTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCC > 1:652327/1‑150 GTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCC > 1:652326/1‑150 GGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACC > 1:1076999/1‑150 ACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCC > 1:1571481/1‑150 CTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGC > 1:1021619/1‑150 GTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGT < 1:1104250/150‑1 GTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGT > 1:410316/1‑150 GTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGT > 1:2380225/1‑150 TGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTA < 1:619324/150‑1 ATGAATTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTCTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGCTACGGCCCACATACCTAATAACGCCATTGATTTCATCCCCACCGACCCGCAGTACC > 1:3018573/1‑150 ATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACC > 1:747471/1‑150 ATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACC > 1:1718546/1‑150 ATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACC > 1:747472/1‑150 ATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACC > 1:747476/1‑150 gaatTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTC < 1:3258488/146‑1 GAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTC < 1:3258489/150‑1 AGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGT > 1:2944594/1‑150 AGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATATTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGT > 1:570806/1‑150 GTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTC > 1:61068/1‑150 CTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGG < 1:1053774/150‑1 CTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGG < 1:2897912/150‑1 CTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGG < 1:2897911/150‑1 CTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGG < 1:2897915/150‑1 CTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTT > 1:2095808/1‑150 TTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTT > 1:1443376/1‑150 TTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTT > 1:2746981/1‑150 GATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATC < 1:3475502/119‑1 CAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTG > 1:3479889/1‑150 CAGGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTG > 1:2392170/1‑150 GGAGATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGAC > 1:585966/1‑150 GATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGT > 1:1798226/1‑150 GATCTGATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGT > 1:3716907/1‑150 GATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGTcaggg > 1:3753090/1‑145 GATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGTcaggg < 1:2893414/150‑6 GATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGG < 1:2838749/132‑1 ATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGTcagggg > 1:718178/1‑144 ATCAAGAGACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGTcagggg > 1:3250991/1‑144 ACAGCTGTAAGAGAAGGAGTTTGGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTTCGTGACCGTcaggggcgtaccat > 1:2963323/1‑136 GGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_29/3‑59‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGTAAGAGAAGGAGTTTTGTATGTCCCGTTTTGTCCTCGGTAACTGCATCGATGTTATGGCCCGTATCCCTGATAACGCCATTGATTTCATCCTCACCGACCCGCCGTACCTCGTCGGTTTCCGTGACCGTTCCGGGCGCACCAT < Xen14_43/39557‑39412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |