/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.fna -queryname NC_0029502.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.fna -queryname NC_0029502.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.fna -queryname NC_0029502.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.AOI.fna -queryname NC_0029502.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0029502.0.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NC_0029502.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NC_0029502.0.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000351.9.fna -queryname NZ_AJZS010000351.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000351.9.fna -queryname NZ_AJZS010000351.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000351.9.fna -queryname NZ_AJZS010000351.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000791.99.fna -queryname NZ_AJZS010000791.99
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000791.99.fna -queryname NZ_AJZS010000791.99
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000791.99.fna -queryname NZ_AJZS010000791.99
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001191.999.fna -queryname NZ_ASYN010001191.999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001191.999.fna -queryname NZ_ASYN010001191.999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001191.999.fna -queryname NZ_ASYN010001191.999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000191.1000.fna -queryname NZ_ASYN010000191.1000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000191.1000.fna -queryname NZ_ASYN010000191.1000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000191.1000.fna -queryname NZ_ASYN010000191.1000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001641.1001.fna -queryname NZ_ASYN010001641.1001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001641.1001.fna -queryname NZ_ASYN010001641.1001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001641.1001.fna -queryname NZ_ASYN010001641.1001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000381.1002.fna -queryname NZ_ASYN010000381.1002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000381.1002.fna -queryname NZ_ASYN010000381.1002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000381.1002.fna -queryname NZ_ASYN010000381.1002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001711.1003.fna -queryname NZ_ASYN010001711.1003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001711.1003.fna -queryname NZ_ASYN010001711.1003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001711.1003.fna -queryname NZ_ASYN010001711.1003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000261.1004.fna -queryname NZ_ASYN010000261.1004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000261.1004.fna -queryname NZ_ASYN010000261.1004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000261.1004.fna -queryname NZ_ASYN010000261.1004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000451.1005.fna -queryname NZ_ASYN010000451.1005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000451.1005.fna -queryname NZ_ASYN010000451.1005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000451.1005.fna -queryname NZ_ASYN010000451.1005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001351.1006.fna -queryname NZ_ASYN010001351.1006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001351.1006.fna -queryname NZ_ASYN010001351.1006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001351.1006.fna -queryname NZ_ASYN010001351.1006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000081.1007.fna -queryname NZ_ASYN010000081.1007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000081.1007.fna -queryname NZ_ASYN010000081.1007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000081.1007.fna -queryname NZ_ASYN010000081.1007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000361.1008.fna -queryname NZ_ASYN010000361.1008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000361.1008.fna -queryname NZ_ASYN010000361.1008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000361.1008.fna -queryname NZ_ASYN010000361.1008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000131.100.fna -queryname NZ_AJZS010000131.100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000131.100.fna -queryname NZ_AJZS010000131.100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000131.100.fna -queryname NZ_AJZS010000131.100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000021.1009.fna -queryname NZ_ASYN010000021.1009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000021.1009.fna -queryname NZ_ASYN010000021.1009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000021.1009.fna -queryname NZ_ASYN010000021.1009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000481.1010.fna -queryname NZ_ASYN010000481.1010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000481.1010.fna -queryname NZ_ASYN010000481.1010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000481.1010.fna -queryname NZ_ASYN010000481.1010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000211.1011.fna -queryname NZ_ASYN010000211.1011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000211.1011.fna -queryname NZ_ASYN010000211.1011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000211.1011.fna -queryname NZ_ASYN010000211.1011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000111.1012.fna -queryname NZ_ASYN010000111.1012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000111.1012.fna -queryname NZ_ASYN010000111.1012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000111.1012.fna -queryname NZ_ASYN010000111.1012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001421.1013.fna -queryname NZ_ASYN010001421.1013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001421.1013.fna -queryname NZ_ASYN010001421.1013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001421.1013.fna -queryname NZ_ASYN010001421.1013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001571.1014.fna -queryname NZ_ASYN010001571.1014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001571.1014.fna -queryname NZ_ASYN010001571.1014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001571.1014.fna -queryname NZ_ASYN010001571.1014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001011.1015.fna -queryname NZ_ASYN010001011.1015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001011.1015.fna -queryname NZ_ASYN010001011.1015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001011.1015.fna -queryname NZ_ASYN010001011.1015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001431.1016.fna -queryname NZ_ASYN010001431.1016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001431.1016.fna -queryname NZ_ASYN010001431.1016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001431.1016.fna -queryname NZ_ASYN010001431.1016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000461.1017.fna -queryname NZ_ASYN010000461.1017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000461.1017.fna -queryname NZ_ASYN010000461.1017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000461.1017.fna -queryname NZ_ASYN010000461.1017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001871.1018.fna -queryname NZ_ASYN010001871.1018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001871.1018.fna -queryname NZ_ASYN010001871.1018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001871.1018.fna -queryname NZ_ASYN010001871.1018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000291.101.fna -queryname NZ_AJZS010000291.101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000291.101.fna -queryname NZ_AJZS010000291.101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000291.101.fna -queryname NZ_AJZS010000291.101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001591.1019.fna -queryname NZ_ASYN010001591.1019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001591.1019.fna -queryname NZ_ASYN010001591.1019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001591.1019.fna -queryname NZ_ASYN010001591.1019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000401.1020.fna -queryname NZ_ASYN010000401.1020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000401.1020.fna -queryname NZ_ASYN010000401.1020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000401.1020.fna -queryname NZ_ASYN010000401.1020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001581.1021.fna -queryname NZ_ASYN010001581.1021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001581.1021.fna -queryname NZ_ASYN010001581.1021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001581.1021.fna -queryname NZ_ASYN010001581.1021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001751.1022.fna -queryname NZ_ASYN010001751.1022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001751.1022.fna -queryname NZ_ASYN010001751.1022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001751.1022.fna -queryname NZ_ASYN010001751.1022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001181.1023.fna -queryname NZ_ASYN010001181.1023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001181.1023.fna -queryname NZ_ASYN010001181.1023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001181.1023.fna -queryname NZ_ASYN010001181.1023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001791.1024.fna -queryname NZ_ASYN010001791.1024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001791.1024.fna -queryname NZ_ASYN010001791.1024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001791.1024.fna -queryname NZ_ASYN010001791.1024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001101.1025.fna -queryname NZ_ASYN010001101.1025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001101.1025.fna -queryname NZ_ASYN010001101.1025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001101.1025.fna -queryname NZ_ASYN010001101.1025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.fna -queryname NZ_ASYN010001611.1026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.fna -queryname NZ_ASYN010001611.1026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.fna -queryname NZ_ASYN010001611.1026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.AOI.fna -queryname NZ_ASYN010001611.1026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001611.1026.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_ASYN010001611.1026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_ASYN010001611.1026.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000051.1027.fna -queryname NZ_ASYN010000051.1027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000051.1027.fna -queryname NZ_ASYN010000051.1027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000051.1027.fna -queryname NZ_ASYN010000051.1027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000901.1028.fna -queryname NZ_ASYN010000901.1028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000901.1028.fna -queryname NZ_ASYN010000901.1028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000901.1028.fna -queryname NZ_ASYN010000901.1028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589151.102.fna -queryname NZ_KI2589151.102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589151.102.fna -queryname NZ_KI2589151.102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589151.102.fna -queryname NZ_KI2589151.102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000491.1029.fna -queryname NZ_ASYN010000491.1029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000491.1029.fna -queryname NZ_ASYN010000491.1029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000491.1029.fna -queryname NZ_ASYN010000491.1029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001901.1030.fna -queryname NZ_ASYN010001901.1030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001901.1030.fna -queryname NZ_ASYN010001901.1030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001901.1030.fna -queryname NZ_ASYN010001901.1030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001511.1031.fna -queryname NZ_ASYN010001511.1031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001511.1031.fna -queryname NZ_ASYN010001511.1031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001511.1031.fna -queryname NZ_ASYN010001511.1031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001931.1032.fna -queryname NZ_ASYN010001931.1032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001931.1032.fna -queryname NZ_ASYN010001931.1032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001931.1032.fna -queryname NZ_ASYN010001931.1032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001131.1033.fna -queryname NZ_ASYN010001131.1033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001131.1033.fna -queryname NZ_ASYN010001131.1033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001131.1033.fna -queryname NZ_ASYN010001131.1033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000791.1034.fna -queryname NZ_ASYN010000791.1034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000791.1034.fna -queryname NZ_ASYN010000791.1034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000791.1034.fna -queryname NZ_ASYN010000791.1034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000321.1035.fna -queryname NZ_ASYN010000321.1035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000321.1035.fna -queryname NZ_ASYN010000321.1035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000321.1035.fna -queryname NZ_ASYN010000321.1035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001281.1036.fna -queryname NZ_ASYN010001281.1036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001281.1036.fna -queryname NZ_ASYN010001281.1036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001281.1036.fna -queryname NZ_ASYN010001281.1036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000351.1037.fna -queryname NZ_ASYN010000351.1037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000351.1037.fna -queryname NZ_ASYN010000351.1037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000351.1037.fna -queryname NZ_ASYN010000351.1037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000521.1038.fna -queryname NZ_ASYN010000521.1038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000521.1038.fna -queryname NZ_ASYN010000521.1038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000521.1038.fna -queryname NZ_ASYN010000521.1038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588621.103.fna -queryname NZ_KI2588621.103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588621.103.fna -queryname NZ_KI2588621.103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588621.103.fna -queryname NZ_KI2588621.103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001371.1039.fna -queryname NZ_ASYN010001371.1039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001371.1039.fna -queryname NZ_ASYN010001371.1039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001371.1039.fna -queryname NZ_ASYN010001371.1039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001701.1040.fna -queryname NZ_ASYN010001701.1040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001701.1040.fna -queryname NZ_ASYN010001701.1040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001701.1040.fna -queryname NZ_ASYN010001701.1040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001091.1041.fna -queryname NZ_ASYN010001091.1041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001091.1041.fna -queryname NZ_ASYN010001091.1041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001091.1041.fna -queryname NZ_ASYN010001091.1041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001851.1042.fna -queryname NZ_ASYN010001851.1042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001851.1042.fna -queryname NZ_ASYN010001851.1042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001851.1042.fna -queryname NZ_ASYN010001851.1042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001621.1043.fna -queryname NZ_ASYN010001621.1043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001621.1043.fna -queryname NZ_ASYN010001621.1043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001621.1043.fna -queryname NZ_ASYN010001621.1043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001381.1044.fna -queryname NZ_ASYN010001381.1044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001381.1044.fna -queryname NZ_ASYN010001381.1044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001381.1044.fna -queryname NZ_ASYN010001381.1044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000441.1045.fna -queryname NZ_ASYN010000441.1045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000441.1045.fna -queryname NZ_ASYN010000441.1045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000441.1045.fna -queryname NZ_ASYN010000441.1045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000291.1046.fna -queryname NZ_ASYN010000291.1046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000291.1046.fna -queryname NZ_ASYN010000291.1046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000291.1046.fna -queryname NZ_ASYN010000291.1046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001271.1047.fna -queryname NZ_ASYN010001271.1047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001271.1047.fna -queryname NZ_ASYN010001271.1047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001271.1047.fna -queryname NZ_ASYN010001271.1047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001461.1048.fna -queryname NZ_ASYN010001461.1048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001461.1048.fna -queryname NZ_ASYN010001461.1048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001461.1048.fna -queryname NZ_ASYN010001461.1048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589311.104.fna -queryname NZ_KI2589311.104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589311.104.fna -queryname NZ_KI2589311.104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589311.104.fna -queryname NZ_KI2589311.104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001841.1049.fna -queryname NZ_ASYN010001841.1049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001841.1049.fna -queryname NZ_ASYN010001841.1049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001841.1049.fna -queryname NZ_ASYN010001841.1049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001671.1050.fna -queryname NZ_ASYN010001671.1050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001671.1050.fna -queryname NZ_ASYN010001671.1050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001671.1050.fna -queryname NZ_ASYN010001671.1050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000071.1051.fna -queryname NZ_ASYN010000071.1051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000071.1051.fna -queryname NZ_ASYN010000071.1051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000071.1051.fna -queryname NZ_ASYN010000071.1051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000501.1052.fna -queryname NZ_ASYN010000501.1052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000501.1052.fna -queryname NZ_ASYN010000501.1052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000501.1052.fna -queryname NZ_ASYN010000501.1052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000411.1053.fna -queryname NZ_ASYN010000411.1053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000411.1053.fna -queryname NZ_ASYN010000411.1053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000411.1053.fna -queryname NZ_ASYN010000411.1053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001821.1054.fna -queryname NZ_ASYN010001821.1054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001821.1054.fna -queryname NZ_ASYN010001821.1054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001821.1054.fna -queryname NZ_ASYN010001821.1054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001781.1055.fna -queryname NZ_ASYN010001781.1055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001781.1055.fna -queryname NZ_ASYN010001781.1055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001781.1055.fna -queryname NZ_ASYN010001781.1055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001501.1056.fna -queryname NZ_ASYN010001501.1056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001501.1056.fna -queryname NZ_ASYN010001501.1056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001501.1056.fna -queryname NZ_ASYN010001501.1056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001201.1057.fna -queryname NZ_ASYN010001201.1057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001201.1057.fna -queryname NZ_ASYN010001201.1057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001201.1057.fna -queryname NZ_ASYN010001201.1057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001321.1058.fna -queryname NZ_ASYN010001321.1058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001321.1058.fna -queryname NZ_ASYN010001321.1058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001321.1058.fna -queryname NZ_ASYN010001321.1058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589181.105.fna -queryname NZ_KI2589181.105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589181.105.fna -queryname NZ_KI2589181.105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589181.105.fna -queryname NZ_KI2589181.105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000511.1059.fna -queryname NZ_ASYN010000511.1059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000511.1059.fna -queryname NZ_ASYN010000511.1059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000511.1059.fna -queryname NZ_ASYN010000511.1059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001341.1060.fna -queryname NZ_ASYN010001341.1060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001341.1060.fna -queryname NZ_ASYN010001341.1060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001341.1060.fna -queryname NZ_ASYN010001341.1060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000371.1061.fna -queryname NZ_ASYN010000371.1061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000371.1061.fna -queryname NZ_ASYN010000371.1061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000371.1061.fna -queryname NZ_ASYN010000371.1061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001741.1062.fna -queryname NZ_ASYN010001741.1062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001741.1062.fna -queryname NZ_ASYN010001741.1062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001741.1062.fna -queryname NZ_ASYN010001741.1062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001831.1063.fna -queryname NZ_ASYN010001831.1063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001831.1063.fna -queryname NZ_ASYN010001831.1063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001831.1063.fna -queryname NZ_ASYN010001831.1063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000161.1064.fna -queryname NZ_ASYN010000161.1064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000161.1064.fna -queryname NZ_ASYN010000161.1064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000161.1064.fna -queryname NZ_ASYN010000161.1064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000041.1065.fna -queryname NZ_ASYN010000041.1065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000041.1065.fna -queryname NZ_ASYN010000041.1065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000041.1065.fna -queryname NZ_ASYN010000041.1065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001231.1066.fna -queryname NZ_ASYN010001231.1066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001231.1066.fna -queryname NZ_ASYN010001231.1066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001231.1066.fna -queryname NZ_ASYN010001231.1066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001761.1067.fna -queryname NZ_ASYN010001761.1067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001761.1067.fna -queryname NZ_ASYN010001761.1067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001761.1067.fna -queryname NZ_ASYN010001761.1067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001471.1068.fna -queryname NZ_ASYN010001471.1068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001471.1068.fna -queryname NZ_ASYN010001471.1068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001471.1068.fna -queryname NZ_ASYN010001471.1068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589831.106.fna -queryname NZ_KI2589831.106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589831.106.fna -queryname NZ_KI2589831.106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589831.106.fna -queryname NZ_KI2589831.106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001141.1069.fna -queryname NZ_ASYN010001141.1069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001141.1069.fna -queryname NZ_ASYN010001141.1069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001141.1069.fna -queryname NZ_ASYN010001141.1069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000301.1070.fna -queryname NZ_ASYN010000301.1070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000301.1070.fna -queryname NZ_ASYN010000301.1070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000301.1070.fna -queryname NZ_ASYN010000301.1070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001661.1071.fna -queryname NZ_ASYN010001661.1071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001661.1071.fna -queryname NZ_ASYN010001661.1071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001661.1071.fna -queryname NZ_ASYN010001661.1071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000421.1072.fna -queryname NZ_ASYN010000421.1072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000421.1072.fna -queryname NZ_ASYN010000421.1072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000421.1072.fna -queryname NZ_ASYN010000421.1072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000171.1073.fna -queryname NZ_ASYN010000171.1073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000171.1073.fna -queryname NZ_ASYN010000171.1073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000171.1073.fna -queryname NZ_ASYN010000171.1073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000311.1074.fna -queryname NZ_ASYN010000311.1074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000311.1074.fna -queryname NZ_ASYN010000311.1074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000311.1074.fna -queryname NZ_ASYN010000311.1074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001241.1075.fna -queryname NZ_ASYN010001241.1075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001241.1075.fna -queryname NZ_ASYN010001241.1075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001241.1075.fna -queryname NZ_ASYN010001241.1075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000431.1076.fna -queryname NZ_ASYN010000431.1076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000431.1076.fna -queryname NZ_ASYN010000431.1076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000431.1076.fna -queryname NZ_ASYN010000431.1076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000091.1077.fna -queryname NZ_ASYN010000091.1077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000091.1077.fna -queryname NZ_ASYN010000091.1077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000091.1077.fna -queryname NZ_ASYN010000091.1077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001151.1078.fna -queryname NZ_ASYN010001151.1078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001151.1078.fna -queryname NZ_ASYN010001151.1078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001151.1078.fna -queryname NZ_ASYN010001151.1078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589131.107.fna -queryname NZ_KI2589131.107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589131.107.fna -queryname NZ_KI2589131.107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589131.107.fna -queryname NZ_KI2589131.107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001911.1079.fna -queryname NZ_ASYN010001911.1079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001911.1079.fna -queryname NZ_ASYN010001911.1079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001911.1079.fna -queryname NZ_ASYN010001911.1079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000251.1080.fna -queryname NZ_ASYN010000251.1080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000251.1080.fna -queryname NZ_ASYN010000251.1080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000251.1080.fna -queryname NZ_ASYN010000251.1080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000031.1081.fna -queryname NZ_ASYN010000031.1081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000031.1081.fna -queryname NZ_ASYN010000031.1081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000031.1081.fna -queryname NZ_ASYN010000031.1081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001481.1082.fna -queryname NZ_ASYN010001481.1082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001481.1082.fna -queryname NZ_ASYN010001481.1082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001481.1082.fna -queryname NZ_ASYN010001481.1082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001401.1083.fna -queryname NZ_ASYN010001401.1083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001401.1083.fna -queryname NZ_ASYN010001401.1083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001401.1083.fna -queryname NZ_ASYN010001401.1083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000281.1084.fna -queryname NZ_ASYN010000281.1084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000281.1084.fna -queryname NZ_ASYN010000281.1084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000281.1084.fna -queryname NZ_ASYN010000281.1084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001491.1085.fna -queryname NZ_ASYN010001491.1085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001491.1085.fna -queryname NZ_ASYN010001491.1085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001491.1085.fna -queryname NZ_ASYN010001491.1085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001811.1086.fna -queryname NZ_ASYN010001811.1086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001811.1086.fna -queryname NZ_ASYN010001811.1086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001811.1086.fna -queryname NZ_ASYN010001811.1086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001601.1087.fna -queryname NZ_ASYN010001601.1087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001601.1087.fna -queryname NZ_ASYN010001601.1087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001601.1087.fna -queryname NZ_ASYN010001601.1087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001681.1088.fna -queryname NZ_ASYN010001681.1088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001681.1088.fna -queryname NZ_ASYN010001681.1088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001681.1088.fna -queryname NZ_ASYN010001681.1088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588801.108.fna -queryname NZ_KI2588801.108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588801.108.fna -queryname NZ_KI2588801.108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588801.108.fna -queryname NZ_KI2588801.108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000141.1089.fna -queryname NZ_ASYN010000141.1089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000141.1089.fna -queryname NZ_ASYN010000141.1089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000141.1089.fna -queryname NZ_ASYN010000141.1089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001361.1090.fna -queryname NZ_ASYN010001361.1090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001361.1090.fna -queryname NZ_ASYN010001361.1090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001361.1090.fna -queryname NZ_ASYN010001361.1090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001121.1091.fna -queryname NZ_ASYN010001121.1091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001121.1091.fna -queryname NZ_ASYN010001121.1091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001121.1091.fna -queryname NZ_ASYN010001121.1091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000231.1092.fna -queryname NZ_ASYN010000231.1092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000231.1092.fna -queryname NZ_ASYN010000231.1092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000231.1092.fna -queryname NZ_ASYN010000231.1092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001331.1093.fna -queryname NZ_ASYN010001331.1093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001331.1093.fna -queryname NZ_ASYN010001331.1093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001331.1093.fna -queryname NZ_ASYN010001331.1093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000131.1094.fna -queryname NZ_ASYN010000131.1094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000131.1094.fna -queryname NZ_ASYN010000131.1094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000131.1094.fna -queryname NZ_ASYN010000131.1094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000571.1095.fna -queryname NZ_ASYN010000571.1095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000571.1095.fna -queryname NZ_ASYN010000571.1095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000571.1095.fna -queryname NZ_ASYN010000571.1095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001881.1096.fna -queryname NZ_ASYN010001881.1096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001881.1096.fna -queryname NZ_ASYN010001881.1096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001881.1096.fna -queryname NZ_ASYN010001881.1096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000331.1097.fna -queryname NZ_ASYN010000331.1097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000331.1097.fna -queryname NZ_ASYN010000331.1097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000331.1097.fna -queryname NZ_ASYN010000331.1097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001251.1098.fna -queryname NZ_ASYN010001251.1098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001251.1098.fna -queryname NZ_ASYN010001251.1098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001251.1098.fna -queryname NZ_ASYN010001251.1098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000591.10.fna -queryname NZ_AJZS010000591.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000591.10.fna -queryname NZ_AJZS010000591.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000591.10.fna -queryname NZ_AJZS010000591.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589291.109.fna -queryname NZ_KI2589291.109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589291.109.fna -queryname NZ_KI2589291.109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589291.109.fna -queryname NZ_KI2589291.109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001081.1099.fna -queryname NZ_ASYN010001081.1099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001081.1099.fna -queryname NZ_ASYN010001081.1099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001081.1099.fna -queryname NZ_ASYN010001081.1099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000471.1100.fna -queryname NZ_ASYN010000471.1100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000471.1100.fna -queryname NZ_ASYN010000471.1100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000471.1100.fna -queryname NZ_ASYN010000471.1100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001921.1101.fna -queryname NZ_ASYN010001921.1101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001921.1101.fna -queryname NZ_ASYN010001921.1101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001921.1101.fna -queryname NZ_ASYN010001921.1101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001521.1102.fna -queryname NZ_ASYN010001521.1102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001521.1102.fna -queryname NZ_ASYN010001521.1102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001521.1102.fna -queryname NZ_ASYN010001521.1102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001311.1103.fna -queryname NZ_ASYN010001311.1103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001311.1103.fna -queryname NZ_ASYN010001311.1103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001311.1103.fna -queryname NZ_ASYN010001311.1103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001451.1104.fna -queryname NZ_ASYN010001451.1104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001451.1104.fna -queryname NZ_ASYN010001451.1104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001451.1104.fna -queryname NZ_ASYN010001451.1104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000221.1105.fna -queryname NZ_ASYN010000221.1105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000221.1105.fna -queryname NZ_ASYN010000221.1105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000221.1105.fna -queryname NZ_ASYN010000221.1105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483301.1106.fna -queryname NZ_KZ2483301.1106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483301.1106.fna -queryname NZ_KZ2483301.1106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483301.1106.fna -queryname NZ_KZ2483301.1106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483041.1107.fna -queryname NZ_KZ2483041.1107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483041.1107.fna -queryname NZ_KZ2483041.1107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483041.1107.fna -queryname NZ_KZ2483041.1107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483351.1108.fna -queryname NZ_KZ2483351.1108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483351.1108.fna -queryname NZ_KZ2483351.1108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483351.1108.fna -queryname NZ_KZ2483351.1108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588561.110.fna -queryname NZ_KI2588561.110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588561.110.fna -queryname NZ_KI2588561.110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588561.110.fna -queryname NZ_KI2588561.110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483221.1109.fna -queryname NZ_KZ2483221.1109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483221.1109.fna -queryname NZ_KZ2483221.1109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483221.1109.fna -queryname NZ_KZ2483221.1109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482531.1110.fna -queryname NZ_KZ2482531.1110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482531.1110.fna -queryname NZ_KZ2482531.1110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482531.1110.fna -queryname NZ_KZ2482531.1110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483241.1111.fna -queryname NZ_KZ2483241.1111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483241.1111.fna -queryname NZ_KZ2483241.1111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483241.1111.fna -queryname NZ_KZ2483241.1111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482701.1112.fna -queryname NZ_KZ2482701.1112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482701.1112.fna -queryname NZ_KZ2482701.1112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482701.1112.fna -queryname NZ_KZ2482701.1112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483461.1113.fna -queryname NZ_KZ2483461.1113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483461.1113.fna -queryname NZ_KZ2483461.1113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483461.1113.fna -queryname NZ_KZ2483461.1113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482621.1114.fna -queryname NZ_KZ2482621.1114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482621.1114.fna -queryname NZ_KZ2482621.1114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482621.1114.fna -queryname NZ_KZ2482621.1114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483521.1115.fna -queryname NZ_KZ2483521.1115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483521.1115.fna -queryname NZ_KZ2483521.1115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483521.1115.fna -queryname NZ_KZ2483521.1115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482991.1116.fna -queryname NZ_KZ2482991.1116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482991.1116.fna -queryname NZ_KZ2482991.1116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482991.1116.fna -queryname NZ_KZ2482991.1116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482791.1117.fna -queryname NZ_KZ2482791.1117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482791.1117.fna -queryname NZ_KZ2482791.1117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482791.1117.fna -queryname NZ_KZ2482791.1117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482921.1118.fna -queryname NZ_KZ2482921.1118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482921.1118.fna -queryname NZ_KZ2482921.1118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482921.1118.fna -queryname NZ_KZ2482921.1118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589601.111.fna -queryname NZ_KI2589601.111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589601.111.fna -queryname NZ_KI2589601.111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589601.111.fna -queryname NZ_KI2589601.111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483001.1119.fna -queryname NZ_KZ2483001.1119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483001.1119.fna -queryname NZ_KZ2483001.1119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483001.1119.fna -queryname NZ_KZ2483001.1119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483161.1120.fna -queryname NZ_KZ2483161.1120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483161.1120.fna -queryname NZ_KZ2483161.1120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483161.1120.fna -queryname NZ_KZ2483161.1120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482691.1121.fna -queryname NZ_KZ2482691.1121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482691.1121.fna -queryname NZ_KZ2482691.1121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482691.1121.fna -queryname NZ_KZ2482691.1121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483441.1122.fna -queryname NZ_KZ2483441.1122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483441.1122.fna -queryname NZ_KZ2483441.1122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483441.1122.fna -queryname NZ_KZ2483441.1122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482871.1123.fna -queryname NZ_KZ2482871.1123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482871.1123.fna -queryname NZ_KZ2482871.1123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482871.1123.fna -queryname NZ_KZ2482871.1123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483281.1124.fna -queryname NZ_KZ2483281.1124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483281.1124.fna -queryname NZ_KZ2483281.1124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483281.1124.fna -queryname NZ_KZ2483281.1124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482971.1125.fna -queryname NZ_KZ2482971.1125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482971.1125.fna -queryname NZ_KZ2482971.1125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482971.1125.fna -queryname NZ_KZ2482971.1125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482721.1126.fna -queryname NZ_KZ2482721.1126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482721.1126.fna -queryname NZ_KZ2482721.1126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482721.1126.fna -queryname NZ_KZ2482721.1126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482551.1127.fna -queryname NZ_KZ2482551.1127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482551.1127.fna -queryname NZ_KZ2482551.1127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482551.1127.fna -queryname NZ_KZ2482551.1127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482611.1128.fna -queryname NZ_KZ2482611.1128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482611.1128.fna -queryname NZ_KZ2482611.1128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482611.1128.fna -queryname NZ_KZ2482611.1128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589201.112.fna -queryname NZ_KI2589201.112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589201.112.fna -queryname NZ_KI2589201.112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589201.112.fna -queryname NZ_KI2589201.112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483151.1129.fna -queryname NZ_KZ2483151.1129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483151.1129.fna -queryname NZ_KZ2483151.1129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483151.1129.fna -queryname NZ_KZ2483151.1129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483071.1130.fna -queryname NZ_KZ2483071.1130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483071.1130.fna -queryname NZ_KZ2483071.1130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483071.1130.fna -queryname NZ_KZ2483071.1130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483591.1131.fna -queryname NZ_KZ2483591.1131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483591.1131.fna -queryname NZ_KZ2483591.1131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483591.1131.fna -queryname NZ_KZ2483591.1131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482711.1132.fna -queryname NZ_KZ2482711.1132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482711.1132.fna -queryname NZ_KZ2482711.1132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482711.1132.fna -queryname NZ_KZ2482711.1132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482881.1133.fna -queryname NZ_KZ2482881.1133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482881.1133.fna -queryname NZ_KZ2482881.1133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482881.1133.fna -queryname NZ_KZ2482881.1133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483141.1134.fna -queryname NZ_KZ2483141.1134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483141.1134.fna -queryname NZ_KZ2483141.1134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483141.1134.fna -queryname NZ_KZ2483141.1134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482951.1135.fna -queryname NZ_KZ2482951.1135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482951.1135.fna -queryname NZ_KZ2482951.1135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482951.1135.fna -queryname NZ_KZ2482951.1135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483471.1136.fna -queryname NZ_KZ2483471.1136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483471.1136.fna -queryname NZ_KZ2483471.1136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483471.1136.fna -queryname NZ_KZ2483471.1136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483291.1137.fna -queryname NZ_KZ2483291.1137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483291.1137.fna -queryname NZ_KZ2483291.1137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483291.1137.fna -queryname NZ_KZ2483291.1137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482581.1138.fna -queryname NZ_KZ2482581.1138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482581.1138.fna -queryname NZ_KZ2482581.1138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482581.1138.fna -queryname NZ_KZ2482581.1138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589461.113.fna -queryname NZ_KI2589461.113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589461.113.fna -queryname NZ_KI2589461.113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589461.113.fna -queryname NZ_KI2589461.113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483171.1139.fna -queryname NZ_KZ2483171.1139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483171.1139.fna -queryname NZ_KZ2483171.1139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483171.1139.fna -queryname NZ_KZ2483171.1139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483101.1140.fna -queryname NZ_KZ2483101.1140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483101.1140.fna -queryname NZ_KZ2483101.1140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483101.1140.fna -queryname NZ_KZ2483101.1140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483541.1141.fna -queryname NZ_KZ2483541.1141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483541.1141.fna -queryname NZ_KZ2483541.1141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483541.1141.fna -queryname NZ_KZ2483541.1141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482591.1142.fna -queryname NZ_KZ2482591.1142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482591.1142.fna -queryname NZ_KZ2482591.1142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482591.1142.fna -queryname NZ_KZ2482591.1142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483051.1143.fna -queryname NZ_KZ2483051.1143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483051.1143.fna -queryname NZ_KZ2483051.1143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483051.1143.fna -queryname NZ_KZ2483051.1143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482931.1144.fna -queryname NZ_KZ2482931.1144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482931.1144.fna -queryname NZ_KZ2482931.1144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482931.1144.fna -queryname NZ_KZ2482931.1144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482801.1145.fna -queryname NZ_KZ2482801.1145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482801.1145.fna -queryname NZ_KZ2482801.1145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482801.1145.fna -queryname NZ_KZ2482801.1145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482841.1146.fna -queryname NZ_KZ2482841.1146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482841.1146.fna -queryname NZ_KZ2482841.1146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482841.1146.fna -queryname NZ_KZ2482841.1146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482961.1147.fna -queryname NZ_KZ2482961.1147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482961.1147.fna -queryname NZ_KZ2482961.1147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482961.1147.fna -queryname NZ_KZ2482961.1147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483131.1148.fna -queryname NZ_KZ2483131.1148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483131.1148.fna -queryname NZ_KZ2483131.1148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483131.1148.fna -queryname NZ_KZ2483131.1148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589681.114.fna -queryname NZ_KI2589681.114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589681.114.fna -queryname NZ_KI2589681.114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589681.114.fna -queryname NZ_KI2589681.114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483551.1149.fna -queryname NZ_KZ2483551.1149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483551.1149.fna -queryname NZ_KZ2483551.1149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483551.1149.fna -queryname NZ_KZ2483551.1149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482981.1150.fna -queryname NZ_KZ2482981.1150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482981.1150.fna -queryname NZ_KZ2482981.1150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482981.1150.fna -queryname NZ_KZ2482981.1150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482891.1151.fna -queryname NZ_KZ2482891.1151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482891.1151.fna -queryname NZ_KZ2482891.1151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482891.1151.fna -queryname NZ_KZ2482891.1151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482481.1152.fna -queryname NZ_KZ2482481.1152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482481.1152.fna -queryname NZ_KZ2482481.1152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482481.1152.fna -queryname NZ_KZ2482481.1152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483631.1153.fna -queryname NZ_KZ2483631.1153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483631.1153.fna -queryname NZ_KZ2483631.1153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483631.1153.fna -queryname NZ_KZ2483631.1153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483081.1154.fna -queryname NZ_KZ2483081.1154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483081.1154.fna -queryname NZ_KZ2483081.1154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483081.1154.fna -queryname NZ_KZ2483081.1154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483421.1155.fna -queryname NZ_KZ2483421.1155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483421.1155.fna -queryname NZ_KZ2483421.1155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483421.1155.fna -queryname NZ_KZ2483421.1155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.fna -queryname NZ_KZ2482431.1156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.fna -queryname NZ_KZ2482431.1156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.fna -queryname NZ_KZ2482431.1156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.AOI.fna -queryname NZ_KZ2482431.1156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482431.1156.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KZ2482431.1156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KZ2482431.1156.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483531.1157.fna -queryname NZ_KZ2483531.1157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483531.1157.fna -queryname NZ_KZ2483531.1157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483531.1157.fna -queryname NZ_KZ2483531.1157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483121.1158.fna -queryname NZ_KZ2483121.1158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483121.1158.fna -queryname NZ_KZ2483121.1158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483121.1158.fna -queryname NZ_KZ2483121.1158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589451.115.fna -queryname NZ_KI2589451.115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589451.115.fna -queryname NZ_KI2589451.115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589451.115.fna -queryname NZ_KI2589451.115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483451.1159.fna -queryname NZ_KZ2483451.1159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483451.1159.fna -queryname NZ_KZ2483451.1159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483451.1159.fna -queryname NZ_KZ2483451.1159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482671.1160.fna -queryname NZ_KZ2482671.1160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482671.1160.fna -queryname NZ_KZ2482671.1160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482671.1160.fna -queryname NZ_KZ2482671.1160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482861.1161.fna -queryname NZ_KZ2482861.1161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482861.1161.fna -queryname NZ_KZ2482861.1161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482861.1161.fna -queryname NZ_KZ2482861.1161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483621.1162.fna -queryname NZ_KZ2483621.1162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483621.1162.fna -queryname NZ_KZ2483621.1162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483621.1162.fna -queryname NZ_KZ2483621.1162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482561.1163.fna -queryname NZ_KZ2482561.1163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482561.1163.fna -queryname NZ_KZ2482561.1163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482561.1163.fna -queryname NZ_KZ2482561.1163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482631.1164.fna -queryname NZ_KZ2482631.1164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482631.1164.fna -queryname NZ_KZ2482631.1164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482631.1164.fna -queryname NZ_KZ2482631.1164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482771.1165.fna -queryname NZ_KZ2482771.1165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482771.1165.fna -queryname NZ_KZ2482771.1165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482771.1165.fna -queryname NZ_KZ2482771.1165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482741.1166.fna -queryname NZ_KZ2482741.1166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482741.1166.fna -queryname NZ_KZ2482741.1166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482741.1166.fna -queryname NZ_KZ2482741.1166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483251.1167.fna -queryname NZ_KZ2483251.1167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483251.1167.fna -queryname NZ_KZ2483251.1167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483251.1167.fna -queryname NZ_KZ2483251.1167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482731.1168.fna -queryname NZ_KZ2482731.1168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482731.1168.fna -queryname NZ_KZ2482731.1168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482731.1168.fna -queryname NZ_KZ2482731.1168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589321.116.fna -queryname NZ_KI2589321.116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589321.116.fna -queryname NZ_KI2589321.116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589321.116.fna -queryname NZ_KI2589321.116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483561.1169.fna -queryname NZ_KZ2483561.1169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483561.1169.fna -queryname NZ_KZ2483561.1169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483561.1169.fna -queryname NZ_KZ2483561.1169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482501.1170.fna -queryname NZ_KZ2482501.1170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482501.1170.fna -queryname NZ_KZ2482501.1170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482501.1170.fna -queryname NZ_KZ2482501.1170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483331.1171.fna -queryname NZ_KZ2483331.1171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483331.1171.fna -queryname NZ_KZ2483331.1171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483331.1171.fna -queryname NZ_KZ2483331.1171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483061.1172.fna -queryname NZ_KZ2483061.1172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483061.1172.fna -queryname NZ_KZ2483061.1172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483061.1172.fna -queryname NZ_KZ2483061.1172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483271.1173.fna -queryname NZ_KZ2483271.1173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483271.1173.fna -queryname NZ_KZ2483271.1173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483271.1173.fna -queryname NZ_KZ2483271.1173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482831.1174.fna -queryname NZ_KZ2482831.1174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482831.1174.fna -queryname NZ_KZ2482831.1174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482831.1174.fna -queryname NZ_KZ2482831.1174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483261.1175.fna -queryname NZ_KZ2483261.1175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483261.1175.fna -queryname NZ_KZ2483261.1175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483261.1175.fna -queryname NZ_KZ2483261.1175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482471.1176.fna -queryname NZ_KZ2482471.1176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482471.1176.fna -queryname NZ_KZ2482471.1176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482471.1176.fna -queryname NZ_KZ2482471.1176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482911.1177.fna -queryname NZ_KZ2482911.1177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482911.1177.fna -queryname NZ_KZ2482911.1177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482911.1177.fna -queryname NZ_KZ2482911.1177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483181.1178.fna -queryname NZ_KZ2483181.1178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483181.1178.fna -queryname NZ_KZ2483181.1178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483181.1178.fna -queryname NZ_KZ2483181.1178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588861.117.fna -queryname NZ_KI2588861.117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588861.117.fna -queryname NZ_KI2588861.117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588861.117.fna -queryname NZ_KI2588861.117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483321.1179.fna -queryname NZ_KZ2483321.1179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483321.1179.fna -queryname NZ_KZ2483321.1179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483321.1179.fna -queryname NZ_KZ2483321.1179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482571.1180.fna -queryname NZ_KZ2482571.1180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482571.1180.fna -queryname NZ_KZ2482571.1180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482571.1180.fna -queryname NZ_KZ2482571.1180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483491.1181.fna -queryname NZ_KZ2483491.1181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483491.1181.fna -queryname NZ_KZ2483491.1181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483491.1181.fna -queryname NZ_KZ2483491.1181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483361.1182.fna -queryname NZ_KZ2483361.1182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483361.1182.fna -queryname NZ_KZ2483361.1182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483361.1182.fna -queryname NZ_KZ2483361.1182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483381.1183.fna -queryname NZ_KZ2483381.1183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483381.1183.fna -queryname NZ_KZ2483381.1183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483381.1183.fna -queryname NZ_KZ2483381.1183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482461.1184.fna -queryname NZ_KZ2482461.1184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482461.1184.fna -queryname NZ_KZ2482461.1184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482461.1184.fna -queryname NZ_KZ2482461.1184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483191.1185.fna -queryname NZ_KZ2483191.1185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483191.1185.fna -queryname NZ_KZ2483191.1185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483191.1185.fna -queryname NZ_KZ2483191.1185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482521.1186.fna -queryname NZ_KZ2482521.1186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482521.1186.fna -queryname NZ_KZ2482521.1186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482521.1186.fna -queryname NZ_KZ2482521.1186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482451.1187.fna -queryname NZ_KZ2482451.1187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482451.1187.fna -queryname NZ_KZ2482451.1187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482451.1187.fna -queryname NZ_KZ2482451.1187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482641.1188.fna -queryname NZ_KZ2482641.1188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482641.1188.fna -queryname NZ_KZ2482641.1188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482641.1188.fna -queryname NZ_KZ2482641.1188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589511.118.fna -queryname NZ_KI2589511.118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589511.118.fna -queryname NZ_KI2589511.118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589511.118.fna -queryname NZ_KI2589511.118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482901.1189.fna -queryname NZ_KZ2482901.1189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482901.1189.fna -queryname NZ_KZ2482901.1189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482901.1189.fna -queryname NZ_KZ2482901.1189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482761.1190.fna -queryname NZ_KZ2482761.1190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482761.1190.fna -queryname NZ_KZ2482761.1190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482761.1190.fna -queryname NZ_KZ2482761.1190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483501.1191.fna -queryname NZ_KZ2483501.1191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483501.1191.fna -queryname NZ_KZ2483501.1191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483501.1191.fna -queryname NZ_KZ2483501.1191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483401.1192.fna -queryname NZ_KZ2483401.1192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483401.1192.fna -queryname NZ_KZ2483401.1192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483401.1192.fna -queryname NZ_KZ2483401.1192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482661.1193.fna -queryname NZ_KZ2482661.1193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482661.1193.fna -queryname NZ_KZ2482661.1193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482661.1193.fna -queryname NZ_KZ2482661.1193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483021.1194.fna -queryname NZ_KZ2483021.1194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483021.1194.fna -queryname NZ_KZ2483021.1194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483021.1194.fna -queryname NZ_KZ2483021.1194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483581.1195.fna -queryname NZ_KZ2483581.1195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483581.1195.fna -queryname NZ_KZ2483581.1195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483581.1195.fna -queryname NZ_KZ2483581.1195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482651.1196.fna -queryname NZ_KZ2482651.1196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482651.1196.fna -queryname NZ_KZ2482651.1196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482651.1196.fna -queryname NZ_KZ2482651.1196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482781.1197.fna -queryname NZ_KZ2482781.1197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482781.1197.fna -queryname NZ_KZ2482781.1197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482781.1197.fna -queryname NZ_KZ2482781.1197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482601.1198.fna -queryname NZ_KZ2482601.1198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482601.1198.fna -queryname NZ_KZ2482601.1198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482601.1198.fna -queryname NZ_KZ2482601.1198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000081.11.fna -queryname NZ_AJZS010000081.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000081.11.fna -queryname NZ_AJZS010000081.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000081.11.fna -queryname NZ_AJZS010000081.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589611.119.fna -queryname NZ_KI2589611.119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589611.119.fna -queryname NZ_KI2589611.119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589611.119.fna -queryname NZ_KI2589611.119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483431.1199.fna -queryname NZ_KZ2483431.1199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483431.1199.fna -queryname NZ_KZ2483431.1199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483431.1199.fna -queryname NZ_KZ2483431.1199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483341.1200.fna -queryname NZ_KZ2483341.1200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483341.1200.fna -queryname NZ_KZ2483341.1200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483341.1200.fna -queryname NZ_KZ2483341.1200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483231.1201.fna -queryname NZ_KZ2483231.1201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483231.1201.fna -queryname NZ_KZ2483231.1201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483231.1201.fna -queryname NZ_KZ2483231.1201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483571.1202.fna -queryname NZ_KZ2483571.1202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483571.1202.fna -queryname NZ_KZ2483571.1202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483571.1202.fna -queryname NZ_KZ2483571.1202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482421.1203.fna -queryname NZ_KZ2482421.1203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482421.1203.fna -queryname NZ_KZ2482421.1203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482421.1203.fna -queryname NZ_KZ2482421.1203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482491.1204.fna -queryname NZ_KZ2482491.1204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482491.1204.fna -queryname NZ_KZ2482491.1204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482491.1204.fna -queryname NZ_KZ2482491.1204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482751.1205.fna -queryname NZ_KZ2482751.1205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482751.1205.fna -queryname NZ_KZ2482751.1205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482751.1205.fna -queryname NZ_KZ2482751.1205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482681.1206.fna -queryname NZ_KZ2482681.1206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482681.1206.fna -queryname NZ_KZ2482681.1206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482681.1206.fna -queryname NZ_KZ2482681.1206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483611.1207.fna -queryname NZ_KZ2483611.1207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483611.1207.fna -queryname NZ_KZ2483611.1207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483611.1207.fna -queryname NZ_KZ2483611.1207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482511.1208.fna -queryname NZ_KZ2482511.1208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482511.1208.fna -queryname NZ_KZ2482511.1208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482511.1208.fna -queryname NZ_KZ2482511.1208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589711.120.fna -queryname NZ_KI2589711.120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589711.120.fna -queryname NZ_KI2589711.120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589711.120.fna -queryname NZ_KI2589711.120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482941.1209.fna -queryname NZ_KZ2482941.1209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482941.1209.fna -queryname NZ_KZ2482941.1209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482941.1209.fna -queryname NZ_KZ2482941.1209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483411.1210.fna -queryname NZ_KZ2483411.1210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483411.1210.fna -queryname NZ_KZ2483411.1210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483411.1210.fna -queryname NZ_KZ2483411.1210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483391.1211.fna -queryname NZ_KZ2483391.1211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483391.1211.fna -queryname NZ_KZ2483391.1211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483391.1211.fna -queryname NZ_KZ2483391.1211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483211.1212.fna -queryname NZ_KZ2483211.1212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483211.1212.fna -queryname NZ_KZ2483211.1212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483211.1212.fna -queryname NZ_KZ2483211.1212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483371.1213.fna -queryname NZ_KZ2483371.1213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483371.1213.fna -queryname NZ_KZ2483371.1213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483371.1213.fna -queryname NZ_KZ2483371.1213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483311.1214.fna -queryname NZ_KZ2483311.1214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483311.1214.fna -queryname NZ_KZ2483311.1214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483311.1214.fna -queryname NZ_KZ2483311.1214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483481.1215.fna -queryname NZ_KZ2483481.1215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483481.1215.fna -queryname NZ_KZ2483481.1215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483481.1215.fna -queryname NZ_KZ2483481.1215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483111.1216.fna -queryname NZ_KZ2483111.1216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483111.1216.fna -queryname NZ_KZ2483111.1216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483111.1216.fna -queryname NZ_KZ2483111.1216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483201.1217.fna -queryname NZ_KZ2483201.1217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483201.1217.fna -queryname NZ_KZ2483201.1217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483201.1217.fna -queryname NZ_KZ2483201.1217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482811.1218.fna -queryname NZ_KZ2482811.1218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482811.1218.fna -queryname NZ_KZ2482811.1218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482811.1218.fna -queryname NZ_KZ2482811.1218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589031.121.fna -queryname NZ_KI2589031.121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589031.121.fna -queryname NZ_KI2589031.121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589031.121.fna -queryname NZ_KI2589031.121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483031.1219.fna -queryname NZ_KZ2483031.1219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483031.1219.fna -queryname NZ_KZ2483031.1219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483031.1219.fna -queryname NZ_KZ2483031.1219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482541.1220.fna -queryname NZ_KZ2482541.1220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482541.1220.fna -queryname NZ_KZ2482541.1220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482541.1220.fna -queryname NZ_KZ2482541.1220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483011.1221.fna -queryname NZ_KZ2483011.1221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483011.1221.fna -queryname NZ_KZ2483011.1221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483011.1221.fna -queryname NZ_KZ2483011.1221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482851.1222.fna -queryname NZ_KZ2482851.1222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482851.1222.fna -queryname NZ_KZ2482851.1222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482851.1222.fna -queryname NZ_KZ2482851.1222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483601.1223.fna -queryname NZ_KZ2483601.1223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483601.1223.fna -queryname NZ_KZ2483601.1223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483601.1223.fna -queryname NZ_KZ2483601.1223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482821.1224.fna -queryname NZ_KZ2482821.1224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482821.1224.fna -queryname NZ_KZ2482821.1224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482821.1224.fna -queryname NZ_KZ2482821.1224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483511.1225.fna -queryname NZ_KZ2483511.1225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483511.1225.fna -queryname NZ_KZ2483511.1225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483511.1225.fna -queryname NZ_KZ2483511.1225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482441.1226.fna -queryname NZ_KZ2482441.1226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482441.1226.fna -queryname NZ_KZ2482441.1226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2482441.1226.fna -queryname NZ_KZ2482441.1226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483091.1227.fna -queryname NZ_KZ2483091.1227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483091.1227.fna -queryname NZ_KZ2483091.1227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483091.1227.fna -queryname NZ_KZ2483091.1227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484111.1228.fna -queryname NZ_KZ2484111.1228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484111.1228.fna -queryname NZ_KZ2484111.1228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484111.1228.fna -queryname NZ_KZ2484111.1228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589111.122.fna -queryname NZ_KI2589111.122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589111.122.fna -queryname NZ_KI2589111.122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589111.122.fna -queryname NZ_KI2589111.122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484911.1229.fna -queryname NZ_KZ2484911.1229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484911.1229.fna -queryname NZ_KZ2484911.1229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484911.1229.fna -queryname NZ_KZ2484911.1229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484751.1230.fna -queryname NZ_KZ2484751.1230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484751.1230.fna -queryname NZ_KZ2484751.1230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484751.1230.fna -queryname NZ_KZ2484751.1230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484041.1231.fna -queryname NZ_KZ2484041.1231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484041.1231.fna -queryname NZ_KZ2484041.1231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484041.1231.fna -queryname NZ_KZ2484041.1231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484231.1232.fna -queryname NZ_KZ2484231.1232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484231.1232.fna -queryname NZ_KZ2484231.1232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484231.1232.fna -queryname NZ_KZ2484231.1232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484591.1233.fna -queryname NZ_KZ2484591.1233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484591.1233.fna -queryname NZ_KZ2484591.1233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484591.1233.fna -queryname NZ_KZ2484591.1233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484541.1234.fna -queryname NZ_KZ2484541.1234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484541.1234.fna -queryname NZ_KZ2484541.1234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484541.1234.fna -queryname NZ_KZ2484541.1234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484171.1235.fna -queryname NZ_KZ2484171.1235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484171.1235.fna -queryname NZ_KZ2484171.1235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484171.1235.fna -queryname NZ_KZ2484171.1235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484841.1236.fna -queryname NZ_KZ2484841.1236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484841.1236.fna -queryname NZ_KZ2484841.1236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484841.1236.fna -queryname NZ_KZ2484841.1236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484201.1237.fna -queryname NZ_KZ2484201.1237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484201.1237.fna -queryname NZ_KZ2484201.1237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484201.1237.fna -queryname NZ_KZ2484201.1237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484021.1238.fna -queryname NZ_KZ2484021.1238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484021.1238.fna -queryname NZ_KZ2484021.1238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484021.1238.fna -queryname NZ_KZ2484021.1238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589661.123.fna -queryname NZ_KI2589661.123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589661.123.fna -queryname NZ_KI2589661.123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589661.123.fna -queryname NZ_KI2589661.123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484371.1239.fna -queryname NZ_KZ2484371.1239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484371.1239.fna -queryname NZ_KZ2484371.1239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484371.1239.fna -queryname NZ_KZ2484371.1239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483991.1240.fna -queryname NZ_KZ2483991.1240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483991.1240.fna -queryname NZ_KZ2483991.1240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483991.1240.fna -queryname NZ_KZ2483991.1240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484391.1241.fna -queryname NZ_KZ2484391.1241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484391.1241.fna -queryname NZ_KZ2484391.1241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484391.1241.fna -queryname NZ_KZ2484391.1241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484501.1242.fna -queryname NZ_KZ2484501.1242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484501.1242.fna -queryname NZ_KZ2484501.1242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484501.1242.fna -queryname NZ_KZ2484501.1242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484481.1243.fna -queryname NZ_KZ2484481.1243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484481.1243.fna -queryname NZ_KZ2484481.1243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484481.1243.fna -queryname NZ_KZ2484481.1243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484811.1244.fna -queryname NZ_KZ2484811.1244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484811.1244.fna -queryname NZ_KZ2484811.1244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484811.1244.fna -queryname NZ_KZ2484811.1244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483981.1245.fna -queryname NZ_KZ2483981.1245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483981.1245.fna -queryname NZ_KZ2483981.1245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483981.1245.fna -queryname NZ_KZ2483981.1245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484871.1246.fna -queryname NZ_KZ2484871.1246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484871.1246.fna -queryname NZ_KZ2484871.1246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484871.1246.fna -queryname NZ_KZ2484871.1246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484921.1247.fna -queryname NZ_KZ2484921.1247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484921.1247.fna -queryname NZ_KZ2484921.1247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484921.1247.fna -queryname NZ_KZ2484921.1247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484181.1248.fna -queryname NZ_KZ2484181.1248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484181.1248.fna -queryname NZ_KZ2484181.1248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484181.1248.fna -queryname NZ_KZ2484181.1248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589731.124.fna -queryname NZ_KI2589731.124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589731.124.fna -queryname NZ_KI2589731.124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589731.124.fna -queryname NZ_KI2589731.124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484251.1249.fna -queryname NZ_KZ2484251.1249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484251.1249.fna -queryname NZ_KZ2484251.1249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484251.1249.fna -queryname NZ_KZ2484251.1249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484731.1250.fna -queryname NZ_KZ2484731.1250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484731.1250.fna -queryname NZ_KZ2484731.1250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484731.1250.fna -queryname NZ_KZ2484731.1250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484161.1251.fna -queryname NZ_KZ2484161.1251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484161.1251.fna -queryname NZ_KZ2484161.1251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484161.1251.fna -queryname NZ_KZ2484161.1251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484661.1252.fna -queryname NZ_KZ2484661.1252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484661.1252.fna -queryname NZ_KZ2484661.1252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484661.1252.fna -queryname NZ_KZ2484661.1252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484091.1253.fna -queryname NZ_KZ2484091.1253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484091.1253.fna -queryname NZ_KZ2484091.1253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484091.1253.fna -queryname NZ_KZ2484091.1253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484671.1254.fna -queryname NZ_KZ2484671.1254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484671.1254.fna -queryname NZ_KZ2484671.1254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484671.1254.fna -queryname NZ_KZ2484671.1254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484351.1255.fna -queryname NZ_KZ2484351.1255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484351.1255.fna -queryname NZ_KZ2484351.1255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484351.1255.fna -queryname NZ_KZ2484351.1255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484611.1256.fna -queryname NZ_KZ2484611.1256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484611.1256.fna -queryname NZ_KZ2484611.1256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484611.1256.fna -queryname NZ_KZ2484611.1256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484261.1257.fna -queryname NZ_KZ2484261.1257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484261.1257.fna -queryname NZ_KZ2484261.1257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484261.1257.fna -queryname NZ_KZ2484261.1257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484241.1258.fna -queryname NZ_KZ2484241.1258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484241.1258.fna -queryname NZ_KZ2484241.1258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484241.1258.fna -queryname NZ_KZ2484241.1258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589331.125.fna -queryname NZ_KI2589331.125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589331.125.fna -queryname NZ_KI2589331.125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589331.125.fna -queryname NZ_KI2589331.125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484101.1259.fna -queryname NZ_KZ2484101.1259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484101.1259.fna -queryname NZ_KZ2484101.1259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484101.1259.fna -queryname NZ_KZ2484101.1259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484031.1260.fna -queryname NZ_KZ2484031.1260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484031.1260.fna -queryname NZ_KZ2484031.1260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484031.1260.fna -queryname NZ_KZ2484031.1260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484711.1261.fna -queryname NZ_KZ2484711.1261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484711.1261.fna -queryname NZ_KZ2484711.1261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484711.1261.fna -queryname NZ_KZ2484711.1261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484511.1262.fna -queryname NZ_KZ2484511.1262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484511.1262.fna -queryname NZ_KZ2484511.1262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484511.1262.fna -queryname NZ_KZ2484511.1262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484211.1263.fna -queryname NZ_KZ2484211.1263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484211.1263.fna -queryname NZ_KZ2484211.1263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484211.1263.fna -queryname NZ_KZ2484211.1263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484621.1264.fna -queryname NZ_KZ2484621.1264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484621.1264.fna -queryname NZ_KZ2484621.1264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484621.1264.fna -queryname NZ_KZ2484621.1264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484361.1265.fna -queryname NZ_KZ2484361.1265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484361.1265.fna -queryname NZ_KZ2484361.1265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484361.1265.fna -queryname NZ_KZ2484361.1265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484341.1266.fna -queryname NZ_KZ2484341.1266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484341.1266.fna -queryname NZ_KZ2484341.1266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484341.1266.fna -queryname NZ_KZ2484341.1266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484411.1267.fna -queryname NZ_KZ2484411.1267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484411.1267.fna -queryname NZ_KZ2484411.1267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484411.1267.fna -queryname NZ_KZ2484411.1267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484601.1268.fna -queryname NZ_KZ2484601.1268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484601.1268.fna -queryname NZ_KZ2484601.1268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484601.1268.fna -queryname NZ_KZ2484601.1268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588781.126.fna -queryname NZ_KI2588781.126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588781.126.fna -queryname NZ_KI2588781.126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588781.126.fna -queryname NZ_KI2588781.126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484381.1269.fna -queryname NZ_KZ2484381.1269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484381.1269.fna -queryname NZ_KZ2484381.1269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484381.1269.fna -queryname NZ_KZ2484381.1269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483931.1270.fna -queryname NZ_KZ2483931.1270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483931.1270.fna -queryname NZ_KZ2483931.1270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483931.1270.fna -queryname NZ_KZ2483931.1270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484061.1271.fna -queryname NZ_KZ2484061.1271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484061.1271.fna -queryname NZ_KZ2484061.1271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484061.1271.fna -queryname NZ_KZ2484061.1271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483921.1272.fna -queryname NZ_KZ2483921.1272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483921.1272.fna -queryname NZ_KZ2483921.1272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483921.1272.fna -queryname NZ_KZ2483921.1272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483971.1273.fna -queryname NZ_KZ2483971.1273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483971.1273.fna -queryname NZ_KZ2483971.1273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483971.1273.fna -queryname NZ_KZ2483971.1273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484831.1274.fna -queryname NZ_KZ2484831.1274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484831.1274.fna -queryname NZ_KZ2484831.1274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484831.1274.fna -queryname NZ_KZ2484831.1274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484931.1275.fna -queryname NZ_KZ2484931.1275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484931.1275.fna -queryname NZ_KZ2484931.1275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484931.1275.fna -queryname NZ_KZ2484931.1275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484461.1276.fna -queryname NZ_KZ2484461.1276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484461.1276.fna -queryname NZ_KZ2484461.1276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484461.1276.fna -queryname NZ_KZ2484461.1276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484491.1277.fna -queryname NZ_KZ2484491.1277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484491.1277.fna -queryname NZ_KZ2484491.1277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484491.1277.fna -queryname NZ_KZ2484491.1277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484781.1278.fna -queryname NZ_KZ2484781.1278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484781.1278.fna -queryname NZ_KZ2484781.1278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484781.1278.fna -queryname NZ_KZ2484781.1278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589651.127.fna -queryname NZ_KI2589651.127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589651.127.fna -queryname NZ_KI2589651.127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589651.127.fna -queryname NZ_KI2589651.127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484821.1279.fna -queryname NZ_KZ2484821.1279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484821.1279.fna -queryname NZ_KZ2484821.1279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484821.1279.fna -queryname NZ_KZ2484821.1279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484081.1280.fna -queryname NZ_KZ2484081.1280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484081.1280.fna -queryname NZ_KZ2484081.1280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484081.1280.fna -queryname NZ_KZ2484081.1280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.fna -queryname NZ_KZ2484151.1281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.fna -queryname NZ_KZ2484151.1281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.fna -queryname NZ_KZ2484151.1281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.AOI.fna -queryname NZ_KZ2484151.1281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484151.1281.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KZ2484151.1281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KZ2484151.1281.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484001.1282.fna -queryname NZ_KZ2484001.1282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484001.1282.fna -queryname NZ_KZ2484001.1282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484001.1282.fna -queryname NZ_KZ2484001.1282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484071.1283.fna -queryname NZ_KZ2484071.1283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484071.1283.fna -queryname NZ_KZ2484071.1283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484071.1283.fna -queryname NZ_KZ2484071.1283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484861.1284.fna -queryname NZ_KZ2484861.1284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484861.1284.fna -queryname NZ_KZ2484861.1284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484861.1284.fna -queryname NZ_KZ2484861.1284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484121.1285.fna -queryname NZ_KZ2484121.1285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484121.1285.fna -queryname NZ_KZ2484121.1285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484121.1285.fna -queryname NZ_KZ2484121.1285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484881.1286.fna -queryname NZ_KZ2484881.1286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484881.1286.fna -queryname NZ_KZ2484881.1286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484881.1286.fna -queryname NZ_KZ2484881.1286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484741.1287.fna -queryname NZ_KZ2484741.1287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484741.1287.fna -queryname NZ_KZ2484741.1287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484741.1287.fna -queryname NZ_KZ2484741.1287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484721.1288.fna -queryname NZ_KZ2484721.1288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484721.1288.fna -queryname NZ_KZ2484721.1288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484721.1288.fna -queryname NZ_KZ2484721.1288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589261.128.fna -queryname NZ_KI2589261.128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589261.128.fna -queryname NZ_KI2589261.128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589261.128.fna -queryname NZ_KI2589261.128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484271.1289.fna -queryname NZ_KZ2484271.1289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484271.1289.fna -queryname NZ_KZ2484271.1289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484271.1289.fna -queryname NZ_KZ2484271.1289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484051.1290.fna -queryname NZ_KZ2484051.1290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484051.1290.fna -queryname NZ_KZ2484051.1290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484051.1290.fna -queryname NZ_KZ2484051.1290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484761.1291.fna -queryname NZ_KZ2484761.1291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484761.1291.fna -queryname NZ_KZ2484761.1291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484761.1291.fna -queryname NZ_KZ2484761.1291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484531.1292.fna -queryname NZ_KZ2484531.1292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484531.1292.fna -queryname NZ_KZ2484531.1292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484531.1292.fna -queryname NZ_KZ2484531.1292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484441.1293.fna -queryname NZ_KZ2484441.1293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484441.1293.fna -queryname NZ_KZ2484441.1293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484441.1293.fna -queryname NZ_KZ2484441.1293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484431.1294.fna -queryname NZ_KZ2484431.1294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484431.1294.fna -queryname NZ_KZ2484431.1294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484431.1294.fna -queryname NZ_KZ2484431.1294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484301.1295.fna -queryname NZ_KZ2484301.1295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484301.1295.fna -queryname NZ_KZ2484301.1295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484301.1295.fna -queryname NZ_KZ2484301.1295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484191.1296.fna -queryname NZ_KZ2484191.1296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484191.1296.fna -queryname NZ_KZ2484191.1296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484191.1296.fna -queryname NZ_KZ2484191.1296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484291.1297.fna -queryname NZ_KZ2484291.1297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484291.1297.fna -queryname NZ_KZ2484291.1297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484291.1297.fna -queryname NZ_KZ2484291.1297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484791.1298.fna -queryname NZ_KZ2484791.1298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484791.1298.fna -queryname NZ_KZ2484791.1298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484791.1298.fna -queryname NZ_KZ2484791.1298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000511.12.fna -queryname NZ_AJZS010000511.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000511.12.fna -queryname NZ_AJZS010000511.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000511.12.fna -queryname NZ_AJZS010000511.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589381.129.fna -queryname NZ_KI2589381.129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589381.129.fna -queryname NZ_KI2589381.129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589381.129.fna -queryname NZ_KI2589381.129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484471.1299.fna -queryname NZ_KZ2484471.1299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484471.1299.fna -queryname NZ_KZ2484471.1299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484471.1299.fna -queryname NZ_KZ2484471.1299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484551.1300.fna -queryname NZ_KZ2484551.1300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484551.1300.fna -queryname NZ_KZ2484551.1300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484551.1300.fna -queryname NZ_KZ2484551.1300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483901.1301.fna -queryname NZ_KZ2483901.1301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483901.1301.fna -queryname NZ_KZ2483901.1301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483901.1301.fna -queryname NZ_KZ2483901.1301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484221.1302.fna -queryname NZ_KZ2484221.1302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484221.1302.fna -queryname NZ_KZ2484221.1302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484221.1302.fna -queryname NZ_KZ2484221.1302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484321.1303.fna -queryname NZ_KZ2484321.1303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484321.1303.fna -queryname NZ_KZ2484321.1303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484321.1303.fna -queryname NZ_KZ2484321.1303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483891.1304.fna -queryname NZ_KZ2483891.1304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483891.1304.fna -queryname NZ_KZ2483891.1304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483891.1304.fna -queryname NZ_KZ2483891.1304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484651.1305.fna -queryname NZ_KZ2484651.1305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484651.1305.fna -queryname NZ_KZ2484651.1305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484651.1305.fna -queryname NZ_KZ2484651.1305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484681.1306.fna -queryname NZ_KZ2484681.1306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484681.1306.fna -queryname NZ_KZ2484681.1306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484681.1306.fna -queryname NZ_KZ2484681.1306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483961.1307.fna -queryname NZ_KZ2483961.1307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483961.1307.fna -queryname NZ_KZ2483961.1307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483961.1307.fna -queryname NZ_KZ2483961.1307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484421.1308.fna -queryname NZ_KZ2484421.1308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484421.1308.fna -queryname NZ_KZ2484421.1308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484421.1308.fna -queryname NZ_KZ2484421.1308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.fna -queryname NZ_KI2589471.130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.fna -queryname NZ_KI2589471.130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.fna -queryname NZ_KI2589471.130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.AOI.fna -queryname NZ_KI2589471.130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589471.130.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2589471.130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2589471.130.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483951.1309.fna -queryname NZ_KZ2483951.1309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483951.1309.fna -queryname NZ_KZ2483951.1309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483951.1309.fna -queryname NZ_KZ2483951.1309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484311.1310.fna -queryname NZ_KZ2484311.1310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484311.1310.fna -queryname NZ_KZ2484311.1310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484311.1310.fna -queryname NZ_KZ2484311.1310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484521.1311.fna -queryname NZ_KZ2484521.1311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484521.1311.fna -queryname NZ_KZ2484521.1311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484521.1311.fna -queryname NZ_KZ2484521.1311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483911.1312.fna -queryname NZ_KZ2483911.1312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483911.1312.fna -queryname NZ_KZ2483911.1312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483911.1312.fna -queryname NZ_KZ2483911.1312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484581.1313.fna -queryname NZ_KZ2484581.1313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484581.1313.fna -queryname NZ_KZ2484581.1313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484581.1313.fna -queryname NZ_KZ2484581.1313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484851.1314.fna -queryname NZ_KZ2484851.1314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484851.1314.fna -queryname NZ_KZ2484851.1314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484851.1314.fna -queryname NZ_KZ2484851.1314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484801.1315.fna -queryname NZ_KZ2484801.1315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484801.1315.fna -queryname NZ_KZ2484801.1315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484801.1315.fna -queryname NZ_KZ2484801.1315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484131.1316.fna -queryname NZ_KZ2484131.1316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484131.1316.fna -queryname NZ_KZ2484131.1316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484131.1316.fna -queryname NZ_KZ2484131.1316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484901.1317.fna -queryname NZ_KZ2484901.1317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484901.1317.fna -queryname NZ_KZ2484901.1317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484901.1317.fna -queryname NZ_KZ2484901.1317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484281.1318.fna -queryname NZ_KZ2484281.1318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484281.1318.fna -queryname NZ_KZ2484281.1318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484281.1318.fna -queryname NZ_KZ2484281.1318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588911.131.fna -queryname NZ_KI2588911.131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588911.131.fna -queryname NZ_KI2588911.131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588911.131.fna -queryname NZ_KI2588911.131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484701.1319.fna -queryname NZ_KZ2484701.1319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484701.1319.fna -queryname NZ_KZ2484701.1319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484701.1319.fna -queryname NZ_KZ2484701.1319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484641.1320.fna -queryname NZ_KZ2484641.1320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484641.1320.fna -queryname NZ_KZ2484641.1320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484641.1320.fna -queryname NZ_KZ2484641.1320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484561.1321.fna -queryname NZ_KZ2484561.1321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484561.1321.fna -queryname NZ_KZ2484561.1321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484561.1321.fna -queryname NZ_KZ2484561.1321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484571.1322.fna -queryname NZ_KZ2484571.1322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484571.1322.fna -queryname NZ_KZ2484571.1322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484571.1322.fna -queryname NZ_KZ2484571.1322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484891.1323.fna -queryname NZ_KZ2484891.1323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484891.1323.fna -queryname NZ_KZ2484891.1323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484891.1323.fna -queryname NZ_KZ2484891.1323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484451.1324.fna -queryname NZ_KZ2484451.1324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484451.1324.fna -queryname NZ_KZ2484451.1324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484451.1324.fna -queryname NZ_KZ2484451.1324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484401.1325.fna -queryname NZ_KZ2484401.1325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484401.1325.fna -queryname NZ_KZ2484401.1325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484401.1325.fna -queryname NZ_KZ2484401.1325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483941.1326.fna -queryname NZ_KZ2483941.1326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483941.1326.fna -queryname NZ_KZ2483941.1326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2483941.1326.fna -queryname NZ_KZ2483941.1326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484141.1327.fna -queryname NZ_KZ2484141.1327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484141.1327.fna -queryname NZ_KZ2484141.1327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484141.1327.fna -queryname NZ_KZ2484141.1327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484691.1328.fna -queryname NZ_KZ2484691.1328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484691.1328.fna -queryname NZ_KZ2484691.1328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484691.1328.fna -queryname NZ_KZ2484691.1328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589821.132.fna -queryname NZ_KI2589821.132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589821.132.fna -queryname NZ_KI2589821.132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589821.132.fna -queryname NZ_KI2589821.132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484011.1329.fna -queryname NZ_KZ2484011.1329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484011.1329.fna -queryname NZ_KZ2484011.1329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484011.1329.fna -queryname NZ_KZ2484011.1329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484631.1330.fna -queryname NZ_KZ2484631.1330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484631.1330.fna -queryname NZ_KZ2484631.1330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484631.1330.fna -queryname NZ_KZ2484631.1330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484771.1331.fna -queryname NZ_KZ2484771.1331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484771.1331.fna -queryname NZ_KZ2484771.1331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484771.1331.fna -queryname NZ_KZ2484771.1331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484331.1332.fna -queryname NZ_KZ2484331.1332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484331.1332.fna -queryname NZ_KZ2484331.1332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2484331.1332.fna -queryname NZ_KZ2484331.1332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539871.1333.fna -queryname NZ_KZ2539871.1333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539871.1333.fna -queryname NZ_KZ2539871.1333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539871.1333.fna -queryname NZ_KZ2539871.1333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540051.1334.fna -queryname NZ_KZ2540051.1334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540051.1334.fna -queryname NZ_KZ2540051.1334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540051.1334.fna -queryname NZ_KZ2540051.1334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540211.1335.fna -queryname NZ_KZ2540211.1335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540211.1335.fna -queryname NZ_KZ2540211.1335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540211.1335.fna -queryname NZ_KZ2540211.1335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539981.1336.fna -queryname NZ_KZ2539981.1336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539981.1336.fna -queryname NZ_KZ2539981.1336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539981.1336.fna -queryname NZ_KZ2539981.1336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540741.1337.fna -queryname NZ_KZ2540741.1337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540741.1337.fna -queryname NZ_KZ2540741.1337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540741.1337.fna -queryname NZ_KZ2540741.1337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539801.1338.fna -queryname NZ_KZ2539801.1338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539801.1338.fna -queryname NZ_KZ2539801.1338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539801.1338.fna -queryname NZ_KZ2539801.1338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589411.133.fna -queryname NZ_KI2589411.133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589411.133.fna -queryname NZ_KI2589411.133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589411.133.fna -queryname NZ_KI2589411.133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540191.1339.fna -queryname NZ_KZ2540191.1339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540191.1339.fna -queryname NZ_KZ2540191.1339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540191.1339.fna -queryname NZ_KZ2540191.1339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540711.1340.fna -queryname NZ_KZ2540711.1340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540711.1340.fna -queryname NZ_KZ2540711.1340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540711.1340.fna -queryname NZ_KZ2540711.1340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540591.1341.fna -queryname NZ_KZ2540591.1341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540591.1341.fna -queryname NZ_KZ2540591.1341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540591.1341.fna -queryname NZ_KZ2540591.1341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540161.1342.fna -queryname NZ_KZ2540161.1342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540161.1342.fna -queryname NZ_KZ2540161.1342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540161.1342.fna -queryname NZ_KZ2540161.1342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539701.1343.fna -queryname NZ_KZ2539701.1343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539701.1343.fna -queryname NZ_KZ2539701.1343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539701.1343.fna -queryname NZ_KZ2539701.1343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540791.1344.fna -queryname NZ_KZ2540791.1344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540791.1344.fna -queryname NZ_KZ2540791.1344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540791.1344.fna -queryname NZ_KZ2540791.1344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540011.1345.fna -queryname NZ_KZ2540011.1345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540011.1345.fna -queryname NZ_KZ2540011.1345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540011.1345.fna -queryname NZ_KZ2540011.1345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540141.1346.fna -queryname NZ_KZ2540141.1346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540141.1346.fna -queryname NZ_KZ2540141.1346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540141.1346.fna -queryname NZ_KZ2540141.1346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540471.1347.fna -queryname NZ_KZ2540471.1347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540471.1347.fna -queryname NZ_KZ2540471.1347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540471.1347.fna -queryname NZ_KZ2540471.1347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.fna -queryname NZ_KZ2539891.1348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.fna -queryname NZ_KZ2539891.1348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.fna -queryname NZ_KZ2539891.1348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.AOI.fna -queryname NZ_KZ2539891.1348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539891.1348.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KZ2539891.1348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KZ2539891.1348.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588711.134.fna -queryname NZ_KI2588711.134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588711.134.fna -queryname NZ_KI2588711.134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588711.134.fna -queryname NZ_KI2588711.134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540781.1349.fna -queryname NZ_KZ2540781.1349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540781.1349.fna -queryname NZ_KZ2540781.1349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540781.1349.fna -queryname NZ_KZ2540781.1349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540601.1350.fna -queryname NZ_KZ2540601.1350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540601.1350.fna -queryname NZ_KZ2540601.1350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540601.1350.fna -queryname NZ_KZ2540601.1350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540041.1351.fna -queryname NZ_KZ2540041.1351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540041.1351.fna -queryname NZ_KZ2540041.1351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540041.1351.fna -queryname NZ_KZ2540041.1351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540131.1352.fna -queryname NZ_KZ2540131.1352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540131.1352.fna -queryname NZ_KZ2540131.1352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540131.1352.fna -queryname NZ_KZ2540131.1352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540441.1353.fna -queryname NZ_KZ2540441.1353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540441.1353.fna -queryname NZ_KZ2540441.1353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540441.1353.fna -queryname NZ_KZ2540441.1353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539761.1354.fna -queryname NZ_KZ2539761.1354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539761.1354.fna -queryname NZ_KZ2539761.1354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539761.1354.fna -queryname NZ_KZ2539761.1354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540821.1355.fna -queryname NZ_KZ2540821.1355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540821.1355.fna -queryname NZ_KZ2540821.1355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540821.1355.fna -queryname NZ_KZ2540821.1355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539751.1356.fna -queryname NZ_KZ2539751.1356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539751.1356.fna -queryname NZ_KZ2539751.1356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539751.1356.fna -queryname NZ_KZ2539751.1356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540631.1357.fna -queryname NZ_KZ2540631.1357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540631.1357.fna -queryname NZ_KZ2540631.1357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540631.1357.fna -queryname NZ_KZ2540631.1357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539861.1358.fna -queryname NZ_KZ2539861.1358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539861.1358.fna -queryname NZ_KZ2539861.1358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539861.1358.fna -queryname NZ_KZ2539861.1358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589641.135.fna -queryname NZ_KI2589641.135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589641.135.fna -queryname NZ_KI2589641.135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589641.135.fna -queryname NZ_KI2589641.135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540681.1359.fna -queryname NZ_KZ2540681.1359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540681.1359.fna -queryname NZ_KZ2540681.1359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540681.1359.fna -queryname NZ_KZ2540681.1359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540621.1360.fna -queryname NZ_KZ2540621.1360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540621.1360.fna -queryname NZ_KZ2540621.1360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540621.1360.fna -queryname NZ_KZ2540621.1360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540541.1361.fna -queryname NZ_KZ2540541.1361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540541.1361.fna -queryname NZ_KZ2540541.1361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540541.1361.fna -queryname NZ_KZ2540541.1361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540201.1362.fna -queryname NZ_KZ2540201.1362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540201.1362.fna -queryname NZ_KZ2540201.1362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540201.1362.fna -queryname NZ_KZ2540201.1362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540231.1363.fna -queryname NZ_KZ2540231.1363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540231.1363.fna -queryname NZ_KZ2540231.1363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540231.1363.fna -queryname NZ_KZ2540231.1363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540401.1364.fna -queryname NZ_KZ2540401.1364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540401.1364.fna -queryname NZ_KZ2540401.1364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540401.1364.fna -queryname NZ_KZ2540401.1364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540171.1365.fna -queryname NZ_KZ2540171.1365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540171.1365.fna -queryname NZ_KZ2540171.1365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540171.1365.fna -queryname NZ_KZ2540171.1365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539771.1366.fna -queryname NZ_KZ2539771.1366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539771.1366.fna -queryname NZ_KZ2539771.1366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539771.1366.fna -queryname NZ_KZ2539771.1366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540001.1367.fna -queryname NZ_KZ2540001.1367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540001.1367.fna -queryname NZ_KZ2540001.1367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540001.1367.fna -queryname NZ_KZ2540001.1367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540691.1368.fna -queryname NZ_KZ2540691.1368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540691.1368.fna -queryname NZ_KZ2540691.1368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540691.1368.fna -queryname NZ_KZ2540691.1368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588951.136.fna -queryname NZ_KI2588951.136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588951.136.fna -queryname NZ_KI2588951.136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588951.136.fna -queryname NZ_KI2588951.136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540101.1369.fna -queryname NZ_KZ2540101.1369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540101.1369.fna -queryname NZ_KZ2540101.1369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540101.1369.fna -queryname NZ_KZ2540101.1369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540671.1370.fna -queryname NZ_KZ2540671.1370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540671.1370.fna -queryname NZ_KZ2540671.1370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540671.1370.fna -queryname NZ_KZ2540671.1370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540021.1371.fna -queryname NZ_KZ2540021.1371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540021.1371.fna -queryname NZ_KZ2540021.1371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540021.1371.fna -queryname NZ_KZ2540021.1371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539901.1372.fna -queryname NZ_KZ2539901.1372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539901.1372.fna -queryname NZ_KZ2539901.1372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539901.1372.fna -queryname NZ_KZ2539901.1372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540871.1373.fna -queryname NZ_KZ2540871.1373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540871.1373.fna -queryname NZ_KZ2540871.1373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540871.1373.fna -queryname NZ_KZ2540871.1373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540651.1374.fna -queryname NZ_KZ2540651.1374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540651.1374.fna -queryname NZ_KZ2540651.1374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540651.1374.fna -queryname NZ_KZ2540651.1374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540751.1375.fna -queryname NZ_KZ2540751.1375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540751.1375.fna -queryname NZ_KZ2540751.1375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540751.1375.fna -queryname NZ_KZ2540751.1375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540181.1376.fna -queryname NZ_KZ2540181.1376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540181.1376.fna -queryname NZ_KZ2540181.1376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540181.1376.fna -queryname NZ_KZ2540181.1376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540481.1377.fna -queryname NZ_KZ2540481.1377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540481.1377.fna -queryname NZ_KZ2540481.1377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540481.1377.fna -queryname NZ_KZ2540481.1377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540731.1378.fna -queryname NZ_KZ2540731.1378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540731.1378.fna -queryname NZ_KZ2540731.1378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540731.1378.fna -queryname NZ_KZ2540731.1378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588491.137.fna -queryname NZ_KI2588491.137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588491.137.fna -queryname NZ_KI2588491.137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588491.137.fna -queryname NZ_KI2588491.137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540261.1379.fna -queryname NZ_KZ2540261.1379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540261.1379.fna -queryname NZ_KZ2540261.1379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540261.1379.fna -queryname NZ_KZ2540261.1379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540361.1380.fna -queryname NZ_KZ2540361.1380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540361.1380.fna -queryname NZ_KZ2540361.1380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540361.1380.fna -queryname NZ_KZ2540361.1380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539941.1381.fna -queryname NZ_KZ2539941.1381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539941.1381.fna -queryname NZ_KZ2539941.1381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539941.1381.fna -queryname NZ_KZ2539941.1381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540561.1382.fna -queryname NZ_KZ2540561.1382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540561.1382.fna -queryname NZ_KZ2540561.1382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540561.1382.fna -queryname NZ_KZ2540561.1382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539851.1383.fna -queryname NZ_KZ2539851.1383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539851.1383.fna -queryname NZ_KZ2539851.1383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539851.1383.fna -queryname NZ_KZ2539851.1383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540531.1384.fna -queryname NZ_KZ2540531.1384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540531.1384.fna -queryname NZ_KZ2540531.1384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540531.1384.fna -queryname NZ_KZ2540531.1384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540761.1385.fna -queryname NZ_KZ2540761.1385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540761.1385.fna -queryname NZ_KZ2540761.1385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540761.1385.fna -queryname NZ_KZ2540761.1385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540701.1386.fna -queryname NZ_KZ2540701.1386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540701.1386.fna -queryname NZ_KZ2540701.1386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540701.1386.fna -queryname NZ_KZ2540701.1386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540861.1387.fna -queryname NZ_KZ2540861.1387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540861.1387.fna -queryname NZ_KZ2540861.1387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540861.1387.fna -queryname NZ_KZ2540861.1387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540491.1388.fna -queryname NZ_KZ2540491.1388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540491.1388.fna -queryname NZ_KZ2540491.1388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540491.1388.fna -queryname NZ_KZ2540491.1388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589191.138.fna -queryname NZ_KI2589191.138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589191.138.fna -queryname NZ_KI2589191.138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589191.138.fna -queryname NZ_KI2589191.138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539691.1389.fna -queryname NZ_KZ2539691.1389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539691.1389.fna -queryname NZ_KZ2539691.1389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539691.1389.fna -queryname NZ_KZ2539691.1389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539811.1390.fna -queryname NZ_KZ2539811.1390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539811.1390.fna -queryname NZ_KZ2539811.1390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539811.1390.fna -queryname NZ_KZ2539811.1390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540271.1391.fna -queryname NZ_KZ2540271.1391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540271.1391.fna -queryname NZ_KZ2540271.1391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540271.1391.fna -queryname NZ_KZ2540271.1391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540351.1392.fna -queryname NZ_KZ2540351.1392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540351.1392.fna -queryname NZ_KZ2540351.1392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540351.1392.fna -queryname NZ_KZ2540351.1392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540341.1393.fna -queryname NZ_KZ2540341.1393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540341.1393.fna -queryname NZ_KZ2540341.1393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540341.1393.fna -queryname NZ_KZ2540341.1393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539721.1394.fna -queryname NZ_KZ2539721.1394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539721.1394.fna -queryname NZ_KZ2539721.1394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539721.1394.fna -queryname NZ_KZ2539721.1394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540321.1395.fna -queryname NZ_KZ2540321.1395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540321.1395.fna -queryname NZ_KZ2540321.1395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540321.1395.fna -queryname NZ_KZ2540321.1395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540241.1396.fna -queryname NZ_KZ2540241.1396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540241.1396.fna -queryname NZ_KZ2540241.1396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540241.1396.fna -queryname NZ_KZ2540241.1396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540331.1397.fna -queryname NZ_KZ2540331.1397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540331.1397.fna -queryname NZ_KZ2540331.1397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540331.1397.fna -queryname NZ_KZ2540331.1397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540841.1398.fna -queryname NZ_KZ2540841.1398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540841.1398.fna -queryname NZ_KZ2540841.1398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540841.1398.fna -queryname NZ_KZ2540841.1398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000521.13.fna -queryname NZ_AJZS010000521.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000521.13.fna -queryname NZ_AJZS010000521.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000521.13.fna -queryname NZ_AJZS010000521.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589071.139.fna -queryname NZ_KI2589071.139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589071.139.fna -queryname NZ_KI2589071.139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589071.139.fna -queryname NZ_KI2589071.139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540121.1399.fna -queryname NZ_KZ2540121.1399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540121.1399.fna -queryname NZ_KZ2540121.1399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540121.1399.fna -queryname NZ_KZ2540121.1399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540661.1400.fna -queryname NZ_KZ2540661.1400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540661.1400.fna -queryname NZ_KZ2540661.1400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540661.1400.fna -queryname NZ_KZ2540661.1400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539971.1401.fna -queryname NZ_KZ2539971.1401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539971.1401.fna -queryname NZ_KZ2539971.1401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539971.1401.fna -queryname NZ_KZ2539971.1401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540721.1402.fna -queryname NZ_KZ2540721.1402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540721.1402.fna -queryname NZ_KZ2540721.1402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540721.1402.fna -queryname NZ_KZ2540721.1402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539781.1403.fna -queryname NZ_KZ2539781.1403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539781.1403.fna -queryname NZ_KZ2539781.1403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539781.1403.fna -queryname NZ_KZ2539781.1403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540581.1404.fna -queryname NZ_KZ2540581.1404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540581.1404.fna -queryname NZ_KZ2540581.1404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540581.1404.fna -queryname NZ_KZ2540581.1404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540411.1405.fna -queryname NZ_KZ2540411.1405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540411.1405.fna -queryname NZ_KZ2540411.1405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540411.1405.fna -queryname NZ_KZ2540411.1405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540391.1406.fna -queryname NZ_KZ2540391.1406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540391.1406.fna -queryname NZ_KZ2540391.1406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540391.1406.fna -queryname NZ_KZ2540391.1406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540831.1407.fna -queryname NZ_KZ2540831.1407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540831.1407.fna -queryname NZ_KZ2540831.1407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540831.1407.fna -queryname NZ_KZ2540831.1407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540091.1408.fna -queryname NZ_KZ2540091.1408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540091.1408.fna -queryname NZ_KZ2540091.1408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540091.1408.fna -queryname NZ_KZ2540091.1408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588721.140.fna -queryname NZ_KI2588721.140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588721.140.fna -queryname NZ_KI2588721.140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588721.140.fna -queryname NZ_KI2588721.140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539731.1409.fna -queryname NZ_KZ2539731.1409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539731.1409.fna -queryname NZ_KZ2539731.1409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539731.1409.fna -queryname NZ_KZ2539731.1409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539921.1410.fna -queryname NZ_KZ2539921.1410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539921.1410.fna -queryname NZ_KZ2539921.1410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539921.1410.fna -queryname NZ_KZ2539921.1410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540151.1411.fna -queryname NZ_KZ2540151.1411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540151.1411.fna -queryname NZ_KZ2540151.1411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540151.1411.fna -queryname NZ_KZ2540151.1411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540801.1412.fna -queryname NZ_KZ2540801.1412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540801.1412.fna -queryname NZ_KZ2540801.1412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540801.1412.fna -queryname NZ_KZ2540801.1412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540521.1413.fna -queryname NZ_KZ2540521.1413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540521.1413.fna -queryname NZ_KZ2540521.1413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540521.1413.fna -queryname NZ_KZ2540521.1413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539831.1414.fna -queryname NZ_KZ2539831.1414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539831.1414.fna -queryname NZ_KZ2539831.1414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539831.1414.fna -queryname NZ_KZ2539831.1414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539741.1415.fna -queryname NZ_KZ2539741.1415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539741.1415.fna -queryname NZ_KZ2539741.1415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539741.1415.fna -queryname NZ_KZ2539741.1415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540431.1416.fna -queryname NZ_KZ2540431.1416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540431.1416.fna -queryname NZ_KZ2540431.1416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540431.1416.fna -queryname NZ_KZ2540431.1416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540851.1417.fna -queryname NZ_KZ2540851.1417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540851.1417.fna -queryname NZ_KZ2540851.1417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540851.1417.fna -queryname NZ_KZ2540851.1417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540611.1418.fna -queryname NZ_KZ2540611.1418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540611.1418.fna -queryname NZ_KZ2540611.1418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540611.1418.fna -queryname NZ_KZ2540611.1418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588411.141.fna -queryname NZ_KI2588411.141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588411.141.fna -queryname NZ_KI2588411.141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588411.141.fna -queryname NZ_KI2588411.141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540461.1419.fna -queryname NZ_KZ2540461.1419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540461.1419.fna -queryname NZ_KZ2540461.1419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540461.1419.fna -queryname NZ_KZ2540461.1419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540301.1420.fna -queryname NZ_KZ2540301.1420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540301.1420.fna -queryname NZ_KZ2540301.1420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540301.1420.fna -queryname NZ_KZ2540301.1420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540381.1421.fna -queryname NZ_KZ2540381.1421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540381.1421.fna -queryname NZ_KZ2540381.1421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540381.1421.fna -queryname NZ_KZ2540381.1421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540311.1422.fna -queryname NZ_KZ2540311.1422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540311.1422.fna -queryname NZ_KZ2540311.1422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540311.1422.fna -queryname NZ_KZ2540311.1422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540551.1423.fna -queryname NZ_KZ2540551.1423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540551.1423.fna -queryname NZ_KZ2540551.1423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540551.1423.fna -queryname NZ_KZ2540551.1423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540281.1424.fna -queryname NZ_KZ2540281.1424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540281.1424.fna -queryname NZ_KZ2540281.1424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540281.1424.fna -queryname NZ_KZ2540281.1424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539931.1425.fna -queryname NZ_KZ2539931.1425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539931.1425.fna -queryname NZ_KZ2539931.1425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539931.1425.fna -queryname NZ_KZ2539931.1425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539841.1426.fna -queryname NZ_KZ2539841.1426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539841.1426.fna -queryname NZ_KZ2539841.1426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539841.1426.fna -queryname NZ_KZ2539841.1426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540501.1427.fna -queryname NZ_KZ2540501.1427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540501.1427.fna -queryname NZ_KZ2540501.1427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540501.1427.fna -queryname NZ_KZ2540501.1427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539911.1428.fna -queryname NZ_KZ2539911.1428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539911.1428.fna -queryname NZ_KZ2539911.1428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539911.1428.fna -queryname NZ_KZ2539911.1428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588971.142.fna -queryname NZ_KI2588971.142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588971.142.fna -queryname NZ_KI2588971.142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588971.142.fna -queryname NZ_KI2588971.142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540881.1429.fna -queryname NZ_KZ2540881.1429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540881.1429.fna -queryname NZ_KZ2540881.1429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540881.1429.fna -queryname NZ_KZ2540881.1429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539711.1430.fna -queryname NZ_KZ2539711.1430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539711.1430.fna -queryname NZ_KZ2539711.1430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539711.1430.fna -queryname NZ_KZ2539711.1430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540111.1431.fna -queryname NZ_KZ2540111.1431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540111.1431.fna -queryname NZ_KZ2540111.1431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540111.1431.fna -queryname NZ_KZ2540111.1431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539881.1432.fna -queryname NZ_KZ2539881.1432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539881.1432.fna -queryname NZ_KZ2539881.1432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539881.1432.fna -queryname NZ_KZ2539881.1432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540771.1433.fna -queryname NZ_KZ2540771.1433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540771.1433.fna -queryname NZ_KZ2540771.1433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540771.1433.fna -queryname NZ_KZ2540771.1433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540031.1434.fna -queryname NZ_KZ2540031.1434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540031.1434.fna -queryname NZ_KZ2540031.1434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540031.1434.fna -queryname NZ_KZ2540031.1434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540571.1435.fna -queryname NZ_KZ2540571.1435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540571.1435.fna -queryname NZ_KZ2540571.1435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540571.1435.fna -queryname NZ_KZ2540571.1435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540291.1436.fna -queryname NZ_KZ2540291.1436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540291.1436.fna -queryname NZ_KZ2540291.1436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540291.1436.fna -queryname NZ_KZ2540291.1436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540371.1437.fna -queryname NZ_KZ2540371.1437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540371.1437.fna -queryname NZ_KZ2540371.1437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540371.1437.fna -queryname NZ_KZ2540371.1437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540251.1438.fna -queryname NZ_KZ2540251.1438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540251.1438.fna -queryname NZ_KZ2540251.1438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540251.1438.fna -queryname NZ_KZ2540251.1438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588941.143.fna -queryname NZ_KI2588941.143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588941.143.fna -queryname NZ_KI2588941.143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588941.143.fna -queryname NZ_KI2588941.143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539951.1439.fna -queryname NZ_KZ2539951.1439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539951.1439.fna -queryname NZ_KZ2539951.1439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539951.1439.fna -queryname NZ_KZ2539951.1439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539791.1440.fna -queryname NZ_KZ2539791.1440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539791.1440.fna -queryname NZ_KZ2539791.1440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539791.1440.fna -queryname NZ_KZ2539791.1440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540221.1441.fna -queryname NZ_KZ2540221.1441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540221.1441.fna -queryname NZ_KZ2540221.1441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540221.1441.fna -queryname NZ_KZ2540221.1441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540421.1442.fna -queryname NZ_KZ2540421.1442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540421.1442.fna -queryname NZ_KZ2540421.1442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540421.1442.fna -queryname NZ_KZ2540421.1442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540511.1443.fna -queryname NZ_KZ2540511.1443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540511.1443.fna -queryname NZ_KZ2540511.1443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540511.1443.fna -queryname NZ_KZ2540511.1443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540071.1444.fna -queryname NZ_KZ2540071.1444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540071.1444.fna -queryname NZ_KZ2540071.1444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540071.1444.fna -queryname NZ_KZ2540071.1444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539991.1445.fna -queryname NZ_KZ2539991.1445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539991.1445.fna -queryname NZ_KZ2539991.1445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539991.1445.fna -queryname NZ_KZ2539991.1445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540081.1446.fna -queryname NZ_KZ2540081.1446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540081.1446.fna -queryname NZ_KZ2540081.1446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540081.1446.fna -queryname NZ_KZ2540081.1446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540641.1447.fna -queryname NZ_KZ2540641.1447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540641.1447.fna -queryname NZ_KZ2540641.1447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540641.1447.fna -queryname NZ_KZ2540641.1447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539821.1448.fna -queryname NZ_KZ2539821.1448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539821.1448.fna -queryname NZ_KZ2539821.1448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539821.1448.fna -queryname NZ_KZ2539821.1448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588671.144.fna -queryname NZ_KI2588671.144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588671.144.fna -queryname NZ_KI2588671.144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588671.144.fna -queryname NZ_KI2588671.144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540811.1449.fna -queryname NZ_KZ2540811.1449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540811.1449.fna -queryname NZ_KZ2540811.1449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540811.1449.fna -queryname NZ_KZ2540811.1449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540061.1450.fna -queryname NZ_KZ2540061.1450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540061.1450.fna -queryname NZ_KZ2540061.1450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540061.1450.fna -queryname NZ_KZ2540061.1450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539961.1451.fna -queryname NZ_KZ2539961.1451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539961.1451.fna -queryname NZ_KZ2539961.1451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2539961.1451.fna -queryname NZ_KZ2539961.1451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540451.1452.fna -queryname NZ_KZ2540451.1452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540451.1452.fna -queryname NZ_KZ2540451.1452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KZ2540451.1452.fna -queryname NZ_KZ2540451.1452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000251.1453.fna -queryname NZ_NSLL010000251.1453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000251.1453.fna -queryname NZ_NSLL010000251.1453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000251.1453.fna -queryname NZ_NSLL010000251.1453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000271.1454.fna -queryname NZ_NSLL010000271.1454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000271.1454.fna -queryname NZ_NSLL010000271.1454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000271.1454.fna -queryname NZ_NSLL010000271.1454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000191.1455.fna -queryname NZ_NSLL010000191.1455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000191.1455.fna -queryname NZ_NSLL010000191.1455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000191.1455.fna -queryname NZ_NSLL010000191.1455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000421.1456.fna -queryname NZ_NSLL010000421.1456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000421.1456.fna -queryname NZ_NSLL010000421.1456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000421.1456.fna -queryname NZ_NSLL010000421.1456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000071.1457.fna -queryname NZ_NSLL010000071.1457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000071.1457.fna -queryname NZ_NSLL010000071.1457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000071.1457.fna -queryname NZ_NSLL010000071.1457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000311.1458.fna -queryname NZ_NSLL010000311.1458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000311.1458.fna -queryname NZ_NSLL010000311.1458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000311.1458.fna -queryname NZ_NSLL010000311.1458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589141.145.fna -queryname NZ_KI2589141.145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589141.145.fna -queryname NZ_KI2589141.145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589141.145.fna -queryname NZ_KI2589141.145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000581.1459.fna -queryname NZ_NSLL010000581.1459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000581.1459.fna -queryname NZ_NSLL010000581.1459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000581.1459.fna -queryname NZ_NSLL010000581.1459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000061.1460.fna -queryname NZ_NSLL010000061.1460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000061.1460.fna -queryname NZ_NSLL010000061.1460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000061.1460.fna -queryname NZ_NSLL010000061.1460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000221.1461.fna -queryname NZ_NSLL010000221.1461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000221.1461.fna -queryname NZ_NSLL010000221.1461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000221.1461.fna -queryname NZ_NSLL010000221.1461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000041.1462.fna -queryname NZ_NSLL010000041.1462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000041.1462.fna -queryname NZ_NSLL010000041.1462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000041.1462.fna -queryname NZ_NSLL010000041.1462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000231.1463.fna -queryname NZ_NSLL010000231.1463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000231.1463.fna -queryname NZ_NSLL010000231.1463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000231.1463.fna -queryname NZ_NSLL010000231.1463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000371.1464.fna -queryname NZ_NSLL010000371.1464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000371.1464.fna -queryname NZ_NSLL010000371.1464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000371.1464.fna -queryname NZ_NSLL010000371.1464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000561.1465.fna -queryname NZ_NSLL010000561.1465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000561.1465.fna -queryname NZ_NSLL010000561.1465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000561.1465.fna -queryname NZ_NSLL010000561.1465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000431.1466.fna -queryname NZ_NSLL010000431.1466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000431.1466.fna -queryname NZ_NSLL010000431.1466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000431.1466.fna -queryname NZ_NSLL010000431.1466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000471.1467.fna -queryname NZ_NSLL010000471.1467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000471.1467.fna -queryname NZ_NSLL010000471.1467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000471.1467.fna -queryname NZ_NSLL010000471.1467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.fna -queryname NZ_NSLL010000521.1468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.fna -queryname NZ_NSLL010000521.1468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.fna -queryname NZ_NSLL010000521.1468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.AOI.fna -queryname NZ_NSLL010000521.1468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000521.1468.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLL010000521.1468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLL010000521.1468.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589101.146.fna -queryname NZ_KI2589101.146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589101.146.fna -queryname NZ_KI2589101.146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589101.146.fna -queryname NZ_KI2589101.146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000301.1469.fna -queryname NZ_NSLL010000301.1469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000301.1469.fna -queryname NZ_NSLL010000301.1469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000301.1469.fna -queryname NZ_NSLL010000301.1469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000131.1470.fna -queryname NZ_NSLL010000131.1470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000131.1470.fna -queryname NZ_NSLL010000131.1470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000131.1470.fna -queryname NZ_NSLL010000131.1470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000361.1471.fna -queryname NZ_NSLL010000361.1471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000361.1471.fna -queryname NZ_NSLL010000361.1471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000361.1471.fna -queryname NZ_NSLL010000361.1471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000201.1472.fna -queryname NZ_NSLL010000201.1472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000201.1472.fna -queryname NZ_NSLL010000201.1472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000201.1472.fna -queryname NZ_NSLL010000201.1472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000021.1473.fna -queryname NZ_NSLL010000021.1473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000021.1473.fna -queryname NZ_NSLL010000021.1473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000021.1473.fna -queryname NZ_NSLL010000021.1473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000241.1474.fna -queryname NZ_NSLL010000241.1474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000241.1474.fna -queryname NZ_NSLL010000241.1474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000241.1474.fna -queryname NZ_NSLL010000241.1474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000141.1475.fna -queryname NZ_NSLL010000141.1475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000141.1475.fna -queryname NZ_NSLL010000141.1475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000141.1475.fna -queryname NZ_NSLL010000141.1475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000571.1476.fna -queryname NZ_NSLL010000571.1476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000571.1476.fna -queryname NZ_NSLL010000571.1476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000571.1476.fna -queryname NZ_NSLL010000571.1476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000491.1477.fna -queryname NZ_NSLL010000491.1477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000491.1477.fna -queryname NZ_NSLL010000491.1477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000491.1477.fna -queryname NZ_NSLL010000491.1477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000331.1478.fna -queryname NZ_NSLL010000331.1478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000331.1478.fna -queryname NZ_NSLL010000331.1478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000331.1478.fna -queryname NZ_NSLL010000331.1478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589211.147.fna -queryname NZ_KI2589211.147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589211.147.fna -queryname NZ_KI2589211.147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589211.147.fna -queryname NZ_KI2589211.147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000161.1479.fna -queryname NZ_NSLL010000161.1479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000161.1479.fna -queryname NZ_NSLL010000161.1479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000161.1479.fna -queryname NZ_NSLL010000161.1479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000211.1480.fna -queryname NZ_NSLL010000211.1480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000211.1480.fna -queryname NZ_NSLL010000211.1480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000211.1480.fna -queryname NZ_NSLL010000211.1480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000541.1481.fna -queryname NZ_NSLL010000541.1481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000541.1481.fna -queryname NZ_NSLL010000541.1481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000541.1481.fna -queryname NZ_NSLL010000541.1481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000391.1482.fna -queryname NZ_NSLL010000391.1482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000391.1482.fna -queryname NZ_NSLL010000391.1482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000391.1482.fna -queryname NZ_NSLL010000391.1482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000151.1483.fna -queryname NZ_NSLL010000151.1483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000151.1483.fna -queryname NZ_NSLL010000151.1483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000151.1483.fna -queryname NZ_NSLL010000151.1483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000091.1484.fna -queryname NZ_NSLL010000091.1484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000091.1484.fna -queryname NZ_NSLL010000091.1484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000091.1484.fna -queryname NZ_NSLL010000091.1484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000051.1485.fna -queryname NZ_NSLL010000051.1485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000051.1485.fna -queryname NZ_NSLL010000051.1485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000051.1485.fna -queryname NZ_NSLL010000051.1485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000321.1486.fna -queryname NZ_NSLL010000321.1486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000321.1486.fna -queryname NZ_NSLL010000321.1486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000321.1486.fna -queryname NZ_NSLL010000321.1486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000401.1487.fna -queryname NZ_NSLL010000401.1487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000401.1487.fna -queryname NZ_NSLL010000401.1487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000401.1487.fna -queryname NZ_NSLL010000401.1487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000341.1488.fna -queryname NZ_NSLL010000341.1488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000341.1488.fna -queryname NZ_NSLL010000341.1488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000341.1488.fna -queryname NZ_NSLL010000341.1488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589631.148.fna -queryname NZ_KI2589631.148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589631.148.fna -queryname NZ_KI2589631.148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589631.148.fna -queryname NZ_KI2589631.148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000351.1489.fna -queryname NZ_NSLL010000351.1489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000351.1489.fna -queryname NZ_NSLL010000351.1489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000351.1489.fna -queryname NZ_NSLL010000351.1489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000451.1490.fna -queryname NZ_NSLL010000451.1490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000451.1490.fna -queryname NZ_NSLL010000451.1490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000451.1490.fna -queryname NZ_NSLL010000451.1490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000381.1491.fna -queryname NZ_NSLL010000381.1491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000381.1491.fna -queryname NZ_NSLL010000381.1491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000381.1491.fna -queryname NZ_NSLL010000381.1491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000291.1492.fna -queryname NZ_NSLL010000291.1492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000291.1492.fna -queryname NZ_NSLL010000291.1492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000291.1492.fna -queryname NZ_NSLL010000291.1492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000511.1493.fna -queryname NZ_NSLL010000511.1493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000511.1493.fna -queryname NZ_NSLL010000511.1493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000511.1493.fna -queryname NZ_NSLL010000511.1493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000281.1494.fna -queryname NZ_NSLL010000281.1494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000281.1494.fna -queryname NZ_NSLL010000281.1494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000281.1494.fna -queryname NZ_NSLL010000281.1494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000531.1495.fna -queryname NZ_NSLL010000531.1495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000531.1495.fna -queryname NZ_NSLL010000531.1495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000531.1495.fna -queryname NZ_NSLL010000531.1495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000261.1496.fna -queryname NZ_NSLL010000261.1496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000261.1496.fna -queryname NZ_NSLL010000261.1496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000261.1496.fna -queryname NZ_NSLL010000261.1496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000181.1497.fna -queryname NZ_NSLL010000181.1497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000181.1497.fna -queryname NZ_NSLL010000181.1497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000181.1497.fna -queryname NZ_NSLL010000181.1497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000011.1498.fna -queryname NZ_NSLL010000011.1498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000011.1498.fna -queryname NZ_NSLL010000011.1498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000011.1498.fna -queryname NZ_NSLL010000011.1498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001001.14.fna -queryname NZ_AJZS010001001.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001001.14.fna -queryname NZ_AJZS010001001.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001001.14.fna -queryname NZ_AJZS010001001.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588901.149.fna -queryname NZ_KI2588901.149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588901.149.fna -queryname NZ_KI2588901.149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588901.149.fna -queryname NZ_KI2588901.149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000441.1499.fna -queryname NZ_NSLL010000441.1499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000441.1499.fna -queryname NZ_NSLL010000441.1499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000441.1499.fna -queryname NZ_NSLL010000441.1499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000551.1500.fna -queryname NZ_NSLL010000551.1500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000551.1500.fna -queryname NZ_NSLL010000551.1500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000551.1500.fna -queryname NZ_NSLL010000551.1500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000501.1501.fna -queryname NZ_NSLL010000501.1501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000501.1501.fna -queryname NZ_NSLL010000501.1501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000501.1501.fna -queryname NZ_NSLL010000501.1501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000461.1502.fna -queryname NZ_NSLL010000461.1502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000461.1502.fna -queryname NZ_NSLL010000461.1502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000461.1502.fna -queryname NZ_NSLL010000461.1502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000591.1503.fna -queryname NZ_NSLL010000591.1503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000591.1503.fna -queryname NZ_NSLL010000591.1503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000591.1503.fna -queryname NZ_NSLL010000591.1503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000121.1504.fna -queryname NZ_NSLL010000121.1504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000121.1504.fna -queryname NZ_NSLL010000121.1504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000121.1504.fna -queryname NZ_NSLL010000121.1504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000481.1505.fna -queryname NZ_NSLL010000481.1505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000481.1505.fna -queryname NZ_NSLL010000481.1505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000481.1505.fna -queryname NZ_NSLL010000481.1505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000031.1506.fna -queryname NZ_NSLL010000031.1506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000031.1506.fna -queryname NZ_NSLL010000031.1506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000031.1506.fna -queryname NZ_NSLL010000031.1506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000101.1507.fna -queryname NZ_NSLL010000101.1507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000101.1507.fna -queryname NZ_NSLL010000101.1507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000101.1507.fna -queryname NZ_NSLL010000101.1507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000411.1508.fna -queryname NZ_NSLL010000411.1508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000411.1508.fna -queryname NZ_NSLL010000411.1508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000411.1508.fna -queryname NZ_NSLL010000411.1508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588631.150.fna -queryname NZ_KI2588631.150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588631.150.fna -queryname NZ_KI2588631.150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588631.150.fna -queryname NZ_KI2588631.150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000111.1509.fna -queryname NZ_NSLL010000111.1509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000111.1509.fna -queryname NZ_NSLL010000111.1509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000111.1509.fna -queryname NZ_NSLL010000111.1509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010001191.1510.fna -queryname NZ_NSLL010001191.1510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010001191.1510.fna -queryname NZ_NSLL010001191.1510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010001191.1510.fna -queryname NZ_NSLL010001191.1510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000081.1511.fna -queryname NZ_NSLL010000081.1511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000081.1511.fna -queryname NZ_NSLL010000081.1511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000081.1511.fna -queryname NZ_NSLL010000081.1511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000171.1512.fna -queryname NZ_NSLL010000171.1512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000171.1512.fna -queryname NZ_NSLL010000171.1512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLL010000171.1512.fna -queryname NZ_NSLL010000171.1512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000331.1513.fna -queryname NZ_NSLN010000331.1513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000331.1513.fna -queryname NZ_NSLN010000331.1513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000331.1513.fna -queryname NZ_NSLN010000331.1513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000631.1514.fna -queryname NZ_NSLN010000631.1514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000631.1514.fna -queryname NZ_NSLN010000631.1514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000631.1514.fna -queryname NZ_NSLN010000631.1514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000721.1515.fna -queryname NZ_NSLN010000721.1515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000721.1515.fna -queryname NZ_NSLN010000721.1515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000721.1515.fna -queryname NZ_NSLN010000721.1515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000571.1516.fna -queryname NZ_NSLN010000571.1516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000571.1516.fna -queryname NZ_NSLN010000571.1516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000571.1516.fna -queryname NZ_NSLN010000571.1516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000401.1517.fna -queryname NZ_NSLN010000401.1517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000401.1517.fna -queryname NZ_NSLN010000401.1517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000401.1517.fna -queryname NZ_NSLN010000401.1517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000341.1518.fna -queryname NZ_NSLN010000341.1518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000341.1518.fna -queryname NZ_NSLN010000341.1518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000341.1518.fna -queryname NZ_NSLN010000341.1518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588461.151.fna -queryname NZ_KI2588461.151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588461.151.fna -queryname NZ_KI2588461.151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588461.151.fna -queryname NZ_KI2588461.151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000111.1519.fna -queryname NZ_NSLN010000111.1519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000111.1519.fna -queryname NZ_NSLN010000111.1519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000111.1519.fna -queryname NZ_NSLN010000111.1519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000151.1520.fna -queryname NZ_NSLN010000151.1520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000151.1520.fna -queryname NZ_NSLN010000151.1520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000151.1520.fna -queryname NZ_NSLN010000151.1520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000481.1521.fna -queryname NZ_NSLN010000481.1521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000481.1521.fna -queryname NZ_NSLN010000481.1521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000481.1521.fna -queryname NZ_NSLN010000481.1521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000661.1522.fna -queryname NZ_NSLN010000661.1522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000661.1522.fna -queryname NZ_NSLN010000661.1522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000661.1522.fna -queryname NZ_NSLN010000661.1522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000521.1523.fna -queryname NZ_NSLN010000521.1523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000521.1523.fna -queryname NZ_NSLN010000521.1523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000521.1523.fna -queryname NZ_NSLN010000521.1523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000411.1524.fna -queryname NZ_NSLN010000411.1524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000411.1524.fna -queryname NZ_NSLN010000411.1524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000411.1524.fna -queryname NZ_NSLN010000411.1524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000361.1525.fna -queryname NZ_NSLN010000361.1525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000361.1525.fna -queryname NZ_NSLN010000361.1525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000361.1525.fna -queryname NZ_NSLN010000361.1525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000291.1526.fna -queryname NZ_NSLN010000291.1526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000291.1526.fna -queryname NZ_NSLN010000291.1526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000291.1526.fna -queryname NZ_NSLN010000291.1526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000561.1527.fna -queryname NZ_NSLN010000561.1527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000561.1527.fna -queryname NZ_NSLN010000561.1527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000561.1527.fna -queryname NZ_NSLN010000561.1527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000351.1528.fna -queryname NZ_NSLN010000351.1528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000351.1528.fna -queryname NZ_NSLN010000351.1528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000351.1528.fna -queryname NZ_NSLN010000351.1528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589281.152.fna -queryname NZ_KI2589281.152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589281.152.fna -queryname NZ_KI2589281.152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589281.152.fna -queryname NZ_KI2589281.152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.fna -queryname NZ_NSLN010000011.1529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.fna -queryname NZ_NSLN010000011.1529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.fna -queryname NZ_NSLN010000011.1529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.AOI.fna -queryname NZ_NSLN010000011.1529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000011.1529.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLN010000011.1529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLN010000011.1529.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000431.1530.fna -queryname NZ_NSLN010000431.1530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000431.1530.fna -queryname NZ_NSLN010000431.1530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000431.1530.fna -queryname NZ_NSLN010000431.1530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000591.1531.fna -queryname NZ_NSLN010000591.1531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000591.1531.fna -queryname NZ_NSLN010000591.1531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000591.1531.fna -queryname NZ_NSLN010000591.1531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000651.1532.fna -queryname NZ_NSLN010000651.1532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000651.1532.fna -queryname NZ_NSLN010000651.1532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000651.1532.fna -queryname NZ_NSLN010000651.1532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000251.1533.fna -queryname NZ_NSLN010000251.1533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000251.1533.fna -queryname NZ_NSLN010000251.1533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000251.1533.fna -queryname NZ_NSLN010000251.1533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000191.1534.fna -queryname NZ_NSLN010000191.1534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000191.1534.fna -queryname NZ_NSLN010000191.1534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000191.1534.fna -queryname NZ_NSLN010000191.1534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000101.1535.fna -queryname NZ_NSLN010000101.1535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000101.1535.fna -queryname NZ_NSLN010000101.1535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000101.1535.fna -queryname NZ_NSLN010000101.1535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000391.1536.fna -queryname NZ_NSLN010000391.1536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000391.1536.fna -queryname NZ_NSLN010000391.1536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000391.1536.fna -queryname NZ_NSLN010000391.1536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000511.1537.fna -queryname NZ_NSLN010000511.1537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000511.1537.fna -queryname NZ_NSLN010000511.1537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000511.1537.fna -queryname NZ_NSLN010000511.1537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000281.1538.fna -queryname NZ_NSLN010000281.1538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000281.1538.fna -queryname NZ_NSLN010000281.1538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000281.1538.fna -queryname NZ_NSLN010000281.1538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589811.153.fna -queryname NZ_KI2589811.153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589811.153.fna -queryname NZ_KI2589811.153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589811.153.fna -queryname NZ_KI2589811.153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000311.1539.fna -queryname NZ_NSLN010000311.1539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000311.1539.fna -queryname NZ_NSLN010000311.1539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000311.1539.fna -queryname NZ_NSLN010000311.1539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000641.1540.fna -queryname NZ_NSLN010000641.1540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000641.1540.fna -queryname NZ_NSLN010000641.1540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000641.1540.fna -queryname NZ_NSLN010000641.1540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000601.1541.fna -queryname NZ_NSLN010000601.1541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000601.1541.fna -queryname NZ_NSLN010000601.1541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000601.1541.fna -queryname NZ_NSLN010000601.1541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000081.1542.fna -queryname NZ_NSLN010000081.1542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000081.1542.fna -queryname NZ_NSLN010000081.1542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000081.1542.fna -queryname NZ_NSLN010000081.1542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000221.1543.fna -queryname NZ_NSLN010000221.1543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000221.1543.fna -queryname NZ_NSLN010000221.1543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000221.1543.fna -queryname NZ_NSLN010000221.1543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000171.1544.fna -queryname NZ_NSLN010000171.1544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000171.1544.fna -queryname NZ_NSLN010000171.1544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000171.1544.fna -queryname NZ_NSLN010000171.1544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000711.1545.fna -queryname NZ_NSLN010000711.1545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000711.1545.fna -queryname NZ_NSLN010000711.1545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000711.1545.fna -queryname NZ_NSLN010000711.1545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000181.1546.fna -queryname NZ_NSLN010000181.1546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000181.1546.fna -queryname NZ_NSLN010000181.1546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000181.1546.fna -queryname NZ_NSLN010000181.1546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000141.1547.fna -queryname NZ_NSLN010000141.1547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000141.1547.fna -queryname NZ_NSLN010000141.1547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000141.1547.fna -queryname NZ_NSLN010000141.1547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000681.1548.fna -queryname NZ_NSLN010000681.1548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000681.1548.fna -queryname NZ_NSLN010000681.1548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000681.1548.fna -queryname NZ_NSLN010000681.1548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589251.154.fna -queryname NZ_KI2589251.154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589251.154.fna -queryname NZ_KI2589251.154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589251.154.fna -queryname NZ_KI2589251.154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000031.1549.fna -queryname NZ_NSLN010000031.1549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000031.1549.fna -queryname NZ_NSLN010000031.1549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000031.1549.fna -queryname NZ_NSLN010000031.1549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000671.1550.fna -queryname NZ_NSLN010000671.1550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000671.1550.fna -queryname NZ_NSLN010000671.1550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000671.1550.fna -queryname NZ_NSLN010000671.1550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000701.1551.fna -queryname NZ_NSLN010000701.1551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000701.1551.fna -queryname NZ_NSLN010000701.1551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000701.1551.fna -queryname NZ_NSLN010000701.1551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000091.1552.fna -queryname NZ_NSLN010000091.1552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000091.1552.fna -queryname NZ_NSLN010000091.1552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000091.1552.fna -queryname NZ_NSLN010000091.1552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000621.1553.fna -queryname NZ_NSLN010000621.1553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000621.1553.fna -queryname NZ_NSLN010000621.1553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000621.1553.fna -queryname NZ_NSLN010000621.1553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000581.1554.fna -queryname NZ_NSLN010000581.1554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000581.1554.fna -queryname NZ_NSLN010000581.1554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000581.1554.fna -queryname NZ_NSLN010000581.1554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000501.1555.fna -queryname NZ_NSLN010000501.1555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000501.1555.fna -queryname NZ_NSLN010000501.1555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000501.1555.fna -queryname NZ_NSLN010000501.1555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000161.1556.fna -queryname NZ_NSLN010000161.1556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000161.1556.fna -queryname NZ_NSLN010000161.1556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000161.1556.fna -queryname NZ_NSLN010000161.1556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000061.1557.fna -queryname NZ_NSLN010000061.1557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000061.1557.fna -queryname NZ_NSLN010000061.1557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000061.1557.fna -queryname NZ_NSLN010000061.1557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000551.1558.fna -queryname NZ_NSLN010000551.1558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000551.1558.fna -queryname NZ_NSLN010000551.1558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000551.1558.fna -queryname NZ_NSLN010000551.1558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589871.155.fna -queryname NZ_KI2589871.155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589871.155.fna -queryname NZ_KI2589871.155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589871.155.fna -queryname NZ_KI2589871.155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000611.1559.fna -queryname NZ_NSLN010000611.1559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000611.1559.fna -queryname NZ_NSLN010000611.1559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000611.1559.fna -queryname NZ_NSLN010000611.1559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000271.1560.fna -queryname NZ_NSLN010000271.1560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000271.1560.fna -queryname NZ_NSLN010000271.1560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000271.1560.fna -queryname NZ_NSLN010000271.1560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000261.1561.fna -queryname NZ_NSLN010000261.1561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000261.1561.fna -queryname NZ_NSLN010000261.1561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000261.1561.fna -queryname NZ_NSLN010000261.1561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000301.1562.fna -queryname NZ_NSLN010000301.1562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000301.1562.fna -queryname NZ_NSLN010000301.1562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000301.1562.fna -queryname NZ_NSLN010000301.1562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000201.1563.fna -queryname NZ_NSLN010000201.1563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000201.1563.fna -queryname NZ_NSLN010000201.1563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000201.1563.fna -queryname NZ_NSLN010000201.1563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000321.1564.fna -queryname NZ_NSLN010000321.1564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000321.1564.fna -queryname NZ_NSLN010000321.1564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000321.1564.fna -queryname NZ_NSLN010000321.1564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000371.1565.fna -queryname NZ_NSLN010000371.1565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000371.1565.fna -queryname NZ_NSLN010000371.1565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000371.1565.fna -queryname NZ_NSLN010000371.1565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000471.1566.fna -queryname NZ_NSLN010000471.1566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000471.1566.fna -queryname NZ_NSLN010000471.1566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000471.1566.fna -queryname NZ_NSLN010000471.1566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000071.1567.fna -queryname NZ_NSLN010000071.1567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000071.1567.fna -queryname NZ_NSLN010000071.1567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000071.1567.fna -queryname NZ_NSLN010000071.1567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000421.1568.fna -queryname NZ_NSLN010000421.1568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000421.1568.fna -queryname NZ_NSLN010000421.1568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000421.1568.fna -queryname NZ_NSLN010000421.1568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588541.156.fna -queryname NZ_KI2588541.156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588541.156.fna -queryname NZ_KI2588541.156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588541.156.fna -queryname NZ_KI2588541.156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000541.1569.fna -queryname NZ_NSLN010000541.1569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000541.1569.fna -queryname NZ_NSLN010000541.1569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000541.1569.fna -queryname NZ_NSLN010000541.1569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000441.1570.fna -queryname NZ_NSLN010000441.1570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000441.1570.fna -queryname NZ_NSLN010000441.1570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000441.1570.fna -queryname NZ_NSLN010000441.1570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000211.1571.fna -queryname NZ_NSLN010000211.1571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000211.1571.fna -queryname NZ_NSLN010000211.1571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000211.1571.fna -queryname NZ_NSLN010000211.1571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000041.1572.fna -queryname NZ_NSLN010000041.1572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000041.1572.fna -queryname NZ_NSLN010000041.1572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000041.1572.fna -queryname NZ_NSLN010000041.1572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000131.1573.fna -queryname NZ_NSLN010000131.1573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000131.1573.fna -queryname NZ_NSLN010000131.1573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000131.1573.fna -queryname NZ_NSLN010000131.1573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000451.1574.fna -queryname NZ_NSLN010000451.1574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000451.1574.fna -queryname NZ_NSLN010000451.1574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000451.1574.fna -queryname NZ_NSLN010000451.1574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000531.1575.fna -queryname NZ_NSLN010000531.1575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000531.1575.fna -queryname NZ_NSLN010000531.1575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000531.1575.fna -queryname NZ_NSLN010000531.1575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000491.1576.fna -queryname NZ_NSLN010000491.1576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000491.1576.fna -queryname NZ_NSLN010000491.1576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000491.1576.fna -queryname NZ_NSLN010000491.1576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000121.1577.fna -queryname NZ_NSLN010000121.1577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000121.1577.fna -queryname NZ_NSLN010000121.1577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000121.1577.fna -queryname NZ_NSLN010000121.1577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000381.1578.fna -queryname NZ_NSLN010000381.1578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000381.1578.fna -queryname NZ_NSLN010000381.1578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000381.1578.fna -queryname NZ_NSLN010000381.1578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588681.157.fna -queryname NZ_KI2588681.157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588681.157.fna -queryname NZ_KI2588681.157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588681.157.fna -queryname NZ_KI2588681.157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000231.1579.fna -queryname NZ_NSLN010000231.1579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000231.1579.fna -queryname NZ_NSLN010000231.1579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000231.1579.fna -queryname NZ_NSLN010000231.1579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000241.1580.fna -queryname NZ_NSLN010000241.1580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000241.1580.fna -queryname NZ_NSLN010000241.1580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000241.1580.fna -queryname NZ_NSLN010000241.1580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000461.1581.fna -queryname NZ_NSLN010000461.1581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000461.1581.fna -queryname NZ_NSLN010000461.1581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000461.1581.fna -queryname NZ_NSLN010000461.1581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000691.1582.fna -queryname NZ_NSLN010000691.1582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000691.1582.fna -queryname NZ_NSLN010000691.1582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000691.1582.fna -queryname NZ_NSLN010000691.1582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000021.1583.fna -queryname NZ_NSLN010000021.1583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000021.1583.fna -queryname NZ_NSLN010000021.1583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000021.1583.fna -queryname NZ_NSLN010000021.1583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000051.1584.fna -queryname NZ_NSLN010000051.1584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000051.1584.fna -queryname NZ_NSLN010000051.1584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLN010000051.1584.fna -queryname NZ_NSLN010000051.1584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000171.1585.fna -queryname NZ_NSLS010000171.1585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000171.1585.fna -queryname NZ_NSLS010000171.1585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000171.1585.fna -queryname NZ_NSLS010000171.1585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000571.1586.fna -queryname NZ_NSLS010000571.1586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000571.1586.fna -queryname NZ_NSLS010000571.1586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000571.1586.fna -queryname NZ_NSLS010000571.1586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000271.1587.fna -queryname NZ_NSLS010000271.1587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000271.1587.fna -queryname NZ_NSLS010000271.1587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000271.1587.fna -queryname NZ_NSLS010000271.1587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000321.1588.fna -queryname NZ_NSLS010000321.1588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000321.1588.fna -queryname NZ_NSLS010000321.1588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000321.1588.fna -queryname NZ_NSLS010000321.1588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589701.158.fna -queryname NZ_KI2589701.158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589701.158.fna -queryname NZ_KI2589701.158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589701.158.fna -queryname NZ_KI2589701.158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000381.1589.fna -queryname NZ_NSLS010000381.1589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000381.1589.fna -queryname NZ_NSLS010000381.1589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000381.1589.fna -queryname NZ_NSLS010000381.1589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000151.1590.fna -queryname NZ_NSLS010000151.1590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000151.1590.fna -queryname NZ_NSLS010000151.1590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000151.1590.fna -queryname NZ_NSLS010000151.1590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000641.1591.fna -queryname NZ_NSLS010000641.1591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000641.1591.fna -queryname NZ_NSLS010000641.1591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000641.1591.fna -queryname NZ_NSLS010000641.1591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000051.1592.fna -queryname NZ_NSLS010000051.1592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000051.1592.fna -queryname NZ_NSLS010000051.1592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000051.1592.fna -queryname NZ_NSLS010000051.1592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000231.1593.fna -queryname NZ_NSLS010000231.1593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000231.1593.fna -queryname NZ_NSLS010000231.1593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000231.1593.fna -queryname NZ_NSLS010000231.1593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000161.1594.fna -queryname NZ_NSLS010000161.1594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000161.1594.fna -queryname NZ_NSLS010000161.1594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000161.1594.fna -queryname NZ_NSLS010000161.1594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000521.1595.fna -queryname NZ_NSLS010000521.1595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000521.1595.fna -queryname NZ_NSLS010000521.1595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000521.1595.fna -queryname NZ_NSLS010000521.1595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000371.1596.fna -queryname NZ_NSLS010000371.1596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000371.1596.fna -queryname NZ_NSLS010000371.1596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000371.1596.fna -queryname NZ_NSLS010000371.1596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000191.1597.fna -queryname NZ_NSLS010000191.1597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000191.1597.fna -queryname NZ_NSLS010000191.1597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000191.1597.fna -queryname NZ_NSLS010000191.1597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000111.1598.fna -queryname NZ_NSLS010000111.1598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000111.1598.fna -queryname NZ_NSLS010000111.1598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000111.1598.fna -queryname NZ_NSLS010000111.1598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000071.15.fna -queryname NZ_AJZS010000071.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000071.15.fna -queryname NZ_AJZS010000071.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000071.15.fna -queryname NZ_AJZS010000071.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589041.159.fna -queryname NZ_KI2589041.159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589041.159.fna -queryname NZ_KI2589041.159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589041.159.fna -queryname NZ_KI2589041.159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000251.1599.fna -queryname NZ_NSLS010000251.1599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000251.1599.fna -queryname NZ_NSLS010000251.1599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000251.1599.fna -queryname NZ_NSLS010000251.1599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000461.1600.fna -queryname NZ_NSLS010000461.1600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000461.1600.fna -queryname NZ_NSLS010000461.1600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000461.1600.fna -queryname NZ_NSLS010000461.1600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000031.1601.fna -queryname NZ_NSLS010000031.1601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000031.1601.fna -queryname NZ_NSLS010000031.1601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000031.1601.fna -queryname NZ_NSLS010000031.1601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000181.1602.fna -queryname NZ_NSLS010000181.1602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000181.1602.fna -queryname NZ_NSLS010000181.1602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000181.1602.fna -queryname NZ_NSLS010000181.1602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000531.1603.fna -queryname NZ_NSLS010000531.1603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000531.1603.fna -queryname NZ_NSLS010000531.1603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000531.1603.fna -queryname NZ_NSLS010000531.1603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000621.1604.fna -queryname NZ_NSLS010000621.1604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000621.1604.fna -queryname NZ_NSLS010000621.1604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000621.1604.fna -queryname NZ_NSLS010000621.1604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000011.1605.fna -queryname NZ_NSLS010000011.1605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000011.1605.fna -queryname NZ_NSLS010000011.1605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000011.1605.fna -queryname NZ_NSLS010000011.1605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000301.1606.fna -queryname NZ_NSLS010000301.1606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000301.1606.fna -queryname NZ_NSLS010000301.1606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000301.1606.fna -queryname NZ_NSLS010000301.1606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000421.1607.fna -queryname NZ_NSLS010000421.1607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000421.1607.fna -queryname NZ_NSLS010000421.1607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000421.1607.fna -queryname NZ_NSLS010000421.1607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000241.1608.fna -queryname NZ_NSLS010000241.1608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000241.1608.fna -queryname NZ_NSLS010000241.1608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000241.1608.fna -queryname NZ_NSLS010000241.1608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589121.160.fna -queryname NZ_KI2589121.160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589121.160.fna -queryname NZ_KI2589121.160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589121.160.fna -queryname NZ_KI2589121.160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000061.1609.fna -queryname NZ_NSLS010000061.1609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000061.1609.fna -queryname NZ_NSLS010000061.1609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000061.1609.fna -queryname NZ_NSLS010000061.1609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000541.1610.fna -queryname NZ_NSLS010000541.1610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000541.1610.fna -queryname NZ_NSLS010000541.1610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000541.1610.fna -queryname NZ_NSLS010000541.1610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000131.1611.fna -queryname NZ_NSLS010000131.1611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000131.1611.fna -queryname NZ_NSLS010000131.1611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000131.1611.fna -queryname NZ_NSLS010000131.1611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000081.1612.fna -queryname NZ_NSLS010000081.1612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000081.1612.fna -queryname NZ_NSLS010000081.1612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000081.1612.fna -queryname NZ_NSLS010000081.1612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000501.1613.fna -queryname NZ_NSLS010000501.1613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000501.1613.fna -queryname NZ_NSLS010000501.1613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000501.1613.fna -queryname NZ_NSLS010000501.1613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000331.1614.fna -queryname NZ_NSLS010000331.1614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000331.1614.fna -queryname NZ_NSLS010000331.1614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000331.1614.fna -queryname NZ_NSLS010000331.1614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000341.1615.fna -queryname NZ_NSLS010000341.1615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000341.1615.fna -queryname NZ_NSLS010000341.1615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000341.1615.fna -queryname NZ_NSLS010000341.1615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000121.1616.fna -queryname NZ_NSLS010000121.1616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000121.1616.fna -queryname NZ_NSLS010000121.1616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000121.1616.fna -queryname NZ_NSLS010000121.1616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000141.1617.fna -queryname NZ_NSLS010000141.1617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000141.1617.fna -queryname NZ_NSLS010000141.1617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000141.1617.fna -queryname NZ_NSLS010000141.1617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000291.1618.fna -queryname NZ_NSLS010000291.1618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000291.1618.fna -queryname NZ_NSLS010000291.1618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000291.1618.fna -queryname NZ_NSLS010000291.1618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589561.161.fna -queryname NZ_KI2589561.161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589561.161.fna -queryname NZ_KI2589561.161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589561.161.fna -queryname NZ_KI2589561.161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000551.1619.fna -queryname NZ_NSLS010000551.1619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000551.1619.fna -queryname NZ_NSLS010000551.1619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000551.1619.fna -queryname NZ_NSLS010000551.1619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000201.1620.fna -queryname NZ_NSLS010000201.1620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000201.1620.fna -queryname NZ_NSLS010000201.1620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000201.1620.fna -queryname NZ_NSLS010000201.1620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000071.1621.fna -queryname NZ_NSLS010000071.1621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000071.1621.fna -queryname NZ_NSLS010000071.1621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000071.1621.fna -queryname NZ_NSLS010000071.1621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000631.1622.fna -queryname NZ_NSLS010000631.1622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000631.1622.fna -queryname NZ_NSLS010000631.1622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000631.1622.fna -queryname NZ_NSLS010000631.1622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000041.1623.fna -queryname NZ_NSLS010000041.1623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000041.1623.fna -queryname NZ_NSLS010000041.1623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000041.1623.fna -queryname NZ_NSLS010000041.1623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000491.1624.fna -queryname NZ_NSLS010000491.1624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000491.1624.fna -queryname NZ_NSLS010000491.1624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000491.1624.fna -queryname NZ_NSLS010000491.1624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000401.1625.fna -queryname NZ_NSLS010000401.1625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000401.1625.fna -queryname NZ_NSLS010000401.1625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000401.1625.fna -queryname NZ_NSLS010000401.1625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000601.1626.fna -queryname NZ_NSLS010000601.1626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000601.1626.fna -queryname NZ_NSLS010000601.1626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000601.1626.fna -queryname NZ_NSLS010000601.1626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000451.1627.fna -queryname NZ_NSLS010000451.1627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000451.1627.fna -queryname NZ_NSLS010000451.1627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000451.1627.fna -queryname NZ_NSLS010000451.1627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000591.1628.fna -queryname NZ_NSLS010000591.1628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000591.1628.fna -queryname NZ_NSLS010000591.1628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000591.1628.fna -queryname NZ_NSLS010000591.1628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588991.162.fna -queryname NZ_KI2588991.162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588991.162.fna -queryname NZ_KI2588991.162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588991.162.fna -queryname NZ_KI2588991.162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010001151.1629.fna -queryname NZ_NSLS010001151.1629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010001151.1629.fna -queryname NZ_NSLS010001151.1629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010001151.1629.fna -queryname NZ_NSLS010001151.1629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000611.1630.fna -queryname NZ_NSLS010000611.1630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000611.1630.fna -queryname NZ_NSLS010000611.1630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000611.1630.fna -queryname NZ_NSLS010000611.1630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000581.1631.fna -queryname NZ_NSLS010000581.1631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000581.1631.fna -queryname NZ_NSLS010000581.1631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000581.1631.fna -queryname NZ_NSLS010000581.1631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000351.1632.fna -queryname NZ_NSLS010000351.1632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000351.1632.fna -queryname NZ_NSLS010000351.1632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000351.1632.fna -queryname NZ_NSLS010000351.1632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000411.1633.fna -queryname NZ_NSLS010000411.1633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000411.1633.fna -queryname NZ_NSLS010000411.1633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000411.1633.fna -queryname NZ_NSLS010000411.1633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000561.1634.fna -queryname NZ_NSLS010000561.1634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000561.1634.fna -queryname NZ_NSLS010000561.1634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000561.1634.fna -queryname NZ_NSLS010000561.1634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000651.1635.fna -queryname NZ_NSLS010000651.1635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000651.1635.fna -queryname NZ_NSLS010000651.1635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000651.1635.fna -queryname NZ_NSLS010000651.1635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000311.1636.fna -queryname NZ_NSLS010000311.1636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000311.1636.fna -queryname NZ_NSLS010000311.1636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000311.1636.fna -queryname NZ_NSLS010000311.1636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000211.1637.fna -queryname NZ_NSLS010000211.1637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000211.1637.fna -queryname NZ_NSLS010000211.1637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000211.1637.fna -queryname NZ_NSLS010000211.1637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000021.1638.fna -queryname NZ_NSLS010000021.1638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000021.1638.fna -queryname NZ_NSLS010000021.1638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000021.1638.fna -queryname NZ_NSLS010000021.1638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588651.163.fna -queryname NZ_KI2588651.163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588651.163.fna -queryname NZ_KI2588651.163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588651.163.fna -queryname NZ_KI2588651.163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000481.1639.fna -queryname NZ_NSLS010000481.1639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000481.1639.fna -queryname NZ_NSLS010000481.1639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000481.1639.fna -queryname NZ_NSLS010000481.1639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000391.1640.fna -queryname NZ_NSLS010000391.1640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000391.1640.fna -queryname NZ_NSLS010000391.1640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000391.1640.fna -queryname NZ_NSLS010000391.1640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000361.1641.fna -queryname NZ_NSLS010000361.1641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000361.1641.fna -queryname NZ_NSLS010000361.1641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000361.1641.fna -queryname NZ_NSLS010000361.1641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000441.1642.fna -queryname NZ_NSLS010000441.1642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000441.1642.fna -queryname NZ_NSLS010000441.1642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000441.1642.fna -queryname NZ_NSLS010000441.1642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000431.1643.fna -queryname NZ_NSLS010000431.1643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000431.1643.fna -queryname NZ_NSLS010000431.1643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000431.1643.fna -queryname NZ_NSLS010000431.1643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.fna -queryname NZ_NSLS010000101.1644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.fna -queryname NZ_NSLS010000101.1644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.fna -queryname NZ_NSLS010000101.1644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.AOI.fna -queryname NZ_NSLS010000101.1644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000101.1644.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLS010000101.1644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLS010000101.1644.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000221.1645.fna -queryname NZ_NSLS010000221.1645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000221.1645.fna -queryname NZ_NSLS010000221.1645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000221.1645.fna -queryname NZ_NSLS010000221.1645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000511.1646.fna -queryname NZ_NSLS010000511.1646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000511.1646.fna -queryname NZ_NSLS010000511.1646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000511.1646.fna -queryname NZ_NSLS010000511.1646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000281.1647.fna -queryname NZ_NSLS010000281.1647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000281.1647.fna -queryname NZ_NSLS010000281.1647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000281.1647.fna -queryname NZ_NSLS010000281.1647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000261.1648.fna -queryname NZ_NSLS010000261.1648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000261.1648.fna -queryname NZ_NSLS010000261.1648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000261.1648.fna -queryname NZ_NSLS010000261.1648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588661.164.fna -queryname NZ_KI2588661.164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588661.164.fna -queryname NZ_KI2588661.164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588661.164.fna -queryname NZ_KI2588661.164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000471.1649.fna -queryname NZ_NSLS010000471.1649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000471.1649.fna -queryname NZ_NSLS010000471.1649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000471.1649.fna -queryname NZ_NSLS010000471.1649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000091.1650.fna -queryname NZ_NSLS010000091.1650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000091.1650.fna -queryname NZ_NSLS010000091.1650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLS010000091.1650.fna -queryname NZ_NSLS010000091.1650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000481.1651.fna -queryname NZ_NSLV010000481.1651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000481.1651.fna -queryname NZ_NSLV010000481.1651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000481.1651.fna -queryname NZ_NSLV010000481.1651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000731.1652.fna -queryname NZ_NSLV010000731.1652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000731.1652.fna -queryname NZ_NSLV010000731.1652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000731.1652.fna -queryname NZ_NSLV010000731.1652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000651.1653.fna -queryname NZ_NSLV010000651.1653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000651.1653.fna -queryname NZ_NSLV010000651.1653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000651.1653.fna -queryname NZ_NSLV010000651.1653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000641.1654.fna -queryname NZ_NSLV010000641.1654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000641.1654.fna -queryname NZ_NSLV010000641.1654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000641.1654.fna -queryname NZ_NSLV010000641.1654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000661.1655.fna -queryname NZ_NSLV010000661.1655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000661.1655.fna -queryname NZ_NSLV010000661.1655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000661.1655.fna -queryname NZ_NSLV010000661.1655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000701.1656.fna -queryname NZ_NSLV010000701.1656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000701.1656.fna -queryname NZ_NSLV010000701.1656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000701.1656.fna -queryname NZ_NSLV010000701.1656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000531.1657.fna -queryname NZ_NSLV010000531.1657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000531.1657.fna -queryname NZ_NSLV010000531.1657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000531.1657.fna -queryname NZ_NSLV010000531.1657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000411.1658.fna -queryname NZ_NSLV010000411.1658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000411.1658.fna -queryname NZ_NSLV010000411.1658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000411.1658.fna -queryname NZ_NSLV010000411.1658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588381.165.fna -queryname NZ_KI2588381.165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588381.165.fna -queryname NZ_KI2588381.165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588381.165.fna -queryname NZ_KI2588381.165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000161.1659.fna -queryname NZ_NSLV010000161.1659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000161.1659.fna -queryname NZ_NSLV010000161.1659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000161.1659.fna -queryname NZ_NSLV010000161.1659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000521.1660.fna -queryname NZ_NSLV010000521.1660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000521.1660.fna -queryname NZ_NSLV010000521.1660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000521.1660.fna -queryname NZ_NSLV010000521.1660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000391.1661.fna -queryname NZ_NSLV010000391.1661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000391.1661.fna -queryname NZ_NSLV010000391.1661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000391.1661.fna -queryname NZ_NSLV010000391.1661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000571.1662.fna -queryname NZ_NSLV010000571.1662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000571.1662.fna -queryname NZ_NSLV010000571.1662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000571.1662.fna -queryname NZ_NSLV010000571.1662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000431.1663.fna -queryname NZ_NSLV010000431.1663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000431.1663.fna -queryname NZ_NSLV010000431.1663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000431.1663.fna -queryname NZ_NSLV010000431.1663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000361.1664.fna -queryname NZ_NSLV010000361.1664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000361.1664.fna -queryname NZ_NSLV010000361.1664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000361.1664.fna -queryname NZ_NSLV010000361.1664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000371.1665.fna -queryname NZ_NSLV010000371.1665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000371.1665.fna -queryname NZ_NSLV010000371.1665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000371.1665.fna -queryname NZ_NSLV010000371.1665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000511.1666.fna -queryname NZ_NSLV010000511.1666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000511.1666.fna -queryname NZ_NSLV010000511.1666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000511.1666.fna -queryname NZ_NSLV010000511.1666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000071.1667.fna -queryname NZ_NSLV010000071.1667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000071.1667.fna -queryname NZ_NSLV010000071.1667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000071.1667.fna -queryname NZ_NSLV010000071.1667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000311.1668.fna -queryname NZ_NSLV010000311.1668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000311.1668.fna -queryname NZ_NSLV010000311.1668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000311.1668.fna -queryname NZ_NSLV010000311.1668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588761.166.fna -queryname NZ_KI2588761.166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588761.166.fna -queryname NZ_KI2588761.166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588761.166.fna -queryname NZ_KI2588761.166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000171.1669.fna -queryname NZ_NSLV010000171.1669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000171.1669.fna -queryname NZ_NSLV010000171.1669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000171.1669.fna -queryname NZ_NSLV010000171.1669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000681.1670.fna -queryname NZ_NSLV010000681.1670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000681.1670.fna -queryname NZ_NSLV010000681.1670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000681.1670.fna -queryname NZ_NSLV010000681.1670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000741.1671.fna -queryname NZ_NSLV010000741.1671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000741.1671.fna -queryname NZ_NSLV010000741.1671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000741.1671.fna -queryname NZ_NSLV010000741.1671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000591.1672.fna -queryname NZ_NSLV010000591.1672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000591.1672.fna -queryname NZ_NSLV010000591.1672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000591.1672.fna -queryname NZ_NSLV010000591.1672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000241.1673.fna -queryname NZ_NSLV010000241.1673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000241.1673.fna -queryname NZ_NSLV010000241.1673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000241.1673.fna -queryname NZ_NSLV010000241.1673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000191.1674.fna -queryname NZ_NSLV010000191.1674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000191.1674.fna -queryname NZ_NSLV010000191.1674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000191.1674.fna -queryname NZ_NSLV010000191.1674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000061.1675.fna -queryname NZ_NSLV010000061.1675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000061.1675.fna -queryname NZ_NSLV010000061.1675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000061.1675.fna -queryname NZ_NSLV010000061.1675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.fna -queryname NZ_NSLV010000201.1676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.fna -queryname NZ_NSLV010000201.1676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.fna -queryname NZ_NSLV010000201.1676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.AOI.fna -queryname NZ_NSLV010000201.1676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000201.1676.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLV010000201.1676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLV010000201.1676.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000081.1677.fna -queryname NZ_NSLV010000081.1677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000081.1677.fna -queryname NZ_NSLV010000081.1677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000081.1677.fna -queryname NZ_NSLV010000081.1677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000671.1678.fna -queryname NZ_NSLV010000671.1678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000671.1678.fna -queryname NZ_NSLV010000671.1678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000671.1678.fna -queryname NZ_NSLV010000671.1678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588481.167.fna -queryname NZ_KI2588481.167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588481.167.fna -queryname NZ_KI2588481.167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588481.167.fna -queryname NZ_KI2588481.167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000121.1679.fna -queryname NZ_NSLV010000121.1679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000121.1679.fna -queryname NZ_NSLV010000121.1679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000121.1679.fna -queryname NZ_NSLV010000121.1679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000011.1680.fna -queryname NZ_NSLV010000011.1680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000011.1680.fna -queryname NZ_NSLV010000011.1680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000011.1680.fna -queryname NZ_NSLV010000011.1680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000111.1681.fna -queryname NZ_NSLV010000111.1681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000111.1681.fna -queryname NZ_NSLV010000111.1681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000111.1681.fna -queryname NZ_NSLV010000111.1681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000211.1682.fna -queryname NZ_NSLV010000211.1682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000211.1682.fna -queryname NZ_NSLV010000211.1682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000211.1682.fna -queryname NZ_NSLV010000211.1682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000151.1683.fna -queryname NZ_NSLV010000151.1683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000151.1683.fna -queryname NZ_NSLV010000151.1683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000151.1683.fna -queryname NZ_NSLV010000151.1683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000501.1684.fna -queryname NZ_NSLV010000501.1684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000501.1684.fna -queryname NZ_NSLV010000501.1684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000501.1684.fna -queryname NZ_NSLV010000501.1684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000231.1685.fna -queryname NZ_NSLV010000231.1685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000231.1685.fna -queryname NZ_NSLV010000231.1685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000231.1685.fna -queryname NZ_NSLV010000231.1685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000291.1686.fna -queryname NZ_NSLV010000291.1686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000291.1686.fna -queryname NZ_NSLV010000291.1686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000291.1686.fna -queryname NZ_NSLV010000291.1686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000551.1687.fna -queryname NZ_NSLV010000551.1687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000551.1687.fna -queryname NZ_NSLV010000551.1687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000551.1687.fna -queryname NZ_NSLV010000551.1687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000031.1688.fna -queryname NZ_NSLV010000031.1688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000031.1688.fna -queryname NZ_NSLV010000031.1688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000031.1688.fna -queryname NZ_NSLV010000031.1688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589751.168.fna -queryname NZ_KI2589751.168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589751.168.fna -queryname NZ_KI2589751.168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589751.168.fna -queryname NZ_KI2589751.168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000021.1689.fna -queryname NZ_NSLV010000021.1689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000021.1689.fna -queryname NZ_NSLV010000021.1689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000021.1689.fna -queryname NZ_NSLV010000021.1689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000261.1690.fna -queryname NZ_NSLV010000261.1690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000261.1690.fna -queryname NZ_NSLV010000261.1690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000261.1690.fna -queryname NZ_NSLV010000261.1690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000761.1691.fna -queryname NZ_NSLV010000761.1691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000761.1691.fna -queryname NZ_NSLV010000761.1691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000761.1691.fna -queryname NZ_NSLV010000761.1691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000771.1692.fna -queryname NZ_NSLV010000771.1692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000771.1692.fna -queryname NZ_NSLV010000771.1692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000771.1692.fna -queryname NZ_NSLV010000771.1692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000181.1693.fna -queryname NZ_NSLV010000181.1693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000181.1693.fna -queryname NZ_NSLV010000181.1693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000181.1693.fna -queryname NZ_NSLV010000181.1693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000381.1694.fna -queryname NZ_NSLV010000381.1694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000381.1694.fna -queryname NZ_NSLV010000381.1694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000381.1694.fna -queryname NZ_NSLV010000381.1694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000751.1695.fna -queryname NZ_NSLV010000751.1695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000751.1695.fna -queryname NZ_NSLV010000751.1695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000751.1695.fna -queryname NZ_NSLV010000751.1695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000251.1696.fna -queryname NZ_NSLV010000251.1696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000251.1696.fna -queryname NZ_NSLV010000251.1696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000251.1696.fna -queryname NZ_NSLV010000251.1696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000621.1697.fna -queryname NZ_NSLV010000621.1697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000621.1697.fna -queryname NZ_NSLV010000621.1697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000621.1697.fna -queryname NZ_NSLV010000621.1697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000491.1698.fna -queryname NZ_NSLV010000491.1698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000491.1698.fna -queryname NZ_NSLV010000491.1698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000491.1698.fna -queryname NZ_NSLV010000491.1698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000371.16.fna -queryname NZ_AJZS010000371.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000371.16.fna -queryname NZ_AJZS010000371.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000371.16.fna -queryname NZ_AJZS010000371.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589911.169.fna -queryname NZ_KI2589911.169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589911.169.fna -queryname NZ_KI2589911.169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589911.169.fna -queryname NZ_KI2589911.169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000341.1699.fna -queryname NZ_NSLV010000341.1699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000341.1699.fna -queryname NZ_NSLV010000341.1699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000341.1699.fna -queryname NZ_NSLV010000341.1699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000421.1700.fna -queryname NZ_NSLV010000421.1700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000421.1700.fna -queryname NZ_NSLV010000421.1700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000421.1700.fna -queryname NZ_NSLV010000421.1700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000471.1701.fna -queryname NZ_NSLV010000471.1701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000471.1701.fna -queryname NZ_NSLV010000471.1701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000471.1701.fna -queryname NZ_NSLV010000471.1701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000561.1702.fna -queryname NZ_NSLV010000561.1702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000561.1702.fna -queryname NZ_NSLV010000561.1702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000561.1702.fna -queryname NZ_NSLV010000561.1702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000141.1703.fna -queryname NZ_NSLV010000141.1703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000141.1703.fna -queryname NZ_NSLV010000141.1703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000141.1703.fna -queryname NZ_NSLV010000141.1703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000301.1704.fna -queryname NZ_NSLV010000301.1704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000301.1704.fna -queryname NZ_NSLV010000301.1704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000301.1704.fna -queryname NZ_NSLV010000301.1704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000091.1705.fna -queryname NZ_NSLV010000091.1705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000091.1705.fna -queryname NZ_NSLV010000091.1705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000091.1705.fna -queryname NZ_NSLV010000091.1705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000351.1706.fna -queryname NZ_NSLV010000351.1706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000351.1706.fna -queryname NZ_NSLV010000351.1706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000351.1706.fna -queryname NZ_NSLV010000351.1706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000611.1707.fna -queryname NZ_NSLV010000611.1707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000611.1707.fna -queryname NZ_NSLV010000611.1707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000611.1707.fna -queryname NZ_NSLV010000611.1707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000281.1708.fna -queryname NZ_NSLV010000281.1708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000281.1708.fna -queryname NZ_NSLV010000281.1708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000281.1708.fna -queryname NZ_NSLV010000281.1708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589001.170.fna -queryname NZ_KI2589001.170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589001.170.fna -queryname NZ_KI2589001.170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589001.170.fna -queryname NZ_KI2589001.170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000541.1709.fna -queryname NZ_NSLV010000541.1709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000541.1709.fna -queryname NZ_NSLV010000541.1709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000541.1709.fna -queryname NZ_NSLV010000541.1709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000041.1710.fna -queryname NZ_NSLV010000041.1710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000041.1710.fna -queryname NZ_NSLV010000041.1710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000041.1710.fna -queryname NZ_NSLV010000041.1710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000441.1711.fna -queryname NZ_NSLV010000441.1711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000441.1711.fna -queryname NZ_NSLV010000441.1711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000441.1711.fna -queryname NZ_NSLV010000441.1711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000631.1712.fna -queryname NZ_NSLV010000631.1712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000631.1712.fna -queryname NZ_NSLV010000631.1712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000631.1712.fna -queryname NZ_NSLV010000631.1712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010001231.1713.fna -queryname NZ_NSLV010001231.1713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010001231.1713.fna -queryname NZ_NSLV010001231.1713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010001231.1713.fna -queryname NZ_NSLV010001231.1713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000401.1714.fna -queryname NZ_NSLV010000401.1714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000401.1714.fna -queryname NZ_NSLV010000401.1714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000401.1714.fna -queryname NZ_NSLV010000401.1714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000581.1715.fna -queryname NZ_NSLV010000581.1715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000581.1715.fna -queryname NZ_NSLV010000581.1715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000581.1715.fna -queryname NZ_NSLV010000581.1715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000451.1716.fna -queryname NZ_NSLV010000451.1716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000451.1716.fna -queryname NZ_NSLV010000451.1716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000451.1716.fna -queryname NZ_NSLV010000451.1716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000101.1717.fna -queryname NZ_NSLV010000101.1717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000101.1717.fna -queryname NZ_NSLV010000101.1717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000101.1717.fna -queryname NZ_NSLV010000101.1717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000051.1718.fna -queryname NZ_NSLV010000051.1718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000051.1718.fna -queryname NZ_NSLV010000051.1718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000051.1718.fna -queryname NZ_NSLV010000051.1718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589431.171.fna -queryname NZ_KI2589431.171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589431.171.fna -queryname NZ_KI2589431.171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589431.171.fna -queryname NZ_KI2589431.171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000461.1719.fna -queryname NZ_NSLV010000461.1719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000461.1719.fna -queryname NZ_NSLV010000461.1719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000461.1719.fna -queryname NZ_NSLV010000461.1719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000711.1720.fna -queryname NZ_NSLV010000711.1720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000711.1720.fna -queryname NZ_NSLV010000711.1720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000711.1720.fna -queryname NZ_NSLV010000711.1720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000601.1721.fna -queryname NZ_NSLV010000601.1721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000601.1721.fna -queryname NZ_NSLV010000601.1721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000601.1721.fna -queryname NZ_NSLV010000601.1721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000131.1722.fna -queryname NZ_NSLV010000131.1722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000131.1722.fna -queryname NZ_NSLV010000131.1722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000131.1722.fna -queryname NZ_NSLV010000131.1722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000321.1723.fna -queryname NZ_NSLV010000321.1723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000321.1723.fna -queryname NZ_NSLV010000321.1723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000321.1723.fna -queryname NZ_NSLV010000321.1723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000331.1724.fna -queryname NZ_NSLV010000331.1724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000331.1724.fna -queryname NZ_NSLV010000331.1724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000331.1724.fna -queryname NZ_NSLV010000331.1724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000221.1725.fna -queryname NZ_NSLV010000221.1725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000221.1725.fna -queryname NZ_NSLV010000221.1725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000221.1725.fna -queryname NZ_NSLV010000221.1725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000691.1726.fna -queryname NZ_NSLV010000691.1726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000691.1726.fna -queryname NZ_NSLV010000691.1726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000691.1726.fna -queryname NZ_NSLV010000691.1726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000721.1727.fna -queryname NZ_NSLV010000721.1727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000721.1727.fna -queryname NZ_NSLV010000721.1727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000721.1727.fna -queryname NZ_NSLV010000721.1727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000271.1728.fna -queryname NZ_NSLV010000271.1728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000271.1728.fna -queryname NZ_NSLV010000271.1728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLV010000271.1728.fna -queryname NZ_NSLV010000271.1728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589271.172.fna -queryname NZ_KI2589271.172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589271.172.fna -queryname NZ_KI2589271.172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589271.172.fna -queryname NZ_KI2589271.172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000131.1729.fna -queryname NZ_NSLM010000131.1729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000131.1729.fna -queryname NZ_NSLM010000131.1729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000131.1729.fna -queryname NZ_NSLM010000131.1729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000341.1730.fna -queryname NZ_NSLM010000341.1730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000341.1730.fna -queryname NZ_NSLM010000341.1730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000341.1730.fna -queryname NZ_NSLM010000341.1730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000151.1731.fna -queryname NZ_NSLM010000151.1731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000151.1731.fna -queryname NZ_NSLM010000151.1731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000151.1731.fna -queryname NZ_NSLM010000151.1731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000471.1732.fna -queryname NZ_NSLM010000471.1732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000471.1732.fna -queryname NZ_NSLM010000471.1732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000471.1732.fna -queryname NZ_NSLM010000471.1732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000441.1733.fna -queryname NZ_NSLM010000441.1733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000441.1733.fna -queryname NZ_NSLM010000441.1733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000441.1733.fna -queryname NZ_NSLM010000441.1733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000511.1734.fna -queryname NZ_NSLM010000511.1734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000511.1734.fna -queryname NZ_NSLM010000511.1734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000511.1734.fna -queryname NZ_NSLM010000511.1734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000541.1735.fna -queryname NZ_NSLM010000541.1735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000541.1735.fna -queryname NZ_NSLM010000541.1735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000541.1735.fna -queryname NZ_NSLM010000541.1735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000271.1736.fna -queryname NZ_NSLM010000271.1736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000271.1736.fna -queryname NZ_NSLM010000271.1736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000271.1736.fna -queryname NZ_NSLM010000271.1736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000361.1737.fna -queryname NZ_NSLM010000361.1737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000361.1737.fna -queryname NZ_NSLM010000361.1737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000361.1737.fna -queryname NZ_NSLM010000361.1737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.fna -queryname NZ_NSLM010000111.1738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.fna -queryname NZ_NSLM010000111.1738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.fna -queryname NZ_NSLM010000111.1738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.AOI.fna -queryname NZ_NSLM010000111.1738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000111.1738.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLM010000111.1738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLM010000111.1738.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588551.173.fna -queryname NZ_KI2588551.173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588551.173.fna -queryname NZ_KI2588551.173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588551.173.fna -queryname NZ_KI2588551.173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000401.1739.fna -queryname NZ_NSLM010000401.1739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000401.1739.fna -queryname NZ_NSLM010000401.1739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000401.1739.fna -queryname NZ_NSLM010000401.1739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000011.1740.fna -queryname NZ_NSLM010000011.1740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000011.1740.fna -queryname NZ_NSLM010000011.1740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000011.1740.fna -queryname NZ_NSLM010000011.1740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000031.1741.fna -queryname NZ_NSLM010000031.1741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000031.1741.fna -queryname NZ_NSLM010000031.1741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000031.1741.fna -queryname NZ_NSLM010000031.1741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000291.1742.fna -queryname NZ_NSLM010000291.1742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000291.1742.fna -queryname NZ_NSLM010000291.1742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000291.1742.fna -queryname NZ_NSLM010000291.1742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000481.1743.fna -queryname NZ_NSLM010000481.1743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000481.1743.fna -queryname NZ_NSLM010000481.1743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000481.1743.fna -queryname NZ_NSLM010000481.1743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000501.1744.fna -queryname NZ_NSLM010000501.1744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000501.1744.fna -queryname NZ_NSLM010000501.1744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000501.1744.fna -queryname NZ_NSLM010000501.1744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000211.1745.fna -queryname NZ_NSLM010000211.1745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000211.1745.fna -queryname NZ_NSLM010000211.1745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000211.1745.fna -queryname NZ_NSLM010000211.1745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000261.1746.fna -queryname NZ_NSLM010000261.1746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000261.1746.fna -queryname NZ_NSLM010000261.1746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000261.1746.fna -queryname NZ_NSLM010000261.1746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000061.1747.fna -queryname NZ_NSLM010000061.1747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000061.1747.fna -queryname NZ_NSLM010000061.1747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000061.1747.fna -queryname NZ_NSLM010000061.1747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000141.1748.fna -queryname NZ_NSLM010000141.1748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000141.1748.fna -queryname NZ_NSLM010000141.1748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000141.1748.fna -queryname NZ_NSLM010000141.1748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589391.174.fna -queryname NZ_KI2589391.174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589391.174.fna -queryname NZ_KI2589391.174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589391.174.fna -queryname NZ_KI2589391.174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000281.1749.fna -queryname NZ_NSLM010000281.1749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000281.1749.fna -queryname NZ_NSLM010000281.1749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000281.1749.fna -queryname NZ_NSLM010000281.1749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000051.1750.fna -queryname NZ_NSLM010000051.1750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000051.1750.fna -queryname NZ_NSLM010000051.1750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000051.1750.fna -queryname NZ_NSLM010000051.1750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000521.1751.fna -queryname NZ_NSLM010000521.1751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000521.1751.fna -queryname NZ_NSLM010000521.1751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000521.1751.fna -queryname NZ_NSLM010000521.1751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000531.1752.fna -queryname NZ_NSLM010000531.1752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000531.1752.fna -queryname NZ_NSLM010000531.1752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000531.1752.fna -queryname NZ_NSLM010000531.1752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000161.1753.fna -queryname NZ_NSLM010000161.1753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000161.1753.fna -queryname NZ_NSLM010000161.1753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000161.1753.fna -queryname NZ_NSLM010000161.1753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000021.1754.fna -queryname NZ_NSLM010000021.1754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000021.1754.fna -queryname NZ_NSLM010000021.1754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000021.1754.fna -queryname NZ_NSLM010000021.1754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000331.1755.fna -queryname NZ_NSLM010000331.1755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000331.1755.fna -queryname NZ_NSLM010000331.1755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000331.1755.fna -queryname NZ_NSLM010000331.1755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000421.1756.fna -queryname NZ_NSLM010000421.1756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000421.1756.fna -queryname NZ_NSLM010000421.1756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000421.1756.fna -queryname NZ_NSLM010000421.1756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000381.1757.fna -queryname NZ_NSLM010000381.1757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000381.1757.fna -queryname NZ_NSLM010000381.1757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000381.1757.fna -queryname NZ_NSLM010000381.1757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000251.1758.fna -queryname NZ_NSLM010000251.1758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000251.1758.fna -queryname NZ_NSLM010000251.1758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000251.1758.fna -queryname NZ_NSLM010000251.1758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589061.175.fna -queryname NZ_KI2589061.175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589061.175.fna -queryname NZ_KI2589061.175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589061.175.fna -queryname NZ_KI2589061.175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000451.1759.fna -queryname NZ_NSLM010000451.1759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000451.1759.fna -queryname NZ_NSLM010000451.1759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000451.1759.fna -queryname NZ_NSLM010000451.1759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000491.1760.fna -queryname NZ_NSLM010000491.1760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000491.1760.fna -queryname NZ_NSLM010000491.1760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000491.1760.fna -queryname NZ_NSLM010000491.1760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000431.1761.fna -queryname NZ_NSLM010000431.1761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000431.1761.fna -queryname NZ_NSLM010000431.1761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000431.1761.fna -queryname NZ_NSLM010000431.1761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000041.1762.fna -queryname NZ_NSLM010000041.1762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000041.1762.fna -queryname NZ_NSLM010000041.1762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000041.1762.fna -queryname NZ_NSLM010000041.1762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000411.1763.fna -queryname NZ_NSLM010000411.1763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000411.1763.fna -queryname NZ_NSLM010000411.1763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000411.1763.fna -queryname NZ_NSLM010000411.1763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000181.1764.fna -queryname NZ_NSLM010000181.1764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000181.1764.fna -queryname NZ_NSLM010000181.1764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000181.1764.fna -queryname NZ_NSLM010000181.1764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000091.1765.fna -queryname NZ_NSLM010000091.1765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000091.1765.fna -queryname NZ_NSLM010000091.1765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000091.1765.fna -queryname NZ_NSLM010000091.1765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000351.1766.fna -queryname NZ_NSLM010000351.1766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000351.1766.fna -queryname NZ_NSLM010000351.1766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000351.1766.fna -queryname NZ_NSLM010000351.1766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000201.1767.fna -queryname NZ_NSLM010000201.1767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000201.1767.fna -queryname NZ_NSLM010000201.1767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000201.1767.fna -queryname NZ_NSLM010000201.1767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000231.1768.fna -queryname NZ_NSLM010000231.1768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000231.1768.fna -queryname NZ_NSLM010000231.1768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000231.1768.fna -queryname NZ_NSLM010000231.1768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589691.176.fna -queryname NZ_KI2589691.176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589691.176.fna -queryname NZ_KI2589691.176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589691.176.fna -queryname NZ_KI2589691.176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000461.1769.fna -queryname NZ_NSLM010000461.1769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000461.1769.fna -queryname NZ_NSLM010000461.1769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000461.1769.fna -queryname NZ_NSLM010000461.1769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000101.1770.fna -queryname NZ_NSLM010000101.1770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000101.1770.fna -queryname NZ_NSLM010000101.1770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000101.1770.fna -queryname NZ_NSLM010000101.1770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000321.1771.fna -queryname NZ_NSLM010000321.1771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000321.1771.fna -queryname NZ_NSLM010000321.1771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000321.1771.fna -queryname NZ_NSLM010000321.1771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000071.1772.fna -queryname NZ_NSLM010000071.1772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000071.1772.fna -queryname NZ_NSLM010000071.1772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000071.1772.fna -queryname NZ_NSLM010000071.1772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000371.1773.fna -queryname NZ_NSLM010000371.1773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000371.1773.fna -queryname NZ_NSLM010000371.1773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000371.1773.fna -queryname NZ_NSLM010000371.1773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000121.1774.fna -queryname NZ_NSLM010000121.1774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000121.1774.fna -queryname NZ_NSLM010000121.1774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000121.1774.fna -queryname NZ_NSLM010000121.1774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000301.1775.fna -queryname NZ_NSLM010000301.1775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000301.1775.fna -queryname NZ_NSLM010000301.1775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000301.1775.fna -queryname NZ_NSLM010000301.1775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000391.1776.fna -queryname NZ_NSLM010000391.1776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000391.1776.fna -queryname NZ_NSLM010000391.1776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000391.1776.fna -queryname NZ_NSLM010000391.1776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000221.1777.fna -queryname NZ_NSLM010000221.1777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000221.1777.fna -queryname NZ_NSLM010000221.1777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000221.1777.fna -queryname NZ_NSLM010000221.1777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000311.1778.fna -queryname NZ_NSLM010000311.1778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000311.1778.fna -queryname NZ_NSLM010000311.1778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000311.1778.fna -queryname NZ_NSLM010000311.1778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589891.177.fna -queryname NZ_KI2589891.177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589891.177.fna -queryname NZ_KI2589891.177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589891.177.fna -queryname NZ_KI2589891.177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000191.1779.fna -queryname NZ_NSLM010000191.1779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000191.1779.fna -queryname NZ_NSLM010000191.1779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000191.1779.fna -queryname NZ_NSLM010000191.1779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000081.1780.fna -queryname NZ_NSLM010000081.1780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000081.1780.fna -queryname NZ_NSLM010000081.1780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000081.1780.fna -queryname NZ_NSLM010000081.1780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000171.1781.fna -queryname NZ_NSLM010000171.1781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000171.1781.fna -queryname NZ_NSLM010000171.1781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000171.1781.fna -queryname NZ_NSLM010000171.1781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000241.1782.fna -queryname NZ_NSLM010000241.1782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000241.1782.fna -queryname NZ_NSLM010000241.1782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLM010000241.1782.fna -queryname NZ_NSLM010000241.1782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000261.1783.fna -queryname NZ_NSLU010000261.1783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000261.1783.fna -queryname NZ_NSLU010000261.1783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000261.1783.fna -queryname NZ_NSLU010000261.1783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000971.1784.fna -queryname NZ_NSLU010000971.1784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000971.1784.fna -queryname NZ_NSLU010000971.1784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000971.1784.fna -queryname NZ_NSLU010000971.1784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001081.1785.fna -queryname NZ_NSLU010001081.1785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001081.1785.fna -queryname NZ_NSLU010001081.1785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001081.1785.fna -queryname NZ_NSLU010001081.1785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001051.1786.fna -queryname NZ_NSLU010001051.1786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001051.1786.fna -queryname NZ_NSLU010001051.1786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001051.1786.fna -queryname NZ_NSLU010001051.1786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000731.1787.fna -queryname NZ_NSLU010000731.1787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000731.1787.fna -queryname NZ_NSLU010000731.1787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000731.1787.fna -queryname NZ_NSLU010000731.1787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000951.1788.fna -queryname NZ_NSLU010000951.1788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000951.1788.fna -queryname NZ_NSLU010000951.1788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000951.1788.fna -queryname NZ_NSLU010000951.1788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588841.178.fna -queryname NZ_KI2588841.178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588841.178.fna -queryname NZ_KI2588841.178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588841.178.fna -queryname NZ_KI2588841.178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000371.1789.fna -queryname NZ_NSLU010000371.1789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000371.1789.fna -queryname NZ_NSLU010000371.1789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000371.1789.fna -queryname NZ_NSLU010000371.1789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000281.1790.fna -queryname NZ_NSLU010000281.1790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000281.1790.fna -queryname NZ_NSLU010000281.1790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000281.1790.fna -queryname NZ_NSLU010000281.1790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001201.1791.fna -queryname NZ_NSLU010001201.1791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001201.1791.fna -queryname NZ_NSLU010001201.1791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001201.1791.fna -queryname NZ_NSLU010001201.1791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001241.1792.fna -queryname NZ_NSLU010001241.1792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001241.1792.fna -queryname NZ_NSLU010001241.1792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001241.1792.fna -queryname NZ_NSLU010001241.1792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000171.1793.fna -queryname NZ_NSLU010000171.1793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000171.1793.fna -queryname NZ_NSLU010000171.1793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000171.1793.fna -queryname NZ_NSLU010000171.1793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000701.1794.fna -queryname NZ_NSLU010000701.1794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000701.1794.fna -queryname NZ_NSLU010000701.1794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000701.1794.fna -queryname NZ_NSLU010000701.1794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001001.1795.fna -queryname NZ_NSLU010001001.1795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001001.1795.fna -queryname NZ_NSLU010001001.1795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001001.1795.fna -queryname NZ_NSLU010001001.1795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001131.1796.fna -queryname NZ_NSLU010001131.1796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001131.1796.fna -queryname NZ_NSLU010001131.1796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001131.1796.fna -queryname NZ_NSLU010001131.1796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000761.1797.fna -queryname NZ_NSLU010000761.1797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000761.1797.fna -queryname NZ_NSLU010000761.1797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000761.1797.fna -queryname NZ_NSLU010000761.1797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000981.1798.fna -queryname NZ_NSLU010000981.1798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000981.1798.fna -queryname NZ_NSLU010000981.1798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000981.1798.fna -queryname NZ_NSLU010000981.1798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000651.17.fna -queryname NZ_AJZS010000651.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000651.17.fna -queryname NZ_AJZS010000651.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000651.17.fna -queryname NZ_AJZS010000651.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589571.179.fna -queryname NZ_KI2589571.179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589571.179.fna -queryname NZ_KI2589571.179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589571.179.fna -queryname NZ_KI2589571.179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000351.1799.fna -queryname NZ_NSLU010000351.1799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000351.1799.fna -queryname NZ_NSLU010000351.1799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000351.1799.fna -queryname NZ_NSLU010000351.1799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000631.1800.fna -queryname NZ_NSLU010000631.1800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000631.1800.fna -queryname NZ_NSLU010000631.1800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000631.1800.fna -queryname NZ_NSLU010000631.1800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000481.1801.fna -queryname NZ_NSLU010000481.1801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000481.1801.fna -queryname NZ_NSLU010000481.1801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000481.1801.fna -queryname NZ_NSLU010000481.1801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000031.1802.fna -queryname NZ_NSLU010000031.1802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000031.1802.fna -queryname NZ_NSLU010000031.1802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000031.1802.fna -queryname NZ_NSLU010000031.1802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000791.1803.fna -queryname NZ_NSLU010000791.1803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000791.1803.fna -queryname NZ_NSLU010000791.1803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000791.1803.fna -queryname NZ_NSLU010000791.1803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000861.1804.fna -queryname NZ_NSLU010000861.1804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000861.1804.fna -queryname NZ_NSLU010000861.1804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000861.1804.fna -queryname NZ_NSLU010000861.1804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000271.1805.fna -queryname NZ_NSLU010000271.1805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000271.1805.fna -queryname NZ_NSLU010000271.1805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000271.1805.fna -queryname NZ_NSLU010000271.1805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001011.1806.fna -queryname NZ_NSLU010001011.1806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001011.1806.fna -queryname NZ_NSLU010001011.1806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001011.1806.fna -queryname NZ_NSLU010001011.1806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000941.1807.fna -queryname NZ_NSLU010000941.1807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000941.1807.fna -queryname NZ_NSLU010000941.1807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000941.1807.fna -queryname NZ_NSLU010000941.1807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001181.1808.fna -queryname NZ_NSLU010001181.1808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001181.1808.fna -queryname NZ_NSLU010001181.1808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001181.1808.fna -queryname NZ_NSLU010001181.1808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588931.180.fna -queryname NZ_KI2588931.180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588931.180.fna -queryname NZ_KI2588931.180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588931.180.fna -queryname NZ_KI2588931.180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000841.1809.fna -queryname NZ_NSLU010000841.1809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000841.1809.fna -queryname NZ_NSLU010000841.1809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000841.1809.fna -queryname NZ_NSLU010000841.1809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001281.1810.fna -queryname NZ_NSLU010001281.1810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001281.1810.fna -queryname NZ_NSLU010001281.1810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001281.1810.fna -queryname NZ_NSLU010001281.1810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000501.1811.fna -queryname NZ_NSLU010000501.1811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000501.1811.fna -queryname NZ_NSLU010000501.1811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000501.1811.fna -queryname NZ_NSLU010000501.1811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000301.1812.fna -queryname NZ_NSLU010000301.1812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000301.1812.fna -queryname NZ_NSLU010000301.1812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000301.1812.fna -queryname NZ_NSLU010000301.1812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000011.1813.fna -queryname NZ_NSLU010000011.1813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000011.1813.fna -queryname NZ_NSLU010000011.1813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000011.1813.fna -queryname NZ_NSLU010000011.1813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000771.1814.fna -queryname NZ_NSLU010000771.1814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000771.1814.fna -queryname NZ_NSLU010000771.1814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000771.1814.fna -queryname NZ_NSLU010000771.1814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000401.1815.fna -queryname NZ_NSLU010000401.1815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000401.1815.fna -queryname NZ_NSLU010000401.1815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000401.1815.fna -queryname NZ_NSLU010000401.1815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000241.1816.fna -queryname NZ_NSLU010000241.1816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000241.1816.fna -queryname NZ_NSLU010000241.1816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000241.1816.fna -queryname NZ_NSLU010000241.1816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000331.1817.fna -queryname NZ_NSLU010000331.1817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000331.1817.fna -queryname NZ_NSLU010000331.1817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000331.1817.fna -queryname NZ_NSLU010000331.1817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000511.1818.fna -queryname NZ_NSLU010000511.1818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000511.1818.fna -queryname NZ_NSLU010000511.1818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000511.1818.fna -queryname NZ_NSLU010000511.1818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588961.181.fna -queryname NZ_KI2588961.181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588961.181.fna -queryname NZ_KI2588961.181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588961.181.fna -queryname NZ_KI2588961.181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000071.1819.fna -queryname NZ_NSLU010000071.1819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000071.1819.fna -queryname NZ_NSLU010000071.1819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000071.1819.fna -queryname NZ_NSLU010000071.1819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000461.1820.fna -queryname NZ_NSLU010000461.1820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000461.1820.fna -queryname NZ_NSLU010000461.1820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000461.1820.fna -queryname NZ_NSLU010000461.1820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000151.1821.fna -queryname NZ_NSLU010000151.1821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000151.1821.fna -queryname NZ_NSLU010000151.1821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000151.1821.fna -queryname NZ_NSLU010000151.1821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000781.1822.fna -queryname NZ_NSLU010000781.1822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000781.1822.fna -queryname NZ_NSLU010000781.1822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000781.1822.fna -queryname NZ_NSLU010000781.1822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000521.1823.fna -queryname NZ_NSLU010000521.1823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000521.1823.fna -queryname NZ_NSLU010000521.1823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000521.1823.fna -queryname NZ_NSLU010000521.1823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000691.1824.fna -queryname NZ_NSLU010000691.1824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000691.1824.fna -queryname NZ_NSLU010000691.1824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000691.1824.fna -queryname NZ_NSLU010000691.1824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000041.1825.fna -queryname NZ_NSLU010000041.1825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000041.1825.fna -queryname NZ_NSLU010000041.1825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000041.1825.fna -queryname NZ_NSLU010000041.1825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000431.1826.fna -queryname NZ_NSLU010000431.1826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000431.1826.fna -queryname NZ_NSLU010000431.1826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000431.1826.fna -queryname NZ_NSLU010000431.1826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001231.1827.fna -queryname NZ_NSLU010001231.1827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001231.1827.fna -queryname NZ_NSLU010001231.1827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001231.1827.fna -queryname NZ_NSLU010001231.1827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000471.1828.fna -queryname NZ_NSLU010000471.1828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000471.1828.fna -queryname NZ_NSLU010000471.1828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000471.1828.fna -queryname NZ_NSLU010000471.1828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588831.182.fna -queryname NZ_KI2588831.182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588831.182.fna -queryname NZ_KI2588831.182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588831.182.fna -queryname NZ_KI2588831.182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001271.1829.fna -queryname NZ_NSLU010001271.1829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001271.1829.fna -queryname NZ_NSLU010001271.1829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001271.1829.fna -queryname NZ_NSLU010001271.1829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000061.1830.fna -queryname NZ_NSLU010000061.1830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000061.1830.fna -queryname NZ_NSLU010000061.1830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000061.1830.fna -queryname NZ_NSLU010000061.1830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001291.1831.fna -queryname NZ_NSLU010001291.1831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001291.1831.fna -queryname NZ_NSLU010001291.1831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001291.1831.fna -queryname NZ_NSLU010001291.1831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000191.1832.fna -queryname NZ_NSLU010000191.1832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000191.1832.fna -queryname NZ_NSLU010000191.1832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000191.1832.fna -queryname NZ_NSLU010000191.1832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000751.1833.fna -queryname NZ_NSLU010000751.1833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000751.1833.fna -queryname NZ_NSLU010000751.1833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000751.1833.fna -queryname NZ_NSLU010000751.1833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001211.1834.fna -queryname NZ_NSLU010001211.1834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001211.1834.fna -queryname NZ_NSLU010001211.1834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001211.1834.fna -queryname NZ_NSLU010001211.1834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000251.1835.fna -queryname NZ_NSLU010000251.1835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000251.1835.fna -queryname NZ_NSLU010000251.1835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000251.1835.fna -queryname NZ_NSLU010000251.1835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001261.1836.fna -queryname NZ_NSLU010001261.1836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001261.1836.fna -queryname NZ_NSLU010001261.1836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001261.1836.fna -queryname NZ_NSLU010001261.1836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.fna -queryname NZ_NSLU010000091.1837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.fna -queryname NZ_NSLU010000091.1837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.fna -queryname NZ_NSLU010000091.1837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.AOI.fna -queryname NZ_NSLU010000091.1837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000091.1837.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLU010000091.1837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLU010000091.1837.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000421.1838.fna -queryname NZ_NSLU010000421.1838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000421.1838.fna -queryname NZ_NSLU010000421.1838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000421.1838.fna -queryname NZ_NSLU010000421.1838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589341.183.fna -queryname NZ_KI2589341.183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589341.183.fna -queryname NZ_KI2589341.183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589341.183.fna -queryname NZ_KI2589341.183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000891.1839.fna -queryname NZ_NSLU010000891.1839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000891.1839.fna -queryname NZ_NSLU010000891.1839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000891.1839.fna -queryname NZ_NSLU010000891.1839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000021.1840.fna -queryname NZ_NSLU010000021.1840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000021.1840.fna -queryname NZ_NSLU010000021.1840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000021.1840.fna -queryname NZ_NSLU010000021.1840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001191.1841.fna -queryname NZ_NSLU010001191.1841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001191.1841.fna -queryname NZ_NSLU010001191.1841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001191.1841.fna -queryname NZ_NSLU010001191.1841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000871.1842.fna -queryname NZ_NSLU010000871.1842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000871.1842.fna -queryname NZ_NSLU010000871.1842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000871.1842.fna -queryname NZ_NSLU010000871.1842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000161.1843.fna -queryname NZ_NSLU010000161.1843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000161.1843.fna -queryname NZ_NSLU010000161.1843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000161.1843.fna -queryname NZ_NSLU010000161.1843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000441.1844.fna -queryname NZ_NSLU010000441.1844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000441.1844.fna -queryname NZ_NSLU010000441.1844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000441.1844.fna -queryname NZ_NSLU010000441.1844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000411.1845.fna -queryname NZ_NSLU010000411.1845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000411.1845.fna -queryname NZ_NSLU010000411.1845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000411.1845.fna -queryname NZ_NSLU010000411.1845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000051.1846.fna -queryname NZ_NSLU010000051.1846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000051.1846.fna -queryname NZ_NSLU010000051.1846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000051.1846.fna -queryname NZ_NSLU010000051.1846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000741.1847.fna -queryname NZ_NSLU010000741.1847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000741.1847.fna -queryname NZ_NSLU010000741.1847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000741.1847.fna -queryname NZ_NSLU010000741.1847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000801.1848.fna -queryname NZ_NSLU010000801.1848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000801.1848.fna -queryname NZ_NSLU010000801.1848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000801.1848.fna -queryname NZ_NSLU010000801.1848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588771.184.fna -queryname NZ_KI2588771.184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588771.184.fna -queryname NZ_KI2588771.184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588771.184.fna -queryname NZ_KI2588771.184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000711.1849.fna -queryname NZ_NSLU010000711.1849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000711.1849.fna -queryname NZ_NSLU010000711.1849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000711.1849.fna -queryname NZ_NSLU010000711.1849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001251.1850.fna -queryname NZ_NSLU010001251.1850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001251.1850.fna -queryname NZ_NSLU010001251.1850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001251.1850.fna -queryname NZ_NSLU010001251.1850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000831.1851.fna -queryname NZ_NSLU010000831.1851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000831.1851.fna -queryname NZ_NSLU010000831.1851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000831.1851.fna -queryname NZ_NSLU010000831.1851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000311.1852.fna -queryname NZ_NSLU010000311.1852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000311.1852.fna -queryname NZ_NSLU010000311.1852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000311.1852.fna -queryname NZ_NSLU010000311.1852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000141.1853.fna -queryname NZ_NSLU010000141.1853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000141.1853.fna -queryname NZ_NSLU010000141.1853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000141.1853.fna -queryname NZ_NSLU010000141.1853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000541.1854.fna -queryname NZ_NSLU010000541.1854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000541.1854.fna -queryname NZ_NSLU010000541.1854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000541.1854.fna -queryname NZ_NSLU010000541.1854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000101.1855.fna -queryname NZ_NSLU010000101.1855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000101.1855.fna -queryname NZ_NSLU010000101.1855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000101.1855.fna -queryname NZ_NSLU010000101.1855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000551.1856.fna -queryname NZ_NSLU010000551.1856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000551.1856.fna -queryname NZ_NSLU010000551.1856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000551.1856.fna -queryname NZ_NSLU010000551.1856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000961.1857.fna -queryname NZ_NSLU010000961.1857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000961.1857.fna -queryname NZ_NSLU010000961.1857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000961.1857.fna -queryname NZ_NSLU010000961.1857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000581.1858.fna -queryname NZ_NSLU010000581.1858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000581.1858.fna -queryname NZ_NSLU010000581.1858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000581.1858.fna -queryname NZ_NSLU010000581.1858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588391.185.fna -queryname NZ_KI2588391.185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588391.185.fna -queryname NZ_KI2588391.185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588391.185.fna -queryname NZ_KI2588391.185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000131.1859.fna -queryname NZ_NSLU010000131.1859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000131.1859.fna -queryname NZ_NSLU010000131.1859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000131.1859.fna -queryname NZ_NSLU010000131.1859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000211.1860.fna -queryname NZ_NSLU010000211.1860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000211.1860.fna -queryname NZ_NSLU010000211.1860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000211.1860.fna -queryname NZ_NSLU010000211.1860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000721.1861.fna -queryname NZ_NSLU010000721.1861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000721.1861.fna -queryname NZ_NSLU010000721.1861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000721.1861.fna -queryname NZ_NSLU010000721.1861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000851.1862.fna -queryname NZ_NSLU010000851.1862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000851.1862.fna -queryname NZ_NSLU010000851.1862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000851.1862.fna -queryname NZ_NSLU010000851.1862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001071.1863.fna -queryname NZ_NSLU010001071.1863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001071.1863.fna -queryname NZ_NSLU010001071.1863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001071.1863.fna -queryname NZ_NSLU010001071.1863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000901.1864.fna -queryname NZ_NSLU010000901.1864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000901.1864.fna -queryname NZ_NSLU010000901.1864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000901.1864.fna -queryname NZ_NSLU010000901.1864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001151.1865.fna -queryname NZ_NSLU010001151.1865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001151.1865.fna -queryname NZ_NSLU010001151.1865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001151.1865.fna -queryname NZ_NSLU010001151.1865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000231.1866.fna -queryname NZ_NSLU010000231.1866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000231.1866.fna -queryname NZ_NSLU010000231.1866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000231.1866.fna -queryname NZ_NSLU010000231.1866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000391.1867.fna -queryname NZ_NSLU010000391.1867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000391.1867.fna -queryname NZ_NSLU010000391.1867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000391.1867.fna -queryname NZ_NSLU010000391.1867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001021.1868.fna -queryname NZ_NSLU010001021.1868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001021.1868.fna -queryname NZ_NSLU010001021.1868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001021.1868.fna -queryname NZ_NSLU010001021.1868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589301.186.fna -queryname NZ_KI2589301.186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589301.186.fna -queryname NZ_KI2589301.186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589301.186.fna -queryname NZ_KI2589301.186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000381.1869.fna -queryname NZ_NSLU010000381.1869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000381.1869.fna -queryname NZ_NSLU010000381.1869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000381.1869.fna -queryname NZ_NSLU010000381.1869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000681.1870.fna -queryname NZ_NSLU010000681.1870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000681.1870.fna -queryname NZ_NSLU010000681.1870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000681.1870.fna -queryname NZ_NSLU010000681.1870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001311.1871.fna -queryname NZ_NSLU010001311.1871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001311.1871.fna -queryname NZ_NSLU010001311.1871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001311.1871.fna -queryname NZ_NSLU010001311.1871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000201.1872.fna -queryname NZ_NSLU010000201.1872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000201.1872.fna -queryname NZ_NSLU010000201.1872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000201.1872.fna -queryname NZ_NSLU010000201.1872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000591.1873.fna -queryname NZ_NSLU010000591.1873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000591.1873.fna -queryname NZ_NSLU010000591.1873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000591.1873.fna -queryname NZ_NSLU010000591.1873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000111.1874.fna -queryname NZ_NSLU010000111.1874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000111.1874.fna -queryname NZ_NSLU010000111.1874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000111.1874.fna -queryname NZ_NSLU010000111.1874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000601.1875.fna -queryname NZ_NSLU010000601.1875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000601.1875.fna -queryname NZ_NSLU010000601.1875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000601.1875.fna -queryname NZ_NSLU010000601.1875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000651.1876.fna -queryname NZ_NSLU010000651.1876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000651.1876.fna -queryname NZ_NSLU010000651.1876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000651.1876.fna -queryname NZ_NSLU010000651.1876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001041.1877.fna -queryname NZ_NSLU010001041.1877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001041.1877.fna -queryname NZ_NSLU010001041.1877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001041.1877.fna -queryname NZ_NSLU010001041.1877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001221.1878.fna -queryname NZ_NSLU010001221.1878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001221.1878.fna -queryname NZ_NSLU010001221.1878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001221.1878.fna -queryname NZ_NSLU010001221.1878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589741.187.fna -queryname NZ_KI2589741.187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589741.187.fna -queryname NZ_KI2589741.187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589741.187.fna -queryname NZ_KI2589741.187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001121.1879.fna -queryname NZ_NSLU010001121.1879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001121.1879.fna -queryname NZ_NSLU010001121.1879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001121.1879.fna -queryname NZ_NSLU010001121.1879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000931.1880.fna -queryname NZ_NSLU010000931.1880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000931.1880.fna -queryname NZ_NSLU010000931.1880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000931.1880.fna -queryname NZ_NSLU010000931.1880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001161.1881.fna -queryname NZ_NSLU010001161.1881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001161.1881.fna -queryname NZ_NSLU010001161.1881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001161.1881.fna -queryname NZ_NSLU010001161.1881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000451.1882.fna -queryname NZ_NSLU010000451.1882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000451.1882.fna -queryname NZ_NSLU010000451.1882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000451.1882.fna -queryname NZ_NSLU010000451.1882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000921.1883.fna -queryname NZ_NSLU010000921.1883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000921.1883.fna -queryname NZ_NSLU010000921.1883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000921.1883.fna -queryname NZ_NSLU010000921.1883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000181.1884.fna -queryname NZ_NSLU010000181.1884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000181.1884.fna -queryname NZ_NSLU010000181.1884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000181.1884.fna -queryname NZ_NSLU010000181.1884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000821.1885.fna -queryname NZ_NSLU010000821.1885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000821.1885.fna -queryname NZ_NSLU010000821.1885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000821.1885.fna -queryname NZ_NSLU010000821.1885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000661.1886.fna -queryname NZ_NSLU010000661.1886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000661.1886.fna -queryname NZ_NSLU010000661.1886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000661.1886.fna -queryname NZ_NSLU010000661.1886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001091.1887.fna -queryname NZ_NSLU010001091.1887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001091.1887.fna -queryname NZ_NSLU010001091.1887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001091.1887.fna -queryname NZ_NSLU010001091.1887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000531.1888.fna -queryname NZ_NSLU010000531.1888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000531.1888.fna -queryname NZ_NSLU010000531.1888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000531.1888.fna -queryname NZ_NSLU010000531.1888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589551.188.fna -queryname NZ_KI2589551.188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589551.188.fna -queryname NZ_KI2589551.188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589551.188.fna -queryname NZ_KI2589551.188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000321.1889.fna -queryname NZ_NSLU010000321.1889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000321.1889.fna -queryname NZ_NSLU010000321.1889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000321.1889.fna -queryname NZ_NSLU010000321.1889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001061.1890.fna -queryname NZ_NSLU010001061.1890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001061.1890.fna -queryname NZ_NSLU010001061.1890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001061.1890.fna -queryname NZ_NSLU010001061.1890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000491.1891.fna -queryname NZ_NSLU010000491.1891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000491.1891.fna -queryname NZ_NSLU010000491.1891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000491.1891.fna -queryname NZ_NSLU010000491.1891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000081.1892.fna -queryname NZ_NSLU010000081.1892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000081.1892.fna -queryname NZ_NSLU010000081.1892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000081.1892.fna -queryname NZ_NSLU010000081.1892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000611.1893.fna -queryname NZ_NSLU010000611.1893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000611.1893.fna -queryname NZ_NSLU010000611.1893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000611.1893.fna -queryname NZ_NSLU010000611.1893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000911.1894.fna -queryname NZ_NSLU010000911.1894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000911.1894.fna -queryname NZ_NSLU010000911.1894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000911.1894.fna -queryname NZ_NSLU010000911.1894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000621.1895.fna -queryname NZ_NSLU010000621.1895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000621.1895.fna -queryname NZ_NSLU010000621.1895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000621.1895.fna -queryname NZ_NSLU010000621.1895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001301.1896.fna -queryname NZ_NSLU010001301.1896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001301.1896.fna -queryname NZ_NSLU010001301.1896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001301.1896.fna -queryname NZ_NSLU010001301.1896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000221.1897.fna -queryname NZ_NSLU010000221.1897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000221.1897.fna -queryname NZ_NSLU010000221.1897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000221.1897.fna -queryname NZ_NSLU010000221.1897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000991.1898.fna -queryname NZ_NSLU010000991.1898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000991.1898.fna -queryname NZ_NSLU010000991.1898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000991.1898.fna -queryname NZ_NSLU010000991.1898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000231.18.fna -queryname NZ_AJZS010000231.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000231.18.fna -queryname NZ_AJZS010000231.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000231.18.fna -queryname NZ_AJZS010000231.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589241.189.fna -queryname NZ_KI2589241.189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589241.189.fna -queryname NZ_KI2589241.189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589241.189.fna -queryname NZ_KI2589241.189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000571.1899.fna -queryname NZ_NSLU010000571.1899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000571.1899.fna -queryname NZ_NSLU010000571.1899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000571.1899.fna -queryname NZ_NSLU010000571.1899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000341.1900.fna -queryname NZ_NSLU010000341.1900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000341.1900.fna -queryname NZ_NSLU010000341.1900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000341.1900.fna -queryname NZ_NSLU010000341.1900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000811.1901.fna -queryname NZ_NSLU010000811.1901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000811.1901.fna -queryname NZ_NSLU010000811.1901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000811.1901.fna -queryname NZ_NSLU010000811.1901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000671.1902.fna -queryname NZ_NSLU010000671.1902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000671.1902.fna -queryname NZ_NSLU010000671.1902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000671.1902.fna -queryname NZ_NSLU010000671.1902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000291.1903.fna -queryname NZ_NSLU010000291.1903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000291.1903.fna -queryname NZ_NSLU010000291.1903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000291.1903.fna -queryname NZ_NSLU010000291.1903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001171.1904.fna -queryname NZ_NSLU010001171.1904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001171.1904.fna -queryname NZ_NSLU010001171.1904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001171.1904.fna -queryname NZ_NSLU010001171.1904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000361.1905.fna -queryname NZ_NSLU010000361.1905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000361.1905.fna -queryname NZ_NSLU010000361.1905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000361.1905.fna -queryname NZ_NSLU010000361.1905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000121.1906.fna -queryname NZ_NSLU010000121.1906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000121.1906.fna -queryname NZ_NSLU010000121.1906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000121.1906.fna -queryname NZ_NSLU010000121.1906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000561.1907.fna -queryname NZ_NSLU010000561.1907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000561.1907.fna -queryname NZ_NSLU010000561.1907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000561.1907.fna -queryname NZ_NSLU010000561.1907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000881.1908.fna -queryname NZ_NSLU010000881.1908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000881.1908.fna -queryname NZ_NSLU010000881.1908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000881.1908.fna -queryname NZ_NSLU010000881.1908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589401.190.fna -queryname NZ_KI2589401.190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589401.190.fna -queryname NZ_KI2589401.190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589401.190.fna -queryname NZ_KI2589401.190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000641.1909.fna -queryname NZ_NSLU010000641.1909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000641.1909.fna -queryname NZ_NSLU010000641.1909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010000641.1909.fna -queryname NZ_NSLU010000641.1909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001141.1910.fna -queryname NZ_NSLU010001141.1910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001141.1910.fna -queryname NZ_NSLU010001141.1910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001141.1910.fna -queryname NZ_NSLU010001141.1910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001111.1911.fna -queryname NZ_NSLU010001111.1911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001111.1911.fna -queryname NZ_NSLU010001111.1911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001111.1911.fna -queryname NZ_NSLU010001111.1911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001101.1912.fna -queryname NZ_NSLU010001101.1912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001101.1912.fna -queryname NZ_NSLU010001101.1912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001101.1912.fna -queryname NZ_NSLU010001101.1912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001031.1913.fna -queryname NZ_NSLU010001031.1913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001031.1913.fna -queryname NZ_NSLU010001031.1913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLU010001031.1913.fna -queryname NZ_NSLU010001031.1913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000131.1914.fna -queryname NZ_NSLP010000131.1914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000131.1914.fna -queryname NZ_NSLP010000131.1914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000131.1914.fna -queryname NZ_NSLP010000131.1914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000151.1915.fna -queryname NZ_NSLP010000151.1915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000151.1915.fna -queryname NZ_NSLP010000151.1915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000151.1915.fna -queryname NZ_NSLP010000151.1915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000171.1916.fna -queryname NZ_NSLP010000171.1916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000171.1916.fna -queryname NZ_NSLP010000171.1916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000171.1916.fna -queryname NZ_NSLP010000171.1916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000351.1917.fna -queryname NZ_NSLP010000351.1917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000351.1917.fna -queryname NZ_NSLP010000351.1917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000351.1917.fna -queryname NZ_NSLP010000351.1917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000081.1918.fna -queryname NZ_NSLP010000081.1918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000081.1918.fna -queryname NZ_NSLP010000081.1918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000081.1918.fna -queryname NZ_NSLP010000081.1918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589161.191.fna -queryname NZ_KI2589161.191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589161.191.fna -queryname NZ_KI2589161.191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589161.191.fna -queryname NZ_KI2589161.191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000301.1919.fna -queryname NZ_NSLP010000301.1919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000301.1919.fna -queryname NZ_NSLP010000301.1919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000301.1919.fna -queryname NZ_NSLP010000301.1919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000231.1920.fna -queryname NZ_NSLP010000231.1920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000231.1920.fna -queryname NZ_NSLP010000231.1920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000231.1920.fna -queryname NZ_NSLP010000231.1920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000511.1921.fna -queryname NZ_NSLP010000511.1921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000511.1921.fna -queryname NZ_NSLP010000511.1921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000511.1921.fna -queryname NZ_NSLP010000511.1921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000201.1922.fna -queryname NZ_NSLP010000201.1922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000201.1922.fna -queryname NZ_NSLP010000201.1922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000201.1922.fna -queryname NZ_NSLP010000201.1922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000411.1923.fna -queryname NZ_NSLP010000411.1923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000411.1923.fna -queryname NZ_NSLP010000411.1923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000411.1923.fna -queryname NZ_NSLP010000411.1923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000341.1924.fna -queryname NZ_NSLP010000341.1924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000341.1924.fna -queryname NZ_NSLP010000341.1924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000341.1924.fna -queryname NZ_NSLP010000341.1924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000521.1925.fna -queryname NZ_NSLP010000521.1925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000521.1925.fna -queryname NZ_NSLP010000521.1925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000521.1925.fna -queryname NZ_NSLP010000521.1925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000491.1926.fna -queryname NZ_NSLP010000491.1926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000491.1926.fna -queryname NZ_NSLP010000491.1926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000491.1926.fna -queryname NZ_NSLP010000491.1926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000011.1927.fna -queryname NZ_NSLP010000011.1927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000011.1927.fna -queryname NZ_NSLP010000011.1927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000011.1927.fna -queryname NZ_NSLP010000011.1927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000281.1928.fna -queryname NZ_NSLP010000281.1928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000281.1928.fna -queryname NZ_NSLP010000281.1928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000281.1928.fna -queryname NZ_NSLP010000281.1928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589861.192.fna -queryname NZ_KI2589861.192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589861.192.fna -queryname NZ_KI2589861.192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589861.192.fna -queryname NZ_KI2589861.192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.fna -queryname NZ_NSLP010000261.1929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.fna -queryname NZ_NSLP010000261.1929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.fna -queryname NZ_NSLP010000261.1929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.AOI.fna -queryname NZ_NSLP010000261.1929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000261.1929.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLP010000261.1929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLP010000261.1929.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000191.1930.fna -queryname NZ_NSLP010000191.1930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000191.1930.fna -queryname NZ_NSLP010000191.1930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000191.1930.fna -queryname NZ_NSLP010000191.1930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000461.1931.fna -queryname NZ_NSLP010000461.1931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000461.1931.fna -queryname NZ_NSLP010000461.1931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000461.1931.fna -queryname NZ_NSLP010000461.1931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000021.1932.fna -queryname NZ_NSLP010000021.1932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000021.1932.fna -queryname NZ_NSLP010000021.1932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000021.1932.fna -queryname NZ_NSLP010000021.1932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000041.1933.fna -queryname NZ_NSLP010000041.1933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000041.1933.fna -queryname NZ_NSLP010000041.1933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000041.1933.fna -queryname NZ_NSLP010000041.1933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000421.1934.fna -queryname NZ_NSLP010000421.1934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000421.1934.fna -queryname NZ_NSLP010000421.1934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000421.1934.fna -queryname NZ_NSLP010000421.1934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000091.1935.fna -queryname NZ_NSLP010000091.1935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000091.1935.fna -queryname NZ_NSLP010000091.1935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000091.1935.fna -queryname NZ_NSLP010000091.1935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000581.1936.fna -queryname NZ_NSLP010000581.1936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000581.1936.fna -queryname NZ_NSLP010000581.1936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000581.1936.fna -queryname NZ_NSLP010000581.1936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000111.1937.fna -queryname NZ_NSLP010000111.1937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000111.1937.fna -queryname NZ_NSLP010000111.1937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000111.1937.fna -queryname NZ_NSLP010000111.1937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000501.1938.fna -queryname NZ_NSLP010000501.1938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000501.1938.fna -queryname NZ_NSLP010000501.1938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000501.1938.fna -queryname NZ_NSLP010000501.1938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589091.193.fna -queryname NZ_KI2589091.193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589091.193.fna -queryname NZ_KI2589091.193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589091.193.fna -queryname NZ_KI2589091.193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000601.1939.fna -queryname NZ_NSLP010000601.1939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000601.1939.fna -queryname NZ_NSLP010000601.1939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000601.1939.fna -queryname NZ_NSLP010000601.1939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000541.1940.fna -queryname NZ_NSLP010000541.1940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000541.1940.fna -queryname NZ_NSLP010000541.1940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000541.1940.fna -queryname NZ_NSLP010000541.1940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000471.1941.fna -queryname NZ_NSLP010000471.1941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000471.1941.fna -queryname NZ_NSLP010000471.1941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000471.1941.fna -queryname NZ_NSLP010000471.1941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000551.1942.fna -queryname NZ_NSLP010000551.1942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000551.1942.fna -queryname NZ_NSLP010000551.1942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000551.1942.fna -queryname NZ_NSLP010000551.1942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010001221.1943.fna -queryname NZ_NSLP010001221.1943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010001221.1943.fna -queryname NZ_NSLP010001221.1943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010001221.1943.fna -queryname NZ_NSLP010001221.1943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000221.1944.fna -queryname NZ_NSLP010000221.1944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000221.1944.fna -queryname NZ_NSLP010000221.1944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000221.1944.fna -queryname NZ_NSLP010000221.1944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000441.1945.fna -queryname NZ_NSLP010000441.1945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000441.1945.fna -queryname NZ_NSLP010000441.1945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000441.1945.fna -queryname NZ_NSLP010000441.1945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000271.1946.fna -queryname NZ_NSLP010000271.1946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000271.1946.fna -queryname NZ_NSLP010000271.1946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000271.1946.fna -queryname NZ_NSLP010000271.1946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000571.1947.fna -queryname NZ_NSLP010000571.1947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000571.1947.fna -queryname NZ_NSLP010000571.1947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000571.1947.fna -queryname NZ_NSLP010000571.1947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000211.1948.fna -queryname NZ_NSLP010000211.1948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000211.1948.fna -queryname NZ_NSLP010000211.1948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000211.1948.fna -queryname NZ_NSLP010000211.1948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588791.194.fna -queryname NZ_KI2588791.194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588791.194.fna -queryname NZ_KI2588791.194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588791.194.fna -queryname NZ_KI2588791.194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000591.1949.fna -queryname NZ_NSLP010000591.1949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000591.1949.fna -queryname NZ_NSLP010000591.1949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000591.1949.fna -queryname NZ_NSLP010000591.1949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000251.1950.fna -queryname NZ_NSLP010000251.1950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000251.1950.fna -queryname NZ_NSLP010000251.1950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000251.1950.fna -queryname NZ_NSLP010000251.1950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000641.1951.fna -queryname NZ_NSLP010000641.1951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000641.1951.fna -queryname NZ_NSLP010000641.1951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000641.1951.fna -queryname NZ_NSLP010000641.1951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000481.1952.fna -queryname NZ_NSLP010000481.1952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000481.1952.fna -queryname NZ_NSLP010000481.1952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000481.1952.fna -queryname NZ_NSLP010000481.1952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000071.1953.fna -queryname NZ_NSLP010000071.1953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000071.1953.fna -queryname NZ_NSLP010000071.1953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000071.1953.fna -queryname NZ_NSLP010000071.1953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000241.1954.fna -queryname NZ_NSLP010000241.1954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000241.1954.fna -queryname NZ_NSLP010000241.1954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000241.1954.fna -queryname NZ_NSLP010000241.1954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000391.1955.fna -queryname NZ_NSLP010000391.1955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000391.1955.fna -queryname NZ_NSLP010000391.1955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000391.1955.fna -queryname NZ_NSLP010000391.1955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000431.1956.fna -queryname NZ_NSLP010000431.1956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000431.1956.fna -queryname NZ_NSLP010000431.1956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000431.1956.fna -queryname NZ_NSLP010000431.1956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000451.1957.fna -queryname NZ_NSLP010000451.1957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000451.1957.fna -queryname NZ_NSLP010000451.1957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000451.1957.fna -queryname NZ_NSLP010000451.1957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000381.1958.fna -queryname NZ_NSLP010000381.1958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000381.1958.fna -queryname NZ_NSLP010000381.1958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000381.1958.fna -queryname NZ_NSLP010000381.1958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588441.195.fna -queryname NZ_KI2588441.195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588441.195.fna -queryname NZ_KI2588441.195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588441.195.fna -queryname NZ_KI2588441.195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000061.1959.fna -queryname NZ_NSLP010000061.1959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000061.1959.fna -queryname NZ_NSLP010000061.1959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000061.1959.fna -queryname NZ_NSLP010000061.1959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000101.1960.fna -queryname NZ_NSLP010000101.1960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000101.1960.fna -queryname NZ_NSLP010000101.1960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000101.1960.fna -queryname NZ_NSLP010000101.1960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000631.1961.fna -queryname NZ_NSLP010000631.1961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000631.1961.fna -queryname NZ_NSLP010000631.1961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000631.1961.fna -queryname NZ_NSLP010000631.1961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000371.1962.fna -queryname NZ_NSLP010000371.1962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000371.1962.fna -queryname NZ_NSLP010000371.1962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000371.1962.fna -queryname NZ_NSLP010000371.1962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000161.1963.fna -queryname NZ_NSLP010000161.1963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000161.1963.fna -queryname NZ_NSLP010000161.1963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000161.1963.fna -queryname NZ_NSLP010000161.1963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000401.1964.fna -queryname NZ_NSLP010000401.1964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000401.1964.fna -queryname NZ_NSLP010000401.1964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000401.1964.fna -queryname NZ_NSLP010000401.1964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000121.1965.fna -queryname NZ_NSLP010000121.1965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000121.1965.fna -queryname NZ_NSLP010000121.1965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000121.1965.fna -queryname NZ_NSLP010000121.1965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000141.1966.fna -queryname NZ_NSLP010000141.1966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000141.1966.fna -queryname NZ_NSLP010000141.1966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000141.1966.fna -queryname NZ_NSLP010000141.1966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000321.1967.fna -queryname NZ_NSLP010000321.1967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000321.1967.fna -queryname NZ_NSLP010000321.1967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000321.1967.fna -queryname NZ_NSLP010000321.1967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000051.1968.fna -queryname NZ_NSLP010000051.1968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000051.1968.fna -queryname NZ_NSLP010000051.1968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000051.1968.fna -queryname NZ_NSLP010000051.1968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588471.196.fna -queryname NZ_KI2588471.196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588471.196.fna -queryname NZ_KI2588471.196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588471.196.fna -queryname NZ_KI2588471.196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000031.1969.fna -queryname NZ_NSLP010000031.1969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000031.1969.fna -queryname NZ_NSLP010000031.1969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000031.1969.fna -queryname NZ_NSLP010000031.1969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000621.1970.fna -queryname NZ_NSLP010000621.1970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000621.1970.fna -queryname NZ_NSLP010000621.1970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000621.1970.fna -queryname NZ_NSLP010000621.1970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000611.1971.fna -queryname NZ_NSLP010000611.1971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000611.1971.fna -queryname NZ_NSLP010000611.1971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000611.1971.fna -queryname NZ_NSLP010000611.1971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000181.1972.fna -queryname NZ_NSLP010000181.1972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000181.1972.fna -queryname NZ_NSLP010000181.1972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000181.1972.fna -queryname NZ_NSLP010000181.1972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000311.1973.fna -queryname NZ_NSLP010000311.1973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000311.1973.fna -queryname NZ_NSLP010000311.1973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000311.1973.fna -queryname NZ_NSLP010000311.1973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000361.1974.fna -queryname NZ_NSLP010000361.1974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000361.1974.fna -queryname NZ_NSLP010000361.1974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000361.1974.fna -queryname NZ_NSLP010000361.1974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000531.1975.fna -queryname NZ_NSLP010000531.1975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000531.1975.fna -queryname NZ_NSLP010000531.1975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000531.1975.fna -queryname NZ_NSLP010000531.1975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000561.1976.fna -queryname NZ_NSLP010000561.1976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000561.1976.fna -queryname NZ_NSLP010000561.1976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000561.1976.fna -queryname NZ_NSLP010000561.1976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000331.1977.fna -queryname NZ_NSLP010000331.1977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000331.1977.fna -queryname NZ_NSLP010000331.1977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000331.1977.fna -queryname NZ_NSLP010000331.1977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000291.1978.fna -queryname NZ_NSLP010000291.1978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000291.1978.fna -queryname NZ_NSLP010000291.1978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLP010000291.1978.fna -queryname NZ_NSLP010000291.1978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589801.197.fna -queryname NZ_KI2589801.197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589801.197.fna -queryname NZ_KI2589801.197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589801.197.fna -queryname NZ_KI2589801.197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000511.1979.fna -queryname NZ_NSLR010000511.1979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000511.1979.fna -queryname NZ_NSLR010000511.1979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000511.1979.fna -queryname NZ_NSLR010000511.1979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000381.1980.fna -queryname NZ_NSLR010000381.1980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000381.1980.fna -queryname NZ_NSLR010000381.1980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000381.1980.fna -queryname NZ_NSLR010000381.1980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000351.1981.fna -queryname NZ_NSLR010000351.1981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000351.1981.fna -queryname NZ_NSLR010000351.1981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000351.1981.fna -queryname NZ_NSLR010000351.1981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000671.1982.fna -queryname NZ_NSLR010000671.1982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000671.1982.fna -queryname NZ_NSLR010000671.1982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000671.1982.fna -queryname NZ_NSLR010000671.1982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000241.1983.fna -queryname NZ_NSLR010000241.1983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000241.1983.fna -queryname NZ_NSLR010000241.1983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000241.1983.fna -queryname NZ_NSLR010000241.1983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000311.1984.fna -queryname NZ_NSLR010000311.1984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000311.1984.fna -queryname NZ_NSLR010000311.1984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000311.1984.fna -queryname NZ_NSLR010000311.1984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000411.1985.fna -queryname NZ_NSLR010000411.1985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000411.1985.fna -queryname NZ_NSLR010000411.1985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000411.1985.fna -queryname NZ_NSLR010000411.1985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000251.1986.fna -queryname NZ_NSLR010000251.1986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000251.1986.fna -queryname NZ_NSLR010000251.1986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000251.1986.fna -queryname NZ_NSLR010000251.1986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000021.1987.fna -queryname NZ_NSLR010000021.1987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000021.1987.fna -queryname NZ_NSLR010000021.1987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000021.1987.fna -queryname NZ_NSLR010000021.1987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000041.1988.fna -queryname NZ_NSLR010000041.1988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000041.1988.fna -queryname NZ_NSLR010000041.1988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000041.1988.fna -queryname NZ_NSLR010000041.1988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589621.198.fna -queryname NZ_KI2589621.198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589621.198.fna -queryname NZ_KI2589621.198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589621.198.fna -queryname NZ_KI2589621.198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000291.1989.fna -queryname NZ_NSLR010000291.1989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000291.1989.fna -queryname NZ_NSLR010000291.1989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000291.1989.fna -queryname NZ_NSLR010000291.1989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000561.1990.fna -queryname NZ_NSLR010000561.1990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000561.1990.fna -queryname NZ_NSLR010000561.1990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000561.1990.fna -queryname NZ_NSLR010000561.1990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000581.1991.fna -queryname NZ_NSLR010000581.1991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000581.1991.fna -queryname NZ_NSLR010000581.1991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000581.1991.fna -queryname NZ_NSLR010000581.1991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000361.1992.fna -queryname NZ_NSLR010000361.1992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000361.1992.fna -queryname NZ_NSLR010000361.1992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000361.1992.fna -queryname NZ_NSLR010000361.1992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000131.1993.fna -queryname NZ_NSLR010000131.1993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000131.1993.fna -queryname NZ_NSLR010000131.1993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000131.1993.fna -queryname NZ_NSLR010000131.1993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000541.1994.fna -queryname NZ_NSLR010000541.1994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000541.1994.fna -queryname NZ_NSLR010000541.1994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000541.1994.fna -queryname NZ_NSLR010000541.1994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000441.1995.fna -queryname NZ_NSLR010000441.1995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000441.1995.fna -queryname NZ_NSLR010000441.1995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000441.1995.fna -queryname NZ_NSLR010000441.1995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000431.1996.fna -queryname NZ_NSLR010000431.1996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000431.1996.fna -queryname NZ_NSLR010000431.1996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000431.1996.fna -queryname NZ_NSLR010000431.1996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000141.1997.fna -queryname NZ_NSLR010000141.1997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000141.1997.fna -queryname NZ_NSLR010000141.1997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000141.1997.fna -queryname NZ_NSLR010000141.1997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000081.1998.fna -queryname NZ_NSLR010000081.1998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000081.1998.fna -queryname NZ_NSLR010000081.1998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000081.1998.fna -queryname NZ_NSLR010000081.1998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.fna -queryname NC_0107291.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.fna -queryname NC_0107291.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.fna -queryname NC_0107291.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.AOI.fna -queryname NC_0107291.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0107291.1.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NC_0107291.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NC_0107291.1.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000971.19.fna -queryname NZ_AJZS010000971.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000971.19.fna -queryname NZ_AJZS010000971.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000971.19.fna -queryname NZ_AJZS010000971.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589841.199.fna -queryname NZ_KI2589841.199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589841.199.fna -queryname NZ_KI2589841.199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589841.199.fna -queryname NZ_KI2589841.199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000661.1999.fna -queryname NZ_NSLR010000661.1999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000661.1999.fna -queryname NZ_NSLR010000661.1999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000661.1999.fna -queryname NZ_NSLR010000661.1999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000591.2000.fna -queryname NZ_NSLR010000591.2000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000591.2000.fna -queryname NZ_NSLR010000591.2000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000591.2000.fna -queryname NZ_NSLR010000591.2000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000221.2001.fna -queryname NZ_NSLR010000221.2001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000221.2001.fna -queryname NZ_NSLR010000221.2001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000221.2001.fna -queryname NZ_NSLR010000221.2001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000211.2002.fna -queryname NZ_NSLR010000211.2002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000211.2002.fna -queryname NZ_NSLR010000211.2002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000211.2002.fna -queryname NZ_NSLR010000211.2002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000401.2003.fna -queryname NZ_NSLR010000401.2003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000401.2003.fna -queryname NZ_NSLR010000401.2003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000401.2003.fna -queryname NZ_NSLR010000401.2003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000301.2004.fna -queryname NZ_NSLR010000301.2004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000301.2004.fna -queryname NZ_NSLR010000301.2004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000301.2004.fna -queryname NZ_NSLR010000301.2004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000151.2005.fna -queryname NZ_NSLR010000151.2005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000151.2005.fna -queryname NZ_NSLR010000151.2005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000151.2005.fna -queryname NZ_NSLR010000151.2005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000271.2006.fna -queryname NZ_NSLR010000271.2006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000271.2006.fna -queryname NZ_NSLR010000271.2006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000271.2006.fna -queryname NZ_NSLR010000271.2006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000631.2007.fna -queryname NZ_NSLR010000631.2007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000631.2007.fna -queryname NZ_NSLR010000631.2007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000631.2007.fna -queryname NZ_NSLR010000631.2007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000531.2008.fna -queryname NZ_NSLR010000531.2008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000531.2008.fna -queryname NZ_NSLR010000531.2008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000531.2008.fna -queryname NZ_NSLR010000531.2008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589051.200.fna -queryname NZ_KI2589051.200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589051.200.fna -queryname NZ_KI2589051.200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589051.200.fna -queryname NZ_KI2589051.200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000641.2009.fna -queryname NZ_NSLR010000641.2009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000641.2009.fna -queryname NZ_NSLR010000641.2009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000641.2009.fna -queryname NZ_NSLR010000641.2009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000201.2010.fna -queryname NZ_NSLR010000201.2010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000201.2010.fna -queryname NZ_NSLR010000201.2010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000201.2010.fna -queryname NZ_NSLR010000201.2010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000051.2011.fna -queryname NZ_NSLR010000051.2011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000051.2011.fna -queryname NZ_NSLR010000051.2011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000051.2011.fna -queryname NZ_NSLR010000051.2011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000161.2012.fna -queryname NZ_NSLR010000161.2012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000161.2012.fna -queryname NZ_NSLR010000161.2012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000161.2012.fna -queryname NZ_NSLR010000161.2012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000551.2013.fna -queryname NZ_NSLR010000551.2013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000551.2013.fna -queryname NZ_NSLR010000551.2013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000551.2013.fna -queryname NZ_NSLR010000551.2013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000601.2014.fna -queryname NZ_NSLR010000601.2014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000601.2014.fna -queryname NZ_NSLR010000601.2014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000601.2014.fna -queryname NZ_NSLR010000601.2014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000111.2015.fna -queryname NZ_NSLR010000111.2015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000111.2015.fna -queryname NZ_NSLR010000111.2015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000111.2015.fna -queryname NZ_NSLR010000111.2015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000061.2016.fna -queryname NZ_NSLR010000061.2016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000061.2016.fna -queryname NZ_NSLR010000061.2016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000061.2016.fna -queryname NZ_NSLR010000061.2016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000611.2017.fna -queryname NZ_NSLR010000611.2017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000611.2017.fna -queryname NZ_NSLR010000611.2017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000611.2017.fna -queryname NZ_NSLR010000611.2017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000031.2018.fna -queryname NZ_NSLR010000031.2018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000031.2018.fna -queryname NZ_NSLR010000031.2018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000031.2018.fna -queryname NZ_NSLR010000031.2018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589721.201.fna -queryname NZ_KI2589721.201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589721.201.fna -queryname NZ_KI2589721.201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589721.201.fna -queryname NZ_KI2589721.201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000681.2019.fna -queryname NZ_NSLR010000681.2019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000681.2019.fna -queryname NZ_NSLR010000681.2019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000681.2019.fna -queryname NZ_NSLR010000681.2019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000011.2020.fna -queryname NZ_NSLR010000011.2020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000011.2020.fna -queryname NZ_NSLR010000011.2020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000011.2020.fna -queryname NZ_NSLR010000011.2020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000421.2021.fna -queryname NZ_NSLR010000421.2021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000421.2021.fna -queryname NZ_NSLR010000421.2021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000421.2021.fna -queryname NZ_NSLR010000421.2021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000471.2022.fna -queryname NZ_NSLR010000471.2022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000471.2022.fna -queryname NZ_NSLR010000471.2022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000471.2022.fna -queryname NZ_NSLR010000471.2022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000171.2023.fna -queryname NZ_NSLR010000171.2023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000171.2023.fna -queryname NZ_NSLR010000171.2023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000171.2023.fna -queryname NZ_NSLR010000171.2023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000281.2024.fna -queryname NZ_NSLR010000281.2024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000281.2024.fna -queryname NZ_NSLR010000281.2024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000281.2024.fna -queryname NZ_NSLR010000281.2024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000371.2025.fna -queryname NZ_NSLR010000371.2025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000371.2025.fna -queryname NZ_NSLR010000371.2025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000371.2025.fna -queryname NZ_NSLR010000371.2025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000261.2026.fna -queryname NZ_NSLR010000261.2026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000261.2026.fna -queryname NZ_NSLR010000261.2026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000261.2026.fna -queryname NZ_NSLR010000261.2026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000481.2027.fna -queryname NZ_NSLR010000481.2027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000481.2027.fna -queryname NZ_NSLR010000481.2027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000481.2027.fna -queryname NZ_NSLR010000481.2027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000331.2028.fna -queryname NZ_NSLR010000331.2028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000331.2028.fna -queryname NZ_NSLR010000331.2028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000331.2028.fna -queryname NZ_NSLR010000331.2028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589371.202.fna -queryname NZ_KI2589371.202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589371.202.fna -queryname NZ_KI2589371.202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589371.202.fna -queryname NZ_KI2589371.202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000621.2029.fna -queryname NZ_NSLR010000621.2029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000621.2029.fna -queryname NZ_NSLR010000621.2029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000621.2029.fna -queryname NZ_NSLR010000621.2029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000321.2030.fna -queryname NZ_NSLR010000321.2030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000321.2030.fna -queryname NZ_NSLR010000321.2030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000321.2030.fna -queryname NZ_NSLR010000321.2030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000391.2031.fna -queryname NZ_NSLR010000391.2031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000391.2031.fna -queryname NZ_NSLR010000391.2031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000391.2031.fna -queryname NZ_NSLR010000391.2031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000191.2032.fna -queryname NZ_NSLR010000191.2032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000191.2032.fna -queryname NZ_NSLR010000191.2032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000191.2032.fna -queryname NZ_NSLR010000191.2032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000521.2033.fna -queryname NZ_NSLR010000521.2033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000521.2033.fna -queryname NZ_NSLR010000521.2033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000521.2033.fna -queryname NZ_NSLR010000521.2033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000181.2034.fna -queryname NZ_NSLR010000181.2034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000181.2034.fna -queryname NZ_NSLR010000181.2034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000181.2034.fna -queryname NZ_NSLR010000181.2034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000341.2035.fna -queryname NZ_NSLR010000341.2035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000341.2035.fna -queryname NZ_NSLR010000341.2035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000341.2035.fna -queryname NZ_NSLR010000341.2035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000121.2036.fna -queryname NZ_NSLR010000121.2036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000121.2036.fna -queryname NZ_NSLR010000121.2036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000121.2036.fna -queryname NZ_NSLR010000121.2036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000091.2037.fna -queryname NZ_NSLR010000091.2037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000091.2037.fna -queryname NZ_NSLR010000091.2037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000091.2037.fna -queryname NZ_NSLR010000091.2037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000501.2038.fna -queryname NZ_NSLR010000501.2038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000501.2038.fna -queryname NZ_NSLR010000501.2038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000501.2038.fna -queryname NZ_NSLR010000501.2038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588811.203.fna -queryname NZ_KI2588811.203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588811.203.fna -queryname NZ_KI2588811.203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588811.203.fna -queryname NZ_KI2588811.203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000651.2039.fna -queryname NZ_NSLR010000651.2039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000651.2039.fna -queryname NZ_NSLR010000651.2039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000651.2039.fna -queryname NZ_NSLR010000651.2039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000451.2040.fna -queryname NZ_NSLR010000451.2040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000451.2040.fna -queryname NZ_NSLR010000451.2040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000451.2040.fna -queryname NZ_NSLR010000451.2040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000571.2041.fna -queryname NZ_NSLR010000571.2041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000571.2041.fna -queryname NZ_NSLR010000571.2041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000571.2041.fna -queryname NZ_NSLR010000571.2041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000101.2042.fna -queryname NZ_NSLR010000101.2042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000101.2042.fna -queryname NZ_NSLR010000101.2042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000101.2042.fna -queryname NZ_NSLR010000101.2042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.fna -queryname NZ_NSLR010000231.2043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.fna -queryname NZ_NSLR010000231.2043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.fna -queryname NZ_NSLR010000231.2043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.AOI.fna -queryname NZ_NSLR010000231.2043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000231.2043.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLR010000231.2043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLR010000231.2043.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000461.2044.fna -queryname NZ_NSLR010000461.2044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000461.2044.fna -queryname NZ_NSLR010000461.2044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000461.2044.fna -queryname NZ_NSLR010000461.2044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000071.2045.fna -queryname NZ_NSLR010000071.2045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000071.2045.fna -queryname NZ_NSLR010000071.2045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000071.2045.fna -queryname NZ_NSLR010000071.2045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000491.2046.fna -queryname NZ_NSLR010000491.2046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000491.2046.fna -queryname NZ_NSLR010000491.2046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLR010000491.2046.fna -queryname NZ_NSLR010000491.2046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000201.2047.fna -queryname NZ_NSLQ010000201.2047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000201.2047.fna -queryname NZ_NSLQ010000201.2047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000201.2047.fna -queryname NZ_NSLQ010000201.2047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000281.2048.fna -queryname NZ_NSLQ010000281.2048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000281.2048.fna -queryname NZ_NSLQ010000281.2048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000281.2048.fna -queryname NZ_NSLQ010000281.2048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588611.204.fna -queryname NZ_KI2588611.204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588611.204.fna -queryname NZ_KI2588611.204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588611.204.fna -queryname NZ_KI2588611.204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000271.2049.fna -queryname NZ_NSLQ010000271.2049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000271.2049.fna -queryname NZ_NSLQ010000271.2049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000271.2049.fna -queryname NZ_NSLQ010000271.2049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000751.2050.fna -queryname NZ_NSLQ010000751.2050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000751.2050.fna -queryname NZ_NSLQ010000751.2050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000751.2050.fna -queryname NZ_NSLQ010000751.2050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000631.2051.fna -queryname NZ_NSLQ010000631.2051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000631.2051.fna -queryname NZ_NSLQ010000631.2051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000631.2051.fna -queryname NZ_NSLQ010000631.2051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.fna -queryname NZ_NSLQ010000031.2052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.fna -queryname NZ_NSLQ010000031.2052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.fna -queryname NZ_NSLQ010000031.2052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.AOI.fna -queryname NZ_NSLQ010000031.2052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000031.2052.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLQ010000031.2052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLQ010000031.2052.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000531.2053.fna -queryname NZ_NSLQ010000531.2053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000531.2053.fna -queryname NZ_NSLQ010000531.2053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000531.2053.fna -queryname NZ_NSLQ010000531.2053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000571.2054.fna -queryname NZ_NSLQ010000571.2054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000571.2054.fna -queryname NZ_NSLQ010000571.2054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000571.2054.fna -queryname NZ_NSLQ010000571.2054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000351.2055.fna -queryname NZ_NSLQ010000351.2055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000351.2055.fna -queryname NZ_NSLQ010000351.2055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000351.2055.fna -queryname NZ_NSLQ010000351.2055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000171.2056.fna -queryname NZ_NSLQ010000171.2056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000171.2056.fna -queryname NZ_NSLQ010000171.2056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000171.2056.fna -queryname NZ_NSLQ010000171.2056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000741.2057.fna -queryname NZ_NSLQ010000741.2057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000741.2057.fna -queryname NZ_NSLQ010000741.2057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000741.2057.fna -queryname NZ_NSLQ010000741.2057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000711.2058.fna -queryname NZ_NSLQ010000711.2058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000711.2058.fna -queryname NZ_NSLQ010000711.2058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000711.2058.fna -queryname NZ_NSLQ010000711.2058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588691.205.fna -queryname NZ_KI2588691.205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588691.205.fna -queryname NZ_KI2588691.205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588691.205.fna -queryname NZ_KI2588691.205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000381.2059.fna -queryname NZ_NSLQ010000381.2059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000381.2059.fna -queryname NZ_NSLQ010000381.2059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000381.2059.fna -queryname NZ_NSLQ010000381.2059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000611.2060.fna -queryname NZ_NSLQ010000611.2060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000611.2060.fna -queryname NZ_NSLQ010000611.2060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000611.2060.fna -queryname NZ_NSLQ010000611.2060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000511.2061.fna -queryname NZ_NSLQ010000511.2061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000511.2061.fna -queryname NZ_NSLQ010000511.2061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000511.2061.fna -queryname NZ_NSLQ010000511.2061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000061.2062.fna -queryname NZ_NSLQ010000061.2062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000061.2062.fna -queryname NZ_NSLQ010000061.2062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000061.2062.fna -queryname NZ_NSLQ010000061.2062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000341.2063.fna -queryname NZ_NSLQ010000341.2063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000341.2063.fna -queryname NZ_NSLQ010000341.2063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000341.2063.fna -queryname NZ_NSLQ010000341.2063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000331.2064.fna -queryname NZ_NSLQ010000331.2064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000331.2064.fna -queryname NZ_NSLQ010000331.2064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000331.2064.fna -queryname NZ_NSLQ010000331.2064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000211.2065.fna -queryname NZ_NSLQ010000211.2065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000211.2065.fna -queryname NZ_NSLQ010000211.2065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000211.2065.fna -queryname NZ_NSLQ010000211.2065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000051.2066.fna -queryname NZ_NSLQ010000051.2066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000051.2066.fna -queryname NZ_NSLQ010000051.2066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000051.2066.fna -queryname NZ_NSLQ010000051.2066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000421.2067.fna -queryname NZ_NSLQ010000421.2067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000421.2067.fna -queryname NZ_NSLQ010000421.2067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000421.2067.fna -queryname NZ_NSLQ010000421.2067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000301.2068.fna -queryname NZ_NSLQ010000301.2068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000301.2068.fna -queryname NZ_NSLQ010000301.2068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000301.2068.fna -queryname NZ_NSLQ010000301.2068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588571.206.fna -queryname NZ_KI2588571.206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588571.206.fna -queryname NZ_KI2588571.206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588571.206.fna -queryname NZ_KI2588571.206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000731.2069.fna -queryname NZ_NSLQ010000731.2069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000731.2069.fna -queryname NZ_NSLQ010000731.2069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000731.2069.fna -queryname NZ_NSLQ010000731.2069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000581.2070.fna -queryname NZ_NSLQ010000581.2070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000581.2070.fna -queryname NZ_NSLQ010000581.2070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000581.2070.fna -queryname NZ_NSLQ010000581.2070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000601.2071.fna -queryname NZ_NSLQ010000601.2071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000601.2071.fna -queryname NZ_NSLQ010000601.2071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000601.2071.fna -queryname NZ_NSLQ010000601.2071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000021.2072.fna -queryname NZ_NSLQ010000021.2072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000021.2072.fna -queryname NZ_NSLQ010000021.2072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000021.2072.fna -queryname NZ_NSLQ010000021.2072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000551.2073.fna -queryname NZ_NSLQ010000551.2073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000551.2073.fna -queryname NZ_NSLQ010000551.2073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000551.2073.fna -queryname NZ_NSLQ010000551.2073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000251.2074.fna -queryname NZ_NSLQ010000251.2074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000251.2074.fna -queryname NZ_NSLQ010000251.2074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000251.2074.fna -queryname NZ_NSLQ010000251.2074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000121.2075.fna -queryname NZ_NSLQ010000121.2075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000121.2075.fna -queryname NZ_NSLQ010000121.2075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000121.2075.fna -queryname NZ_NSLQ010000121.2075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000801.2076.fna -queryname NZ_NSLQ010000801.2076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000801.2076.fna -queryname NZ_NSLQ010000801.2076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000801.2076.fna -queryname NZ_NSLQ010000801.2076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000621.2077.fna -queryname NZ_NSLQ010000621.2077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000621.2077.fna -queryname NZ_NSLQ010000621.2077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000621.2077.fna -queryname NZ_NSLQ010000621.2077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000441.2078.fna -queryname NZ_NSLQ010000441.2078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000441.2078.fna -queryname NZ_NSLQ010000441.2078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000441.2078.fna -queryname NZ_NSLQ010000441.2078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589671.207.fna -queryname NZ_KI2589671.207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589671.207.fna -queryname NZ_KI2589671.207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589671.207.fna -queryname NZ_KI2589671.207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000501.2079.fna -queryname NZ_NSLQ010000501.2079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000501.2079.fna -queryname NZ_NSLQ010000501.2079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000501.2079.fna -queryname NZ_NSLQ010000501.2079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000261.2080.fna -queryname NZ_NSLQ010000261.2080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000261.2080.fna -queryname NZ_NSLQ010000261.2080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000261.2080.fna -queryname NZ_NSLQ010000261.2080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000591.2081.fna -queryname NZ_NSLQ010000591.2081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000591.2081.fna -queryname NZ_NSLQ010000591.2081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000591.2081.fna -queryname NZ_NSLQ010000591.2081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000161.2082.fna -queryname NZ_NSLQ010000161.2082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000161.2082.fna -queryname NZ_NSLQ010000161.2082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000161.2082.fna -queryname NZ_NSLQ010000161.2082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000721.2083.fna -queryname NZ_NSLQ010000721.2083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000721.2083.fna -queryname NZ_NSLQ010000721.2083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000721.2083.fna -queryname NZ_NSLQ010000721.2083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000651.2084.fna -queryname NZ_NSLQ010000651.2084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000651.2084.fna -queryname NZ_NSLQ010000651.2084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000651.2084.fna -queryname NZ_NSLQ010000651.2084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000471.2085.fna -queryname NZ_NSLQ010000471.2085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000471.2085.fna -queryname NZ_NSLQ010000471.2085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000471.2085.fna -queryname NZ_NSLQ010000471.2085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000191.2086.fna -queryname NZ_NSLQ010000191.2086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000191.2086.fna -queryname NZ_NSLQ010000191.2086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000191.2086.fna -queryname NZ_NSLQ010000191.2086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000011.2087.fna -queryname NZ_NSLQ010000011.2087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000011.2087.fna -queryname NZ_NSLQ010000011.2087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000011.2087.fna -queryname NZ_NSLQ010000011.2087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000671.2088.fna -queryname NZ_NSLQ010000671.2088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000671.2088.fna -queryname NZ_NSLQ010000671.2088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000671.2088.fna -queryname NZ_NSLQ010000671.2088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589591.208.fna -queryname NZ_KI2589591.208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589591.208.fna -queryname NZ_KI2589591.208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589591.208.fna -queryname NZ_KI2589591.208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000541.2089.fna -queryname NZ_NSLQ010000541.2089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000541.2089.fna -queryname NZ_NSLQ010000541.2089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000541.2089.fna -queryname NZ_NSLQ010000541.2089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000241.2090.fna -queryname NZ_NSLQ010000241.2090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000241.2090.fna -queryname NZ_NSLQ010000241.2090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000241.2090.fna -queryname NZ_NSLQ010000241.2090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000321.2091.fna -queryname NZ_NSLQ010000321.2091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000321.2091.fna -queryname NZ_NSLQ010000321.2091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000321.2091.fna -queryname NZ_NSLQ010000321.2091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000411.2092.fna -queryname NZ_NSLQ010000411.2092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000411.2092.fna -queryname NZ_NSLQ010000411.2092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000411.2092.fna -queryname NZ_NSLQ010000411.2092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000371.2093.fna -queryname NZ_NSLQ010000371.2093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000371.2093.fna -queryname NZ_NSLQ010000371.2093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000371.2093.fna -queryname NZ_NSLQ010000371.2093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000101.2094.fna -queryname NZ_NSLQ010000101.2094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000101.2094.fna -queryname NZ_NSLQ010000101.2094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000101.2094.fna -queryname NZ_NSLQ010000101.2094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000781.2095.fna -queryname NZ_NSLQ010000781.2095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000781.2095.fna -queryname NZ_NSLQ010000781.2095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000781.2095.fna -queryname NZ_NSLQ010000781.2095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000681.2096.fna -queryname NZ_NSLQ010000681.2096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000681.2096.fna -queryname NZ_NSLQ010000681.2096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000681.2096.fna -queryname NZ_NSLQ010000681.2096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000521.2097.fna -queryname NZ_NSLQ010000521.2097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000521.2097.fna -queryname NZ_NSLQ010000521.2097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000521.2097.fna -queryname NZ_NSLQ010000521.2097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000431.2098.fna -queryname NZ_NSLQ010000431.2098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000431.2098.fna -queryname NZ_NSLQ010000431.2098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000431.2098.fna -queryname NZ_NSLQ010000431.2098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000261.20.fna -queryname NZ_AJZS010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000261.20.fna -queryname NZ_AJZS010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000261.20.fna -queryname NZ_AJZS010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588871.209.fna -queryname NZ_KI2588871.209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588871.209.fna -queryname NZ_KI2588871.209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588871.209.fna -queryname NZ_KI2588871.209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000221.2099.fna -queryname NZ_NSLQ010000221.2099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000221.2099.fna -queryname NZ_NSLQ010000221.2099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000221.2099.fna -queryname NZ_NSLQ010000221.2099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000641.2100.fna -queryname NZ_NSLQ010000641.2100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000641.2100.fna -queryname NZ_NSLQ010000641.2100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000641.2100.fna -queryname NZ_NSLQ010000641.2100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000041.2101.fna -queryname NZ_NSLQ010000041.2101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000041.2101.fna -queryname NZ_NSLQ010000041.2101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000041.2101.fna -queryname NZ_NSLQ010000041.2101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000661.2102.fna -queryname NZ_NSLQ010000661.2102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000661.2102.fna -queryname NZ_NSLQ010000661.2102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000661.2102.fna -queryname NZ_NSLQ010000661.2102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000771.2103.fna -queryname NZ_NSLQ010000771.2103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000771.2103.fna -queryname NZ_NSLQ010000771.2103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000771.2103.fna -queryname NZ_NSLQ010000771.2103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000811.2104.fna -queryname NZ_NSLQ010000811.2104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000811.2104.fna -queryname NZ_NSLQ010000811.2104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000811.2104.fna -queryname NZ_NSLQ010000811.2104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000391.2105.fna -queryname NZ_NSLQ010000391.2105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000391.2105.fna -queryname NZ_NSLQ010000391.2105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000391.2105.fna -queryname NZ_NSLQ010000391.2105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000701.2106.fna -queryname NZ_NSLQ010000701.2106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000701.2106.fna -queryname NZ_NSLQ010000701.2106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000701.2106.fna -queryname NZ_NSLQ010000701.2106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000291.2107.fna -queryname NZ_NSLQ010000291.2107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000291.2107.fna -queryname NZ_NSLQ010000291.2107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000291.2107.fna -queryname NZ_NSLQ010000291.2107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000491.2108.fna -queryname NZ_NSLQ010000491.2108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000491.2108.fna -queryname NZ_NSLQ010000491.2108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000491.2108.fna -queryname NZ_NSLQ010000491.2108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588891.210.fna -queryname NZ_KI2588891.210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588891.210.fna -queryname NZ_KI2588891.210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2588891.210.fna -queryname NZ_KI2588891.210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000091.2109.fna -queryname NZ_NSLQ010000091.2109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000091.2109.fna -queryname NZ_NSLQ010000091.2109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000091.2109.fna -queryname NZ_NSLQ010000091.2109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000131.2110.fna -queryname NZ_NSLQ010000131.2110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000131.2110.fna -queryname NZ_NSLQ010000131.2110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000131.2110.fna -queryname NZ_NSLQ010000131.2110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000181.2111.fna -queryname NZ_NSLQ010000181.2111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000181.2111.fna -queryname NZ_NSLQ010000181.2111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000181.2111.fna -queryname NZ_NSLQ010000181.2111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000561.2112.fna -queryname NZ_NSLQ010000561.2112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000561.2112.fna -queryname NZ_NSLQ010000561.2112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000561.2112.fna -queryname NZ_NSLQ010000561.2112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000151.2113.fna -queryname NZ_NSLQ010000151.2113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000151.2113.fna -queryname NZ_NSLQ010000151.2113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000151.2113.fna -queryname NZ_NSLQ010000151.2113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000111.2114.fna -queryname NZ_NSLQ010000111.2114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000111.2114.fna -queryname NZ_NSLQ010000111.2114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000111.2114.fna -queryname NZ_NSLQ010000111.2114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000401.2115.fna -queryname NZ_NSLQ010000401.2115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000401.2115.fna -queryname NZ_NSLQ010000401.2115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000401.2115.fna -queryname NZ_NSLQ010000401.2115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000691.2116.fna -queryname NZ_NSLQ010000691.2116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000691.2116.fna -queryname NZ_NSLQ010000691.2116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000691.2116.fna -queryname NZ_NSLQ010000691.2116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000461.2117.fna -queryname NZ_NSLQ010000461.2117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000461.2117.fna -queryname NZ_NSLQ010000461.2117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000461.2117.fna -queryname NZ_NSLQ010000461.2117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010001621.2118.fna -queryname NZ_NSLQ010001621.2118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010001621.2118.fna -queryname NZ_NSLQ010001621.2118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010001621.2118.fna -queryname NZ_NSLQ010001621.2118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590991.211.fna -queryname NZ_KI2590991.211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590991.211.fna -queryname NZ_KI2590991.211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590991.211.fna -queryname NZ_KI2590991.211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000361.2119.fna -queryname NZ_NSLQ010000361.2119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000361.2119.fna -queryname NZ_NSLQ010000361.2119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000361.2119.fna -queryname NZ_NSLQ010000361.2119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000451.2120.fna -queryname NZ_NSLQ010000451.2120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000451.2120.fna -queryname NZ_NSLQ010000451.2120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000451.2120.fna -queryname NZ_NSLQ010000451.2120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000821.2121.fna -queryname NZ_NSLQ010000821.2121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000821.2121.fna -queryname NZ_NSLQ010000821.2121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000821.2121.fna -queryname NZ_NSLQ010000821.2121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000081.2122.fna -queryname NZ_NSLQ010000081.2122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000081.2122.fna -queryname NZ_NSLQ010000081.2122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000081.2122.fna -queryname NZ_NSLQ010000081.2122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000231.2123.fna -queryname NZ_NSLQ010000231.2123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000231.2123.fna -queryname NZ_NSLQ010000231.2123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000231.2123.fna -queryname NZ_NSLQ010000231.2123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000481.2124.fna -queryname NZ_NSLQ010000481.2124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000481.2124.fna -queryname NZ_NSLQ010000481.2124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000481.2124.fna -queryname NZ_NSLQ010000481.2124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000791.2125.fna -queryname NZ_NSLQ010000791.2125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000791.2125.fna -queryname NZ_NSLQ010000791.2125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000791.2125.fna -queryname NZ_NSLQ010000791.2125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000141.2126.fna -queryname NZ_NSLQ010000141.2126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000141.2126.fna -queryname NZ_NSLQ010000141.2126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000141.2126.fna -queryname NZ_NSLQ010000141.2126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000311.2127.fna -queryname NZ_NSLQ010000311.2127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000311.2127.fna -queryname NZ_NSLQ010000311.2127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000311.2127.fna -queryname NZ_NSLQ010000311.2127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000761.2128.fna -queryname NZ_NSLQ010000761.2128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000761.2128.fna -queryname NZ_NSLQ010000761.2128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000761.2128.fna -queryname NZ_NSLQ010000761.2128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590161.212.fna -queryname NZ_KI2590161.212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590161.212.fna -queryname NZ_KI2590161.212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590161.212.fna -queryname NZ_KI2590161.212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000071.2129.fna -queryname NZ_NSLQ010000071.2129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000071.2129.fna -queryname NZ_NSLQ010000071.2129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLQ010000071.2129.fna -queryname NZ_NSLQ010000071.2129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000831.2130.fna -queryname NZ_NSLT010000831.2130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000831.2130.fna -queryname NZ_NSLT010000831.2130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000831.2130.fna -queryname NZ_NSLT010000831.2130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000751.2131.fna -queryname NZ_NSLT010000751.2131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000751.2131.fna -queryname NZ_NSLT010000751.2131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000751.2131.fna -queryname NZ_NSLT010000751.2131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000361.2132.fna -queryname NZ_NSLT010000361.2132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000361.2132.fna -queryname NZ_NSLT010000361.2132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000361.2132.fna -queryname NZ_NSLT010000361.2132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000291.2133.fna -queryname NZ_NSLT010000291.2133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000291.2133.fna -queryname NZ_NSLT010000291.2133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000291.2133.fna -queryname NZ_NSLT010000291.2133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000431.2134.fna -queryname NZ_NSLT010000431.2134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000431.2134.fna -queryname NZ_NSLT010000431.2134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000431.2134.fna -queryname NZ_NSLT010000431.2134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000311.2135.fna -queryname NZ_NSLT010000311.2135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000311.2135.fna -queryname NZ_NSLT010000311.2135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000311.2135.fna -queryname NZ_NSLT010000311.2135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000221.2136.fna -queryname NZ_NSLT010000221.2136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000221.2136.fna -queryname NZ_NSLT010000221.2136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000221.2136.fna -queryname NZ_NSLT010000221.2136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000981.2137.fna -queryname NZ_NSLT010000981.2137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000981.2137.fna -queryname NZ_NSLT010000981.2137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000981.2137.fna -queryname NZ_NSLT010000981.2137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000351.2138.fna -queryname NZ_NSLT010000351.2138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000351.2138.fna -queryname NZ_NSLT010000351.2138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000351.2138.fna -queryname NZ_NSLT010000351.2138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590091.213.fna -queryname NZ_KI2590091.213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590091.213.fna -queryname NZ_KI2590091.213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590091.213.fna -queryname NZ_KI2590091.213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000051.2139.fna -queryname NZ_NSLT010000051.2139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000051.2139.fna -queryname NZ_NSLT010000051.2139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000051.2139.fna -queryname NZ_NSLT010000051.2139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000251.2140.fna -queryname NZ_NSLT010000251.2140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000251.2140.fna -queryname NZ_NSLT010000251.2140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000251.2140.fna -queryname NZ_NSLT010000251.2140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000631.2141.fna -queryname NZ_NSLT010000631.2141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000631.2141.fna -queryname NZ_NSLT010000631.2141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000631.2141.fna -queryname NZ_NSLT010000631.2141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000611.2142.fna -queryname NZ_NSLT010000611.2142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000611.2142.fna -queryname NZ_NSLT010000611.2142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000611.2142.fna -queryname NZ_NSLT010000611.2142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000861.2143.fna -queryname NZ_NSLT010000861.2143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000861.2143.fna -queryname NZ_NSLT010000861.2143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000861.2143.fna -queryname NZ_NSLT010000861.2143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000121.2144.fna -queryname NZ_NSLT010000121.2144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000121.2144.fna -queryname NZ_NSLT010000121.2144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000121.2144.fna -queryname NZ_NSLT010000121.2144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000841.2145.fna -queryname NZ_NSLT010000841.2145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000841.2145.fna -queryname NZ_NSLT010000841.2145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000841.2145.fna -queryname NZ_NSLT010000841.2145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000081.2146.fna -queryname NZ_NSLT010000081.2146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000081.2146.fna -queryname NZ_NSLT010000081.2146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000081.2146.fna -queryname NZ_NSLT010000081.2146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000821.2147.fna -queryname NZ_NSLT010000821.2147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000821.2147.fna -queryname NZ_NSLT010000821.2147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000821.2147.fna -queryname NZ_NSLT010000821.2147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000401.2148.fna -queryname NZ_NSLT010000401.2148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000401.2148.fna -queryname NZ_NSLT010000401.2148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000401.2148.fna -queryname NZ_NSLT010000401.2148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590431.214.fna -queryname NZ_KI2590431.214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590431.214.fna -queryname NZ_KI2590431.214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590431.214.fna -queryname NZ_KI2590431.214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000471.2149.fna -queryname NZ_NSLT010000471.2149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000471.2149.fna -queryname NZ_NSLT010000471.2149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000471.2149.fna -queryname NZ_NSLT010000471.2149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.fna -queryname NZ_NSLT010000111.2150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.fna -queryname NZ_NSLT010000111.2150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.fna -queryname NZ_NSLT010000111.2150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.AOI.fna -queryname NZ_NSLT010000111.2150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000111.2150.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLT010000111.2150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLT010000111.2150.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000481.2151.fna -queryname NZ_NSLT010000481.2151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000481.2151.fna -queryname NZ_NSLT010000481.2151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000481.2151.fna -queryname NZ_NSLT010000481.2151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000461.2152.fna -queryname NZ_NSLT010000461.2152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000461.2152.fna -queryname NZ_NSLT010000461.2152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000461.2152.fna -queryname NZ_NSLT010000461.2152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000421.2153.fna -queryname NZ_NSLT010000421.2153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000421.2153.fna -queryname NZ_NSLT010000421.2153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000421.2153.fna -queryname NZ_NSLT010000421.2153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000961.2154.fna -queryname NZ_NSLT010000961.2154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000961.2154.fna -queryname NZ_NSLT010000961.2154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000961.2154.fna -queryname NZ_NSLT010000961.2154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000201.2155.fna -queryname NZ_NSLT010000201.2155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000201.2155.fna -queryname NZ_NSLT010000201.2155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000201.2155.fna -queryname NZ_NSLT010000201.2155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000771.2156.fna -queryname NZ_NSLT010000771.2156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000771.2156.fna -queryname NZ_NSLT010000771.2156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000771.2156.fna -queryname NZ_NSLT010000771.2156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000681.2157.fna -queryname NZ_NSLT010000681.2157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000681.2157.fna -queryname NZ_NSLT010000681.2157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000681.2157.fna -queryname NZ_NSLT010000681.2157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000561.2158.fna -queryname NZ_NSLT010000561.2158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000561.2158.fna -queryname NZ_NSLT010000561.2158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000561.2158.fna -queryname NZ_NSLT010000561.2158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590711.215.fna -queryname NZ_KI2590711.215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590711.215.fna -queryname NZ_KI2590711.215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590711.215.fna -queryname NZ_KI2590711.215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000011.2159.fna -queryname NZ_NSLT010000011.2159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000011.2159.fna -queryname NZ_NSLT010000011.2159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000011.2159.fna -queryname NZ_NSLT010000011.2159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000441.2160.fna -queryname NZ_NSLT010000441.2160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000441.2160.fna -queryname NZ_NSLT010000441.2160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000441.2160.fna -queryname NZ_NSLT010000441.2160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000741.2161.fna -queryname NZ_NSLT010000741.2161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000741.2161.fna -queryname NZ_NSLT010000741.2161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000741.2161.fna -queryname NZ_NSLT010000741.2161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000651.2162.fna -queryname NZ_NSLT010000651.2162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000651.2162.fna -queryname NZ_NSLT010000651.2162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000651.2162.fna -queryname NZ_NSLT010000651.2162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000071.2163.fna -queryname NZ_NSLT010000071.2163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000071.2163.fna -queryname NZ_NSLT010000071.2163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000071.2163.fna -queryname NZ_NSLT010000071.2163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000721.2164.fna -queryname NZ_NSLT010000721.2164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000721.2164.fna -queryname NZ_NSLT010000721.2164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000721.2164.fna -queryname NZ_NSLT010000721.2164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000541.2165.fna -queryname NZ_NSLT010000541.2165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000541.2165.fna -queryname NZ_NSLT010000541.2165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000541.2165.fna -queryname NZ_NSLT010000541.2165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000521.2166.fna -queryname NZ_NSLT010000521.2166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000521.2166.fna -queryname NZ_NSLT010000521.2166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000521.2166.fna -queryname NZ_NSLT010000521.2166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000791.2167.fna -queryname NZ_NSLT010000791.2167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000791.2167.fna -queryname NZ_NSLT010000791.2167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000791.2167.fna -queryname NZ_NSLT010000791.2167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000591.2168.fna -queryname NZ_NSLT010000591.2168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000591.2168.fna -queryname NZ_NSLT010000591.2168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000591.2168.fna -queryname NZ_NSLT010000591.2168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590251.216.fna -queryname NZ_KI2590251.216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590251.216.fna -queryname NZ_KI2590251.216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590251.216.fna -queryname NZ_KI2590251.216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000761.2169.fna -queryname NZ_NSLT010000761.2169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000761.2169.fna -queryname NZ_NSLT010000761.2169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000761.2169.fna -queryname NZ_NSLT010000761.2169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000301.2170.fna -queryname NZ_NSLT010000301.2170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000301.2170.fna -queryname NZ_NSLT010000301.2170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000301.2170.fna -queryname NZ_NSLT010000301.2170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000321.2171.fna -queryname NZ_NSLT010000321.2171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000321.2171.fna -queryname NZ_NSLT010000321.2171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000321.2171.fna -queryname NZ_NSLT010000321.2171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000581.2172.fna -queryname NZ_NSLT010000581.2172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000581.2172.fna -queryname NZ_NSLT010000581.2172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000581.2172.fna -queryname NZ_NSLT010000581.2172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000501.2173.fna -queryname NZ_NSLT010000501.2173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000501.2173.fna -queryname NZ_NSLT010000501.2173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000501.2173.fna -queryname NZ_NSLT010000501.2173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000951.2174.fna -queryname NZ_NSLT010000951.2174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000951.2174.fna -queryname NZ_NSLT010000951.2174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000951.2174.fna -queryname NZ_NSLT010000951.2174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000211.2175.fna -queryname NZ_NSLT010000211.2175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000211.2175.fna -queryname NZ_NSLT010000211.2175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000211.2175.fna -queryname NZ_NSLT010000211.2175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000971.2176.fna -queryname NZ_NSLT010000971.2176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000971.2176.fna -queryname NZ_NSLT010000971.2176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000971.2176.fna -queryname NZ_NSLT010000971.2176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000891.2177.fna -queryname NZ_NSLT010000891.2177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000891.2177.fna -queryname NZ_NSLT010000891.2177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000891.2177.fna -queryname NZ_NSLT010000891.2177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000141.2178.fna -queryname NZ_NSLT010000141.2178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000141.2178.fna -queryname NZ_NSLT010000141.2178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000141.2178.fna -queryname NZ_NSLT010000141.2178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590011.217.fna -queryname NZ_KI2590011.217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590011.217.fna -queryname NZ_KI2590011.217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590011.217.fna -queryname NZ_KI2590011.217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000661.2179.fna -queryname NZ_NSLT010000661.2179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000661.2179.fna -queryname NZ_NSLT010000661.2179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000661.2179.fna -queryname NZ_NSLT010000661.2179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000621.2180.fna -queryname NZ_NSLT010000621.2180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000621.2180.fna -queryname NZ_NSLT010000621.2180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000621.2180.fna -queryname NZ_NSLT010000621.2180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000371.2181.fna -queryname NZ_NSLT010000371.2181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000371.2181.fna -queryname NZ_NSLT010000371.2181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000371.2181.fna -queryname NZ_NSLT010000371.2181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000281.2182.fna -queryname NZ_NSLT010000281.2182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000281.2182.fna -queryname NZ_NSLT010000281.2182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000281.2182.fna -queryname NZ_NSLT010000281.2182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000671.2183.fna -queryname NZ_NSLT010000671.2183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000671.2183.fna -queryname NZ_NSLT010000671.2183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000671.2183.fna -queryname NZ_NSLT010000671.2183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000701.2184.fna -queryname NZ_NSLT010000701.2184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000701.2184.fna -queryname NZ_NSLT010000701.2184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000701.2184.fna -queryname NZ_NSLT010000701.2184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000691.2185.fna -queryname NZ_NSLT010000691.2185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000691.2185.fna -queryname NZ_NSLT010000691.2185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000691.2185.fna -queryname NZ_NSLT010000691.2185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000711.2186.fna -queryname NZ_NSLT010000711.2186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000711.2186.fna -queryname NZ_NSLT010000711.2186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000711.2186.fna -queryname NZ_NSLT010000711.2186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000181.2187.fna -queryname NZ_NSLT010000181.2187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000181.2187.fna -queryname NZ_NSLT010000181.2187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000181.2187.fna -queryname NZ_NSLT010000181.2187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000851.2188.fna -queryname NZ_NSLT010000851.2188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000851.2188.fna -queryname NZ_NSLT010000851.2188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000851.2188.fna -queryname NZ_NSLT010000851.2188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591001.218.fna -queryname NZ_KI2591001.218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591001.218.fna -queryname NZ_KI2591001.218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591001.218.fna -queryname NZ_KI2591001.218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000901.2189.fna -queryname NZ_NSLT010000901.2189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000901.2189.fna -queryname NZ_NSLT010000901.2189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000901.2189.fna -queryname NZ_NSLT010000901.2189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000391.2190.fna -queryname NZ_NSLT010000391.2190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000391.2190.fna -queryname NZ_NSLT010000391.2190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000391.2190.fna -queryname NZ_NSLT010000391.2190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000871.2191.fna -queryname NZ_NSLT010000871.2191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000871.2191.fna -queryname NZ_NSLT010000871.2191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000871.2191.fna -queryname NZ_NSLT010000871.2191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000061.2192.fna -queryname NZ_NSLT010000061.2192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000061.2192.fna -queryname NZ_NSLT010000061.2192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000061.2192.fna -queryname NZ_NSLT010000061.2192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000411.2193.fna -queryname NZ_NSLT010000411.2193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000411.2193.fna -queryname NZ_NSLT010000411.2193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000411.2193.fna -queryname NZ_NSLT010000411.2193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000041.2194.fna -queryname NZ_NSLT010000041.2194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000041.2194.fna -queryname NZ_NSLT010000041.2194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000041.2194.fna -queryname NZ_NSLT010000041.2194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000171.2195.fna -queryname NZ_NSLT010000171.2195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000171.2195.fna -queryname NZ_NSLT010000171.2195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000171.2195.fna -queryname NZ_NSLT010000171.2195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000151.2196.fna -queryname NZ_NSLT010000151.2196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000151.2196.fna -queryname NZ_NSLT010000151.2196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000151.2196.fna -queryname NZ_NSLT010000151.2196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000921.2197.fna -queryname NZ_NSLT010000921.2197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000921.2197.fna -queryname NZ_NSLT010000921.2197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000921.2197.fna -queryname NZ_NSLT010000921.2197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000641.2198.fna -queryname NZ_NSLT010000641.2198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000641.2198.fna -queryname NZ_NSLT010000641.2198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000641.2198.fna -queryname NZ_NSLT010000641.2198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000841.21.fna -queryname NZ_AJZS010000841.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000841.21.fna -queryname NZ_AJZS010000841.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000841.21.fna -queryname NZ_AJZS010000841.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590481.219.fna -queryname NZ_KI2590481.219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590481.219.fna -queryname NZ_KI2590481.219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590481.219.fna -queryname NZ_KI2590481.219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000781.2199.fna -queryname NZ_NSLT010000781.2199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000781.2199.fna -queryname NZ_NSLT010000781.2199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000781.2199.fna -queryname NZ_NSLT010000781.2199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000091.2200.fna -queryname NZ_NSLT010000091.2200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000091.2200.fna -queryname NZ_NSLT010000091.2200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000091.2200.fna -queryname NZ_NSLT010000091.2200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000811.2201.fna -queryname NZ_NSLT010000811.2201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000811.2201.fna -queryname NZ_NSLT010000811.2201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000811.2201.fna -queryname NZ_NSLT010000811.2201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000271.2202.fna -queryname NZ_NSLT010000271.2202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000271.2202.fna -queryname NZ_NSLT010000271.2202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000271.2202.fna -queryname NZ_NSLT010000271.2202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000881.2203.fna -queryname NZ_NSLT010000881.2203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000881.2203.fna -queryname NZ_NSLT010000881.2203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000881.2203.fna -queryname NZ_NSLT010000881.2203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000931.2204.fna -queryname NZ_NSLT010000931.2204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000931.2204.fna -queryname NZ_NSLT010000931.2204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000931.2204.fna -queryname NZ_NSLT010000931.2204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000021.2205.fna -queryname NZ_NSLT010000021.2205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000021.2205.fna -queryname NZ_NSLT010000021.2205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000021.2205.fna -queryname NZ_NSLT010000021.2205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000491.2206.fna -queryname NZ_NSLT010000491.2206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000491.2206.fna -queryname NZ_NSLT010000491.2206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000491.2206.fna -queryname NZ_NSLT010000491.2206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000911.2207.fna -queryname NZ_NSLT010000911.2207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000911.2207.fna -queryname NZ_NSLT010000911.2207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000911.2207.fna -queryname NZ_NSLT010000911.2207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000571.2208.fna -queryname NZ_NSLT010000571.2208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000571.2208.fna -queryname NZ_NSLT010000571.2208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000571.2208.fna -queryname NZ_NSLT010000571.2208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590961.220.fna -queryname NZ_KI2590961.220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590961.220.fna -queryname NZ_KI2590961.220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590961.220.fna -queryname NZ_KI2590961.220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000331.2209.fna -queryname NZ_NSLT010000331.2209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000331.2209.fna -queryname NZ_NSLT010000331.2209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000331.2209.fna -queryname NZ_NSLT010000331.2209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000551.2210.fna -queryname NZ_NSLT010000551.2210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000551.2210.fna -queryname NZ_NSLT010000551.2210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000551.2210.fna -queryname NZ_NSLT010000551.2210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000731.2211.fna -queryname NZ_NSLT010000731.2211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000731.2211.fna -queryname NZ_NSLT010000731.2211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000731.2211.fna -queryname NZ_NSLT010000731.2211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000161.2212.fna -queryname NZ_NSLT010000161.2212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000161.2212.fna -queryname NZ_NSLT010000161.2212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000161.2212.fna -queryname NZ_NSLT010000161.2212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000531.2213.fna -queryname NZ_NSLT010000531.2213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000531.2213.fna -queryname NZ_NSLT010000531.2213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000531.2213.fna -queryname NZ_NSLT010000531.2213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000381.2214.fna -queryname NZ_NSLT010000381.2214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000381.2214.fna -queryname NZ_NSLT010000381.2214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000381.2214.fna -queryname NZ_NSLT010000381.2214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000601.2215.fna -queryname NZ_NSLT010000601.2215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000601.2215.fna -queryname NZ_NSLT010000601.2215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000601.2215.fna -queryname NZ_NSLT010000601.2215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000511.2216.fna -queryname NZ_NSLT010000511.2216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000511.2216.fna -queryname NZ_NSLT010000511.2216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000511.2216.fna -queryname NZ_NSLT010000511.2216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000261.2217.fna -queryname NZ_NSLT010000261.2217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000261.2217.fna -queryname NZ_NSLT010000261.2217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000261.2217.fna -queryname NZ_NSLT010000261.2217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000241.2218.fna -queryname NZ_NSLT010000241.2218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000241.2218.fna -queryname NZ_NSLT010000241.2218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000241.2218.fna -queryname NZ_NSLT010000241.2218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590021.221.fna -queryname NZ_KI2590021.221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590021.221.fna -queryname NZ_KI2590021.221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590021.221.fna -queryname NZ_KI2590021.221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000941.2219.fna -queryname NZ_NSLT010000941.2219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000941.2219.fna -queryname NZ_NSLT010000941.2219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000941.2219.fna -queryname NZ_NSLT010000941.2219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000801.2220.fna -queryname NZ_NSLT010000801.2220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000801.2220.fna -queryname NZ_NSLT010000801.2220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000801.2220.fna -queryname NZ_NSLT010000801.2220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000451.2221.fna -queryname NZ_NSLT010000451.2221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000451.2221.fna -queryname NZ_NSLT010000451.2221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000451.2221.fna -queryname NZ_NSLT010000451.2221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000131.2222.fna -queryname NZ_NSLT010000131.2222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000131.2222.fna -queryname NZ_NSLT010000131.2222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000131.2222.fna -queryname NZ_NSLT010000131.2222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000191.2223.fna -queryname NZ_NSLT010000191.2223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000191.2223.fna -queryname NZ_NSLT010000191.2223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000191.2223.fna -queryname NZ_NSLT010000191.2223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000341.2224.fna -queryname NZ_NSLT010000341.2224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000341.2224.fna -queryname NZ_NSLT010000341.2224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000341.2224.fna -queryname NZ_NSLT010000341.2224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000031.2225.fna -queryname NZ_NSLT010000031.2225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000031.2225.fna -queryname NZ_NSLT010000031.2225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000031.2225.fna -queryname NZ_NSLT010000031.2225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000231.2226.fna -queryname NZ_NSLT010000231.2226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000231.2226.fna -queryname NZ_NSLT010000231.2226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000231.2226.fna -queryname NZ_NSLT010000231.2226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000101.2227.fna -queryname NZ_NSLT010000101.2227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000101.2227.fna -queryname NZ_NSLT010000101.2227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLT010000101.2227.fna -queryname NZ_NSLT010000101.2227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000021.2228.fna -queryname NZ_NSLO010000021.2228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000021.2228.fna -queryname NZ_NSLO010000021.2228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000021.2228.fna -queryname NZ_NSLO010000021.2228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591021.222.fna -queryname NZ_KI2591021.222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591021.222.fna -queryname NZ_KI2591021.222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591021.222.fna -queryname NZ_KI2591021.222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000171.2229.fna -queryname NZ_NSLO010000171.2229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000171.2229.fna -queryname NZ_NSLO010000171.2229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000171.2229.fna -queryname NZ_NSLO010000171.2229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000091.2230.fna -queryname NZ_NSLO010000091.2230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000091.2230.fna -queryname NZ_NSLO010000091.2230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000091.2230.fna -queryname NZ_NSLO010000091.2230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000291.2231.fna -queryname NZ_NSLO010000291.2231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000291.2231.fna -queryname NZ_NSLO010000291.2231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000291.2231.fna -queryname NZ_NSLO010000291.2231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000451.2232.fna -queryname NZ_NSLO010000451.2232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000451.2232.fna -queryname NZ_NSLO010000451.2232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000451.2232.fna -queryname NZ_NSLO010000451.2232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000491.2233.fna -queryname NZ_NSLO010000491.2233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000491.2233.fna -queryname NZ_NSLO010000491.2233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000491.2233.fna -queryname NZ_NSLO010000491.2233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000331.2234.fna -queryname NZ_NSLO010000331.2234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000331.2234.fna -queryname NZ_NSLO010000331.2234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000331.2234.fna -queryname NZ_NSLO010000331.2234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000231.2235.fna -queryname NZ_NSLO010000231.2235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000231.2235.fna -queryname NZ_NSLO010000231.2235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000231.2235.fna -queryname NZ_NSLO010000231.2235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000371.2236.fna -queryname NZ_NSLO010000371.2236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000371.2236.fna -queryname NZ_NSLO010000371.2236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000371.2236.fna -queryname NZ_NSLO010000371.2236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000121.2237.fna -queryname NZ_NSLO010000121.2237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000121.2237.fna -queryname NZ_NSLO010000121.2237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000121.2237.fna -queryname NZ_NSLO010000121.2237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000311.2238.fna -queryname NZ_NSLO010000311.2238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000311.2238.fna -queryname NZ_NSLO010000311.2238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000311.2238.fna -queryname NZ_NSLO010000311.2238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590371.223.fna -queryname NZ_KI2590371.223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590371.223.fna -queryname NZ_KI2590371.223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590371.223.fna -queryname NZ_KI2590371.223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.fna -queryname NZ_NSLO010000051.2239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.fna -queryname NZ_NSLO010000051.2239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.fna -queryname NZ_NSLO010000051.2239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.AOI.fna -queryname NZ_NSLO010000051.2239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000051.2239.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLO010000051.2239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLO010000051.2239.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000391.2240.fna -queryname NZ_NSLO010000391.2240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000391.2240.fna -queryname NZ_NSLO010000391.2240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000391.2240.fna -queryname NZ_NSLO010000391.2240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000191.2241.fna -queryname NZ_NSLO010000191.2241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000191.2241.fna -queryname NZ_NSLO010000191.2241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000191.2241.fna -queryname NZ_NSLO010000191.2241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000211.2242.fna -queryname NZ_NSLO010000211.2242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000211.2242.fna -queryname NZ_NSLO010000211.2242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000211.2242.fna -queryname NZ_NSLO010000211.2242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000241.2243.fna -queryname NZ_NSLO010000241.2243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000241.2243.fna -queryname NZ_NSLO010000241.2243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000241.2243.fna -queryname NZ_NSLO010000241.2243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000011.2244.fna -queryname NZ_NSLO010000011.2244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000011.2244.fna -queryname NZ_NSLO010000011.2244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000011.2244.fna -queryname NZ_NSLO010000011.2244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000551.2245.fna -queryname NZ_NSLO010000551.2245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000551.2245.fna -queryname NZ_NSLO010000551.2245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000551.2245.fna -queryname NZ_NSLO010000551.2245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000611.2246.fna -queryname NZ_NSLO010000611.2246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000611.2246.fna -queryname NZ_NSLO010000611.2246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000611.2246.fna -queryname NZ_NSLO010000611.2246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000401.2247.fna -queryname NZ_NSLO010000401.2247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000401.2247.fna -queryname NZ_NSLO010000401.2247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000401.2247.fna -queryname NZ_NSLO010000401.2247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000361.2248.fna -queryname NZ_NSLO010000361.2248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000361.2248.fna -queryname NZ_NSLO010000361.2248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000361.2248.fna -queryname NZ_NSLO010000361.2248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590701.224.fna -queryname NZ_KI2590701.224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590701.224.fna -queryname NZ_KI2590701.224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590701.224.fna -queryname NZ_KI2590701.224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000561.2249.fna -queryname NZ_NSLO010000561.2249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000561.2249.fna -queryname NZ_NSLO010000561.2249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000561.2249.fna -queryname NZ_NSLO010000561.2249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000541.2250.fna -queryname NZ_NSLO010000541.2250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000541.2250.fna -queryname NZ_NSLO010000541.2250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000541.2250.fna -queryname NZ_NSLO010000541.2250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000081.2251.fna -queryname NZ_NSLO010000081.2251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000081.2251.fna -queryname NZ_NSLO010000081.2251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000081.2251.fna -queryname NZ_NSLO010000081.2251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000201.2252.fna -queryname NZ_NSLO010000201.2252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000201.2252.fna -queryname NZ_NSLO010000201.2252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000201.2252.fna -queryname NZ_NSLO010000201.2252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000461.2253.fna -queryname NZ_NSLO010000461.2253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000461.2253.fna -queryname NZ_NSLO010000461.2253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000461.2253.fna -queryname NZ_NSLO010000461.2253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000261.2254.fna -queryname NZ_NSLO010000261.2254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000261.2254.fna -queryname NZ_NSLO010000261.2254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000261.2254.fna -queryname NZ_NSLO010000261.2254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000511.2255.fna -queryname NZ_NSLO010000511.2255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000511.2255.fna -queryname NZ_NSLO010000511.2255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000511.2255.fna -queryname NZ_NSLO010000511.2255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000101.2256.fna -queryname NZ_NSLO010000101.2256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000101.2256.fna -queryname NZ_NSLO010000101.2256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000101.2256.fna -queryname NZ_NSLO010000101.2256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000501.2257.fna -queryname NZ_NSLO010000501.2257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000501.2257.fna -queryname NZ_NSLO010000501.2257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000501.2257.fna -queryname NZ_NSLO010000501.2257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000321.2258.fna -queryname NZ_NSLO010000321.2258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000321.2258.fna -queryname NZ_NSLO010000321.2258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000321.2258.fna -queryname NZ_NSLO010000321.2258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590631.225.fna -queryname NZ_KI2590631.225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590631.225.fna -queryname NZ_KI2590631.225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590631.225.fna -queryname NZ_KI2590631.225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000431.2259.fna -queryname NZ_NSLO010000431.2259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000431.2259.fna -queryname NZ_NSLO010000431.2259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000431.2259.fna -queryname NZ_NSLO010000431.2259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000181.2260.fna -queryname NZ_NSLO010000181.2260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000181.2260.fna -queryname NZ_NSLO010000181.2260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000181.2260.fna -queryname NZ_NSLO010000181.2260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000221.2261.fna -queryname NZ_NSLO010000221.2261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000221.2261.fna -queryname NZ_NSLO010000221.2261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000221.2261.fna -queryname NZ_NSLO010000221.2261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000421.2262.fna -queryname NZ_NSLO010000421.2262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000421.2262.fna -queryname NZ_NSLO010000421.2262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000421.2262.fna -queryname NZ_NSLO010000421.2262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000601.2263.fna -queryname NZ_NSLO010000601.2263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000601.2263.fna -queryname NZ_NSLO010000601.2263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000601.2263.fna -queryname NZ_NSLO010000601.2263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000111.2264.fna -queryname NZ_NSLO010000111.2264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000111.2264.fna -queryname NZ_NSLO010000111.2264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000111.2264.fna -queryname NZ_NSLO010000111.2264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000151.2265.fna -queryname NZ_NSLO010000151.2265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000151.2265.fna -queryname NZ_NSLO010000151.2265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000151.2265.fna -queryname NZ_NSLO010000151.2265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000061.2266.fna -queryname NZ_NSLO010000061.2266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000061.2266.fna -queryname NZ_NSLO010000061.2266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000061.2266.fna -queryname NZ_NSLO010000061.2266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000341.2267.fna -queryname NZ_NSLO010000341.2267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000341.2267.fna -queryname NZ_NSLO010000341.2267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000341.2267.fna -queryname NZ_NSLO010000341.2267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000521.2268.fna -queryname NZ_NSLO010000521.2268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000521.2268.fna -queryname NZ_NSLO010000521.2268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000521.2268.fna -queryname NZ_NSLO010000521.2268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590061.226.fna -queryname NZ_KI2590061.226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590061.226.fna -queryname NZ_KI2590061.226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590061.226.fna -queryname NZ_KI2590061.226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000471.2269.fna -queryname NZ_NSLO010000471.2269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000471.2269.fna -queryname NZ_NSLO010000471.2269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000471.2269.fna -queryname NZ_NSLO010000471.2269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000041.2270.fna -queryname NZ_NSLO010000041.2270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000041.2270.fna -queryname NZ_NSLO010000041.2270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000041.2270.fna -queryname NZ_NSLO010000041.2270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000481.2271.fna -queryname NZ_NSLO010000481.2271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000481.2271.fna -queryname NZ_NSLO010000481.2271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000481.2271.fna -queryname NZ_NSLO010000481.2271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000351.2272.fna -queryname NZ_NSLO010000351.2272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000351.2272.fna -queryname NZ_NSLO010000351.2272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000351.2272.fna -queryname NZ_NSLO010000351.2272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000411.2273.fna -queryname NZ_NSLO010000411.2273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000411.2273.fna -queryname NZ_NSLO010000411.2273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000411.2273.fna -queryname NZ_NSLO010000411.2273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000531.2274.fna -queryname NZ_NSLO010000531.2274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000531.2274.fna -queryname NZ_NSLO010000531.2274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000531.2274.fna -queryname NZ_NSLO010000531.2274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000251.2275.fna -queryname NZ_NSLO010000251.2275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000251.2275.fna -queryname NZ_NSLO010000251.2275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000251.2275.fna -queryname NZ_NSLO010000251.2275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000581.2276.fna -queryname NZ_NSLO010000581.2276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000581.2276.fna -queryname NZ_NSLO010000581.2276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000581.2276.fna -queryname NZ_NSLO010000581.2276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000441.2277.fna -queryname NZ_NSLO010000441.2277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000441.2277.fna -queryname NZ_NSLO010000441.2277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000441.2277.fna -queryname NZ_NSLO010000441.2277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000281.2278.fna -queryname NZ_NSLO010000281.2278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000281.2278.fna -queryname NZ_NSLO010000281.2278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000281.2278.fna -queryname NZ_NSLO010000281.2278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590111.227.fna -queryname NZ_KI2590111.227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590111.227.fna -queryname NZ_KI2590111.227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590111.227.fna -queryname NZ_KI2590111.227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000031.2279.fna -queryname NZ_NSLO010000031.2279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000031.2279.fna -queryname NZ_NSLO010000031.2279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000031.2279.fna -queryname NZ_NSLO010000031.2279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000571.2280.fna -queryname NZ_NSLO010000571.2280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000571.2280.fna -queryname NZ_NSLO010000571.2280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000571.2280.fna -queryname NZ_NSLO010000571.2280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000301.2281.fna -queryname NZ_NSLO010000301.2281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000301.2281.fna -queryname NZ_NSLO010000301.2281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000301.2281.fna -queryname NZ_NSLO010000301.2281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000271.2282.fna -queryname NZ_NSLO010000271.2282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000271.2282.fna -queryname NZ_NSLO010000271.2282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000271.2282.fna -queryname NZ_NSLO010000271.2282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000131.2283.fna -queryname NZ_NSLO010000131.2283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000131.2283.fna -queryname NZ_NSLO010000131.2283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000131.2283.fna -queryname NZ_NSLO010000131.2283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000071.2284.fna -queryname NZ_NSLO010000071.2284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000071.2284.fna -queryname NZ_NSLO010000071.2284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000071.2284.fna -queryname NZ_NSLO010000071.2284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000381.2285.fna -queryname NZ_NSLO010000381.2285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000381.2285.fna -queryname NZ_NSLO010000381.2285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000381.2285.fna -queryname NZ_NSLO010000381.2285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000141.2286.fna -queryname NZ_NSLO010000141.2286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000141.2286.fna -queryname NZ_NSLO010000141.2286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000141.2286.fna -queryname NZ_NSLO010000141.2286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000161.2287.fna -queryname NZ_NSLO010000161.2287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000161.2287.fna -queryname NZ_NSLO010000161.2287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000161.2287.fna -queryname NZ_NSLO010000161.2287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000591.2288.fna -queryname NZ_NSLO010000591.2288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000591.2288.fna -queryname NZ_NSLO010000591.2288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLO010000591.2288.fna -queryname NZ_NSLO010000591.2288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589981.228.fna -queryname NZ_KI2589981.228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589981.228.fna -queryname NZ_KI2589981.228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589981.228.fna -queryname NZ_KI2589981.228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000041.2289.fna -queryname NZ_NSLW010000041.2289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000041.2289.fna -queryname NZ_NSLW010000041.2289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000041.2289.fna -queryname NZ_NSLW010000041.2289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000371.2290.fna -queryname NZ_NSLW010000371.2290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000371.2290.fna -queryname NZ_NSLW010000371.2290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000371.2290.fna -queryname NZ_NSLW010000371.2290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000381.2291.fna -queryname NZ_NSLW010000381.2291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000381.2291.fna -queryname NZ_NSLW010000381.2291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000381.2291.fna -queryname NZ_NSLW010000381.2291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000281.2292.fna -queryname NZ_NSLW010000281.2292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000281.2292.fna -queryname NZ_NSLW010000281.2292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000281.2292.fna -queryname NZ_NSLW010000281.2292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000181.2293.fna -queryname NZ_NSLW010000181.2293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000181.2293.fna -queryname NZ_NSLW010000181.2293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000181.2293.fna -queryname NZ_NSLW010000181.2293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000301.2294.fna -queryname NZ_NSLW010000301.2294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000301.2294.fna -queryname NZ_NSLW010000301.2294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000301.2294.fna -queryname NZ_NSLW010000301.2294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000221.2295.fna -queryname NZ_NSLW010000221.2295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000221.2295.fna -queryname NZ_NSLW010000221.2295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000221.2295.fna -queryname NZ_NSLW010000221.2295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000391.2296.fna -queryname NZ_NSLW010000391.2296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000391.2296.fna -queryname NZ_NSLW010000391.2296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000391.2296.fna -queryname NZ_NSLW010000391.2296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000101.2297.fna -queryname NZ_NSLW010000101.2297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000101.2297.fna -queryname NZ_NSLW010000101.2297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000101.2297.fna -queryname NZ_NSLW010000101.2297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000231.2298.fna -queryname NZ_NSLW010000231.2298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000231.2298.fna -queryname NZ_NSLW010000231.2298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000231.2298.fna -queryname NZ_NSLW010000231.2298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001011.22.fna -queryname NZ_AJZS010001011.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001011.22.fna -queryname NZ_AJZS010001011.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001011.22.fna -queryname NZ_AJZS010001011.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590901.229.fna -queryname NZ_KI2590901.229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590901.229.fna -queryname NZ_KI2590901.229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590901.229.fna -queryname NZ_KI2590901.229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000401.2299.fna -queryname NZ_NSLW010000401.2299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000401.2299.fna -queryname NZ_NSLW010000401.2299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000401.2299.fna -queryname NZ_NSLW010000401.2299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000261.2300.fna -queryname NZ_NSLW010000261.2300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000261.2300.fna -queryname NZ_NSLW010000261.2300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000261.2300.fna -queryname NZ_NSLW010000261.2300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000351.2301.fna -queryname NZ_NSLW010000351.2301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000351.2301.fna -queryname NZ_NSLW010000351.2301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000351.2301.fna -queryname NZ_NSLW010000351.2301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000331.2302.fna -queryname NZ_NSLW010000331.2302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000331.2302.fna -queryname NZ_NSLW010000331.2302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000331.2302.fna -queryname NZ_NSLW010000331.2302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000141.2303.fna -queryname NZ_NSLW010000141.2303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000141.2303.fna -queryname NZ_NSLW010000141.2303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000141.2303.fna -queryname NZ_NSLW010000141.2303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000161.2304.fna -queryname NZ_NSLW010000161.2304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000161.2304.fna -queryname NZ_NSLW010000161.2304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000161.2304.fna -queryname NZ_NSLW010000161.2304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000061.2305.fna -queryname NZ_NSLW010000061.2305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000061.2305.fna -queryname NZ_NSLW010000061.2305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000061.2305.fna -queryname NZ_NSLW010000061.2305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000311.2306.fna -queryname NZ_NSLW010000311.2306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000311.2306.fna -queryname NZ_NSLW010000311.2306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000311.2306.fna -queryname NZ_NSLW010000311.2306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.fna -queryname NZ_NSLW010000071.2307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.fna -queryname NZ_NSLW010000071.2307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.fna -queryname NZ_NSLW010000071.2307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.AOI.fna -queryname NZ_NSLW010000071.2307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000071.2307.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLW010000071.2307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLW010000071.2307.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000171.2308.fna -queryname NZ_NSLW010000171.2308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000171.2308.fna -queryname NZ_NSLW010000171.2308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000171.2308.fna -queryname NZ_NSLW010000171.2308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590891.230.fna -queryname NZ_KI2590891.230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590891.230.fna -queryname NZ_KI2590891.230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590891.230.fna -queryname NZ_KI2590891.230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000361.2309.fna -queryname NZ_NSLW010000361.2309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000361.2309.fna -queryname NZ_NSLW010000361.2309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000361.2309.fna -queryname NZ_NSLW010000361.2309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000271.2310.fna -queryname NZ_NSLW010000271.2310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000271.2310.fna -queryname NZ_NSLW010000271.2310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000271.2310.fna -queryname NZ_NSLW010000271.2310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000051.2311.fna -queryname NZ_NSLW010000051.2311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000051.2311.fna -queryname NZ_NSLW010000051.2311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000051.2311.fna -queryname NZ_NSLW010000051.2311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000191.2312.fna -queryname NZ_NSLW010000191.2312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000191.2312.fna -queryname NZ_NSLW010000191.2312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000191.2312.fna -queryname NZ_NSLW010000191.2312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000031.2313.fna -queryname NZ_NSLW010000031.2313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000031.2313.fna -queryname NZ_NSLW010000031.2313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000031.2313.fna -queryname NZ_NSLW010000031.2313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000131.2314.fna -queryname NZ_NSLW010000131.2314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000131.2314.fna -queryname NZ_NSLW010000131.2314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000131.2314.fna -queryname NZ_NSLW010000131.2314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000211.2315.fna -queryname NZ_NSLW010000211.2315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000211.2315.fna -queryname NZ_NSLW010000211.2315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000211.2315.fna -queryname NZ_NSLW010000211.2315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000291.2316.fna -queryname NZ_NSLW010000291.2316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000291.2316.fna -queryname NZ_NSLW010000291.2316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000291.2316.fna -queryname NZ_NSLW010000291.2316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000021.2317.fna -queryname NZ_NSLW010000021.2317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000021.2317.fna -queryname NZ_NSLW010000021.2317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000021.2317.fna -queryname NZ_NSLW010000021.2317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000111.2318.fna -queryname NZ_NSLW010000111.2318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000111.2318.fna -queryname NZ_NSLW010000111.2318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000111.2318.fna -queryname NZ_NSLW010000111.2318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590171.231.fna -queryname NZ_KI2590171.231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590171.231.fna -queryname NZ_KI2590171.231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590171.231.fna -queryname NZ_KI2590171.231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000321.2319.fna -queryname NZ_NSLW010000321.2319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000321.2319.fna -queryname NZ_NSLW010000321.2319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000321.2319.fna -queryname NZ_NSLW010000321.2319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000341.2320.fna -queryname NZ_NSLW010000341.2320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000341.2320.fna -queryname NZ_NSLW010000341.2320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000341.2320.fna -queryname NZ_NSLW010000341.2320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000241.2321.fna -queryname NZ_NSLW010000241.2321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000241.2321.fna -queryname NZ_NSLW010000241.2321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000241.2321.fna -queryname NZ_NSLW010000241.2321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000251.2322.fna -queryname NZ_NSLW010000251.2322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000251.2322.fna -queryname NZ_NSLW010000251.2322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000251.2322.fna -queryname NZ_NSLW010000251.2322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000151.2323.fna -queryname NZ_NSLW010000151.2323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000151.2323.fna -queryname NZ_NSLW010000151.2323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000151.2323.fna -queryname NZ_NSLW010000151.2323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000121.2324.fna -queryname NZ_NSLW010000121.2324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000121.2324.fna -queryname NZ_NSLW010000121.2324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000121.2324.fna -queryname NZ_NSLW010000121.2324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000011.2325.fna -queryname NZ_NSLW010000011.2325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000011.2325.fna -queryname NZ_NSLW010000011.2325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000011.2325.fna -queryname NZ_NSLW010000011.2325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000201.2326.fna -queryname NZ_NSLW010000201.2326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000201.2326.fna -queryname NZ_NSLW010000201.2326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000201.2326.fna -queryname NZ_NSLW010000201.2326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000081.2327.fna -queryname NZ_NSLW010000081.2327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000081.2327.fna -queryname NZ_NSLW010000081.2327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000081.2327.fna -queryname NZ_NSLW010000081.2327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000091.2328.fna -queryname NZ_NSLW010000091.2328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000091.2328.fna -queryname NZ_NSLW010000091.2328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLW010000091.2328.fna -queryname NZ_NSLW010000091.2328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590291.232.fna -queryname NZ_KI2590291.232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590291.232.fna -queryname NZ_KI2590291.232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590291.232.fna -queryname NZ_KI2590291.232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000261.2329.fna -queryname NZ_NSLX010000261.2329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000261.2329.fna -queryname NZ_NSLX010000261.2329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000261.2329.fna -queryname NZ_NSLX010000261.2329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000051.2330.fna -queryname NZ_NSLX010000051.2330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000051.2330.fna -queryname NZ_NSLX010000051.2330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000051.2330.fna -queryname NZ_NSLX010000051.2330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000221.2331.fna -queryname NZ_NSLX010000221.2331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000221.2331.fna -queryname NZ_NSLX010000221.2331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000221.2331.fna -queryname NZ_NSLX010000221.2331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000641.2332.fna -queryname NZ_NSLX010000641.2332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000641.2332.fna -queryname NZ_NSLX010000641.2332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000641.2332.fna -queryname NZ_NSLX010000641.2332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000341.2333.fna -queryname NZ_NSLX010000341.2333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000341.2333.fna -queryname NZ_NSLX010000341.2333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000341.2333.fna -queryname NZ_NSLX010000341.2333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000471.2334.fna -queryname NZ_NSLX010000471.2334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000471.2334.fna -queryname NZ_NSLX010000471.2334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000471.2334.fna -queryname NZ_NSLX010000471.2334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000071.2335.fna -queryname NZ_NSLX010000071.2335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000071.2335.fna -queryname NZ_NSLX010000071.2335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000071.2335.fna -queryname NZ_NSLX010000071.2335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000141.2336.fna -queryname NZ_NSLX010000141.2336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000141.2336.fna -queryname NZ_NSLX010000141.2336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000141.2336.fna -queryname NZ_NSLX010000141.2336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000691.2337.fna -queryname NZ_NSLX010000691.2337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000691.2337.fna -queryname NZ_NSLX010000691.2337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000691.2337.fna -queryname NZ_NSLX010000691.2337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000481.2338.fna -queryname NZ_NSLX010000481.2338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000481.2338.fna -queryname NZ_NSLX010000481.2338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000481.2338.fna -queryname NZ_NSLX010000481.2338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590561.233.fna -queryname NZ_KI2590561.233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590561.233.fna -queryname NZ_KI2590561.233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590561.233.fna -queryname NZ_KI2590561.233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000231.2339.fna -queryname NZ_NSLX010000231.2339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000231.2339.fna -queryname NZ_NSLX010000231.2339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000231.2339.fna -queryname NZ_NSLX010000231.2339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000271.2340.fna -queryname NZ_NSLX010000271.2340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000271.2340.fna -queryname NZ_NSLX010000271.2340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000271.2340.fna -queryname NZ_NSLX010000271.2340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000401.2341.fna -queryname NZ_NSLX010000401.2341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000401.2341.fna -queryname NZ_NSLX010000401.2341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000401.2341.fna -queryname NZ_NSLX010000401.2341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.fna -queryname NZ_NSLX010000371.2342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.fna -queryname NZ_NSLX010000371.2342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.fna -queryname NZ_NSLX010000371.2342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.AOI.fna -queryname NZ_NSLX010000371.2342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000371.2342.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NSLX010000371.2342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NSLX010000371.2342.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000501.2343.fna -queryname NZ_NSLX010000501.2343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000501.2343.fna -queryname NZ_NSLX010000501.2343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000501.2343.fna -queryname NZ_NSLX010000501.2343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000081.2344.fna -queryname NZ_NSLX010000081.2344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000081.2344.fna -queryname NZ_NSLX010000081.2344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000081.2344.fna -queryname NZ_NSLX010000081.2344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000551.2345.fna -queryname NZ_NSLX010000551.2345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000551.2345.fna -queryname NZ_NSLX010000551.2345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000551.2345.fna -queryname NZ_NSLX010000551.2345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000061.2346.fna -queryname NZ_NSLX010000061.2346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000061.2346.fna -queryname NZ_NSLX010000061.2346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000061.2346.fna -queryname NZ_NSLX010000061.2346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000101.2347.fna -queryname NZ_NSLX010000101.2347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000101.2347.fna -queryname NZ_NSLX010000101.2347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000101.2347.fna -queryname NZ_NSLX010000101.2347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000301.2348.fna -queryname NZ_NSLX010000301.2348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000301.2348.fna -queryname NZ_NSLX010000301.2348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000301.2348.fna -queryname NZ_NSLX010000301.2348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590181.234.fna -queryname NZ_KI2590181.234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590181.234.fna -queryname NZ_KI2590181.234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590181.234.fna -queryname NZ_KI2590181.234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000491.2349.fna -queryname NZ_NSLX010000491.2349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000491.2349.fna -queryname NZ_NSLX010000491.2349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000491.2349.fna -queryname NZ_NSLX010000491.2349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000091.2350.fna -queryname NZ_NSLX010000091.2350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000091.2350.fna -queryname NZ_NSLX010000091.2350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000091.2350.fna -queryname NZ_NSLX010000091.2350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000381.2351.fna -queryname NZ_NSLX010000381.2351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000381.2351.fna -queryname NZ_NSLX010000381.2351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000381.2351.fna -queryname NZ_NSLX010000381.2351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000021.2352.fna -queryname NZ_NSLX010000021.2352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000021.2352.fna -queryname NZ_NSLX010000021.2352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000021.2352.fna -queryname NZ_NSLX010000021.2352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000411.2353.fna -queryname NZ_NSLX010000411.2353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000411.2353.fna -queryname NZ_NSLX010000411.2353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000411.2353.fna -queryname NZ_NSLX010000411.2353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000631.2354.fna -queryname NZ_NSLX010000631.2354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000631.2354.fna -queryname NZ_NSLX010000631.2354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000631.2354.fna -queryname NZ_NSLX010000631.2354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000451.2355.fna -queryname NZ_NSLX010000451.2355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000451.2355.fna -queryname NZ_NSLX010000451.2355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000451.2355.fna -queryname NZ_NSLX010000451.2355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000681.2356.fna -queryname NZ_NSLX010000681.2356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000681.2356.fna -queryname NZ_NSLX010000681.2356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000681.2356.fna -queryname NZ_NSLX010000681.2356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000721.2357.fna -queryname NZ_NSLX010000721.2357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000721.2357.fna -queryname NZ_NSLX010000721.2357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000721.2357.fna -queryname NZ_NSLX010000721.2357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000151.2358.fna -queryname NZ_NSLX010000151.2358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000151.2358.fna -queryname NZ_NSLX010000151.2358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000151.2358.fna -queryname NZ_NSLX010000151.2358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590311.235.fna -queryname NZ_KI2590311.235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590311.235.fna -queryname NZ_KI2590311.235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590311.235.fna -queryname NZ_KI2590311.235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000391.2359.fna -queryname NZ_NSLX010000391.2359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000391.2359.fna -queryname NZ_NSLX010000391.2359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000391.2359.fna -queryname NZ_NSLX010000391.2359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000581.2360.fna -queryname NZ_NSLX010000581.2360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000581.2360.fna -queryname NZ_NSLX010000581.2360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000581.2360.fna -queryname NZ_NSLX010000581.2360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000281.2361.fna -queryname NZ_NSLX010000281.2361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000281.2361.fna -queryname NZ_NSLX010000281.2361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000281.2361.fna -queryname NZ_NSLX010000281.2361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000711.2362.fna -queryname NZ_NSLX010000711.2362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000711.2362.fna -queryname NZ_NSLX010000711.2362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000711.2362.fna -queryname NZ_NSLX010000711.2362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000031.2363.fna -queryname NZ_NSLX010000031.2363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000031.2363.fna -queryname NZ_NSLX010000031.2363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000031.2363.fna -queryname NZ_NSLX010000031.2363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000561.2364.fna -queryname NZ_NSLX010000561.2364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000561.2364.fna -queryname NZ_NSLX010000561.2364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000561.2364.fna -queryname NZ_NSLX010000561.2364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000311.2365.fna -queryname NZ_NSLX010000311.2365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000311.2365.fna -queryname NZ_NSLX010000311.2365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000311.2365.fna -queryname NZ_NSLX010000311.2365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000591.2366.fna -queryname NZ_NSLX010000591.2366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000591.2366.fna -queryname NZ_NSLX010000591.2366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000591.2366.fna -queryname NZ_NSLX010000591.2366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000291.2367.fna -queryname NZ_NSLX010000291.2367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000291.2367.fna -queryname NZ_NSLX010000291.2367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000291.2367.fna -queryname NZ_NSLX010000291.2367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000181.2368.fna -queryname NZ_NSLX010000181.2368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000181.2368.fna -queryname NZ_NSLX010000181.2368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000181.2368.fna -queryname NZ_NSLX010000181.2368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590121.236.fna -queryname NZ_KI2590121.236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590121.236.fna -queryname NZ_KI2590121.236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590121.236.fna -queryname NZ_KI2590121.236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000571.2369.fna -queryname NZ_NSLX010000571.2369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000571.2369.fna -queryname NZ_NSLX010000571.2369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000571.2369.fna -queryname NZ_NSLX010000571.2369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000431.2370.fna -queryname NZ_NSLX010000431.2370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000431.2370.fna -queryname NZ_NSLX010000431.2370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000431.2370.fna -queryname NZ_NSLX010000431.2370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000511.2371.fna -queryname NZ_NSLX010000511.2371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000511.2371.fna -queryname NZ_NSLX010000511.2371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000511.2371.fna -queryname NZ_NSLX010000511.2371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000171.2372.fna -queryname NZ_NSLX010000171.2372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000171.2372.fna -queryname NZ_NSLX010000171.2372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000171.2372.fna -queryname NZ_NSLX010000171.2372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000671.2373.fna -queryname NZ_NSLX010000671.2373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000671.2373.fna -queryname NZ_NSLX010000671.2373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000671.2373.fna -queryname NZ_NSLX010000671.2373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000041.2374.fna -queryname NZ_NSLX010000041.2374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000041.2374.fna -queryname NZ_NSLX010000041.2374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000041.2374.fna -queryname NZ_NSLX010000041.2374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000421.2375.fna -queryname NZ_NSLX010000421.2375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000421.2375.fna -queryname NZ_NSLX010000421.2375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000421.2375.fna -queryname NZ_NSLX010000421.2375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000731.2376.fna -queryname NZ_NSLX010000731.2376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000731.2376.fna -queryname NZ_NSLX010000731.2376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000731.2376.fna -queryname NZ_NSLX010000731.2376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000251.2377.fna -queryname NZ_NSLX010000251.2377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000251.2377.fna -queryname NZ_NSLX010000251.2377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000251.2377.fna -queryname NZ_NSLX010000251.2377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000521.2378.fna -queryname NZ_NSLX010000521.2378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000521.2378.fna -queryname NZ_NSLX010000521.2378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000521.2378.fna -queryname NZ_NSLX010000521.2378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590751.237.fna -queryname NZ_KI2590751.237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590751.237.fna -queryname NZ_KI2590751.237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590751.237.fna -queryname NZ_KI2590751.237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000161.2379.fna -queryname NZ_NSLX010000161.2379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000161.2379.fna -queryname NZ_NSLX010000161.2379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000161.2379.fna -queryname NZ_NSLX010000161.2379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000321.2380.fna -queryname NZ_NSLX010000321.2380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000321.2380.fna -queryname NZ_NSLX010000321.2380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000321.2380.fna -queryname NZ_NSLX010000321.2380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000331.2381.fna -queryname NZ_NSLX010000331.2381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000331.2381.fna -queryname NZ_NSLX010000331.2381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000331.2381.fna -queryname NZ_NSLX010000331.2381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000531.2382.fna -queryname NZ_NSLX010000531.2382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000531.2382.fna -queryname NZ_NSLX010000531.2382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000531.2382.fna -queryname NZ_NSLX010000531.2382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000461.2383.fna -queryname NZ_NSLX010000461.2383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000461.2383.fna -queryname NZ_NSLX010000461.2383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000461.2383.fna -queryname NZ_NSLX010000461.2383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000131.2384.fna -queryname NZ_NSLX010000131.2384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000131.2384.fna -queryname NZ_NSLX010000131.2384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000131.2384.fna -queryname NZ_NSLX010000131.2384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000651.2385.fna -queryname NZ_NSLX010000651.2385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000651.2385.fna -queryname NZ_NSLX010000651.2385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000651.2385.fna -queryname NZ_NSLX010000651.2385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000211.2386.fna -queryname NZ_NSLX010000211.2386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000211.2386.fna -queryname NZ_NSLX010000211.2386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000211.2386.fna -queryname NZ_NSLX010000211.2386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000121.2387.fna -queryname NZ_NSLX010000121.2387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000121.2387.fna -queryname NZ_NSLX010000121.2387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000121.2387.fna -queryname NZ_NSLX010000121.2387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000201.2388.fna -queryname NZ_NSLX010000201.2388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000201.2388.fna -queryname NZ_NSLX010000201.2388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000201.2388.fna -queryname NZ_NSLX010000201.2388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590951.238.fna -queryname NZ_KI2590951.238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590951.238.fna -queryname NZ_KI2590951.238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590951.238.fna -queryname NZ_KI2590951.238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000191.2389.fna -queryname NZ_NSLX010000191.2389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000191.2389.fna -queryname NZ_NSLX010000191.2389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000191.2389.fna -queryname NZ_NSLX010000191.2389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000701.2390.fna -queryname NZ_NSLX010000701.2390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000701.2390.fna -queryname NZ_NSLX010000701.2390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000701.2390.fna -queryname NZ_NSLX010000701.2390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000011.2391.fna -queryname NZ_NSLX010000011.2391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000011.2391.fna -queryname NZ_NSLX010000011.2391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000011.2391.fna -queryname NZ_NSLX010000011.2391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000601.2392.fna -queryname NZ_NSLX010000601.2392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000601.2392.fna -queryname NZ_NSLX010000601.2392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000601.2392.fna -queryname NZ_NSLX010000601.2392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000241.2393.fna -queryname NZ_NSLX010000241.2393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000241.2393.fna -queryname NZ_NSLX010000241.2393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000241.2393.fna -queryname NZ_NSLX010000241.2393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000441.2394.fna -queryname NZ_NSLX010000441.2394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000441.2394.fna -queryname NZ_NSLX010000441.2394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000441.2394.fna -queryname NZ_NSLX010000441.2394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000661.2395.fna -queryname NZ_NSLX010000661.2395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000661.2395.fna -queryname NZ_NSLX010000661.2395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000661.2395.fna -queryname NZ_NSLX010000661.2395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000111.2396.fna -queryname NZ_NSLX010000111.2396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000111.2396.fna -queryname NZ_NSLX010000111.2396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000111.2396.fna -queryname NZ_NSLX010000111.2396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000361.2397.fna -queryname NZ_NSLX010000361.2397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000361.2397.fna -queryname NZ_NSLX010000361.2397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000361.2397.fna -queryname NZ_NSLX010000361.2397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000351.2398.fna -queryname NZ_NSLX010000351.2398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000351.2398.fna -queryname NZ_NSLX010000351.2398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000351.2398.fna -queryname NZ_NSLX010000351.2398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000781.23.fna -queryname NZ_AJZS010000781.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000781.23.fna -queryname NZ_AJZS010000781.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000781.23.fna -queryname NZ_AJZS010000781.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590601.239.fna -queryname NZ_KI2590601.239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590601.239.fna -queryname NZ_KI2590601.239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590601.239.fna -queryname NZ_KI2590601.239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000541.2399.fna -queryname NZ_NSLX010000541.2399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000541.2399.fna -queryname NZ_NSLX010000541.2399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000541.2399.fna -queryname NZ_NSLX010000541.2399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000611.2400.fna -queryname NZ_NSLX010000611.2400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000611.2400.fna -queryname NZ_NSLX010000611.2400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000611.2400.fna -queryname NZ_NSLX010000611.2400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000621.2401.fna -queryname NZ_NSLX010000621.2401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000621.2401.fna -queryname NZ_NSLX010000621.2401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NSLX010000621.2401.fna -queryname NZ_NSLX010000621.2401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.fna -queryname NZ_CP0245961.2402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.fna -queryname NZ_CP0245961.2402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.fna -queryname NZ_CP0245961.2402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.AOI.fna -queryname NZ_CP0245961.2402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245961.2402.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245961.2402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245961.2402.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.fna -queryname NZ_CP0246011.2403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.fna -queryname NZ_CP0246011.2403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.fna -queryname NZ_CP0246011.2403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.AOI.fna -queryname NZ_CP0246011.2403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246011.2403.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0246011.2403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0246011.2403.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.fna -queryname NZ_CP0246001.2404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.fna -queryname NZ_CP0246001.2404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.fna -queryname NZ_CP0246001.2404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.AOI.fna -queryname NZ_CP0246001.2404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0246001.2404.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0246001.2404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0246001.2404.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.fna -queryname NZ_CP0245911.2405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.fna -queryname NZ_CP0245911.2405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.fna -queryname NZ_CP0245911.2405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.AOI.fna -queryname NZ_CP0245911.2405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245911.2405.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245911.2405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245911.2405.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.fna -queryname NZ_CP0245921.2406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.fna -queryname NZ_CP0245921.2406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.fna -queryname NZ_CP0245921.2406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.AOI.fna -queryname NZ_CP0245921.2406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245921.2406.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245921.2406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245921.2406.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.fna -queryname NZ_CP0245931.2407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.fna -queryname NZ_CP0245931.2407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.fna -queryname NZ_CP0245931.2407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.AOI.fna -queryname NZ_CP0245931.2407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245931.2407.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245931.2407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245931.2407.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.fna -queryname NZ_CP0245941.2408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.fna -queryname NZ_CP0245941.2408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.fna -queryname NZ_CP0245941.2408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.AOI.fna -queryname NZ_CP0245941.2408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245941.2408.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245941.2408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245941.2408.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590491.240.fna -queryname NZ_KI2590491.240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590491.240.fna -queryname NZ_KI2590491.240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590491.240.fna -queryname NZ_KI2590491.240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.fna -queryname NZ_CP0245951.2409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.fna -queryname NZ_CP0245951.2409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.fna -queryname NZ_CP0245951.2409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.AOI.fna -queryname NZ_CP0245951.2409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245951.2409.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245951.2409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245951.2409.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.fna -queryname NZ_CP0245971.2410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.fna -queryname NZ_CP0245971.2410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.fna -queryname NZ_CP0245971.2410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.AOI.fna -queryname NZ_CP0245971.2410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245971.2410.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245971.2410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245971.2410.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.fna -queryname NZ_CP0245981.2411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.fna -queryname NZ_CP0245981.2411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.fna -queryname NZ_CP0245981.2411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.AOI.fna -queryname NZ_CP0245981.2411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245981.2411.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245981.2411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245981.2411.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.fna -queryname NZ_CP0245991.2412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.fna -queryname NZ_CP0245991.2412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.fna -queryname NZ_CP0245991.2412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.AOI.fna -queryname NZ_CP0245991.2412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0245991.2412.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0245991.2412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0245991.2412.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.fna -queryname NZ_CP0259311.2413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.fna -queryname NZ_CP0259311.2413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.fna -queryname NZ_CP0259311.2413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.AOI.fna -queryname NZ_CP0259311.2413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0259311.2413.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0259311.2413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0259311.2413.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000561.2414.fna -queryname NZ_QPGS010000561.2414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000561.2414.fna -queryname NZ_QPGS010000561.2414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000561.2414.fna -queryname NZ_QPGS010000561.2414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000161.2415.fna -queryname NZ_QPGS010000161.2415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000161.2415.fna -queryname NZ_QPGS010000161.2415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000161.2415.fna -queryname NZ_QPGS010000161.2415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000391.2416.fna -queryname NZ_QPGS010000391.2416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000391.2416.fna -queryname NZ_QPGS010000391.2416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000391.2416.fna -queryname NZ_QPGS010000391.2416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000051.2417.fna -queryname NZ_QPGS010000051.2417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000051.2417.fna -queryname NZ_QPGS010000051.2417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000051.2417.fna -queryname NZ_QPGS010000051.2417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000641.2418.fna -queryname NZ_QPGS010000641.2418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000641.2418.fna -queryname NZ_QPGS010000641.2418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000641.2418.fna -queryname NZ_QPGS010000641.2418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590571.241.fna -queryname NZ_KI2590571.241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590571.241.fna -queryname NZ_KI2590571.241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590571.241.fna -queryname NZ_KI2590571.241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000381.2419.fna -queryname NZ_QPGS010000381.2419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000381.2419.fna -queryname NZ_QPGS010000381.2419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000381.2419.fna -queryname NZ_QPGS010000381.2419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000081.2420.fna -queryname NZ_QPGS010000081.2420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000081.2420.fna -queryname NZ_QPGS010000081.2420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000081.2420.fna -queryname NZ_QPGS010000081.2420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000071.2421.fna -queryname NZ_QPGS010000071.2421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000071.2421.fna -queryname NZ_QPGS010000071.2421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000071.2421.fna -queryname NZ_QPGS010000071.2421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000501.2422.fna -queryname NZ_QPGS010000501.2422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000501.2422.fna -queryname NZ_QPGS010000501.2422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000501.2422.fna -queryname NZ_QPGS010000501.2422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000181.2423.fna -queryname NZ_QPGS010000181.2423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000181.2423.fna -queryname NZ_QPGS010000181.2423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000181.2423.fna -queryname NZ_QPGS010000181.2423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000591.2424.fna -queryname NZ_QPGS010000591.2424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000591.2424.fna -queryname NZ_QPGS010000591.2424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000591.2424.fna -queryname NZ_QPGS010000591.2424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000101.2425.fna -queryname NZ_QPGS010000101.2425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000101.2425.fna -queryname NZ_QPGS010000101.2425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000101.2425.fna -queryname NZ_QPGS010000101.2425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000211.2426.fna -queryname NZ_QPGS010000211.2426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000211.2426.fna -queryname NZ_QPGS010000211.2426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000211.2426.fna -queryname NZ_QPGS010000211.2426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000341.2427.fna -queryname NZ_QPGS010000341.2427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000341.2427.fna -queryname NZ_QPGS010000341.2427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000341.2427.fna -queryname NZ_QPGS010000341.2427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000631.2428.fna -queryname NZ_QPGS010000631.2428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000631.2428.fna -queryname NZ_QPGS010000631.2428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000631.2428.fna -queryname NZ_QPGS010000631.2428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589921.242.fna -queryname NZ_KI2589921.242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589921.242.fna -queryname NZ_KI2589921.242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589921.242.fna -queryname NZ_KI2589921.242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000011.2429.fna -queryname NZ_QPGS010000011.2429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000011.2429.fna -queryname NZ_QPGS010000011.2429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000011.2429.fna -queryname NZ_QPGS010000011.2429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000321.2430.fna -queryname NZ_QPGS010000321.2430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000321.2430.fna -queryname NZ_QPGS010000321.2430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000321.2430.fna -queryname NZ_QPGS010000321.2430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000261.2431.fna -queryname NZ_QPGS010000261.2431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000261.2431.fna -queryname NZ_QPGS010000261.2431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000261.2431.fna -queryname NZ_QPGS010000261.2431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000241.2432.fna -queryname NZ_QPGS010000241.2432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000241.2432.fna -queryname NZ_QPGS010000241.2432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000241.2432.fna -queryname NZ_QPGS010000241.2432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000151.2433.fna -queryname NZ_QPGS010000151.2433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000151.2433.fna -queryname NZ_QPGS010000151.2433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000151.2433.fna -queryname NZ_QPGS010000151.2433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000291.2434.fna -queryname NZ_QPGS010000291.2434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000291.2434.fna -queryname NZ_QPGS010000291.2434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000291.2434.fna -queryname NZ_QPGS010000291.2434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000481.2435.fna -queryname NZ_QPGS010000481.2435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000481.2435.fna -queryname NZ_QPGS010000481.2435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000481.2435.fna -queryname NZ_QPGS010000481.2435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000661.2436.fna -queryname NZ_QPGS010000661.2436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000661.2436.fna -queryname NZ_QPGS010000661.2436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000661.2436.fna -queryname NZ_QPGS010000661.2436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000701.2437.fna -queryname NZ_QPGS010000701.2437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000701.2437.fna -queryname NZ_QPGS010000701.2437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000701.2437.fna -queryname NZ_QPGS010000701.2437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000671.2438.fna -queryname NZ_QPGS010000671.2438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000671.2438.fna -queryname NZ_QPGS010000671.2438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000671.2438.fna -queryname NZ_QPGS010000671.2438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590421.243.fna -queryname NZ_KI2590421.243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590421.243.fna -queryname NZ_KI2590421.243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590421.243.fna -queryname NZ_KI2590421.243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000331.2439.fna -queryname NZ_QPGS010000331.2439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000331.2439.fna -queryname NZ_QPGS010000331.2439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000331.2439.fna -queryname NZ_QPGS010000331.2439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000021.2440.fna -queryname NZ_QPGS010000021.2440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000021.2440.fna -queryname NZ_QPGS010000021.2440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000021.2440.fna -queryname NZ_QPGS010000021.2440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000691.2441.fna -queryname NZ_QPGS010000691.2441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000691.2441.fna -queryname NZ_QPGS010000691.2441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000691.2441.fna -queryname NZ_QPGS010000691.2441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000681.2442.fna -queryname NZ_QPGS010000681.2442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000681.2442.fna -queryname NZ_QPGS010000681.2442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000681.2442.fna -queryname NZ_QPGS010000681.2442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000431.2443.fna -queryname NZ_QPGS010000431.2443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000431.2443.fna -queryname NZ_QPGS010000431.2443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000431.2443.fna -queryname NZ_QPGS010000431.2443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000191.2444.fna -queryname NZ_QPGS010000191.2444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000191.2444.fna -queryname NZ_QPGS010000191.2444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000191.2444.fna -queryname NZ_QPGS010000191.2444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000611.2445.fna -queryname NZ_QPGS010000611.2445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000611.2445.fna -queryname NZ_QPGS010000611.2445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000611.2445.fna -queryname NZ_QPGS010000611.2445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000281.2446.fna -queryname NZ_QPGS010000281.2446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000281.2446.fna -queryname NZ_QPGS010000281.2446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000281.2446.fna -queryname NZ_QPGS010000281.2446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000441.2447.fna -queryname NZ_QPGS010000441.2447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000441.2447.fna -queryname NZ_QPGS010000441.2447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000441.2447.fna -queryname NZ_QPGS010000441.2447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000551.2448.fna -queryname NZ_QPGS010000551.2448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000551.2448.fna -queryname NZ_QPGS010000551.2448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000551.2448.fna -queryname NZ_QPGS010000551.2448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590331.244.fna -queryname NZ_KI2590331.244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590331.244.fna -queryname NZ_KI2590331.244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590331.244.fna -queryname NZ_KI2590331.244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000271.2449.fna -queryname NZ_QPGS010000271.2449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000271.2449.fna -queryname NZ_QPGS010000271.2449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000271.2449.fna -queryname NZ_QPGS010000271.2449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000621.2450.fna -queryname NZ_QPGS010000621.2450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000621.2450.fna -queryname NZ_QPGS010000621.2450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000621.2450.fna -queryname NZ_QPGS010000621.2450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.fna -queryname NZ_QPGS010000141.2451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.fna -queryname NZ_QPGS010000141.2451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.fna -queryname NZ_QPGS010000141.2451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.AOI.fna -queryname NZ_QPGS010000141.2451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000141.2451.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_QPGS010000141.2451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_QPGS010000141.2451.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000231.2452.fna -queryname NZ_QPGS010000231.2452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000231.2452.fna -queryname NZ_QPGS010000231.2452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000231.2452.fna -queryname NZ_QPGS010000231.2452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000031.2453.fna -queryname NZ_QPGS010000031.2453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000031.2453.fna -queryname NZ_QPGS010000031.2453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000031.2453.fna -queryname NZ_QPGS010000031.2453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000301.2454.fna -queryname NZ_QPGS010000301.2454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000301.2454.fna -queryname NZ_QPGS010000301.2454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000301.2454.fna -queryname NZ_QPGS010000301.2454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000541.2455.fna -queryname NZ_QPGS010000541.2455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000541.2455.fna -queryname NZ_QPGS010000541.2455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000541.2455.fna -queryname NZ_QPGS010000541.2455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000311.2456.fna -queryname NZ_QPGS010000311.2456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000311.2456.fna -queryname NZ_QPGS010000311.2456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000311.2456.fna -queryname NZ_QPGS010000311.2456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000571.2457.fna -queryname NZ_QPGS010000571.2457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000571.2457.fna -queryname NZ_QPGS010000571.2457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000571.2457.fna -queryname NZ_QPGS010000571.2457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000651.2458.fna -queryname NZ_QPGS010000651.2458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000651.2458.fna -queryname NZ_QPGS010000651.2458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000651.2458.fna -queryname NZ_QPGS010000651.2458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589991.245.fna -queryname NZ_KI2589991.245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589991.245.fna -queryname NZ_KI2589991.245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589991.245.fna -queryname NZ_KI2589991.245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000721.2459.fna -queryname NZ_QPGS010000721.2459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000721.2459.fna -queryname NZ_QPGS010000721.2459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000721.2459.fna -queryname NZ_QPGS010000721.2459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000171.2460.fna -queryname NZ_QPGS010000171.2460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000171.2460.fna -queryname NZ_QPGS010000171.2460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000171.2460.fna -queryname NZ_QPGS010000171.2460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000041.2461.fna -queryname NZ_QPGS010000041.2461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000041.2461.fna -queryname NZ_QPGS010000041.2461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000041.2461.fna -queryname NZ_QPGS010000041.2461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000521.2462.fna -queryname NZ_QPGS010000521.2462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000521.2462.fna -queryname NZ_QPGS010000521.2462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000521.2462.fna -queryname NZ_QPGS010000521.2462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000411.2463.fna -queryname NZ_QPGS010000411.2463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000411.2463.fna -queryname NZ_QPGS010000411.2463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000411.2463.fna -queryname NZ_QPGS010000411.2463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000421.2464.fna -queryname NZ_QPGS010000421.2464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000421.2464.fna -queryname NZ_QPGS010000421.2464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000421.2464.fna -queryname NZ_QPGS010000421.2464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000601.2465.fna -queryname NZ_QPGS010000601.2465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000601.2465.fna -queryname NZ_QPGS010000601.2465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000601.2465.fna -queryname NZ_QPGS010000601.2465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000201.2466.fna -queryname NZ_QPGS010000201.2466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000201.2466.fna -queryname NZ_QPGS010000201.2466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000201.2466.fna -queryname NZ_QPGS010000201.2466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000251.2467.fna -queryname NZ_QPGS010000251.2467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000251.2467.fna -queryname NZ_QPGS010000251.2467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000251.2467.fna -queryname NZ_QPGS010000251.2467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000111.2468.fna -queryname NZ_QPGS010000111.2468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000111.2468.fna -queryname NZ_QPGS010000111.2468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000111.2468.fna -queryname NZ_QPGS010000111.2468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590381.246.fna -queryname NZ_KI2590381.246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590381.246.fna -queryname NZ_KI2590381.246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590381.246.fna -queryname NZ_KI2590381.246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000131.2469.fna -queryname NZ_QPGS010000131.2469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000131.2469.fna -queryname NZ_QPGS010000131.2469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000131.2469.fna -queryname NZ_QPGS010000131.2469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000461.2470.fna -queryname NZ_QPGS010000461.2470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000461.2470.fna -queryname NZ_QPGS010000461.2470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000461.2470.fna -queryname NZ_QPGS010000461.2470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000511.2471.fna -queryname NZ_QPGS010000511.2471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000511.2471.fna -queryname NZ_QPGS010000511.2471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000511.2471.fna -queryname NZ_QPGS010000511.2471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000581.2472.fna -queryname NZ_QPGS010000581.2472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000581.2472.fna -queryname NZ_QPGS010000581.2472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000581.2472.fna -queryname NZ_QPGS010000581.2472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000061.2473.fna -queryname NZ_QPGS010000061.2473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000061.2473.fna -queryname NZ_QPGS010000061.2473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000061.2473.fna -queryname NZ_QPGS010000061.2473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000491.2474.fna -queryname NZ_QPGS010000491.2474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000491.2474.fna -queryname NZ_QPGS010000491.2474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000491.2474.fna -queryname NZ_QPGS010000491.2474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000371.2475.fna -queryname NZ_QPGS010000371.2475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000371.2475.fna -queryname NZ_QPGS010000371.2475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000371.2475.fna -queryname NZ_QPGS010000371.2475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000361.2476.fna -queryname NZ_QPGS010000361.2476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000361.2476.fna -queryname NZ_QPGS010000361.2476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000361.2476.fna -queryname NZ_QPGS010000361.2476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000451.2477.fna -queryname NZ_QPGS010000451.2477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000451.2477.fna -queryname NZ_QPGS010000451.2477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000451.2477.fna -queryname NZ_QPGS010000451.2477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000471.2478.fna -queryname NZ_QPGS010000471.2478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000471.2478.fna -queryname NZ_QPGS010000471.2478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000471.2478.fna -queryname NZ_QPGS010000471.2478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.fna -queryname NZ_KI2590361.247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.fna -queryname NZ_KI2590361.247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.fna -queryname NZ_KI2590361.247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.AOI.fna -queryname NZ_KI2590361.247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590361.247.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2590361.247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2590361.247.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000711.2479.fna -queryname NZ_QPGS010000711.2479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000711.2479.fna -queryname NZ_QPGS010000711.2479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000711.2479.fna -queryname NZ_QPGS010000711.2479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000221.2480.fna -queryname NZ_QPGS010000221.2480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000221.2480.fna -queryname NZ_QPGS010000221.2480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000221.2480.fna -queryname NZ_QPGS010000221.2480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000401.2481.fna -queryname NZ_QPGS010000401.2481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000401.2481.fna -queryname NZ_QPGS010000401.2481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000401.2481.fna -queryname NZ_QPGS010000401.2481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000351.2482.fna -queryname NZ_QPGS010000351.2482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000351.2482.fna -queryname NZ_QPGS010000351.2482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000351.2482.fna -queryname NZ_QPGS010000351.2482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000091.2483.fna -queryname NZ_QPGS010000091.2483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000091.2483.fna -queryname NZ_QPGS010000091.2483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000091.2483.fna -queryname NZ_QPGS010000091.2483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000121.2484.fna -queryname NZ_QPGS010000121.2484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000121.2484.fna -queryname NZ_QPGS010000121.2484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000121.2484.fna -queryname NZ_QPGS010000121.2484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000531.2485.fna -queryname NZ_QPGS010000531.2485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000531.2485.fna -queryname NZ_QPGS010000531.2485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000531.2485.fna -queryname NZ_QPGS010000531.2485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000731.2486.fna -queryname NZ_QPGS010000731.2486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000731.2486.fna -queryname NZ_QPGS010000731.2486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_QPGS010000731.2486.fna -queryname NZ_QPGS010000731.2486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000121.2487.fna -queryname NZ_SGAZ010000121.2487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000121.2487.fna -queryname NZ_SGAZ010000121.2487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000121.2487.fna -queryname NZ_SGAZ010000121.2487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000651.2488.fna -queryname NZ_SGAZ010000651.2488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000651.2488.fna -queryname NZ_SGAZ010000651.2488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000651.2488.fna -queryname NZ_SGAZ010000651.2488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590521.248.fna -queryname NZ_KI2590521.248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590521.248.fna -queryname NZ_KI2590521.248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590521.248.fna -queryname NZ_KI2590521.248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000041.2489.fna -queryname NZ_SGAZ010000041.2489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000041.2489.fna -queryname NZ_SGAZ010000041.2489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000041.2489.fna -queryname NZ_SGAZ010000041.2489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000351.2490.fna -queryname NZ_SGAZ010000351.2490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000351.2490.fna -queryname NZ_SGAZ010000351.2490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000351.2490.fna -queryname NZ_SGAZ010000351.2490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000541.2491.fna -queryname NZ_SGAZ010000541.2491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000541.2491.fna -queryname NZ_SGAZ010000541.2491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000541.2491.fna -queryname NZ_SGAZ010000541.2491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000171.2492.fna -queryname NZ_SGAZ010000171.2492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000171.2492.fna -queryname NZ_SGAZ010000171.2492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000171.2492.fna -queryname NZ_SGAZ010000171.2492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000801.2493.fna -queryname NZ_SGAZ010000801.2493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000801.2493.fna -queryname NZ_SGAZ010000801.2493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000801.2493.fna -queryname NZ_SGAZ010000801.2493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000621.2494.fna -queryname NZ_SGAZ010000621.2494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000621.2494.fna -queryname NZ_SGAZ010000621.2494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000621.2494.fna -queryname NZ_SGAZ010000621.2494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000501.2495.fna -queryname NZ_SGAZ010000501.2495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000501.2495.fna -queryname NZ_SGAZ010000501.2495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000501.2495.fna -queryname NZ_SGAZ010000501.2495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000291.2496.fna -queryname NZ_SGAZ010000291.2496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000291.2496.fna -queryname NZ_SGAZ010000291.2496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000291.2496.fna -queryname NZ_SGAZ010000291.2496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000751.2497.fna -queryname NZ_SGAZ010000751.2497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000751.2497.fna -queryname NZ_SGAZ010000751.2497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000751.2497.fna -queryname NZ_SGAZ010000751.2497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000131.2498.fna -queryname NZ_SGAZ010000131.2498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000131.2498.fna -queryname NZ_SGAZ010000131.2498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000131.2498.fna -queryname NZ_SGAZ010000131.2498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000851.24.fna -queryname NZ_AJZS010000851.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000851.24.fna -queryname NZ_AJZS010000851.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000851.24.fna -queryname NZ_AJZS010000851.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590201.249.fna -queryname NZ_KI2590201.249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590201.249.fna -queryname NZ_KI2590201.249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590201.249.fna -queryname NZ_KI2590201.249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000221.2499.fna -queryname NZ_SGAZ010000221.2499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000221.2499.fna -queryname NZ_SGAZ010000221.2499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000221.2499.fna -queryname NZ_SGAZ010000221.2499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000791.2500.fna -queryname NZ_SGAZ010000791.2500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000791.2500.fna -queryname NZ_SGAZ010000791.2500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000791.2500.fna -queryname NZ_SGAZ010000791.2500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000531.2501.fna -queryname NZ_SGAZ010000531.2501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000531.2501.fna -queryname NZ_SGAZ010000531.2501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000531.2501.fna -queryname NZ_SGAZ010000531.2501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000331.2502.fna -queryname NZ_SGAZ010000331.2502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000331.2502.fna -queryname NZ_SGAZ010000331.2502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000331.2502.fna -queryname NZ_SGAZ010000331.2502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000771.2503.fna -queryname NZ_SGAZ010000771.2503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000771.2503.fna -queryname NZ_SGAZ010000771.2503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000771.2503.fna -queryname NZ_SGAZ010000771.2503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000461.2504.fna -queryname NZ_SGAZ010000461.2504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000461.2504.fna -queryname NZ_SGAZ010000461.2504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000461.2504.fna -queryname NZ_SGAZ010000461.2504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000421.2505.fna -queryname NZ_SGAZ010000421.2505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000421.2505.fna -queryname NZ_SGAZ010000421.2505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000421.2505.fna -queryname NZ_SGAZ010000421.2505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000481.2506.fna -queryname NZ_SGAZ010000481.2506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000481.2506.fna -queryname NZ_SGAZ010000481.2506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000481.2506.fna -queryname NZ_SGAZ010000481.2506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000281.2507.fna -queryname NZ_SGAZ010000281.2507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000281.2507.fna -queryname NZ_SGAZ010000281.2507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000281.2507.fna -queryname NZ_SGAZ010000281.2507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.fna -queryname NZ_SGAZ010000101.2508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.fna -queryname NZ_SGAZ010000101.2508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.fna -queryname NZ_SGAZ010000101.2508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.AOI.fna -queryname NZ_SGAZ010000101.2508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000101.2508.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_SGAZ010000101.2508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_SGAZ010000101.2508.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590221.250.fna -queryname NZ_KI2590221.250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590221.250.fna -queryname NZ_KI2590221.250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590221.250.fna -queryname NZ_KI2590221.250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000441.2509.fna -queryname NZ_SGAZ010000441.2509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000441.2509.fna -queryname NZ_SGAZ010000441.2509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000441.2509.fna -queryname NZ_SGAZ010000441.2509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000051.2510.fna -queryname NZ_SGAZ010000051.2510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000051.2510.fna -queryname NZ_SGAZ010000051.2510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000051.2510.fna -queryname NZ_SGAZ010000051.2510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000641.2511.fna -queryname NZ_SGAZ010000641.2511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000641.2511.fna -queryname NZ_SGAZ010000641.2511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000641.2511.fna -queryname NZ_SGAZ010000641.2511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000311.2512.fna -queryname NZ_SGAZ010000311.2512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000311.2512.fna -queryname NZ_SGAZ010000311.2512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000311.2512.fna -queryname NZ_SGAZ010000311.2512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000821.2513.fna -queryname NZ_SGAZ010000821.2513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000821.2513.fna -queryname NZ_SGAZ010000821.2513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000821.2513.fna -queryname NZ_SGAZ010000821.2513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000581.2514.fna -queryname NZ_SGAZ010000581.2514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000581.2514.fna -queryname NZ_SGAZ010000581.2514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000581.2514.fna -queryname NZ_SGAZ010000581.2514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000661.2515.fna -queryname NZ_SGAZ010000661.2515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000661.2515.fna -queryname NZ_SGAZ010000661.2515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000661.2515.fna -queryname NZ_SGAZ010000661.2515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000871.2516.fna -queryname NZ_SGAZ010000871.2516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000871.2516.fna -queryname NZ_SGAZ010000871.2516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000871.2516.fna -queryname NZ_SGAZ010000871.2516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000631.2517.fna -queryname NZ_SGAZ010000631.2517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000631.2517.fna -queryname NZ_SGAZ010000631.2517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000631.2517.fna -queryname NZ_SGAZ010000631.2517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000061.2518.fna -queryname NZ_SGAZ010000061.2518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000061.2518.fna -queryname NZ_SGAZ010000061.2518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000061.2518.fna -queryname NZ_SGAZ010000061.2518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589931.251.fna -queryname NZ_KI2589931.251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589931.251.fna -queryname NZ_KI2589931.251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589931.251.fna -queryname NZ_KI2589931.251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000521.2519.fna -queryname NZ_SGAZ010000521.2519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000521.2519.fna -queryname NZ_SGAZ010000521.2519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000521.2519.fna -queryname NZ_SGAZ010000521.2519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000781.2520.fna -queryname NZ_SGAZ010000781.2520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000781.2520.fna -queryname NZ_SGAZ010000781.2520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000781.2520.fna -queryname NZ_SGAZ010000781.2520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000381.2521.fna -queryname NZ_SGAZ010000381.2521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000381.2521.fna -queryname NZ_SGAZ010000381.2521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000381.2521.fna -queryname NZ_SGAZ010000381.2521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000721.2522.fna -queryname NZ_SGAZ010000721.2522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000721.2522.fna -queryname NZ_SGAZ010000721.2522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000721.2522.fna -queryname NZ_SGAZ010000721.2522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000681.2523.fna -queryname NZ_SGAZ010000681.2523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000681.2523.fna -queryname NZ_SGAZ010000681.2523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000681.2523.fna -queryname NZ_SGAZ010000681.2523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000731.2524.fna -queryname NZ_SGAZ010000731.2524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000731.2524.fna -queryname NZ_SGAZ010000731.2524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000731.2524.fna -queryname NZ_SGAZ010000731.2524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000561.2525.fna -queryname NZ_SGAZ010000561.2525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000561.2525.fna -queryname NZ_SGAZ010000561.2525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000561.2525.fna -queryname NZ_SGAZ010000561.2525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000251.2526.fna -queryname NZ_SGAZ010000251.2526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000251.2526.fna -queryname NZ_SGAZ010000251.2526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000251.2526.fna -queryname NZ_SGAZ010000251.2526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000071.2527.fna -queryname NZ_SGAZ010000071.2527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000071.2527.fna -queryname NZ_SGAZ010000071.2527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000071.2527.fna -queryname NZ_SGAZ010000071.2527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000701.2528.fna -queryname NZ_SGAZ010000701.2528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000701.2528.fna -queryname NZ_SGAZ010000701.2528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000701.2528.fna -queryname NZ_SGAZ010000701.2528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590461.252.fna -queryname NZ_KI2590461.252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590461.252.fna -queryname NZ_KI2590461.252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590461.252.fna -queryname NZ_KI2590461.252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000261.2529.fna -queryname NZ_SGAZ010000261.2529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000261.2529.fna -queryname NZ_SGAZ010000261.2529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000261.2529.fna -queryname NZ_SGAZ010000261.2529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000431.2530.fna -queryname NZ_SGAZ010000431.2530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000431.2530.fna -queryname NZ_SGAZ010000431.2530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000431.2530.fna -queryname NZ_SGAZ010000431.2530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000391.2531.fna -queryname NZ_SGAZ010000391.2531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000391.2531.fna -queryname NZ_SGAZ010000391.2531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000391.2531.fna -queryname NZ_SGAZ010000391.2531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000081.2532.fna -queryname NZ_SGAZ010000081.2532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000081.2532.fna -queryname NZ_SGAZ010000081.2532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000081.2532.fna -queryname NZ_SGAZ010000081.2532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000241.2533.fna -queryname NZ_SGAZ010000241.2533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000241.2533.fna -queryname NZ_SGAZ010000241.2533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000241.2533.fna -queryname NZ_SGAZ010000241.2533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000671.2534.fna -queryname NZ_SGAZ010000671.2534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000671.2534.fna -queryname NZ_SGAZ010000671.2534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000671.2534.fna -queryname NZ_SGAZ010000671.2534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000091.2535.fna -queryname NZ_SGAZ010000091.2535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000091.2535.fna -queryname NZ_SGAZ010000091.2535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000091.2535.fna -queryname NZ_SGAZ010000091.2535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000021.2536.fna -queryname NZ_SGAZ010000021.2536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000021.2536.fna -queryname NZ_SGAZ010000021.2536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000021.2536.fna -queryname NZ_SGAZ010000021.2536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000271.2537.fna -queryname NZ_SGAZ010000271.2537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000271.2537.fna -queryname NZ_SGAZ010000271.2537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000271.2537.fna -queryname NZ_SGAZ010000271.2537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000211.2538.fna -queryname NZ_SGAZ010000211.2538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000211.2538.fna -queryname NZ_SGAZ010000211.2538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000211.2538.fna -queryname NZ_SGAZ010000211.2538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590531.253.fna -queryname NZ_KI2590531.253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590531.253.fna -queryname NZ_KI2590531.253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590531.253.fna -queryname NZ_KI2590531.253
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000231.2539.fna -queryname NZ_SGAZ010000231.2539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000231.2539.fna -queryname NZ_SGAZ010000231.2539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000231.2539.fna -queryname NZ_SGAZ010000231.2539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000861.2540.fna -queryname NZ_SGAZ010000861.2540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000861.2540.fna -queryname NZ_SGAZ010000861.2540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000861.2540.fna -queryname NZ_SGAZ010000861.2540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000491.2541.fna -queryname NZ_SGAZ010000491.2541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000491.2541.fna -queryname NZ_SGAZ010000491.2541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000491.2541.fna -queryname NZ_SGAZ010000491.2541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000181.2542.fna -queryname NZ_SGAZ010000181.2542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000181.2542.fna -queryname NZ_SGAZ010000181.2542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000181.2542.fna -queryname NZ_SGAZ010000181.2542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000811.2543.fna -queryname NZ_SGAZ010000811.2543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000811.2543.fna -queryname NZ_SGAZ010000811.2543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000811.2543.fna -queryname NZ_SGAZ010000811.2543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000361.2544.fna -queryname NZ_SGAZ010000361.2544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000361.2544.fna -queryname NZ_SGAZ010000361.2544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000361.2544.fna -queryname NZ_SGAZ010000361.2544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000201.2545.fna -queryname NZ_SGAZ010000201.2545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000201.2545.fna -queryname NZ_SGAZ010000201.2545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000201.2545.fna -queryname NZ_SGAZ010000201.2545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000471.2546.fna -queryname NZ_SGAZ010000471.2546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000471.2546.fna -queryname NZ_SGAZ010000471.2546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000471.2546.fna -queryname NZ_SGAZ010000471.2546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000011.2547.fna -queryname NZ_SGAZ010000011.2547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000011.2547.fna -queryname NZ_SGAZ010000011.2547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000011.2547.fna -queryname NZ_SGAZ010000011.2547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000741.2548.fna -queryname NZ_SGAZ010000741.2548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000741.2548.fna -queryname NZ_SGAZ010000741.2548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000741.2548.fna -queryname NZ_SGAZ010000741.2548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590451.254.fna -queryname NZ_KI2590451.254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590451.254.fna -queryname NZ_KI2590451.254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590451.254.fna -queryname NZ_KI2590451.254
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000111.2549.fna -queryname NZ_SGAZ010000111.2549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000111.2549.fna -queryname NZ_SGAZ010000111.2549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000111.2549.fna -queryname NZ_SGAZ010000111.2549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000611.2550.fna -queryname NZ_SGAZ010000611.2550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000611.2550.fna -queryname NZ_SGAZ010000611.2550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000611.2550.fna -queryname NZ_SGAZ010000611.2550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000841.2551.fna -queryname NZ_SGAZ010000841.2551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000841.2551.fna -queryname NZ_SGAZ010000841.2551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000841.2551.fna -queryname NZ_SGAZ010000841.2551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000151.2552.fna -queryname NZ_SGAZ010000151.2552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000151.2552.fna -queryname NZ_SGAZ010000151.2552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000151.2552.fna -queryname NZ_SGAZ010000151.2552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000341.2553.fna -queryname NZ_SGAZ010000341.2553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000341.2553.fna -queryname NZ_SGAZ010000341.2553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000341.2553.fna -queryname NZ_SGAZ010000341.2553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000761.2554.fna -queryname NZ_SGAZ010000761.2554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000761.2554.fna -queryname NZ_SGAZ010000761.2554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000761.2554.fna -queryname NZ_SGAZ010000761.2554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000031.2555.fna -queryname NZ_SGAZ010000031.2555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000031.2555.fna -queryname NZ_SGAZ010000031.2555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000031.2555.fna -queryname NZ_SGAZ010000031.2555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000591.2556.fna -queryname NZ_SGAZ010000591.2556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000591.2556.fna -queryname NZ_SGAZ010000591.2556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000591.2556.fna -queryname NZ_SGAZ010000591.2556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000401.2557.fna -queryname NZ_SGAZ010000401.2557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000401.2557.fna -queryname NZ_SGAZ010000401.2557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000401.2557.fna -queryname NZ_SGAZ010000401.2557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000711.2558.fna -queryname NZ_SGAZ010000711.2558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000711.2558.fna -queryname NZ_SGAZ010000711.2558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000711.2558.fna -queryname NZ_SGAZ010000711.2558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590691.255.fna -queryname NZ_KI2590691.255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590691.255.fna -queryname NZ_KI2590691.255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590691.255.fna -queryname NZ_KI2590691.255
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000301.2559.fna -queryname NZ_SGAZ010000301.2559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000301.2559.fna -queryname NZ_SGAZ010000301.2559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000301.2559.fna -queryname NZ_SGAZ010000301.2559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000881.2560.fna -queryname NZ_SGAZ010000881.2560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000881.2560.fna -queryname NZ_SGAZ010000881.2560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000881.2560.fna -queryname NZ_SGAZ010000881.2560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000141.2561.fna -queryname NZ_SGAZ010000141.2561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000141.2561.fna -queryname NZ_SGAZ010000141.2561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000141.2561.fna -queryname NZ_SGAZ010000141.2561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000411.2562.fna -queryname NZ_SGAZ010000411.2562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000411.2562.fna -queryname NZ_SGAZ010000411.2562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000411.2562.fna -queryname NZ_SGAZ010000411.2562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000551.2563.fna -queryname NZ_SGAZ010000551.2563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000551.2563.fna -queryname NZ_SGAZ010000551.2563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000551.2563.fna -queryname NZ_SGAZ010000551.2563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000161.2564.fna -queryname NZ_SGAZ010000161.2564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000161.2564.fna -queryname NZ_SGAZ010000161.2564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000161.2564.fna -queryname NZ_SGAZ010000161.2564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000371.2565.fna -queryname NZ_SGAZ010000371.2565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000371.2565.fna -queryname NZ_SGAZ010000371.2565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000371.2565.fna -queryname NZ_SGAZ010000371.2565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000601.2566.fna -queryname NZ_SGAZ010000601.2566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000601.2566.fna -queryname NZ_SGAZ010000601.2566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000601.2566.fna -queryname NZ_SGAZ010000601.2566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000451.2567.fna -queryname NZ_SGAZ010000451.2567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000451.2567.fna -queryname NZ_SGAZ010000451.2567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000451.2567.fna -queryname NZ_SGAZ010000451.2567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000191.2568.fna -queryname NZ_SGAZ010000191.2568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000191.2568.fna -queryname NZ_SGAZ010000191.2568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000191.2568.fna -queryname NZ_SGAZ010000191.2568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590911.256.fna -queryname NZ_KI2590911.256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590911.256.fna -queryname NZ_KI2590911.256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590911.256.fna -queryname NZ_KI2590911.256
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000851.2569.fna -queryname NZ_SGAZ010000851.2569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000851.2569.fna -queryname NZ_SGAZ010000851.2569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000851.2569.fna -queryname NZ_SGAZ010000851.2569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000831.2570.fna -queryname NZ_SGAZ010000831.2570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000831.2570.fna -queryname NZ_SGAZ010000831.2570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000831.2570.fna -queryname NZ_SGAZ010000831.2570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000691.2571.fna -queryname NZ_SGAZ010000691.2571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000691.2571.fna -queryname NZ_SGAZ010000691.2571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000691.2571.fna -queryname NZ_SGAZ010000691.2571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000511.2572.fna -queryname NZ_SGAZ010000511.2572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000511.2572.fna -queryname NZ_SGAZ010000511.2572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000511.2572.fna -queryname NZ_SGAZ010000511.2572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000571.2573.fna -queryname NZ_SGAZ010000571.2573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000571.2573.fna -queryname NZ_SGAZ010000571.2573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000571.2573.fna -queryname NZ_SGAZ010000571.2573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000321.2574.fna -queryname NZ_SGAZ010000321.2574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000321.2574.fna -queryname NZ_SGAZ010000321.2574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGAZ010000321.2574.fna -queryname NZ_SGAZ010000321.2574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000381.2575.fna -queryname NZ_SGBA010000381.2575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000381.2575.fna -queryname NZ_SGBA010000381.2575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000381.2575.fna -queryname NZ_SGBA010000381.2575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000021.2576.fna -queryname NZ_SGBA010000021.2576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000021.2576.fna -queryname NZ_SGBA010000021.2576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000021.2576.fna -queryname NZ_SGBA010000021.2576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000571.2577.fna -queryname NZ_SGBA010000571.2577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000571.2577.fna -queryname NZ_SGBA010000571.2577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000571.2577.fna -queryname NZ_SGBA010000571.2577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000101.2578.fna -queryname NZ_SGBA010000101.2578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000101.2578.fna -queryname NZ_SGBA010000101.2578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000101.2578.fna -queryname NZ_SGBA010000101.2578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590741.257.fna -queryname NZ_KI2590741.257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590741.257.fna -queryname NZ_KI2590741.257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590741.257.fna -queryname NZ_KI2590741.257
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000661.2579.fna -queryname NZ_SGBA010000661.2579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000661.2579.fna -queryname NZ_SGBA010000661.2579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000661.2579.fna -queryname NZ_SGBA010000661.2579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000261.2580.fna -queryname NZ_SGBA010000261.2580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000261.2580.fna -queryname NZ_SGBA010000261.2580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000261.2580.fna -queryname NZ_SGBA010000261.2580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.fna -queryname NZ_SGBA010000031.2581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.fna -queryname NZ_SGBA010000031.2581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.fna -queryname NZ_SGBA010000031.2581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.AOI.fna -queryname NZ_SGBA010000031.2581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000031.2581.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_SGBA010000031.2581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_SGBA010000031.2581.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000721.2582.fna -queryname NZ_SGBA010000721.2582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000721.2582.fna -queryname NZ_SGBA010000721.2582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000721.2582.fna -queryname NZ_SGBA010000721.2582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000641.2583.fna -queryname NZ_SGBA010000641.2583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000641.2583.fna -queryname NZ_SGBA010000641.2583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000641.2583.fna -queryname NZ_SGBA010000641.2583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000341.2584.fna -queryname NZ_SGBA010000341.2584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000341.2584.fna -queryname NZ_SGBA010000341.2584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000341.2584.fna -queryname NZ_SGBA010000341.2584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000741.2585.fna -queryname NZ_SGBA010000741.2585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000741.2585.fna -queryname NZ_SGBA010000741.2585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000741.2585.fna -queryname NZ_SGBA010000741.2585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000451.2586.fna -queryname NZ_SGBA010000451.2586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000451.2586.fna -queryname NZ_SGBA010000451.2586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000451.2586.fna -queryname NZ_SGBA010000451.2586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000011.2587.fna -queryname NZ_SGBA010000011.2587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000011.2587.fna -queryname NZ_SGBA010000011.2587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000011.2587.fna -queryname NZ_SGBA010000011.2587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000531.2588.fna -queryname NZ_SGBA010000531.2588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000531.2588.fna -queryname NZ_SGBA010000531.2588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000531.2588.fna -queryname NZ_SGBA010000531.2588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590731.258.fna -queryname NZ_KI2590731.258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590731.258.fna -queryname NZ_KI2590731.258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590731.258.fna -queryname NZ_KI2590731.258
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000351.2589.fna -queryname NZ_SGBA010000351.2589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000351.2589.fna -queryname NZ_SGBA010000351.2589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000351.2589.fna -queryname NZ_SGBA010000351.2589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000711.2590.fna -queryname NZ_SGBA010000711.2590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000711.2590.fna -queryname NZ_SGBA010000711.2590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000711.2590.fna -queryname NZ_SGBA010000711.2590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000361.2591.fna -queryname NZ_SGBA010000361.2591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000361.2591.fna -queryname NZ_SGBA010000361.2591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000361.2591.fna -queryname NZ_SGBA010000361.2591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000701.2592.fna -queryname NZ_SGBA010000701.2592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000701.2592.fna -queryname NZ_SGBA010000701.2592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000701.2592.fna -queryname NZ_SGBA010000701.2592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000221.2593.fna -queryname NZ_SGBA010000221.2593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000221.2593.fna -queryname NZ_SGBA010000221.2593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000221.2593.fna -queryname NZ_SGBA010000221.2593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000191.2594.fna -queryname NZ_SGBA010000191.2594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000191.2594.fna -queryname NZ_SGBA010000191.2594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000191.2594.fna -queryname NZ_SGBA010000191.2594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000611.2595.fna -queryname NZ_SGBA010000611.2595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000611.2595.fna -queryname NZ_SGBA010000611.2595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000611.2595.fna -queryname NZ_SGBA010000611.2595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000161.2596.fna -queryname NZ_SGBA010000161.2596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000161.2596.fna -queryname NZ_SGBA010000161.2596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000161.2596.fna -queryname NZ_SGBA010000161.2596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000481.2597.fna -queryname NZ_SGBA010000481.2597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000481.2597.fna -queryname NZ_SGBA010000481.2597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000481.2597.fna -queryname NZ_SGBA010000481.2597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000181.2598.fna -queryname NZ_SGBA010000181.2598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000181.2598.fna -queryname NZ_SGBA010000181.2598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000181.2598.fna -queryname NZ_SGBA010000181.2598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000111.25.fna -queryname NZ_AJZS010000111.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000111.25.fna -queryname NZ_AJZS010000111.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000111.25.fna -queryname NZ_AJZS010000111.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590761.259.fna -queryname NZ_KI2590761.259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590761.259.fna -queryname NZ_KI2590761.259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590761.259.fna -queryname NZ_KI2590761.259
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000091.2599.fna -queryname NZ_SGBA010000091.2599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000091.2599.fna -queryname NZ_SGBA010000091.2599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000091.2599.fna -queryname NZ_SGBA010000091.2599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000061.2600.fna -queryname NZ_SGBA010000061.2600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000061.2600.fna -queryname NZ_SGBA010000061.2600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000061.2600.fna -queryname NZ_SGBA010000061.2600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000771.2601.fna -queryname NZ_SGBA010000771.2601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000771.2601.fna -queryname NZ_SGBA010000771.2601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000771.2601.fna -queryname NZ_SGBA010000771.2601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000321.2602.fna -queryname NZ_SGBA010000321.2602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000321.2602.fna -queryname NZ_SGBA010000321.2602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000321.2602.fna -queryname NZ_SGBA010000321.2602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000541.2603.fna -queryname NZ_SGBA010000541.2603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000541.2603.fna -queryname NZ_SGBA010000541.2603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000541.2603.fna -queryname NZ_SGBA010000541.2603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000271.2604.fna -queryname NZ_SGBA010000271.2604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000271.2604.fna -queryname NZ_SGBA010000271.2604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000271.2604.fna -queryname NZ_SGBA010000271.2604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000111.2605.fna -queryname NZ_SGBA010000111.2605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000111.2605.fna -queryname NZ_SGBA010000111.2605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000111.2605.fna -queryname NZ_SGBA010000111.2605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000301.2606.fna -queryname NZ_SGBA010000301.2606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000301.2606.fna -queryname NZ_SGBA010000301.2606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000301.2606.fna -queryname NZ_SGBA010000301.2606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000141.2607.fna -queryname NZ_SGBA010000141.2607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000141.2607.fna -queryname NZ_SGBA010000141.2607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000141.2607.fna -queryname NZ_SGBA010000141.2607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000171.2608.fna -queryname NZ_SGBA010000171.2608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000171.2608.fna -queryname NZ_SGBA010000171.2608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000171.2608.fna -queryname NZ_SGBA010000171.2608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590971.260.fna -queryname NZ_KI2590971.260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590971.260.fna -queryname NZ_KI2590971.260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590971.260.fna -queryname NZ_KI2590971.260
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000201.2609.fna -queryname NZ_SGBA010000201.2609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000201.2609.fna -queryname NZ_SGBA010000201.2609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000201.2609.fna -queryname NZ_SGBA010000201.2609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000461.2610.fna -queryname NZ_SGBA010000461.2610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000461.2610.fna -queryname NZ_SGBA010000461.2610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000461.2610.fna -queryname NZ_SGBA010000461.2610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000151.2611.fna -queryname NZ_SGBA010000151.2611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000151.2611.fna -queryname NZ_SGBA010000151.2611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000151.2611.fna -queryname NZ_SGBA010000151.2611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000241.2612.fna -queryname NZ_SGBA010000241.2612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000241.2612.fna -queryname NZ_SGBA010000241.2612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000241.2612.fna -queryname NZ_SGBA010000241.2612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000251.2613.fna -queryname NZ_SGBA010000251.2613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000251.2613.fna -queryname NZ_SGBA010000251.2613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000251.2613.fna -queryname NZ_SGBA010000251.2613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000281.2614.fna -queryname NZ_SGBA010000281.2614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000281.2614.fna -queryname NZ_SGBA010000281.2614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000281.2614.fna -queryname NZ_SGBA010000281.2614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000691.2615.fna -queryname NZ_SGBA010000691.2615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000691.2615.fna -queryname NZ_SGBA010000691.2615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000691.2615.fna -queryname NZ_SGBA010000691.2615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000371.2616.fna -queryname NZ_SGBA010000371.2616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000371.2616.fna -queryname NZ_SGBA010000371.2616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000371.2616.fna -queryname NZ_SGBA010000371.2616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000561.2617.fna -queryname NZ_SGBA010000561.2617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000561.2617.fna -queryname NZ_SGBA010000561.2617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000561.2617.fna -queryname NZ_SGBA010000561.2617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000071.2618.fna -queryname NZ_SGBA010000071.2618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000071.2618.fna -queryname NZ_SGBA010000071.2618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000071.2618.fna -queryname NZ_SGBA010000071.2618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590541.261.fna -queryname NZ_KI2590541.261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590541.261.fna -queryname NZ_KI2590541.261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590541.261.fna -queryname NZ_KI2590541.261
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000441.2619.fna -queryname NZ_SGBA010000441.2619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000441.2619.fna -queryname NZ_SGBA010000441.2619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000441.2619.fna -queryname NZ_SGBA010000441.2619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000501.2620.fna -queryname NZ_SGBA010000501.2620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000501.2620.fna -queryname NZ_SGBA010000501.2620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000501.2620.fna -queryname NZ_SGBA010000501.2620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000291.2621.fna -queryname NZ_SGBA010000291.2621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000291.2621.fna -queryname NZ_SGBA010000291.2621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000291.2621.fna -queryname NZ_SGBA010000291.2621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000211.2622.fna -queryname NZ_SGBA010000211.2622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000211.2622.fna -queryname NZ_SGBA010000211.2622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000211.2622.fna -queryname NZ_SGBA010000211.2622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000581.2623.fna -queryname NZ_SGBA010000581.2623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000581.2623.fna -queryname NZ_SGBA010000581.2623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000581.2623.fna -queryname NZ_SGBA010000581.2623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000631.2624.fna -queryname NZ_SGBA010000631.2624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000631.2624.fna -queryname NZ_SGBA010000631.2624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000631.2624.fna -queryname NZ_SGBA010000631.2624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000051.2625.fna -queryname NZ_SGBA010000051.2625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000051.2625.fna -queryname NZ_SGBA010000051.2625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000051.2625.fna -queryname NZ_SGBA010000051.2625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000131.2626.fna -queryname NZ_SGBA010000131.2626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000131.2626.fna -queryname NZ_SGBA010000131.2626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000131.2626.fna -queryname NZ_SGBA010000131.2626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000591.2627.fna -queryname NZ_SGBA010000591.2627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000591.2627.fna -queryname NZ_SGBA010000591.2627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000591.2627.fna -queryname NZ_SGBA010000591.2627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000391.2628.fna -queryname NZ_SGBA010000391.2628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000391.2628.fna -queryname NZ_SGBA010000391.2628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000391.2628.fna -queryname NZ_SGBA010000391.2628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590041.262.fna -queryname NZ_KI2590041.262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590041.262.fna -queryname NZ_KI2590041.262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590041.262.fna -queryname NZ_KI2590041.262
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000401.2629.fna -queryname NZ_SGBA010000401.2629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000401.2629.fna -queryname NZ_SGBA010000401.2629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000401.2629.fna -queryname NZ_SGBA010000401.2629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000311.2630.fna -queryname NZ_SGBA010000311.2630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000311.2630.fna -queryname NZ_SGBA010000311.2630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000311.2630.fna -queryname NZ_SGBA010000311.2630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000671.2631.fna -queryname NZ_SGBA010000671.2631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000671.2631.fna -queryname NZ_SGBA010000671.2631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000671.2631.fna -queryname NZ_SGBA010000671.2631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000491.2632.fna -queryname NZ_SGBA010000491.2632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000491.2632.fna -queryname NZ_SGBA010000491.2632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000491.2632.fna -queryname NZ_SGBA010000491.2632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000621.2633.fna -queryname NZ_SGBA010000621.2633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000621.2633.fna -queryname NZ_SGBA010000621.2633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000621.2633.fna -queryname NZ_SGBA010000621.2633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000511.2634.fna -queryname NZ_SGBA010000511.2634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000511.2634.fna -queryname NZ_SGBA010000511.2634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000511.2634.fna -queryname NZ_SGBA010000511.2634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000411.2635.fna -queryname NZ_SGBA010000411.2635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000411.2635.fna -queryname NZ_SGBA010000411.2635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000411.2635.fna -queryname NZ_SGBA010000411.2635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000551.2636.fna -queryname NZ_SGBA010000551.2636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000551.2636.fna -queryname NZ_SGBA010000551.2636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000551.2636.fna -queryname NZ_SGBA010000551.2636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000601.2637.fna -queryname NZ_SGBA010000601.2637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000601.2637.fna -queryname NZ_SGBA010000601.2637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000601.2637.fna -queryname NZ_SGBA010000601.2637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000651.2638.fna -queryname NZ_SGBA010000651.2638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000651.2638.fna -queryname NZ_SGBA010000651.2638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000651.2638.fna -queryname NZ_SGBA010000651.2638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590881.263.fna -queryname NZ_KI2590881.263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590881.263.fna -queryname NZ_KI2590881.263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590881.263.fna -queryname NZ_KI2590881.263
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000681.2639.fna -queryname NZ_SGBA010000681.2639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000681.2639.fna -queryname NZ_SGBA010000681.2639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000681.2639.fna -queryname NZ_SGBA010000681.2639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000521.2640.fna -queryname NZ_SGBA010000521.2640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000521.2640.fna -queryname NZ_SGBA010000521.2640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000521.2640.fna -queryname NZ_SGBA010000521.2640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000231.2641.fna -queryname NZ_SGBA010000231.2641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000231.2641.fna -queryname NZ_SGBA010000231.2641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000231.2641.fna -queryname NZ_SGBA010000231.2641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000041.2642.fna -queryname NZ_SGBA010000041.2642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000041.2642.fna -queryname NZ_SGBA010000041.2642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000041.2642.fna -queryname NZ_SGBA010000041.2642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000421.2643.fna -queryname NZ_SGBA010000421.2643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000421.2643.fna -queryname NZ_SGBA010000421.2643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000421.2643.fna -queryname NZ_SGBA010000421.2643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000331.2644.fna -queryname NZ_SGBA010000331.2644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000331.2644.fna -queryname NZ_SGBA010000331.2644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000331.2644.fna -queryname NZ_SGBA010000331.2644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000471.2645.fna -queryname NZ_SGBA010000471.2645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000471.2645.fna -queryname NZ_SGBA010000471.2645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000471.2645.fna -queryname NZ_SGBA010000471.2645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000081.2646.fna -queryname NZ_SGBA010000081.2646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000081.2646.fna -queryname NZ_SGBA010000081.2646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000081.2646.fna -queryname NZ_SGBA010000081.2646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000751.2647.fna -queryname NZ_SGBA010000751.2647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000751.2647.fna -queryname NZ_SGBA010000751.2647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000751.2647.fna -queryname NZ_SGBA010000751.2647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000431.2648.fna -queryname NZ_SGBA010000431.2648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000431.2648.fna -queryname NZ_SGBA010000431.2648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000431.2648.fna -queryname NZ_SGBA010000431.2648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590441.264.fna -queryname NZ_KI2590441.264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590441.264.fna -queryname NZ_KI2590441.264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590441.264.fna -queryname NZ_KI2590441.264
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000731.2649.fna -queryname NZ_SGBA010000731.2649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000731.2649.fna -queryname NZ_SGBA010000731.2649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000731.2649.fna -queryname NZ_SGBA010000731.2649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000121.2650.fna -queryname NZ_SGBA010000121.2650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000121.2650.fna -queryname NZ_SGBA010000121.2650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000121.2650.fna -queryname NZ_SGBA010000121.2650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000761.2651.fna -queryname NZ_SGBA010000761.2651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000761.2651.fna -queryname NZ_SGBA010000761.2651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_SGBA010000761.2651.fna -queryname NZ_SGBA010000761.2651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000651.2652.fna -queryname NZ_FUFB010000651.2652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000651.2652.fna -queryname NZ_FUFB010000651.2652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000651.2652.fna -queryname NZ_FUFB010000651.2652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000521.2653.fna -queryname NZ_FUFB010000521.2653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000521.2653.fna -queryname NZ_FUFB010000521.2653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000521.2653.fna -queryname NZ_FUFB010000521.2653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000341.2654.fna -queryname NZ_FUFB010000341.2654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000341.2654.fna -queryname NZ_FUFB010000341.2654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000341.2654.fna -queryname NZ_FUFB010000341.2654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000071.2655.fna -queryname NZ_FUFB010000071.2655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000071.2655.fna -queryname NZ_FUFB010000071.2655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000071.2655.fna -queryname NZ_FUFB010000071.2655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000151.2656.fna -queryname NZ_FUFB010000151.2656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000151.2656.fna -queryname NZ_FUFB010000151.2656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000151.2656.fna -queryname NZ_FUFB010000151.2656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000611.2657.fna -queryname NZ_FUFB010000611.2657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000611.2657.fna -queryname NZ_FUFB010000611.2657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000611.2657.fna -queryname NZ_FUFB010000611.2657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000531.2658.fna -queryname NZ_FUFB010000531.2658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000531.2658.fna -queryname NZ_FUFB010000531.2658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000531.2658.fna -queryname NZ_FUFB010000531.2658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590871.265.fna -queryname NZ_KI2590871.265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590871.265.fna -queryname NZ_KI2590871.265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590871.265.fna -queryname NZ_KI2590871.265
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000441.2659.fna -queryname NZ_FUFB010000441.2659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000441.2659.fna -queryname NZ_FUFB010000441.2659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000441.2659.fna -queryname NZ_FUFB010000441.2659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000661.2660.fna -queryname NZ_FUFB010000661.2660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000661.2660.fna -queryname NZ_FUFB010000661.2660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000661.2660.fna -queryname NZ_FUFB010000661.2660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000101.2661.fna -queryname NZ_FUFB010000101.2661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000101.2661.fna -queryname NZ_FUFB010000101.2661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000101.2661.fna -queryname NZ_FUFB010000101.2661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.fna -queryname NZ_FUFB010000391.2662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.fna -queryname NZ_FUFB010000391.2662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.fna -queryname NZ_FUFB010000391.2662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.AOI.fna -queryname NZ_FUFB010000391.2662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000391.2662.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFB010000391.2662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFB010000391.2662.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000241.2663.fna -queryname NZ_FUFB010000241.2663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000241.2663.fna -queryname NZ_FUFB010000241.2663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000241.2663.fna -queryname NZ_FUFB010000241.2663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000451.2664.fna -queryname NZ_FUFB010000451.2664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000451.2664.fna -queryname NZ_FUFB010000451.2664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000451.2664.fna -queryname NZ_FUFB010000451.2664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000541.2665.fna -queryname NZ_FUFB010000541.2665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000541.2665.fna -queryname NZ_FUFB010000541.2665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000541.2665.fna -queryname NZ_FUFB010000541.2665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000171.2666.fna -queryname NZ_FUFB010000171.2666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000171.2666.fna -queryname NZ_FUFB010000171.2666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000171.2666.fna -queryname NZ_FUFB010000171.2666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000431.2667.fna -queryname NZ_FUFB010000431.2667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000431.2667.fna -queryname NZ_FUFB010000431.2667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000431.2667.fna -queryname NZ_FUFB010000431.2667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000421.2668.fna -queryname NZ_FUFB010000421.2668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000421.2668.fna -queryname NZ_FUFB010000421.2668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000421.2668.fna -queryname NZ_FUFB010000421.2668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590551.266.fna -queryname NZ_KI2590551.266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590551.266.fna -queryname NZ_KI2590551.266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590551.266.fna -queryname NZ_KI2590551.266
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000351.2669.fna -queryname NZ_FUFB010000351.2669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000351.2669.fna -queryname NZ_FUFB010000351.2669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000351.2669.fna -queryname NZ_FUFB010000351.2669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000111.2670.fna -queryname NZ_FUFB010000111.2670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000111.2670.fna -queryname NZ_FUFB010000111.2670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000111.2670.fna -queryname NZ_FUFB010000111.2670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000221.2671.fna -queryname NZ_FUFB010000221.2671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000221.2671.fna -queryname NZ_FUFB010000221.2671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000221.2671.fna -queryname NZ_FUFB010000221.2671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000081.2672.fna -queryname NZ_FUFB010000081.2672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000081.2672.fna -queryname NZ_FUFB010000081.2672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000081.2672.fna -queryname NZ_FUFB010000081.2672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000401.2673.fna -queryname NZ_FUFB010000401.2673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000401.2673.fna -queryname NZ_FUFB010000401.2673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000401.2673.fna -queryname NZ_FUFB010000401.2673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000091.2674.fna -queryname NZ_FUFB010000091.2674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000091.2674.fna -queryname NZ_FUFB010000091.2674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000091.2674.fna -queryname NZ_FUFB010000091.2674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000671.2675.fna -queryname NZ_FUFB010000671.2675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000671.2675.fna -queryname NZ_FUFB010000671.2675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000671.2675.fna -queryname NZ_FUFB010000671.2675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000711.2676.fna -queryname NZ_FUFB010000711.2676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000711.2676.fna -queryname NZ_FUFB010000711.2676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000711.2676.fna -queryname NZ_FUFB010000711.2676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000631.2677.fna -queryname NZ_FUFB010000631.2677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000631.2677.fna -queryname NZ_FUFB010000631.2677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000631.2677.fna -queryname NZ_FUFB010000631.2677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000381.2678.fna -queryname NZ_FUFB010000381.2678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000381.2678.fna -queryname NZ_FUFB010000381.2678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000381.2678.fna -queryname NZ_FUFB010000381.2678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590801.267.fna -queryname NZ_KI2590801.267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590801.267.fna -queryname NZ_KI2590801.267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590801.267.fna -queryname NZ_KI2590801.267
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000501.2679.fna -queryname NZ_FUFB010000501.2679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000501.2679.fna -queryname NZ_FUFB010000501.2679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000501.2679.fna -queryname NZ_FUFB010000501.2679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000021.2680.fna -queryname NZ_FUFB010000021.2680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000021.2680.fna -queryname NZ_FUFB010000021.2680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000021.2680.fna -queryname NZ_FUFB010000021.2680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000191.2681.fna -queryname NZ_FUFB010000191.2681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000191.2681.fna -queryname NZ_FUFB010000191.2681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000191.2681.fna -queryname NZ_FUFB010000191.2681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000701.2682.fna -queryname NZ_FUFB010000701.2682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000701.2682.fna -queryname NZ_FUFB010000701.2682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000701.2682.fna -queryname NZ_FUFB010000701.2682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000331.2683.fna -queryname NZ_FUFB010000331.2683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000331.2683.fna -queryname NZ_FUFB010000331.2683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000331.2683.fna -queryname NZ_FUFB010000331.2683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000041.2684.fna -queryname NZ_FUFB010000041.2684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000041.2684.fna -queryname NZ_FUFB010000041.2684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000041.2684.fna -queryname NZ_FUFB010000041.2684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000031.2685.fna -queryname NZ_FUFB010000031.2685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000031.2685.fna -queryname NZ_FUFB010000031.2685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000031.2685.fna -queryname NZ_FUFB010000031.2685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000601.2686.fna -queryname NZ_FUFB010000601.2686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000601.2686.fna -queryname NZ_FUFB010000601.2686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000601.2686.fna -queryname NZ_FUFB010000601.2686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000211.2687.fna -queryname NZ_FUFB010000211.2687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000211.2687.fna -queryname NZ_FUFB010000211.2687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000211.2687.fna -queryname NZ_FUFB010000211.2687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000571.2688.fna -queryname NZ_FUFB010000571.2688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000571.2688.fna -queryname NZ_FUFB010000571.2688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000571.2688.fna -queryname NZ_FUFB010000571.2688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590281.268.fna -queryname NZ_KI2590281.268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590281.268.fna -queryname NZ_KI2590281.268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590281.268.fna -queryname NZ_KI2590281.268
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000061.2689.fna -queryname NZ_FUFB010000061.2689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000061.2689.fna -queryname NZ_FUFB010000061.2689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000061.2689.fna -queryname NZ_FUFB010000061.2689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000361.2690.fna -queryname NZ_FUFB010000361.2690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000361.2690.fna -queryname NZ_FUFB010000361.2690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000361.2690.fna -queryname NZ_FUFB010000361.2690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000621.2691.fna -queryname NZ_FUFB010000621.2691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000621.2691.fna -queryname NZ_FUFB010000621.2691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000621.2691.fna -queryname NZ_FUFB010000621.2691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000231.2692.fna -queryname NZ_FUFB010000231.2692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000231.2692.fna -queryname NZ_FUFB010000231.2692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000231.2692.fna -queryname NZ_FUFB010000231.2692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000121.2693.fna -queryname NZ_FUFB010000121.2693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000121.2693.fna -queryname NZ_FUFB010000121.2693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000121.2693.fna -queryname NZ_FUFB010000121.2693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000591.2694.fna -queryname NZ_FUFB010000591.2694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000591.2694.fna -queryname NZ_FUFB010000591.2694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000591.2694.fna -queryname NZ_FUFB010000591.2694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000691.2695.fna -queryname NZ_FUFB010000691.2695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000691.2695.fna -queryname NZ_FUFB010000691.2695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000691.2695.fna -queryname NZ_FUFB010000691.2695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000491.2696.fna -queryname NZ_FUFB010000491.2696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000491.2696.fna -queryname NZ_FUFB010000491.2696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000491.2696.fna -queryname NZ_FUFB010000491.2696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000011.2697.fna -queryname NZ_FUFB010000011.2697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000011.2697.fna -queryname NZ_FUFB010000011.2697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000011.2697.fna -queryname NZ_FUFB010000011.2697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000411.2698.fna -queryname NZ_FUFB010000411.2698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000411.2698.fna -queryname NZ_FUFB010000411.2698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000411.2698.fna -queryname NZ_FUFB010000411.2698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000471.26.fna -queryname NZ_AJZS010000471.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000471.26.fna -queryname NZ_AJZS010000471.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000471.26.fna -queryname NZ_AJZS010000471.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590351.269.fna -queryname NZ_KI2590351.269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590351.269.fna -queryname NZ_KI2590351.269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590351.269.fna -queryname NZ_KI2590351.269
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000681.2699.fna -queryname NZ_FUFB010000681.2699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000681.2699.fna -queryname NZ_FUFB010000681.2699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000681.2699.fna -queryname NZ_FUFB010000681.2699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000321.2700.fna -queryname NZ_FUFB010000321.2700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000321.2700.fna -queryname NZ_FUFB010000321.2700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000321.2700.fna -queryname NZ_FUFB010000321.2700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000051.2701.fna -queryname NZ_FUFB010000051.2701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000051.2701.fna -queryname NZ_FUFB010000051.2701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000051.2701.fna -queryname NZ_FUFB010000051.2701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000161.2702.fna -queryname NZ_FUFB010000161.2702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000161.2702.fna -queryname NZ_FUFB010000161.2702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000161.2702.fna -queryname NZ_FUFB010000161.2702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000181.2703.fna -queryname NZ_FUFB010000181.2703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000181.2703.fna -queryname NZ_FUFB010000181.2703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000181.2703.fna -queryname NZ_FUFB010000181.2703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000721.2704.fna -queryname NZ_FUFB010000721.2704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000721.2704.fna -queryname NZ_FUFB010000721.2704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000721.2704.fna -queryname NZ_FUFB010000721.2704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000641.2705.fna -queryname NZ_FUFB010000641.2705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000641.2705.fna -queryname NZ_FUFB010000641.2705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000641.2705.fna -queryname NZ_FUFB010000641.2705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000201.2706.fna -queryname NZ_FUFB010000201.2706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000201.2706.fna -queryname NZ_FUFB010000201.2706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000201.2706.fna -queryname NZ_FUFB010000201.2706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000281.2707.fna -queryname NZ_FUFB010000281.2707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000281.2707.fna -queryname NZ_FUFB010000281.2707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000281.2707.fna -queryname NZ_FUFB010000281.2707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000511.2708.fna -queryname NZ_FUFB010000511.2708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000511.2708.fna -queryname NZ_FUFB010000511.2708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000511.2708.fna -queryname NZ_FUFB010000511.2708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590941.270.fna -queryname NZ_KI2590941.270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590941.270.fna -queryname NZ_KI2590941.270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590941.270.fna -queryname NZ_KI2590941.270
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000271.2709.fna -queryname NZ_FUFB010000271.2709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000271.2709.fna -queryname NZ_FUFB010000271.2709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000271.2709.fna -queryname NZ_FUFB010000271.2709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000291.2710.fna -queryname NZ_FUFB010000291.2710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000291.2710.fna -queryname NZ_FUFB010000291.2710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000291.2710.fna -queryname NZ_FUFB010000291.2710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000581.2711.fna -queryname NZ_FUFB010000581.2711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000581.2711.fna -queryname NZ_FUFB010000581.2711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000581.2711.fna -queryname NZ_FUFB010000581.2711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000141.2712.fna -queryname NZ_FUFB010000141.2712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000141.2712.fna -queryname NZ_FUFB010000141.2712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000141.2712.fna -queryname NZ_FUFB010000141.2712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000301.2713.fna -queryname NZ_FUFB010000301.2713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000301.2713.fna -queryname NZ_FUFB010000301.2713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000301.2713.fna -queryname NZ_FUFB010000301.2713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000461.2714.fna -queryname NZ_FUFB010000461.2714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000461.2714.fna -queryname NZ_FUFB010000461.2714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFB010000461.2714.fna -queryname NZ_FUFB010000461.2714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000201.2715.fna -queryname NZ_FUFD010000201.2715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000201.2715.fna -queryname NZ_FUFD010000201.2715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000201.2715.fna -queryname NZ_FUFD010000201.2715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000541.2716.fna -queryname NZ_FUFD010000541.2716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000541.2716.fna -queryname NZ_FUFD010000541.2716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000541.2716.fna -queryname NZ_FUFD010000541.2716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000091.2717.fna -queryname NZ_FUFD010000091.2717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000091.2717.fna -queryname NZ_FUFD010000091.2717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000091.2717.fna -queryname NZ_FUFD010000091.2717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000171.2718.fna -queryname NZ_FUFD010000171.2718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000171.2718.fna -queryname NZ_FUFD010000171.2718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000171.2718.fna -queryname NZ_FUFD010000171.2718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590071.271.fna -queryname NZ_KI2590071.271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590071.271.fna -queryname NZ_KI2590071.271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590071.271.fna -queryname NZ_KI2590071.271
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000121.2719.fna -queryname NZ_FUFD010000121.2719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000121.2719.fna -queryname NZ_FUFD010000121.2719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000121.2719.fna -queryname NZ_FUFD010000121.2719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000371.2720.fna -queryname NZ_FUFD010000371.2720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000371.2720.fna -queryname NZ_FUFD010000371.2720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000371.2720.fna -queryname NZ_FUFD010000371.2720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000161.2721.fna -queryname NZ_FUFD010000161.2721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000161.2721.fna -queryname NZ_FUFD010000161.2721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000161.2721.fna -queryname NZ_FUFD010000161.2721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000211.2722.fna -queryname NZ_FUFD010000211.2722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000211.2722.fna -queryname NZ_FUFD010000211.2722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000211.2722.fna -queryname NZ_FUFD010000211.2722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000061.2723.fna -queryname NZ_FUFD010000061.2723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000061.2723.fna -queryname NZ_FUFD010000061.2723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000061.2723.fna -queryname NZ_FUFD010000061.2723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000251.2724.fna -queryname NZ_FUFD010000251.2724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000251.2724.fna -queryname NZ_FUFD010000251.2724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000251.2724.fna -queryname NZ_FUFD010000251.2724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000271.2725.fna -queryname NZ_FUFD010000271.2725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000271.2725.fna -queryname NZ_FUFD010000271.2725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000271.2725.fna -queryname NZ_FUFD010000271.2725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000141.2726.fna -queryname NZ_FUFD010000141.2726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000141.2726.fna -queryname NZ_FUFD010000141.2726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000141.2726.fna -queryname NZ_FUFD010000141.2726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000701.2727.fna -queryname NZ_FUFD010000701.2727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000701.2727.fna -queryname NZ_FUFD010000701.2727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000701.2727.fna -queryname NZ_FUFD010000701.2727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000151.2728.fna -queryname NZ_FUFD010000151.2728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000151.2728.fna -queryname NZ_FUFD010000151.2728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000151.2728.fna -queryname NZ_FUFD010000151.2728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590321.272.fna -queryname NZ_KI2590321.272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590321.272.fna -queryname NZ_KI2590321.272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590321.272.fna -queryname NZ_KI2590321.272
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000441.2729.fna -queryname NZ_FUFD010000441.2729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000441.2729.fna -queryname NZ_FUFD010000441.2729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000441.2729.fna -queryname NZ_FUFD010000441.2729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000191.2730.fna -queryname NZ_FUFD010000191.2730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000191.2730.fna -queryname NZ_FUFD010000191.2730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000191.2730.fna -queryname NZ_FUFD010000191.2730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000571.2731.fna -queryname NZ_FUFD010000571.2731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000571.2731.fna -queryname NZ_FUFD010000571.2731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000571.2731.fna -queryname NZ_FUFD010000571.2731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000641.2732.fna -queryname NZ_FUFD010000641.2732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000641.2732.fna -queryname NZ_FUFD010000641.2732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000641.2732.fna -queryname NZ_FUFD010000641.2732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000681.2733.fna -queryname NZ_FUFD010000681.2733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000681.2733.fna -queryname NZ_FUFD010000681.2733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000681.2733.fna -queryname NZ_FUFD010000681.2733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000031.2734.fna -queryname NZ_FUFD010000031.2734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000031.2734.fna -queryname NZ_FUFD010000031.2734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000031.2734.fna -queryname NZ_FUFD010000031.2734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000261.2735.fna -queryname NZ_FUFD010000261.2735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000261.2735.fna -queryname NZ_FUFD010000261.2735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000261.2735.fna -queryname NZ_FUFD010000261.2735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000481.2736.fna -queryname NZ_FUFD010000481.2736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000481.2736.fna -queryname NZ_FUFD010000481.2736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000481.2736.fna -queryname NZ_FUFD010000481.2736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000351.2737.fna -queryname NZ_FUFD010000351.2737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000351.2737.fna -queryname NZ_FUFD010000351.2737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000351.2737.fna -queryname NZ_FUFD010000351.2737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000721.2738.fna -queryname NZ_FUFD010000721.2738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000721.2738.fna -queryname NZ_FUFD010000721.2738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000721.2738.fna -queryname NZ_FUFD010000721.2738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590791.273.fna -queryname NZ_KI2590791.273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590791.273.fna -queryname NZ_KI2590791.273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590791.273.fna -queryname NZ_KI2590791.273
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000111.2739.fna -queryname NZ_FUFD010000111.2739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000111.2739.fna -queryname NZ_FUFD010000111.2739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000111.2739.fna -queryname NZ_FUFD010000111.2739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000611.2740.fna -queryname NZ_FUFD010000611.2740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000611.2740.fna -queryname NZ_FUFD010000611.2740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000611.2740.fna -queryname NZ_FUFD010000611.2740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000221.2741.fna -queryname NZ_FUFD010000221.2741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000221.2741.fna -queryname NZ_FUFD010000221.2741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000221.2741.fna -queryname NZ_FUFD010000221.2741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000521.2742.fna -queryname NZ_FUFD010000521.2742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000521.2742.fna -queryname NZ_FUFD010000521.2742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000521.2742.fna -queryname NZ_FUFD010000521.2742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000041.2743.fna -queryname NZ_FUFD010000041.2743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000041.2743.fna -queryname NZ_FUFD010000041.2743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000041.2743.fna -queryname NZ_FUFD010000041.2743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000361.2744.fna -queryname NZ_FUFD010000361.2744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000361.2744.fna -queryname NZ_FUFD010000361.2744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000361.2744.fna -queryname NZ_FUFD010000361.2744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000711.2745.fna -queryname NZ_FUFD010000711.2745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000711.2745.fna -queryname NZ_FUFD010000711.2745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000711.2745.fna -queryname NZ_FUFD010000711.2745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000291.2746.fna -queryname NZ_FUFD010000291.2746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000291.2746.fna -queryname NZ_FUFD010000291.2746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000291.2746.fna -queryname NZ_FUFD010000291.2746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000241.2747.fna -queryname NZ_FUFD010000241.2747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000241.2747.fna -queryname NZ_FUFD010000241.2747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000241.2747.fna -queryname NZ_FUFD010000241.2747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000071.2748.fna -queryname NZ_FUFD010000071.2748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000071.2748.fna -queryname NZ_FUFD010000071.2748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000071.2748.fna -queryname NZ_FUFD010000071.2748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590081.274.fna -queryname NZ_KI2590081.274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590081.274.fna -queryname NZ_KI2590081.274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590081.274.fna -queryname NZ_KI2590081.274
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000591.2749.fna -queryname NZ_FUFD010000591.2749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000591.2749.fna -queryname NZ_FUFD010000591.2749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000591.2749.fna -queryname NZ_FUFD010000591.2749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000661.2750.fna -queryname NZ_FUFD010000661.2750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000661.2750.fna -queryname NZ_FUFD010000661.2750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000661.2750.fna -queryname NZ_FUFD010000661.2750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000671.2751.fna -queryname NZ_FUFD010000671.2751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000671.2751.fna -queryname NZ_FUFD010000671.2751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000671.2751.fna -queryname NZ_FUFD010000671.2751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000621.2752.fna -queryname NZ_FUFD010000621.2752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000621.2752.fna -queryname NZ_FUFD010000621.2752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000621.2752.fna -queryname NZ_FUFD010000621.2752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000301.2753.fna -queryname NZ_FUFD010000301.2753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000301.2753.fna -queryname NZ_FUFD010000301.2753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000301.2753.fna -queryname NZ_FUFD010000301.2753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000651.2754.fna -queryname NZ_FUFD010000651.2754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000651.2754.fna -queryname NZ_FUFD010000651.2754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000651.2754.fna -queryname NZ_FUFD010000651.2754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000341.2755.fna -queryname NZ_FUFD010000341.2755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000341.2755.fna -queryname NZ_FUFD010000341.2755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000341.2755.fna -queryname NZ_FUFD010000341.2755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000101.2756.fna -queryname NZ_FUFD010000101.2756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000101.2756.fna -queryname NZ_FUFD010000101.2756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000101.2756.fna -queryname NZ_FUFD010000101.2756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000011.2757.fna -queryname NZ_FUFD010000011.2757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000011.2757.fna -queryname NZ_FUFD010000011.2757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000011.2757.fna -queryname NZ_FUFD010000011.2757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000311.2758.fna -queryname NZ_FUFD010000311.2758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000311.2758.fna -queryname NZ_FUFD010000311.2758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000311.2758.fna -queryname NZ_FUFD010000311.2758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590981.275.fna -queryname NZ_KI2590981.275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590981.275.fna -queryname NZ_KI2590981.275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590981.275.fna -queryname NZ_KI2590981.275
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000421.2759.fna -queryname NZ_FUFD010000421.2759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000421.2759.fna -queryname NZ_FUFD010000421.2759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000421.2759.fna -queryname NZ_FUFD010000421.2759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000401.2760.fna -queryname NZ_FUFD010000401.2760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000401.2760.fna -queryname NZ_FUFD010000401.2760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000401.2760.fna -queryname NZ_FUFD010000401.2760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000281.2761.fna -queryname NZ_FUFD010000281.2761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000281.2761.fna -queryname NZ_FUFD010000281.2761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000281.2761.fna -queryname NZ_FUFD010000281.2761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000381.2762.fna -queryname NZ_FUFD010000381.2762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000381.2762.fna -queryname NZ_FUFD010000381.2762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000381.2762.fna -queryname NZ_FUFD010000381.2762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000081.2763.fna -queryname NZ_FUFD010000081.2763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000081.2763.fna -queryname NZ_FUFD010000081.2763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000081.2763.fna -queryname NZ_FUFD010000081.2763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000181.2764.fna -queryname NZ_FUFD010000181.2764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000181.2764.fna -queryname NZ_FUFD010000181.2764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000181.2764.fna -queryname NZ_FUFD010000181.2764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000581.2765.fna -queryname NZ_FUFD010000581.2765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000581.2765.fna -queryname NZ_FUFD010000581.2765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000581.2765.fna -queryname NZ_FUFD010000581.2765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000491.2766.fna -queryname NZ_FUFD010000491.2766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000491.2766.fna -queryname NZ_FUFD010000491.2766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000491.2766.fna -queryname NZ_FUFD010000491.2766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000451.2767.fna -queryname NZ_FUFD010000451.2767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000451.2767.fna -queryname NZ_FUFD010000451.2767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000451.2767.fna -queryname NZ_FUFD010000451.2767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000131.2768.fna -queryname NZ_FUFD010000131.2768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000131.2768.fna -queryname NZ_FUFD010000131.2768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000131.2768.fna -queryname NZ_FUFD010000131.2768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590611.276.fna -queryname NZ_KI2590611.276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590611.276.fna -queryname NZ_KI2590611.276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590611.276.fna -queryname NZ_KI2590611.276
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000411.2769.fna -queryname NZ_FUFD010000411.2769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000411.2769.fna -queryname NZ_FUFD010000411.2769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000411.2769.fna -queryname NZ_FUFD010000411.2769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000321.2770.fna -queryname NZ_FUFD010000321.2770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000321.2770.fna -queryname NZ_FUFD010000321.2770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000321.2770.fna -queryname NZ_FUFD010000321.2770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000551.2771.fna -queryname NZ_FUFD010000551.2771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000551.2771.fna -queryname NZ_FUFD010000551.2771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000551.2771.fna -queryname NZ_FUFD010000551.2771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000561.2772.fna -queryname NZ_FUFD010000561.2772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000561.2772.fna -queryname NZ_FUFD010000561.2772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000561.2772.fna -queryname NZ_FUFD010000561.2772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000021.2773.fna -queryname NZ_FUFD010000021.2773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000021.2773.fna -queryname NZ_FUFD010000021.2773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000021.2773.fna -queryname NZ_FUFD010000021.2773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.fna -queryname NZ_FUFD010000331.2774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.fna -queryname NZ_FUFD010000331.2774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.fna -queryname NZ_FUFD010000331.2774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.AOI.fna -queryname NZ_FUFD010000331.2774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000331.2774.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFD010000331.2774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFD010000331.2774.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000051.2775.fna -queryname NZ_FUFD010000051.2775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000051.2775.fna -queryname NZ_FUFD010000051.2775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000051.2775.fna -queryname NZ_FUFD010000051.2775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000601.2776.fna -queryname NZ_FUFD010000601.2776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000601.2776.fna -queryname NZ_FUFD010000601.2776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000601.2776.fna -queryname NZ_FUFD010000601.2776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000631.2777.fna -queryname NZ_FUFD010000631.2777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000631.2777.fna -queryname NZ_FUFD010000631.2777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000631.2777.fna -queryname NZ_FUFD010000631.2777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000691.2778.fna -queryname NZ_FUFD010000691.2778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000691.2778.fna -queryname NZ_FUFD010000691.2778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000691.2778.fna -queryname NZ_FUFD010000691.2778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590261.277.fna -queryname NZ_KI2590261.277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590261.277.fna -queryname NZ_KI2590261.277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590261.277.fna -queryname NZ_KI2590261.277
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000531.2779.fna -queryname NZ_FUFD010000531.2779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000531.2779.fna -queryname NZ_FUFD010000531.2779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFD010000531.2779.fna -queryname NZ_FUFD010000531.2779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000531.2780.fna -queryname NZ_FUFI010000531.2780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000531.2780.fna -queryname NZ_FUFI010000531.2780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000531.2780.fna -queryname NZ_FUFI010000531.2780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000471.2781.fna -queryname NZ_FUFI010000471.2781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000471.2781.fna -queryname NZ_FUFI010000471.2781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000471.2781.fna -queryname NZ_FUFI010000471.2781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000431.2782.fna -queryname NZ_FUFI010000431.2782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000431.2782.fna -queryname NZ_FUFI010000431.2782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000431.2782.fna -queryname NZ_FUFI010000431.2782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000121.2783.fna -queryname NZ_FUFI010000121.2783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000121.2783.fna -queryname NZ_FUFI010000121.2783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000121.2783.fna -queryname NZ_FUFI010000121.2783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000421.2784.fna -queryname NZ_FUFI010000421.2784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000421.2784.fna -queryname NZ_FUFI010000421.2784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000421.2784.fna -queryname NZ_FUFI010000421.2784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.fna -queryname NZ_FUFI010000081.2785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.fna -queryname NZ_FUFI010000081.2785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.fna -queryname NZ_FUFI010000081.2785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.AOI.fna -queryname NZ_FUFI010000081.2785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000081.2785.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFI010000081.2785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFI010000081.2785.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000261.2786.fna -queryname NZ_FUFI010000261.2786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000261.2786.fna -queryname NZ_FUFI010000261.2786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000261.2786.fna -queryname NZ_FUFI010000261.2786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000271.2787.fna -queryname NZ_FUFI010000271.2787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000271.2787.fna -queryname NZ_FUFI010000271.2787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000271.2787.fna -queryname NZ_FUFI010000271.2787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000381.2788.fna -queryname NZ_FUFI010000381.2788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000381.2788.fna -queryname NZ_FUFI010000381.2788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000381.2788.fna -queryname NZ_FUFI010000381.2788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590471.278.fna -queryname NZ_KI2590471.278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590471.278.fna -queryname NZ_KI2590471.278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590471.278.fna -queryname NZ_KI2590471.278
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000181.2789.fna -queryname NZ_FUFI010000181.2789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000181.2789.fna -queryname NZ_FUFI010000181.2789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000181.2789.fna -queryname NZ_FUFI010000181.2789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000021.2790.fna -queryname NZ_FUFI010000021.2790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000021.2790.fna -queryname NZ_FUFI010000021.2790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000021.2790.fna -queryname NZ_FUFI010000021.2790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000221.2791.fna -queryname NZ_FUFI010000221.2791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000221.2791.fna -queryname NZ_FUFI010000221.2791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000221.2791.fna -queryname NZ_FUFI010000221.2791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000321.2792.fna -queryname NZ_FUFI010000321.2792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000321.2792.fna -queryname NZ_FUFI010000321.2792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000321.2792.fna -queryname NZ_FUFI010000321.2792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000241.2793.fna -queryname NZ_FUFI010000241.2793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000241.2793.fna -queryname NZ_FUFI010000241.2793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000241.2793.fna -queryname NZ_FUFI010000241.2793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000091.2794.fna -queryname NZ_FUFI010000091.2794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000091.2794.fna -queryname NZ_FUFI010000091.2794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000091.2794.fna -queryname NZ_FUFI010000091.2794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000141.2795.fna -queryname NZ_FUFI010000141.2795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000141.2795.fna -queryname NZ_FUFI010000141.2795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000141.2795.fna -queryname NZ_FUFI010000141.2795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000031.2796.fna -queryname NZ_FUFI010000031.2796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000031.2796.fna -queryname NZ_FUFI010000031.2796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000031.2796.fna -queryname NZ_FUFI010000031.2796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000401.2797.fna -queryname NZ_FUFI010000401.2797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000401.2797.fna -queryname NZ_FUFI010000401.2797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000401.2797.fna -queryname NZ_FUFI010000401.2797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000451.2798.fna -queryname NZ_FUFI010000451.2798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000451.2798.fna -queryname NZ_FUFI010000451.2798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000451.2798.fna -queryname NZ_FUFI010000451.2798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000601.27.fna -queryname NZ_AJZS010000601.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000601.27.fna -queryname NZ_AJZS010000601.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000601.27.fna -queryname NZ_AJZS010000601.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590001.279.fna -queryname NZ_KI2590001.279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590001.279.fna -queryname NZ_KI2590001.279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590001.279.fna -queryname NZ_KI2590001.279
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000461.2799.fna -queryname NZ_FUFI010000461.2799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000461.2799.fna -queryname NZ_FUFI010000461.2799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000461.2799.fna -queryname NZ_FUFI010000461.2799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000101.2800.fna -queryname NZ_FUFI010000101.2800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000101.2800.fna -queryname NZ_FUFI010000101.2800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000101.2800.fna -queryname NZ_FUFI010000101.2800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000351.2801.fna -queryname NZ_FUFI010000351.2801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000351.2801.fna -queryname NZ_FUFI010000351.2801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000351.2801.fna -queryname NZ_FUFI010000351.2801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000211.2802.fna -queryname NZ_FUFI010000211.2802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000211.2802.fna -queryname NZ_FUFI010000211.2802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000211.2802.fna -queryname NZ_FUFI010000211.2802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000511.2803.fna -queryname NZ_FUFI010000511.2803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000511.2803.fna -queryname NZ_FUFI010000511.2803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000511.2803.fna -queryname NZ_FUFI010000511.2803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000011.2804.fna -queryname NZ_FUFI010000011.2804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000011.2804.fna -queryname NZ_FUFI010000011.2804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000011.2804.fna -queryname NZ_FUFI010000011.2804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000311.2805.fna -queryname NZ_FUFI010000311.2805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000311.2805.fna -queryname NZ_FUFI010000311.2805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000311.2805.fna -queryname NZ_FUFI010000311.2805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000201.2806.fna -queryname NZ_FUFI010000201.2806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000201.2806.fna -queryname NZ_FUFI010000201.2806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000201.2806.fna -queryname NZ_FUFI010000201.2806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000281.2807.fna -queryname NZ_FUFI010000281.2807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000281.2807.fna -queryname NZ_FUFI010000281.2807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000281.2807.fna -queryname NZ_FUFI010000281.2807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000251.2808.fna -queryname NZ_FUFI010000251.2808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000251.2808.fna -queryname NZ_FUFI010000251.2808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000251.2808.fna -queryname NZ_FUFI010000251.2808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590581.280.fna -queryname NZ_KI2590581.280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590581.280.fna -queryname NZ_KI2590581.280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590581.280.fna -queryname NZ_KI2590581.280
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000041.2809.fna -queryname NZ_FUFI010000041.2809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000041.2809.fna -queryname NZ_FUFI010000041.2809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000041.2809.fna -queryname NZ_FUFI010000041.2809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000161.2810.fna -queryname NZ_FUFI010000161.2810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000161.2810.fna -queryname NZ_FUFI010000161.2810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000161.2810.fna -queryname NZ_FUFI010000161.2810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000151.2811.fna -queryname NZ_FUFI010000151.2811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000151.2811.fna -queryname NZ_FUFI010000151.2811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000151.2811.fna -queryname NZ_FUFI010000151.2811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000441.2812.fna -queryname NZ_FUFI010000441.2812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000441.2812.fna -queryname NZ_FUFI010000441.2812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000441.2812.fna -queryname NZ_FUFI010000441.2812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000331.2813.fna -queryname NZ_FUFI010000331.2813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000331.2813.fna -queryname NZ_FUFI010000331.2813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000331.2813.fna -queryname NZ_FUFI010000331.2813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000371.2814.fna -queryname NZ_FUFI010000371.2814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000371.2814.fna -queryname NZ_FUFI010000371.2814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000371.2814.fna -queryname NZ_FUFI010000371.2814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000501.2815.fna -queryname NZ_FUFI010000501.2815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000501.2815.fna -queryname NZ_FUFI010000501.2815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000501.2815.fna -queryname NZ_FUFI010000501.2815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000191.2816.fna -queryname NZ_FUFI010000191.2816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000191.2816.fna -queryname NZ_FUFI010000191.2816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000191.2816.fna -queryname NZ_FUFI010000191.2816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000491.2817.fna -queryname NZ_FUFI010000491.2817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000491.2817.fna -queryname NZ_FUFI010000491.2817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000491.2817.fna -queryname NZ_FUFI010000491.2817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000051.2818.fna -queryname NZ_FUFI010000051.2818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000051.2818.fna -queryname NZ_FUFI010000051.2818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000051.2818.fna -queryname NZ_FUFI010000051.2818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590341.281.fna -queryname NZ_KI2590341.281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590341.281.fna -queryname NZ_KI2590341.281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590341.281.fna -queryname NZ_KI2590341.281
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000361.2819.fna -queryname NZ_FUFI010000361.2819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000361.2819.fna -queryname NZ_FUFI010000361.2819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000361.2819.fna -queryname NZ_FUFI010000361.2819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000481.2820.fna -queryname NZ_FUFI010000481.2820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000481.2820.fna -queryname NZ_FUFI010000481.2820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000481.2820.fna -queryname NZ_FUFI010000481.2820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000391.2821.fna -queryname NZ_FUFI010000391.2821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000391.2821.fna -queryname NZ_FUFI010000391.2821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000391.2821.fna -queryname NZ_FUFI010000391.2821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000341.2822.fna -queryname NZ_FUFI010000341.2822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000341.2822.fna -queryname NZ_FUFI010000341.2822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000341.2822.fna -queryname NZ_FUFI010000341.2822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000411.2823.fna -queryname NZ_FUFI010000411.2823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000411.2823.fna -queryname NZ_FUFI010000411.2823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000411.2823.fna -queryname NZ_FUFI010000411.2823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000521.2824.fna -queryname NZ_FUFI010000521.2824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000521.2824.fna -queryname NZ_FUFI010000521.2824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000521.2824.fna -queryname NZ_FUFI010000521.2824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000071.2825.fna -queryname NZ_FUFI010000071.2825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000071.2825.fna -queryname NZ_FUFI010000071.2825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000071.2825.fna -queryname NZ_FUFI010000071.2825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000231.2826.fna -queryname NZ_FUFI010000231.2826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000231.2826.fna -queryname NZ_FUFI010000231.2826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000231.2826.fna -queryname NZ_FUFI010000231.2826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000061.2827.fna -queryname NZ_FUFI010000061.2827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000061.2827.fna -queryname NZ_FUFI010000061.2827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFI010000061.2827.fna -queryname NZ_FUFI010000061.2827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000311.2828.fna -queryname NZ_FUGF010000311.2828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000311.2828.fna -queryname NZ_FUGF010000311.2828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000311.2828.fna -queryname NZ_FUGF010000311.2828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590401.282.fna -queryname NZ_KI2590401.282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590401.282.fna -queryname NZ_KI2590401.282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590401.282.fna -queryname NZ_KI2590401.282
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000171.2829.fna -queryname NZ_FUGF010000171.2829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000171.2829.fna -queryname NZ_FUGF010000171.2829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000171.2829.fna -queryname NZ_FUGF010000171.2829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000521.2830.fna -queryname NZ_FUGF010000521.2830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000521.2830.fna -queryname NZ_FUGF010000521.2830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000521.2830.fna -queryname NZ_FUGF010000521.2830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000561.2831.fna -queryname NZ_FUGF010000561.2831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000561.2831.fna -queryname NZ_FUGF010000561.2831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000561.2831.fna -queryname NZ_FUGF010000561.2831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000411.2832.fna -queryname NZ_FUGF010000411.2832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000411.2832.fna -queryname NZ_FUGF010000411.2832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000411.2832.fna -queryname NZ_FUGF010000411.2832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000251.2833.fna -queryname NZ_FUGF010000251.2833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000251.2833.fna -queryname NZ_FUGF010000251.2833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000251.2833.fna -queryname NZ_FUGF010000251.2833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000191.2834.fna -queryname NZ_FUGF010000191.2834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000191.2834.fna -queryname NZ_FUGF010000191.2834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000191.2834.fna -queryname NZ_FUGF010000191.2834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000541.2835.fna -queryname NZ_FUGF010000541.2835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000541.2835.fna -queryname NZ_FUGF010000541.2835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000541.2835.fna -queryname NZ_FUGF010000541.2835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000231.2836.fna -queryname NZ_FUGF010000231.2836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000231.2836.fna -queryname NZ_FUGF010000231.2836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000231.2836.fna -queryname NZ_FUGF010000231.2836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000351.2837.fna -queryname NZ_FUGF010000351.2837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000351.2837.fna -queryname NZ_FUGF010000351.2837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000351.2837.fna -queryname NZ_FUGF010000351.2837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000241.2838.fna -queryname NZ_FUGF010000241.2838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000241.2838.fna -queryname NZ_FUGF010000241.2838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000241.2838.fna -queryname NZ_FUGF010000241.2838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589941.283.fna -queryname NZ_KI2589941.283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589941.283.fna -queryname NZ_KI2589941.283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589941.283.fna -queryname NZ_KI2589941.283
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000221.2839.fna -queryname NZ_FUGF010000221.2839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000221.2839.fna -queryname NZ_FUGF010000221.2839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000221.2839.fna -queryname NZ_FUGF010000221.2839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000111.2840.fna -queryname NZ_FUGF010000111.2840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000111.2840.fna -queryname NZ_FUGF010000111.2840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000111.2840.fna -queryname NZ_FUGF010000111.2840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000531.2841.fna -queryname NZ_FUGF010000531.2841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000531.2841.fna -queryname NZ_FUGF010000531.2841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000531.2841.fna -queryname NZ_FUGF010000531.2841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000671.2842.fna -queryname NZ_FUGF010000671.2842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000671.2842.fna -queryname NZ_FUGF010000671.2842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000671.2842.fna -queryname NZ_FUGF010000671.2842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000321.2843.fna -queryname NZ_FUGF010000321.2843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000321.2843.fna -queryname NZ_FUGF010000321.2843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000321.2843.fna -queryname NZ_FUGF010000321.2843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000551.2844.fna -queryname NZ_FUGF010000551.2844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000551.2844.fna -queryname NZ_FUGF010000551.2844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000551.2844.fna -queryname NZ_FUGF010000551.2844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000591.2845.fna -queryname NZ_FUGF010000591.2845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000591.2845.fna -queryname NZ_FUGF010000591.2845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000591.2845.fna -queryname NZ_FUGF010000591.2845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000081.2846.fna -queryname NZ_FUGF010000081.2846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000081.2846.fna -queryname NZ_FUGF010000081.2846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000081.2846.fna -queryname NZ_FUGF010000081.2846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000401.2847.fna -queryname NZ_FUGF010000401.2847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000401.2847.fna -queryname NZ_FUGF010000401.2847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000401.2847.fna -queryname NZ_FUGF010000401.2847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000131.2848.fna -queryname NZ_FUGF010000131.2848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000131.2848.fna -queryname NZ_FUGF010000131.2848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000131.2848.fna -queryname NZ_FUGF010000131.2848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590831.284.fna -queryname NZ_KI2590831.284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590831.284.fna -queryname NZ_KI2590831.284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590831.284.fna -queryname NZ_KI2590831.284
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000151.2849.fna -queryname NZ_FUGF010000151.2849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000151.2849.fna -queryname NZ_FUGF010000151.2849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000151.2849.fna -queryname NZ_FUGF010000151.2849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000071.2850.fna -queryname NZ_FUGF010000071.2850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000071.2850.fna -queryname NZ_FUGF010000071.2850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000071.2850.fna -queryname NZ_FUGF010000071.2850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000291.2851.fna -queryname NZ_FUGF010000291.2851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000291.2851.fna -queryname NZ_FUGF010000291.2851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000291.2851.fna -queryname NZ_FUGF010000291.2851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000431.2852.fna -queryname NZ_FUGF010000431.2852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000431.2852.fna -queryname NZ_FUGF010000431.2852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000431.2852.fna -queryname NZ_FUGF010000431.2852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000011.2853.fna -queryname NZ_FUGF010000011.2853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000011.2853.fna -queryname NZ_FUGF010000011.2853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000011.2853.fna -queryname NZ_FUGF010000011.2853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000501.2854.fna -queryname NZ_FUGF010000501.2854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000501.2854.fna -queryname NZ_FUGF010000501.2854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000501.2854.fna -queryname NZ_FUGF010000501.2854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000091.2855.fna -queryname NZ_FUGF010000091.2855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000091.2855.fna -queryname NZ_FUGF010000091.2855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000091.2855.fna -queryname NZ_FUGF010000091.2855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000631.2856.fna -queryname NZ_FUGF010000631.2856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000631.2856.fna -queryname NZ_FUGF010000631.2856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000631.2856.fna -queryname NZ_FUGF010000631.2856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000471.2857.fna -queryname NZ_FUGF010000471.2857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000471.2857.fna -queryname NZ_FUGF010000471.2857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000471.2857.fna -queryname NZ_FUGF010000471.2857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000101.2858.fna -queryname NZ_FUGF010000101.2858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000101.2858.fna -queryname NZ_FUGF010000101.2858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000101.2858.fna -queryname NZ_FUGF010000101.2858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590681.285.fna -queryname NZ_KI2590681.285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590681.285.fna -queryname NZ_KI2590681.285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590681.285.fna -queryname NZ_KI2590681.285
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000041.2859.fna -queryname NZ_FUGF010000041.2859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000041.2859.fna -queryname NZ_FUGF010000041.2859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000041.2859.fna -queryname NZ_FUGF010000041.2859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000211.2860.fna -queryname NZ_FUGF010000211.2860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000211.2860.fna -queryname NZ_FUGF010000211.2860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000211.2860.fna -queryname NZ_FUGF010000211.2860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000181.2861.fna -queryname NZ_FUGF010000181.2861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000181.2861.fna -queryname NZ_FUGF010000181.2861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000181.2861.fna -queryname NZ_FUGF010000181.2861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000661.2862.fna -queryname NZ_FUGF010000661.2862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000661.2862.fna -queryname NZ_FUGF010000661.2862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000661.2862.fna -queryname NZ_FUGF010000661.2862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000581.2863.fna -queryname NZ_FUGF010000581.2863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000581.2863.fna -queryname NZ_FUGF010000581.2863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000581.2863.fna -queryname NZ_FUGF010000581.2863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000021.2864.fna -queryname NZ_FUGF010000021.2864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000021.2864.fna -queryname NZ_FUGF010000021.2864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000021.2864.fna -queryname NZ_FUGF010000021.2864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000331.2865.fna -queryname NZ_FUGF010000331.2865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000331.2865.fna -queryname NZ_FUGF010000331.2865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000331.2865.fna -queryname NZ_FUGF010000331.2865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000421.2866.fna -queryname NZ_FUGF010000421.2866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000421.2866.fna -queryname NZ_FUGF010000421.2866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000421.2866.fna -queryname NZ_FUGF010000421.2866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000281.2867.fna -queryname NZ_FUGF010000281.2867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000281.2867.fna -queryname NZ_FUGF010000281.2867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000281.2867.fna -queryname NZ_FUGF010000281.2867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000301.2868.fna -queryname NZ_FUGF010000301.2868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000301.2868.fna -queryname NZ_FUGF010000301.2868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000301.2868.fna -queryname NZ_FUGF010000301.2868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590811.286.fna -queryname NZ_KI2590811.286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590811.286.fna -queryname NZ_KI2590811.286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590811.286.fna -queryname NZ_KI2590811.286
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000341.2869.fna -queryname NZ_FUGF010000341.2869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000341.2869.fna -queryname NZ_FUGF010000341.2869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000341.2869.fna -queryname NZ_FUGF010000341.2869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000031.2870.fna -queryname NZ_FUGF010000031.2870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000031.2870.fna -queryname NZ_FUGF010000031.2870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000031.2870.fna -queryname NZ_FUGF010000031.2870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000201.2871.fna -queryname NZ_FUGF010000201.2871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000201.2871.fna -queryname NZ_FUGF010000201.2871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000201.2871.fna -queryname NZ_FUGF010000201.2871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000441.2872.fna -queryname NZ_FUGF010000441.2872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000441.2872.fna -queryname NZ_FUGF010000441.2872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000441.2872.fna -queryname NZ_FUGF010000441.2872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000271.2873.fna -queryname NZ_FUGF010000271.2873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000271.2873.fna -queryname NZ_FUGF010000271.2873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000271.2873.fna -queryname NZ_FUGF010000271.2873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000371.2874.fna -queryname NZ_FUGF010000371.2874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000371.2874.fna -queryname NZ_FUGF010000371.2874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000371.2874.fna -queryname NZ_FUGF010000371.2874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000511.2875.fna -queryname NZ_FUGF010000511.2875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000511.2875.fna -queryname NZ_FUGF010000511.2875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000511.2875.fna -queryname NZ_FUGF010000511.2875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000641.2876.fna -queryname NZ_FUGF010000641.2876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000641.2876.fna -queryname NZ_FUGF010000641.2876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000641.2876.fna -queryname NZ_FUGF010000641.2876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000611.2877.fna -queryname NZ_FUGF010000611.2877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000611.2877.fna -queryname NZ_FUGF010000611.2877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000611.2877.fna -queryname NZ_FUGF010000611.2877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000361.2878.fna -queryname NZ_FUGF010000361.2878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000361.2878.fna -queryname NZ_FUGF010000361.2878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000361.2878.fna -queryname NZ_FUGF010000361.2878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590651.287.fna -queryname NZ_KI2590651.287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590651.287.fna -queryname NZ_KI2590651.287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590651.287.fna -queryname NZ_KI2590651.287
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000121.2879.fna -queryname NZ_FUGF010000121.2879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000121.2879.fna -queryname NZ_FUGF010000121.2879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000121.2879.fna -queryname NZ_FUGF010000121.2879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000451.2880.fna -queryname NZ_FUGF010000451.2880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000451.2880.fna -queryname NZ_FUGF010000451.2880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000451.2880.fna -queryname NZ_FUGF010000451.2880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.fna -queryname NZ_FUGF010000491.2881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.fna -queryname NZ_FUGF010000491.2881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.fna -queryname NZ_FUGF010000491.2881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.AOI.fna -queryname NZ_FUGF010000491.2881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000491.2881.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUGF010000491.2881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUGF010000491.2881.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000141.2882.fna -queryname NZ_FUGF010000141.2882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000141.2882.fna -queryname NZ_FUGF010000141.2882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000141.2882.fna -queryname NZ_FUGF010000141.2882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000681.2883.fna -queryname NZ_FUGF010000681.2883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000681.2883.fna -queryname NZ_FUGF010000681.2883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000681.2883.fna -queryname NZ_FUGF010000681.2883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000621.2884.fna -queryname NZ_FUGF010000621.2884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000621.2884.fna -queryname NZ_FUGF010000621.2884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000621.2884.fna -queryname NZ_FUGF010000621.2884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000391.2885.fna -queryname NZ_FUGF010000391.2885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000391.2885.fna -queryname NZ_FUGF010000391.2885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000391.2885.fna -queryname NZ_FUGF010000391.2885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000161.2886.fna -queryname NZ_FUGF010000161.2886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000161.2886.fna -queryname NZ_FUGF010000161.2886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000161.2886.fna -queryname NZ_FUGF010000161.2886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000061.2887.fna -queryname NZ_FUGF010000061.2887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000061.2887.fna -queryname NZ_FUGF010000061.2887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGF010000061.2887.fna -queryname NZ_FUGF010000061.2887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000371.2888.fna -queryname NZ_FUFH010000371.2888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000371.2888.fna -queryname NZ_FUFH010000371.2888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000371.2888.fna -queryname NZ_FUFH010000371.2888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590781.288.fna -queryname NZ_KI2590781.288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590781.288.fna -queryname NZ_KI2590781.288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590781.288.fna -queryname NZ_KI2590781.288
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000301.2889.fna -queryname NZ_FUFH010000301.2889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000301.2889.fna -queryname NZ_FUFH010000301.2889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000301.2889.fna -queryname NZ_FUFH010000301.2889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000761.2890.fna -queryname NZ_FUFH010000761.2890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000761.2890.fna -queryname NZ_FUFH010000761.2890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000761.2890.fna -queryname NZ_FUFH010000761.2890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000671.2891.fna -queryname NZ_FUFH010000671.2891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000671.2891.fna -queryname NZ_FUFH010000671.2891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000671.2891.fna -queryname NZ_FUFH010000671.2891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000321.2892.fna -queryname NZ_FUFH010000321.2892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000321.2892.fna -queryname NZ_FUFH010000321.2892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000321.2892.fna -queryname NZ_FUFH010000321.2892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000561.2893.fna -queryname NZ_FUFH010000561.2893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000561.2893.fna -queryname NZ_FUFH010000561.2893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000561.2893.fna -queryname NZ_FUFH010000561.2893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000741.2894.fna -queryname NZ_FUFH010000741.2894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000741.2894.fna -queryname NZ_FUFH010000741.2894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000741.2894.fna -queryname NZ_FUFH010000741.2894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000231.2895.fna -queryname NZ_FUFH010000231.2895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000231.2895.fna -queryname NZ_FUFH010000231.2895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000231.2895.fna -queryname NZ_FUFH010000231.2895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000291.2896.fna -queryname NZ_FUFH010000291.2896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000291.2896.fna -queryname NZ_FUFH010000291.2896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000291.2896.fna -queryname NZ_FUFH010000291.2896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000701.2897.fna -queryname NZ_FUFH010000701.2897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000701.2897.fna -queryname NZ_FUFH010000701.2897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000701.2897.fna -queryname NZ_FUFH010000701.2897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000041.2898.fna -queryname NZ_FUFH010000041.2898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000041.2898.fna -queryname NZ_FUFH010000041.2898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000041.2898.fna -queryname NZ_FUFH010000041.2898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000671.28.fna -queryname NZ_AJZS010000671.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000671.28.fna -queryname NZ_AJZS010000671.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000671.28.fna -queryname NZ_AJZS010000671.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590141.289.fna -queryname NZ_KI2590141.289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590141.289.fna -queryname NZ_KI2590141.289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590141.289.fna -queryname NZ_KI2590141.289
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000751.2899.fna -queryname NZ_FUFH010000751.2899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000751.2899.fna -queryname NZ_FUFH010000751.2899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000751.2899.fna -queryname NZ_FUFH010000751.2899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000091.2900.fna -queryname NZ_FUFH010000091.2900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000091.2900.fna -queryname NZ_FUFH010000091.2900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000091.2900.fna -queryname NZ_FUFH010000091.2900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000181.2901.fna -queryname NZ_FUFH010000181.2901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000181.2901.fna -queryname NZ_FUFH010000181.2901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000181.2901.fna -queryname NZ_FUFH010000181.2901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000201.2902.fna -queryname NZ_FUFH010000201.2902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000201.2902.fna -queryname NZ_FUFH010000201.2902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000201.2902.fna -queryname NZ_FUFH010000201.2902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000381.2903.fna -queryname NZ_FUFH010000381.2903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000381.2903.fna -queryname NZ_FUFH010000381.2903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000381.2903.fna -queryname NZ_FUFH010000381.2903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000511.2904.fna -queryname NZ_FUFH010000511.2904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000511.2904.fna -queryname NZ_FUFH010000511.2904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000511.2904.fna -queryname NZ_FUFH010000511.2904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000391.2905.fna -queryname NZ_FUFH010000391.2905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000391.2905.fna -queryname NZ_FUFH010000391.2905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000391.2905.fna -queryname NZ_FUFH010000391.2905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000541.2906.fna -queryname NZ_FUFH010000541.2906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000541.2906.fna -queryname NZ_FUFH010000541.2906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000541.2906.fna -queryname NZ_FUFH010000541.2906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000211.2907.fna -queryname NZ_FUFH010000211.2907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000211.2907.fna -queryname NZ_FUFH010000211.2907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000211.2907.fna -queryname NZ_FUFH010000211.2907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000681.2908.fna -queryname NZ_FUFH010000681.2908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000681.2908.fna -queryname NZ_FUFH010000681.2908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000681.2908.fna -queryname NZ_FUFH010000681.2908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589961.290.fna -queryname NZ_KI2589961.290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589961.290.fna -queryname NZ_KI2589961.290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2589961.290.fna -queryname NZ_KI2589961.290
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000521.2909.fna -queryname NZ_FUFH010000521.2909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000521.2909.fna -queryname NZ_FUFH010000521.2909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000521.2909.fna -queryname NZ_FUFH010000521.2909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000571.2910.fna -queryname NZ_FUFH010000571.2910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000571.2910.fna -queryname NZ_FUFH010000571.2910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000571.2910.fna -queryname NZ_FUFH010000571.2910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000021.2911.fna -queryname NZ_FUFH010000021.2911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000021.2911.fna -queryname NZ_FUFH010000021.2911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000021.2911.fna -queryname NZ_FUFH010000021.2911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000711.2912.fna -queryname NZ_FUFH010000711.2912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000711.2912.fna -queryname NZ_FUFH010000711.2912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000711.2912.fna -queryname NZ_FUFH010000711.2912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000161.2913.fna -queryname NZ_FUFH010000161.2913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000161.2913.fna -queryname NZ_FUFH010000161.2913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000161.2913.fna -queryname NZ_FUFH010000161.2913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000631.2914.fna -queryname NZ_FUFH010000631.2914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000631.2914.fna -queryname NZ_FUFH010000631.2914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000631.2914.fna -queryname NZ_FUFH010000631.2914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000131.2915.fna -queryname NZ_FUFH010000131.2915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000131.2915.fna -queryname NZ_FUFH010000131.2915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000131.2915.fna -queryname NZ_FUFH010000131.2915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000251.2916.fna -queryname NZ_FUFH010000251.2916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000251.2916.fna -queryname NZ_FUFH010000251.2916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000251.2916.fna -queryname NZ_FUFH010000251.2916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000271.2917.fna -queryname NZ_FUFH010000271.2917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000271.2917.fna -queryname NZ_FUFH010000271.2917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000271.2917.fna -queryname NZ_FUFH010000271.2917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000451.2918.fna -queryname NZ_FUFH010000451.2918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000451.2918.fna -queryname NZ_FUFH010000451.2918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000451.2918.fna -queryname NZ_FUFH010000451.2918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590301.291.fna -queryname NZ_KI2590301.291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590301.291.fna -queryname NZ_KI2590301.291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590301.291.fna -queryname NZ_KI2590301.291
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000691.2919.fna -queryname NZ_FUFH010000691.2919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000691.2919.fna -queryname NZ_FUFH010000691.2919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000691.2919.fna -queryname NZ_FUFH010000691.2919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000721.2920.fna -queryname NZ_FUFH010000721.2920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000721.2920.fna -queryname NZ_FUFH010000721.2920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000721.2920.fna -queryname NZ_FUFH010000721.2920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000661.2921.fna -queryname NZ_FUFH010000661.2921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000661.2921.fna -queryname NZ_FUFH010000661.2921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000661.2921.fna -queryname NZ_FUFH010000661.2921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000501.2922.fna -queryname NZ_FUFH010000501.2922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000501.2922.fna -queryname NZ_FUFH010000501.2922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000501.2922.fna -queryname NZ_FUFH010000501.2922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000471.2923.fna -queryname NZ_FUFH010000471.2923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000471.2923.fna -queryname NZ_FUFH010000471.2923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000471.2923.fna -queryname NZ_FUFH010000471.2923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000581.2924.fna -queryname NZ_FUFH010000581.2924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000581.2924.fna -queryname NZ_FUFH010000581.2924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000581.2924.fna -queryname NZ_FUFH010000581.2924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000531.2925.fna -queryname NZ_FUFH010000531.2925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000531.2925.fna -queryname NZ_FUFH010000531.2925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000531.2925.fna -queryname NZ_FUFH010000531.2925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000401.2926.fna -queryname NZ_FUFH010000401.2926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000401.2926.fna -queryname NZ_FUFH010000401.2926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000401.2926.fna -queryname NZ_FUFH010000401.2926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000351.2927.fna -queryname NZ_FUFH010000351.2927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000351.2927.fna -queryname NZ_FUFH010000351.2927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000351.2927.fna -queryname NZ_FUFH010000351.2927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000461.2928.fna -queryname NZ_FUFH010000461.2928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000461.2928.fna -queryname NZ_FUFH010000461.2928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000461.2928.fna -queryname NZ_FUFH010000461.2928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590051.292.fna -queryname NZ_KI2590051.292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590051.292.fna -queryname NZ_KI2590051.292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590051.292.fna -queryname NZ_KI2590051.292
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000141.2929.fna -queryname NZ_FUFH010000141.2929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000141.2929.fna -queryname NZ_FUFH010000141.2929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000141.2929.fna -queryname NZ_FUFH010000141.2929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000071.2930.fna -queryname NZ_FUFH010000071.2930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000071.2930.fna -queryname NZ_FUFH010000071.2930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000071.2930.fna -queryname NZ_FUFH010000071.2930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000341.2931.fna -queryname NZ_FUFH010000341.2931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000341.2931.fna -queryname NZ_FUFH010000341.2931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000341.2931.fna -queryname NZ_FUFH010000341.2931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000771.2932.fna -queryname NZ_FUFH010000771.2932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000771.2932.fna -queryname NZ_FUFH010000771.2932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000771.2932.fna -queryname NZ_FUFH010000771.2932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000651.2933.fna -queryname NZ_FUFH010000651.2933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000651.2933.fna -queryname NZ_FUFH010000651.2933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000651.2933.fna -queryname NZ_FUFH010000651.2933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000081.2934.fna -queryname NZ_FUFH010000081.2934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000081.2934.fna -queryname NZ_FUFH010000081.2934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000081.2934.fna -queryname NZ_FUFH010000081.2934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000261.2935.fna -queryname NZ_FUFH010000261.2935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000261.2935.fna -queryname NZ_FUFH010000261.2935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000261.2935.fna -queryname NZ_FUFH010000261.2935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000101.2936.fna -queryname NZ_FUFH010000101.2936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000101.2936.fna -queryname NZ_FUFH010000101.2936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000101.2936.fna -queryname NZ_FUFH010000101.2936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000421.2937.fna -queryname NZ_FUFH010000421.2937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000421.2937.fna -queryname NZ_FUFH010000421.2937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000421.2937.fna -queryname NZ_FUFH010000421.2937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000601.2938.fna -queryname NZ_FUFH010000601.2938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000601.2938.fna -queryname NZ_FUFH010000601.2938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000601.2938.fna -queryname NZ_FUFH010000601.2938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590101.293.fna -queryname NZ_KI2590101.293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590101.293.fna -queryname NZ_KI2590101.293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590101.293.fna -queryname NZ_KI2590101.293
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000221.2939.fna -queryname NZ_FUFH010000221.2939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000221.2939.fna -queryname NZ_FUFH010000221.2939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000221.2939.fna -queryname NZ_FUFH010000221.2939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000061.2940.fna -queryname NZ_FUFH010000061.2940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000061.2940.fna -queryname NZ_FUFH010000061.2940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000061.2940.fna -queryname NZ_FUFH010000061.2940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.fna -queryname NZ_FUFH010000121.2941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.fna -queryname NZ_FUFH010000121.2941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.fna -queryname NZ_FUFH010000121.2941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.AOI.fna -queryname NZ_FUFH010000121.2941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000121.2941.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFH010000121.2941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFH010000121.2941.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000111.2942.fna -queryname NZ_FUFH010000111.2942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000111.2942.fna -queryname NZ_FUFH010000111.2942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000111.2942.fna -queryname NZ_FUFH010000111.2942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000361.2943.fna -queryname NZ_FUFH010000361.2943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000361.2943.fna -queryname NZ_FUFH010000361.2943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000361.2943.fna -queryname NZ_FUFH010000361.2943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000281.2944.fna -queryname NZ_FUFH010000281.2944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000281.2944.fna -queryname NZ_FUFH010000281.2944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000281.2944.fna -queryname NZ_FUFH010000281.2944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000151.2945.fna -queryname NZ_FUFH010000151.2945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000151.2945.fna -queryname NZ_FUFH010000151.2945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000151.2945.fna -queryname NZ_FUFH010000151.2945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000191.2946.fna -queryname NZ_FUFH010000191.2946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000191.2946.fna -queryname NZ_FUFH010000191.2946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000191.2946.fna -queryname NZ_FUFH010000191.2946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000171.2947.fna -queryname NZ_FUFH010000171.2947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000171.2947.fna -queryname NZ_FUFH010000171.2947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000171.2947.fna -queryname NZ_FUFH010000171.2947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000621.2948.fna -queryname NZ_FUFH010000621.2948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000621.2948.fna -queryname NZ_FUFH010000621.2948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000621.2948.fna -queryname NZ_FUFH010000621.2948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590721.294.fna -queryname NZ_KI2590721.294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590721.294.fna -queryname NZ_KI2590721.294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2590721.294.fna -queryname NZ_KI2590721.294
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000331.2949.fna -queryname NZ_FUFH010000331.2949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000331.2949.fna -queryname NZ_FUFH010000331.2949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000331.2949.fna -queryname NZ_FUFH010000331.2949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000591.2950.fna -queryname NZ_FUFH010000591.2950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000591.2950.fna -queryname NZ_FUFH010000591.2950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000591.2950.fna -queryname NZ_FUFH010000591.2950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000051.2951.fna -queryname NZ_FUFH010000051.2951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000051.2951.fna -queryname NZ_FUFH010000051.2951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFH010000051.2951.fna -queryname NZ_FUFH010000051.2951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000011.2952.fna -queryname NZ_FUFG010000011.2952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000011.2952.fna -queryname NZ_FUFG010000011.2952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000011.2952.fna -queryname NZ_FUFG010000011.2952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000041.2953.fna -queryname NZ_FUFG010000041.2953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000041.2953.fna -queryname NZ_FUFG010000041.2953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000041.2953.fna -queryname NZ_FUFG010000041.2953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000241.2954.fna -queryname NZ_FUFG010000241.2954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000241.2954.fna -queryname NZ_FUFG010000241.2954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000241.2954.fna -queryname NZ_FUFG010000241.2954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000261.2955.fna -queryname NZ_FUFG010000261.2955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000261.2955.fna -queryname NZ_FUFG010000261.2955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000261.2955.fna -queryname NZ_FUFG010000261.2955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000021.2956.fna -queryname NZ_FUFG010000021.2956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000021.2956.fna -queryname NZ_FUFG010000021.2956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000021.2956.fna -queryname NZ_FUFG010000021.2956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000211.2957.fna -queryname NZ_FUFG010000211.2957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000211.2957.fna -queryname NZ_FUFG010000211.2957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000211.2957.fna -queryname NZ_FUFG010000211.2957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000311.2958.fna -queryname NZ_FUFG010000311.2958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000311.2958.fna -queryname NZ_FUFG010000311.2958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000311.2958.fna -queryname NZ_FUFG010000311.2958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591281.295.fna -queryname NZ_KI2591281.295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591281.295.fna -queryname NZ_KI2591281.295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591281.295.fna -queryname NZ_KI2591281.295
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000101.2959.fna -queryname NZ_FUFG010000101.2959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000101.2959.fna -queryname NZ_FUFG010000101.2959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000101.2959.fna -queryname NZ_FUFG010000101.2959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000451.2960.fna -queryname NZ_FUFG010000451.2960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000451.2960.fna -queryname NZ_FUFG010000451.2960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000451.2960.fna -queryname NZ_FUFG010000451.2960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000281.2961.fna -queryname NZ_FUFG010000281.2961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000281.2961.fna -queryname NZ_FUFG010000281.2961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000281.2961.fna -queryname NZ_FUFG010000281.2961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000381.2962.fna -queryname NZ_FUFG010000381.2962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000381.2962.fna -queryname NZ_FUFG010000381.2962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000381.2962.fna -queryname NZ_FUFG010000381.2962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000421.2963.fna -queryname NZ_FUFG010000421.2963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000421.2963.fna -queryname NZ_FUFG010000421.2963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000421.2963.fna -queryname NZ_FUFG010000421.2963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000121.2964.fna -queryname NZ_FUFG010000121.2964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000121.2964.fna -queryname NZ_FUFG010000121.2964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000121.2964.fna -queryname NZ_FUFG010000121.2964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000131.2965.fna -queryname NZ_FUFG010000131.2965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000131.2965.fna -queryname NZ_FUFG010000131.2965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000131.2965.fna -queryname NZ_FUFG010000131.2965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000271.2966.fna -queryname NZ_FUFG010000271.2966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000271.2966.fna -queryname NZ_FUFG010000271.2966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000271.2966.fna -queryname NZ_FUFG010000271.2966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000231.2967.fna -queryname NZ_FUFG010000231.2967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000231.2967.fna -queryname NZ_FUFG010000231.2967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000231.2967.fna -queryname NZ_FUFG010000231.2967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000401.2968.fna -queryname NZ_FUFG010000401.2968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000401.2968.fna -queryname NZ_FUFG010000401.2968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000401.2968.fna -queryname NZ_FUFG010000401.2968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591531.296.fna -queryname NZ_KI2591531.296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591531.296.fna -queryname NZ_KI2591531.296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591531.296.fna -queryname NZ_KI2591531.296
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000031.2969.fna -queryname NZ_FUFG010000031.2969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000031.2969.fna -queryname NZ_FUFG010000031.2969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000031.2969.fna -queryname NZ_FUFG010000031.2969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000171.2970.fna -queryname NZ_FUFG010000171.2970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000171.2970.fna -queryname NZ_FUFG010000171.2970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000171.2970.fna -queryname NZ_FUFG010000171.2970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000341.2971.fna -queryname NZ_FUFG010000341.2971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000341.2971.fna -queryname NZ_FUFG010000341.2971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000341.2971.fna -queryname NZ_FUFG010000341.2971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000111.2972.fna -queryname NZ_FUFG010000111.2972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000111.2972.fna -queryname NZ_FUFG010000111.2972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000111.2972.fna -queryname NZ_FUFG010000111.2972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000431.2973.fna -queryname NZ_FUFG010000431.2973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000431.2973.fna -queryname NZ_FUFG010000431.2973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000431.2973.fna -queryname NZ_FUFG010000431.2973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.fna -queryname NZ_FUFG010000461.2974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.fna -queryname NZ_FUFG010000461.2974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.fna -queryname NZ_FUFG010000461.2974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.AOI.fna -queryname NZ_FUFG010000461.2974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000461.2974.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFG010000461.2974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFG010000461.2974.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000251.2975.fna -queryname NZ_FUFG010000251.2975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000251.2975.fna -queryname NZ_FUFG010000251.2975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000251.2975.fna -queryname NZ_FUFG010000251.2975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000191.2976.fna -queryname NZ_FUFG010000191.2976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000191.2976.fna -queryname NZ_FUFG010000191.2976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000191.2976.fna -queryname NZ_FUFG010000191.2976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000141.2977.fna -queryname NZ_FUFG010000141.2977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000141.2977.fna -queryname NZ_FUFG010000141.2977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000141.2977.fna -queryname NZ_FUFG010000141.2977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000061.2978.fna -queryname NZ_FUFG010000061.2978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000061.2978.fna -queryname NZ_FUFG010000061.2978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000061.2978.fna -queryname NZ_FUFG010000061.2978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591641.297.fna -queryname NZ_KI2591641.297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591641.297.fna -queryname NZ_KI2591641.297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591641.297.fna -queryname NZ_KI2591641.297
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000091.2979.fna -queryname NZ_FUFG010000091.2979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000091.2979.fna -queryname NZ_FUFG010000091.2979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000091.2979.fna -queryname NZ_FUFG010000091.2979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000481.2980.fna -queryname NZ_FUFG010000481.2980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000481.2980.fna -queryname NZ_FUFG010000481.2980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000481.2980.fna -queryname NZ_FUFG010000481.2980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000411.2981.fna -queryname NZ_FUFG010000411.2981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000411.2981.fna -queryname NZ_FUFG010000411.2981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000411.2981.fna -queryname NZ_FUFG010000411.2981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000491.2982.fna -queryname NZ_FUFG010000491.2982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000491.2982.fna -queryname NZ_FUFG010000491.2982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000491.2982.fna -queryname NZ_FUFG010000491.2982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000201.2983.fna -queryname NZ_FUFG010000201.2983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000201.2983.fna -queryname NZ_FUFG010000201.2983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000201.2983.fna -queryname NZ_FUFG010000201.2983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000051.2984.fna -queryname NZ_FUFG010000051.2984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000051.2984.fna -queryname NZ_FUFG010000051.2984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000051.2984.fna -queryname NZ_FUFG010000051.2984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000371.2985.fna -queryname NZ_FUFG010000371.2985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000371.2985.fna -queryname NZ_FUFG010000371.2985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000371.2985.fna -queryname NZ_FUFG010000371.2985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000351.2986.fna -queryname NZ_FUFG010000351.2986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000351.2986.fna -queryname NZ_FUFG010000351.2986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000351.2986.fna -queryname NZ_FUFG010000351.2986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000161.2987.fna -queryname NZ_FUFG010000161.2987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000161.2987.fna -queryname NZ_FUFG010000161.2987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000161.2987.fna -queryname NZ_FUFG010000161.2987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000391.2988.fna -queryname NZ_FUFG010000391.2988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000391.2988.fna -queryname NZ_FUFG010000391.2988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000391.2988.fna -queryname NZ_FUFG010000391.2988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592181.298.fna -queryname NZ_KI2592181.298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592181.298.fna -queryname NZ_KI2592181.298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592181.298.fna -queryname NZ_KI2592181.298
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000441.2989.fna -queryname NZ_FUFG010000441.2989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000441.2989.fna -queryname NZ_FUFG010000441.2989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000441.2989.fna -queryname NZ_FUFG010000441.2989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000501.2990.fna -queryname NZ_FUFG010000501.2990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000501.2990.fna -queryname NZ_FUFG010000501.2990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000501.2990.fna -queryname NZ_FUFG010000501.2990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000471.2991.fna -queryname NZ_FUFG010000471.2991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000471.2991.fna -queryname NZ_FUFG010000471.2991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000471.2991.fna -queryname NZ_FUFG010000471.2991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000181.2992.fna -queryname NZ_FUFG010000181.2992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000181.2992.fna -queryname NZ_FUFG010000181.2992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000181.2992.fna -queryname NZ_FUFG010000181.2992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000321.2993.fna -queryname NZ_FUFG010000321.2993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000321.2993.fna -queryname NZ_FUFG010000321.2993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000321.2993.fna -queryname NZ_FUFG010000321.2993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000151.2994.fna -queryname NZ_FUFG010000151.2994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000151.2994.fna -queryname NZ_FUFG010000151.2994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFG010000151.2994.fna -queryname NZ_FUFG010000151.2994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000131.2995.fna -queryname NZ_FUGG010000131.2995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000131.2995.fna -queryname NZ_FUGG010000131.2995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000131.2995.fna -queryname NZ_FUGG010000131.2995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000411.2996.fna -queryname NZ_FUGG010000411.2996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000411.2996.fna -queryname NZ_FUGG010000411.2996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000411.2996.fna -queryname NZ_FUGG010000411.2996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000061.2997.fna -queryname NZ_FUGG010000061.2997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000061.2997.fna -queryname NZ_FUGG010000061.2997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000061.2997.fna -queryname NZ_FUGG010000061.2997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000641.2998.fna -queryname NZ_FUGG010000641.2998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000641.2998.fna -queryname NZ_FUGG010000641.2998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000641.2998.fna -queryname NZ_FUGG010000641.2998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.fna -queryname NC_0155711.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.fna -queryname NC_0155711.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.fna -queryname NC_0155711.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.AOI.fna -queryname NC_0155711.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NC_0155711.2.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NC_0155711.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NC_0155711.2.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000421.29.fna -queryname NZ_AJZS010000421.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000421.29.fna -queryname NZ_AJZS010000421.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000421.29.fna -queryname NZ_AJZS010000421.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591371.299.fna -queryname NZ_KI2591371.299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591371.299.fna -queryname NZ_KI2591371.299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591371.299.fna -queryname NZ_KI2591371.299
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000051.2999.fna -queryname NZ_FUGG010000051.2999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000051.2999.fna -queryname NZ_FUGG010000051.2999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000051.2999.fna -queryname NZ_FUGG010000051.2999
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000581.3000.fna -queryname NZ_FUGG010000581.3000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000581.3000.fna -queryname NZ_FUGG010000581.3000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000581.3000.fna -queryname NZ_FUGG010000581.3000
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000151.3001.fna -queryname NZ_FUGG010000151.3001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000151.3001.fna -queryname NZ_FUGG010000151.3001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000151.3001.fna -queryname NZ_FUGG010000151.3001
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000331.3002.fna -queryname NZ_FUGG010000331.3002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000331.3002.fna -queryname NZ_FUGG010000331.3002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000331.3002.fna -queryname NZ_FUGG010000331.3002
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000381.3003.fna -queryname NZ_FUGG010000381.3003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000381.3003.fna -queryname NZ_FUGG010000381.3003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000381.3003.fna -queryname NZ_FUGG010000381.3003
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000241.3004.fna -queryname NZ_FUGG010000241.3004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000241.3004.fna -queryname NZ_FUGG010000241.3004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000241.3004.fna -queryname NZ_FUGG010000241.3004
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000441.3005.fna -queryname NZ_FUGG010000441.3005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000441.3005.fna -queryname NZ_FUGG010000441.3005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000441.3005.fna -queryname NZ_FUGG010000441.3005
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000461.3006.fna -queryname NZ_FUGG010000461.3006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000461.3006.fna -queryname NZ_FUGG010000461.3006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000461.3006.fna -queryname NZ_FUGG010000461.3006
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000481.3007.fna -queryname NZ_FUGG010000481.3007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000481.3007.fna -queryname NZ_FUGG010000481.3007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000481.3007.fna -queryname NZ_FUGG010000481.3007
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000341.3008.fna -queryname NZ_FUGG010000341.3008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000341.3008.fna -queryname NZ_FUGG010000341.3008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000341.3008.fna -queryname NZ_FUGG010000341.3008
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591611.300.fna -queryname NZ_KI2591611.300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591611.300.fna -queryname NZ_KI2591611.300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591611.300.fna -queryname NZ_KI2591611.300
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000601.3009.fna -queryname NZ_FUGG010000601.3009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000601.3009.fna -queryname NZ_FUGG010000601.3009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000601.3009.fna -queryname NZ_FUGG010000601.3009
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000041.3010.fna -queryname NZ_FUGG010000041.3010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000041.3010.fna -queryname NZ_FUGG010000041.3010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000041.3010.fna -queryname NZ_FUGG010000041.3010
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000171.3011.fna -queryname NZ_FUGG010000171.3011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000171.3011.fna -queryname NZ_FUGG010000171.3011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000171.3011.fna -queryname NZ_FUGG010000171.3011
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000591.3012.fna -queryname NZ_FUGG010000591.3012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000591.3012.fna -queryname NZ_FUGG010000591.3012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000591.3012.fna -queryname NZ_FUGG010000591.3012
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000191.3013.fna -queryname NZ_FUGG010000191.3013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000191.3013.fna -queryname NZ_FUGG010000191.3013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000191.3013.fna -queryname NZ_FUGG010000191.3013
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000271.3014.fna -queryname NZ_FUGG010000271.3014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000271.3014.fna -queryname NZ_FUGG010000271.3014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000271.3014.fna -queryname NZ_FUGG010000271.3014
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000631.3015.fna -queryname NZ_FUGG010000631.3015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000631.3015.fna -queryname NZ_FUGG010000631.3015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000631.3015.fna -queryname NZ_FUGG010000631.3015
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000501.3016.fna -queryname NZ_FUGG010000501.3016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000501.3016.fna -queryname NZ_FUGG010000501.3016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000501.3016.fna -queryname NZ_FUGG010000501.3016
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000531.3017.fna -queryname NZ_FUGG010000531.3017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000531.3017.fna -queryname NZ_FUGG010000531.3017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000531.3017.fna -queryname NZ_FUGG010000531.3017
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000141.3018.fna -queryname NZ_FUGG010000141.3018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000141.3018.fna -queryname NZ_FUGG010000141.3018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000141.3018.fna -queryname NZ_FUGG010000141.3018
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591381.301.fna -queryname NZ_KI2591381.301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591381.301.fna -queryname NZ_KI2591381.301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591381.301.fna -queryname NZ_KI2591381.301
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000431.3019.fna -queryname NZ_FUGG010000431.3019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000431.3019.fna -queryname NZ_FUGG010000431.3019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000431.3019.fna -queryname NZ_FUGG010000431.3019
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000561.3020.fna -queryname NZ_FUGG010000561.3020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000561.3020.fna -queryname NZ_FUGG010000561.3020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000561.3020.fna -queryname NZ_FUGG010000561.3020
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000471.3021.fna -queryname NZ_FUGG010000471.3021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000471.3021.fna -queryname NZ_FUGG010000471.3021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000471.3021.fna -queryname NZ_FUGG010000471.3021
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000031.3022.fna -queryname NZ_FUGG010000031.3022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000031.3022.fna -queryname NZ_FUGG010000031.3022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000031.3022.fna -queryname NZ_FUGG010000031.3022
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.fna -queryname NZ_FUGG010000231.3023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.fna -queryname NZ_FUGG010000231.3023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.fna -queryname NZ_FUGG010000231.3023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.AOI.fna -queryname NZ_FUGG010000231.3023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000231.3023.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUGG010000231.3023
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUGG010000231.3023.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000161.3024.fna -queryname NZ_FUGG010000161.3024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000161.3024.fna -queryname NZ_FUGG010000161.3024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000161.3024.fna -queryname NZ_FUGG010000161.3024
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000661.3025.fna -queryname NZ_FUGG010000661.3025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000661.3025.fna -queryname NZ_FUGG010000661.3025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000661.3025.fna -queryname NZ_FUGG010000661.3025
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000521.3026.fna -queryname NZ_FUGG010000521.3026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000521.3026.fna -queryname NZ_FUGG010000521.3026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000521.3026.fna -queryname NZ_FUGG010000521.3026
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000671.3027.fna -queryname NZ_FUGG010000671.3027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000671.3027.fna -queryname NZ_FUGG010000671.3027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000671.3027.fna -queryname NZ_FUGG010000671.3027
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000611.3028.fna -queryname NZ_FUGG010000611.3028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000611.3028.fna -queryname NZ_FUGG010000611.3028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000611.3028.fna -queryname NZ_FUGG010000611.3028
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591961.302.fna -queryname NZ_KI2591961.302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591961.302.fna -queryname NZ_KI2591961.302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591961.302.fna -queryname NZ_KI2591961.302
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000421.3029.fna -queryname NZ_FUGG010000421.3029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000421.3029.fna -queryname NZ_FUGG010000421.3029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000421.3029.fna -queryname NZ_FUGG010000421.3029
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000021.3030.fna -queryname NZ_FUGG010000021.3030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000021.3030.fna -queryname NZ_FUGG010000021.3030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000021.3030.fna -queryname NZ_FUGG010000021.3030
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000071.3031.fna -queryname NZ_FUGG010000071.3031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000071.3031.fna -queryname NZ_FUGG010000071.3031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000071.3031.fna -queryname NZ_FUGG010000071.3031
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000121.3032.fna -queryname NZ_FUGG010000121.3032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000121.3032.fna -queryname NZ_FUGG010000121.3032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000121.3032.fna -queryname NZ_FUGG010000121.3032
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000451.3033.fna -queryname NZ_FUGG010000451.3033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000451.3033.fna -queryname NZ_FUGG010000451.3033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000451.3033.fna -queryname NZ_FUGG010000451.3033
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000101.3034.fna -queryname NZ_FUGG010000101.3034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000101.3034.fna -queryname NZ_FUGG010000101.3034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000101.3034.fna -queryname NZ_FUGG010000101.3034
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000371.3035.fna -queryname NZ_FUGG010000371.3035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000371.3035.fna -queryname NZ_FUGG010000371.3035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000371.3035.fna -queryname NZ_FUGG010000371.3035
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000291.3036.fna -queryname NZ_FUGG010000291.3036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000291.3036.fna -queryname NZ_FUGG010000291.3036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000291.3036.fna -queryname NZ_FUGG010000291.3036
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000011.3037.fna -queryname NZ_FUGG010000011.3037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000011.3037.fna -queryname NZ_FUGG010000011.3037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000011.3037.fna -queryname NZ_FUGG010000011.3037
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000621.3038.fna -queryname NZ_FUGG010000621.3038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000621.3038.fna -queryname NZ_FUGG010000621.3038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000621.3038.fna -queryname NZ_FUGG010000621.3038
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591041.303.fna -queryname NZ_KI2591041.303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591041.303.fna -queryname NZ_KI2591041.303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591041.303.fna -queryname NZ_KI2591041.303
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000111.3039.fna -queryname NZ_FUGG010000111.3039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000111.3039.fna -queryname NZ_FUGG010000111.3039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000111.3039.fna -queryname NZ_FUGG010000111.3039
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000511.3040.fna -queryname NZ_FUGG010000511.3040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000511.3040.fna -queryname NZ_FUGG010000511.3040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000511.3040.fna -queryname NZ_FUGG010000511.3040
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000081.3041.fna -queryname NZ_FUGG010000081.3041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000081.3041.fna -queryname NZ_FUGG010000081.3041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000081.3041.fna -queryname NZ_FUGG010000081.3041
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000091.3042.fna -queryname NZ_FUGG010000091.3042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000091.3042.fna -queryname NZ_FUGG010000091.3042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000091.3042.fna -queryname NZ_FUGG010000091.3042
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000651.3043.fna -queryname NZ_FUGG010000651.3043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000651.3043.fna -queryname NZ_FUGG010000651.3043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000651.3043.fna -queryname NZ_FUGG010000651.3043
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000211.3044.fna -queryname NZ_FUGG010000211.3044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000211.3044.fna -queryname NZ_FUGG010000211.3044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000211.3044.fna -queryname NZ_FUGG010000211.3044
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000681.3045.fna -queryname NZ_FUGG010000681.3045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000681.3045.fna -queryname NZ_FUGG010000681.3045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000681.3045.fna -queryname NZ_FUGG010000681.3045
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000251.3046.fna -queryname NZ_FUGG010000251.3046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000251.3046.fna -queryname NZ_FUGG010000251.3046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000251.3046.fna -queryname NZ_FUGG010000251.3046
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000361.3047.fna -queryname NZ_FUGG010000361.3047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000361.3047.fna -queryname NZ_FUGG010000361.3047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000361.3047.fna -queryname NZ_FUGG010000361.3047
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000201.3048.fna -queryname NZ_FUGG010000201.3048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000201.3048.fna -queryname NZ_FUGG010000201.3048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000201.3048.fna -queryname NZ_FUGG010000201.3048
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591821.304.fna -queryname NZ_KI2591821.304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591821.304.fna -queryname NZ_KI2591821.304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591821.304.fna -queryname NZ_KI2591821.304
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000351.3049.fna -queryname NZ_FUGG010000351.3049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000351.3049.fna -queryname NZ_FUGG010000351.3049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000351.3049.fna -queryname NZ_FUGG010000351.3049
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000221.3050.fna -queryname NZ_FUGG010000221.3050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000221.3050.fna -queryname NZ_FUGG010000221.3050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUGG010000221.3050.fna -queryname NZ_FUGG010000221.3050
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000021.3051.fna -queryname NZ_FUFE010000021.3051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000021.3051.fna -queryname NZ_FUFE010000021.3051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000021.3051.fna -queryname NZ_FUFE010000021.3051
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000451.3052.fna -queryname NZ_FUFE010000451.3052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000451.3052.fna -queryname NZ_FUFE010000451.3052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000451.3052.fna -queryname NZ_FUFE010000451.3052
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000091.3053.fna -queryname NZ_FUFE010000091.3053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000091.3053.fna -queryname NZ_FUFE010000091.3053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000091.3053.fna -queryname NZ_FUFE010000091.3053
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000251.3054.fna -queryname NZ_FUFE010000251.3054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000251.3054.fna -queryname NZ_FUFE010000251.3054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000251.3054.fna -queryname NZ_FUFE010000251.3054
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000351.3055.fna -queryname NZ_FUFE010000351.3055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000351.3055.fna -queryname NZ_FUFE010000351.3055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000351.3055.fna -queryname NZ_FUFE010000351.3055
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000791.3056.fna -queryname NZ_FUFE010000791.3056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000791.3056.fna -queryname NZ_FUFE010000791.3056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000791.3056.fna -queryname NZ_FUFE010000791.3056
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000891.3057.fna -queryname NZ_FUFE010000891.3057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000891.3057.fna -queryname NZ_FUFE010000891.3057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000891.3057.fna -queryname NZ_FUFE010000891.3057
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000051.3058.fna -queryname NZ_FUFE010000051.3058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000051.3058.fna -queryname NZ_FUFE010000051.3058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000051.3058.fna -queryname NZ_FUFE010000051.3058
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591091.305.fna -queryname NZ_KI2591091.305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591091.305.fna -queryname NZ_KI2591091.305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591091.305.fna -queryname NZ_KI2591091.305
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000081.3059.fna -queryname NZ_FUFE010000081.3059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000081.3059.fna -queryname NZ_FUFE010000081.3059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000081.3059.fna -queryname NZ_FUFE010000081.3059
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000881.3060.fna -queryname NZ_FUFE010000881.3060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000881.3060.fna -queryname NZ_FUFE010000881.3060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000881.3060.fna -queryname NZ_FUFE010000881.3060
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000721.3061.fna -queryname NZ_FUFE010000721.3061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000721.3061.fna -queryname NZ_FUFE010000721.3061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000721.3061.fna -queryname NZ_FUFE010000721.3061
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.fna -queryname NZ_FUFE010000771.3062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.fna -queryname NZ_FUFE010000771.3062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.fna -queryname NZ_FUFE010000771.3062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.AOI.fna -queryname NZ_FUFE010000771.3062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000771.3062.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFE010000771.3062
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFE010000771.3062.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000671.3063.fna -queryname NZ_FUFE010000671.3063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000671.3063.fna -queryname NZ_FUFE010000671.3063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000671.3063.fna -queryname NZ_FUFE010000671.3063
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000801.3064.fna -queryname NZ_FUFE010000801.3064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000801.3064.fna -queryname NZ_FUFE010000801.3064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000801.3064.fna -queryname NZ_FUFE010000801.3064
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000641.3065.fna -queryname NZ_FUFE010000641.3065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000641.3065.fna -queryname NZ_FUFE010000641.3065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000641.3065.fna -queryname NZ_FUFE010000641.3065
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000121.3066.fna -queryname NZ_FUFE010000121.3066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000121.3066.fna -queryname NZ_FUFE010000121.3066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000121.3066.fna -queryname NZ_FUFE010000121.3066
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000241.3067.fna -queryname NZ_FUFE010000241.3067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000241.3067.fna -queryname NZ_FUFE010000241.3067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000241.3067.fna -queryname NZ_FUFE010000241.3067
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000301.3068.fna -queryname NZ_FUFE010000301.3068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000301.3068.fna -queryname NZ_FUFE010000301.3068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000301.3068.fna -queryname NZ_FUFE010000301.3068
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591151.306.fna -queryname NZ_KI2591151.306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591151.306.fna -queryname NZ_KI2591151.306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591151.306.fna -queryname NZ_KI2591151.306
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000011.3069.fna -queryname NZ_FUFE010000011.3069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000011.3069.fna -queryname NZ_FUFE010000011.3069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000011.3069.fna -queryname NZ_FUFE010000011.3069
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000601.3070.fna -queryname NZ_FUFE010000601.3070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000601.3070.fna -queryname NZ_FUFE010000601.3070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000601.3070.fna -queryname NZ_FUFE010000601.3070
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000551.3071.fna -queryname NZ_FUFE010000551.3071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000551.3071.fna -queryname NZ_FUFE010000551.3071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000551.3071.fna -queryname NZ_FUFE010000551.3071
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000111.3072.fna -queryname NZ_FUFE010000111.3072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000111.3072.fna -queryname NZ_FUFE010000111.3072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000111.3072.fna -queryname NZ_FUFE010000111.3072
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000211.3073.fna -queryname NZ_FUFE010000211.3073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000211.3073.fna -queryname NZ_FUFE010000211.3073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000211.3073.fna -queryname NZ_FUFE010000211.3073
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000151.3074.fna -queryname NZ_FUFE010000151.3074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000151.3074.fna -queryname NZ_FUFE010000151.3074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000151.3074.fna -queryname NZ_FUFE010000151.3074
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000181.3075.fna -queryname NZ_FUFE010000181.3075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000181.3075.fna -queryname NZ_FUFE010000181.3075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000181.3075.fna -queryname NZ_FUFE010000181.3075
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000851.3076.fna -queryname NZ_FUFE010000851.3076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000851.3076.fna -queryname NZ_FUFE010000851.3076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000851.3076.fna -queryname NZ_FUFE010000851.3076
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000441.3077.fna -queryname NZ_FUFE010000441.3077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000441.3077.fna -queryname NZ_FUFE010000441.3077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000441.3077.fna -queryname NZ_FUFE010000441.3077
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000621.3078.fna -queryname NZ_FUFE010000621.3078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000621.3078.fna -queryname NZ_FUFE010000621.3078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000621.3078.fna -queryname NZ_FUFE010000621.3078
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591881.307.fna -queryname NZ_KI2591881.307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591881.307.fna -queryname NZ_KI2591881.307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591881.307.fna -queryname NZ_KI2591881.307
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000031.3079.fna -queryname NZ_FUFE010000031.3079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000031.3079.fna -queryname NZ_FUFE010000031.3079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000031.3079.fna -queryname NZ_FUFE010000031.3079
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000131.3080.fna -queryname NZ_FUFE010000131.3080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000131.3080.fna -queryname NZ_FUFE010000131.3080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000131.3080.fna -queryname NZ_FUFE010000131.3080
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000821.3081.fna -queryname NZ_FUFE010000821.3081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000821.3081.fna -queryname NZ_FUFE010000821.3081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000821.3081.fna -queryname NZ_FUFE010000821.3081
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000761.3082.fna -queryname NZ_FUFE010000761.3082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000761.3082.fna -queryname NZ_FUFE010000761.3082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000761.3082.fna -queryname NZ_FUFE010000761.3082
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000731.3083.fna -queryname NZ_FUFE010000731.3083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000731.3083.fna -queryname NZ_FUFE010000731.3083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000731.3083.fna -queryname NZ_FUFE010000731.3083
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000201.3084.fna -queryname NZ_FUFE010000201.3084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000201.3084.fna -queryname NZ_FUFE010000201.3084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000201.3084.fna -queryname NZ_FUFE010000201.3084
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000861.3085.fna -queryname NZ_FUFE010000861.3085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000861.3085.fna -queryname NZ_FUFE010000861.3085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000861.3085.fna -queryname NZ_FUFE010000861.3085
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000421.3086.fna -queryname NZ_FUFE010000421.3086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000421.3086.fna -queryname NZ_FUFE010000421.3086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000421.3086.fna -queryname NZ_FUFE010000421.3086
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000471.3087.fna -queryname NZ_FUFE010000471.3087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000471.3087.fna -queryname NZ_FUFE010000471.3087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000471.3087.fna -queryname NZ_FUFE010000471.3087
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000281.3088.fna -queryname NZ_FUFE010000281.3088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000281.3088.fna -queryname NZ_FUFE010000281.3088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000281.3088.fna -queryname NZ_FUFE010000281.3088
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591711.308.fna -queryname NZ_KI2591711.308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591711.308.fna -queryname NZ_KI2591711.308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591711.308.fna -queryname NZ_KI2591711.308
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000561.3089.fna -queryname NZ_FUFE010000561.3089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000561.3089.fna -queryname NZ_FUFE010000561.3089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000561.3089.fna -queryname NZ_FUFE010000561.3089
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000511.3090.fna -queryname NZ_FUFE010000511.3090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000511.3090.fna -queryname NZ_FUFE010000511.3090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000511.3090.fna -queryname NZ_FUFE010000511.3090
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000321.3091.fna -queryname NZ_FUFE010000321.3091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000321.3091.fna -queryname NZ_FUFE010000321.3091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000321.3091.fna -queryname NZ_FUFE010000321.3091
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000221.3092.fna -queryname NZ_FUFE010000221.3092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000221.3092.fna -queryname NZ_FUFE010000221.3092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000221.3092.fna -queryname NZ_FUFE010000221.3092
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000711.3093.fna -queryname NZ_FUFE010000711.3093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000711.3093.fna -queryname NZ_FUFE010000711.3093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000711.3093.fna -queryname NZ_FUFE010000711.3093
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000101.3094.fna -queryname NZ_FUFE010000101.3094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000101.3094.fna -queryname NZ_FUFE010000101.3094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000101.3094.fna -queryname NZ_FUFE010000101.3094
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000841.3095.fna -queryname NZ_FUFE010000841.3095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000841.3095.fna -queryname NZ_FUFE010000841.3095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000841.3095.fna -queryname NZ_FUFE010000841.3095
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000411.3096.fna -queryname NZ_FUFE010000411.3096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000411.3096.fna -queryname NZ_FUFE010000411.3096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000411.3096.fna -queryname NZ_FUFE010000411.3096
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000401.3097.fna -queryname NZ_FUFE010000401.3097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000401.3097.fna -queryname NZ_FUFE010000401.3097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000401.3097.fna -queryname NZ_FUFE010000401.3097
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000191.3098.fna -queryname NZ_FUFE010000191.3098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000191.3098.fna -queryname NZ_FUFE010000191.3098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000191.3098.fna -queryname NZ_FUFE010000191.3098
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000661.30.fna -queryname NZ_AJZS010000661.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000661.30.fna -queryname NZ_AJZS010000661.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000661.30.fna -queryname NZ_AJZS010000661.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591211.309.fna -queryname NZ_KI2591211.309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591211.309.fna -queryname NZ_KI2591211.309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591211.309.fna -queryname NZ_KI2591211.309
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000491.3099.fna -queryname NZ_FUFE010000491.3099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000491.3099.fna -queryname NZ_FUFE010000491.3099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000491.3099.fna -queryname NZ_FUFE010000491.3099
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000261.3100.fna -queryname NZ_FUFE010000261.3100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000261.3100.fna -queryname NZ_FUFE010000261.3100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000261.3100.fna -queryname NZ_FUFE010000261.3100
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000831.3101.fna -queryname NZ_FUFE010000831.3101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000831.3101.fna -queryname NZ_FUFE010000831.3101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000831.3101.fna -queryname NZ_FUFE010000831.3101
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000341.3102.fna -queryname NZ_FUFE010000341.3102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000341.3102.fna -queryname NZ_FUFE010000341.3102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000341.3102.fna -queryname NZ_FUFE010000341.3102
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000781.3103.fna -queryname NZ_FUFE010000781.3103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000781.3103.fna -queryname NZ_FUFE010000781.3103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000781.3103.fna -queryname NZ_FUFE010000781.3103
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000141.3104.fna -queryname NZ_FUFE010000141.3104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000141.3104.fna -queryname NZ_FUFE010000141.3104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000141.3104.fna -queryname NZ_FUFE010000141.3104
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000291.3105.fna -queryname NZ_FUFE010000291.3105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000291.3105.fna -queryname NZ_FUFE010000291.3105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000291.3105.fna -queryname NZ_FUFE010000291.3105
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000311.3106.fna -queryname NZ_FUFE010000311.3106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000311.3106.fna -queryname NZ_FUFE010000311.3106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000311.3106.fna -queryname NZ_FUFE010000311.3106
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000161.3107.fna -queryname NZ_FUFE010000161.3107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000161.3107.fna -queryname NZ_FUFE010000161.3107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000161.3107.fna -queryname NZ_FUFE010000161.3107
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000331.3108.fna -queryname NZ_FUFE010000331.3108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000331.3108.fna -queryname NZ_FUFE010000331.3108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000331.3108.fna -queryname NZ_FUFE010000331.3108
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592041.310.fna -queryname NZ_KI2592041.310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592041.310.fna -queryname NZ_KI2592041.310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592041.310.fna -queryname NZ_KI2592041.310
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000611.3109.fna -queryname NZ_FUFE010000611.3109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000611.3109.fna -queryname NZ_FUFE010000611.3109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000611.3109.fna -queryname NZ_FUFE010000611.3109
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000231.3110.fna -queryname NZ_FUFE010000231.3110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000231.3110.fna -queryname NZ_FUFE010000231.3110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000231.3110.fna -queryname NZ_FUFE010000231.3110
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000371.3111.fna -queryname NZ_FUFE010000371.3111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000371.3111.fna -queryname NZ_FUFE010000371.3111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000371.3111.fna -queryname NZ_FUFE010000371.3111
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000461.3112.fna -queryname NZ_FUFE010000461.3112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000461.3112.fna -queryname NZ_FUFE010000461.3112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000461.3112.fna -queryname NZ_FUFE010000461.3112
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000691.3113.fna -queryname NZ_FUFE010000691.3113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000691.3113.fna -queryname NZ_FUFE010000691.3113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000691.3113.fna -queryname NZ_FUFE010000691.3113
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000071.3114.fna -queryname NZ_FUFE010000071.3114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000071.3114.fna -queryname NZ_FUFE010000071.3114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000071.3114.fna -queryname NZ_FUFE010000071.3114
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000631.3115.fna -queryname NZ_FUFE010000631.3115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000631.3115.fna -queryname NZ_FUFE010000631.3115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000631.3115.fna -queryname NZ_FUFE010000631.3115
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000061.3116.fna -queryname NZ_FUFE010000061.3116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000061.3116.fna -queryname NZ_FUFE010000061.3116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000061.3116.fna -queryname NZ_FUFE010000061.3116
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000171.3117.fna -queryname NZ_FUFE010000171.3117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000171.3117.fna -queryname NZ_FUFE010000171.3117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000171.3117.fna -queryname NZ_FUFE010000171.3117
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000521.3118.fna -queryname NZ_FUFE010000521.3118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000521.3118.fna -queryname NZ_FUFE010000521.3118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000521.3118.fna -queryname NZ_FUFE010000521.3118
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592161.311.fna -queryname NZ_KI2592161.311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592161.311.fna -queryname NZ_KI2592161.311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592161.311.fna -queryname NZ_KI2592161.311
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000481.3119.fna -queryname NZ_FUFE010000481.3119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000481.3119.fna -queryname NZ_FUFE010000481.3119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000481.3119.fna -queryname NZ_FUFE010000481.3119
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000041.3120.fna -queryname NZ_FUFE010000041.3120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000041.3120.fna -queryname NZ_FUFE010000041.3120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000041.3120.fna -queryname NZ_FUFE010000041.3120
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000531.3121.fna -queryname NZ_FUFE010000531.3121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000531.3121.fna -queryname NZ_FUFE010000531.3121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000531.3121.fna -queryname NZ_FUFE010000531.3121
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000741.3122.fna -queryname NZ_FUFE010000741.3122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000741.3122.fna -queryname NZ_FUFE010000741.3122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000741.3122.fna -queryname NZ_FUFE010000741.3122
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000661.3123.fna -queryname NZ_FUFE010000661.3123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000661.3123.fna -queryname NZ_FUFE010000661.3123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000661.3123.fna -queryname NZ_FUFE010000661.3123
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000701.3124.fna -queryname NZ_FUFE010000701.3124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000701.3124.fna -queryname NZ_FUFE010000701.3124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFE010000701.3124.fna -queryname NZ_FUFE010000701.3124
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000061.3125.fna -queryname NZ_FUFC010000061.3125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000061.3125.fna -queryname NZ_FUFC010000061.3125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000061.3125.fna -queryname NZ_FUFC010000061.3125
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000481.3126.fna -queryname NZ_FUFC010000481.3126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000481.3126.fna -queryname NZ_FUFC010000481.3126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000481.3126.fna -queryname NZ_FUFC010000481.3126
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000391.3127.fna -queryname NZ_FUFC010000391.3127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000391.3127.fna -queryname NZ_FUFC010000391.3127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000391.3127.fna -queryname NZ_FUFC010000391.3127
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000511.3128.fna -queryname NZ_FUFC010000511.3128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000511.3128.fna -queryname NZ_FUFC010000511.3128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000511.3128.fna -queryname NZ_FUFC010000511.3128
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591461.312.fna -queryname NZ_KI2591461.312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591461.312.fna -queryname NZ_KI2591461.312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591461.312.fna -queryname NZ_KI2591461.312
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000351.3129.fna -queryname NZ_FUFC010000351.3129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000351.3129.fna -queryname NZ_FUFC010000351.3129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000351.3129.fna -queryname NZ_FUFC010000351.3129
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000451.3130.fna -queryname NZ_FUFC010000451.3130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000451.3130.fna -queryname NZ_FUFC010000451.3130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000451.3130.fna -queryname NZ_FUFC010000451.3130
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000121.3131.fna -queryname NZ_FUFC010000121.3131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000121.3131.fna -queryname NZ_FUFC010000121.3131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000121.3131.fna -queryname NZ_FUFC010000121.3131
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000381.3132.fna -queryname NZ_FUFC010000381.3132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000381.3132.fna -queryname NZ_FUFC010000381.3132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000381.3132.fna -queryname NZ_FUFC010000381.3132
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000311.3133.fna -queryname NZ_FUFC010000311.3133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000311.3133.fna -queryname NZ_FUFC010000311.3133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000311.3133.fna -queryname NZ_FUFC010000311.3133
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000301.3134.fna -queryname NZ_FUFC010000301.3134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000301.3134.fna -queryname NZ_FUFC010000301.3134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000301.3134.fna -queryname NZ_FUFC010000301.3134
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000561.3135.fna -queryname NZ_FUFC010000561.3135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000561.3135.fna -queryname NZ_FUFC010000561.3135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000561.3135.fna -queryname NZ_FUFC010000561.3135
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000191.3136.fna -queryname NZ_FUFC010000191.3136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000191.3136.fna -queryname NZ_FUFC010000191.3136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000191.3136.fna -queryname NZ_FUFC010000191.3136
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000421.3137.fna -queryname NZ_FUFC010000421.3137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000421.3137.fna -queryname NZ_FUFC010000421.3137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000421.3137.fna -queryname NZ_FUFC010000421.3137
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000431.3138.fna -queryname NZ_FUFC010000431.3138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000431.3138.fna -queryname NZ_FUFC010000431.3138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000431.3138.fna -queryname NZ_FUFC010000431.3138
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591651.313.fna -queryname NZ_KI2591651.313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591651.313.fna -queryname NZ_KI2591651.313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591651.313.fna -queryname NZ_KI2591651.313
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000201.3139.fna -queryname NZ_FUFC010000201.3139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000201.3139.fna -queryname NZ_FUFC010000201.3139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000201.3139.fna -queryname NZ_FUFC010000201.3139
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000491.3140.fna -queryname NZ_FUFC010000491.3140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000491.3140.fna -queryname NZ_FUFC010000491.3140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000491.3140.fna -queryname NZ_FUFC010000491.3140
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000231.3141.fna -queryname NZ_FUFC010000231.3141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000231.3141.fna -queryname NZ_FUFC010000231.3141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000231.3141.fna -queryname NZ_FUFC010000231.3141
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000091.3142.fna -queryname NZ_FUFC010000091.3142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000091.3142.fna -queryname NZ_FUFC010000091.3142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000091.3142.fna -queryname NZ_FUFC010000091.3142
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000441.3143.fna -queryname NZ_FUFC010000441.3143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000441.3143.fna -queryname NZ_FUFC010000441.3143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000441.3143.fna -queryname NZ_FUFC010000441.3143
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000031.3144.fna -queryname NZ_FUFC010000031.3144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000031.3144.fna -queryname NZ_FUFC010000031.3144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000031.3144.fna -queryname NZ_FUFC010000031.3144
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000131.3145.fna -queryname NZ_FUFC010000131.3145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000131.3145.fna -queryname NZ_FUFC010000131.3145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000131.3145.fna -queryname NZ_FUFC010000131.3145
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000071.3146.fna -queryname NZ_FUFC010000071.3146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000071.3146.fna -queryname NZ_FUFC010000071.3146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000071.3146.fna -queryname NZ_FUFC010000071.3146
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000531.3147.fna -queryname NZ_FUFC010000531.3147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000531.3147.fna -queryname NZ_FUFC010000531.3147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000531.3147.fna -queryname NZ_FUFC010000531.3147
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000241.3148.fna -queryname NZ_FUFC010000241.3148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000241.3148.fna -queryname NZ_FUFC010000241.3148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000241.3148.fna -queryname NZ_FUFC010000241.3148
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591751.314.fna -queryname NZ_KI2591751.314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591751.314.fna -queryname NZ_KI2591751.314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591751.314.fna -queryname NZ_KI2591751.314
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000181.3149.fna -queryname NZ_FUFC010000181.3149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000181.3149.fna -queryname NZ_FUFC010000181.3149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000181.3149.fna -queryname NZ_FUFC010000181.3149
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000361.3150.fna -queryname NZ_FUFC010000361.3150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000361.3150.fna -queryname NZ_FUFC010000361.3150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000361.3150.fna -queryname NZ_FUFC010000361.3150
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000321.3151.fna -queryname NZ_FUFC010000321.3151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000321.3151.fna -queryname NZ_FUFC010000321.3151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000321.3151.fna -queryname NZ_FUFC010000321.3151
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.fna -queryname NZ_FUFC010000291.3152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.fna -queryname NZ_FUFC010000291.3152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.fna -queryname NZ_FUFC010000291.3152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.AOI.fna -queryname NZ_FUFC010000291.3152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000291.3152.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFC010000291.3152
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFC010000291.3152.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000331.3153.fna -queryname NZ_FUFC010000331.3153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000331.3153.fna -queryname NZ_FUFC010000331.3153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000331.3153.fna -queryname NZ_FUFC010000331.3153
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000041.3154.fna -queryname NZ_FUFC010000041.3154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000041.3154.fna -queryname NZ_FUFC010000041.3154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000041.3154.fna -queryname NZ_FUFC010000041.3154
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000011.3155.fna -queryname NZ_FUFC010000011.3155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000011.3155.fna -queryname NZ_FUFC010000011.3155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000011.3155.fna -queryname NZ_FUFC010000011.3155
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000541.3156.fna -queryname NZ_FUFC010000541.3156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000541.3156.fna -queryname NZ_FUFC010000541.3156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000541.3156.fna -queryname NZ_FUFC010000541.3156
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000051.3157.fna -queryname NZ_FUFC010000051.3157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000051.3157.fna -queryname NZ_FUFC010000051.3157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000051.3157.fna -queryname NZ_FUFC010000051.3157
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000261.3158.fna -queryname NZ_FUFC010000261.3158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000261.3158.fna -queryname NZ_FUFC010000261.3158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000261.3158.fna -queryname NZ_FUFC010000261.3158
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591991.315.fna -queryname NZ_KI2591991.315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591991.315.fna -queryname NZ_KI2591991.315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591991.315.fna -queryname NZ_KI2591991.315
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000111.3159.fna -queryname NZ_FUFC010000111.3159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000111.3159.fna -queryname NZ_FUFC010000111.3159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000111.3159.fna -queryname NZ_FUFC010000111.3159
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000221.3160.fna -queryname NZ_FUFC010000221.3160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000221.3160.fna -queryname NZ_FUFC010000221.3160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000221.3160.fna -queryname NZ_FUFC010000221.3160
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000551.3161.fna -queryname NZ_FUFC010000551.3161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000551.3161.fna -queryname NZ_FUFC010000551.3161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000551.3161.fna -queryname NZ_FUFC010000551.3161
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000101.3162.fna -queryname NZ_FUFC010000101.3162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000101.3162.fna -queryname NZ_FUFC010000101.3162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000101.3162.fna -queryname NZ_FUFC010000101.3162
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000251.3163.fna -queryname NZ_FUFC010000251.3163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000251.3163.fna -queryname NZ_FUFC010000251.3163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000251.3163.fna -queryname NZ_FUFC010000251.3163
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000151.3164.fna -queryname NZ_FUFC010000151.3164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000151.3164.fna -queryname NZ_FUFC010000151.3164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000151.3164.fna -queryname NZ_FUFC010000151.3164
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000371.3165.fna -queryname NZ_FUFC010000371.3165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000371.3165.fna -queryname NZ_FUFC010000371.3165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000371.3165.fna -queryname NZ_FUFC010000371.3165
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000141.3166.fna -queryname NZ_FUFC010000141.3166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000141.3166.fna -queryname NZ_FUFC010000141.3166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000141.3166.fna -queryname NZ_FUFC010000141.3166
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000281.3167.fna -queryname NZ_FUFC010000281.3167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000281.3167.fna -queryname NZ_FUFC010000281.3167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000281.3167.fna -queryname NZ_FUFC010000281.3167
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000161.3168.fna -queryname NZ_FUFC010000161.3168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000161.3168.fna -queryname NZ_FUFC010000161.3168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000161.3168.fna -queryname NZ_FUFC010000161.3168
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591361.316.fna -queryname NZ_KI2591361.316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591361.316.fna -queryname NZ_KI2591361.316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591361.316.fna -queryname NZ_KI2591361.316
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000341.3169.fna -queryname NZ_FUFC010000341.3169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000341.3169.fna -queryname NZ_FUFC010000341.3169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000341.3169.fna -queryname NZ_FUFC010000341.3169
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000081.3170.fna -queryname NZ_FUFC010000081.3170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000081.3170.fna -queryname NZ_FUFC010000081.3170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000081.3170.fna -queryname NZ_FUFC010000081.3170
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000021.3171.fna -queryname NZ_FUFC010000021.3171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000021.3171.fna -queryname NZ_FUFC010000021.3171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000021.3171.fna -queryname NZ_FUFC010000021.3171
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000271.3172.fna -queryname NZ_FUFC010000271.3172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000271.3172.fna -queryname NZ_FUFC010000271.3172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000271.3172.fna -queryname NZ_FUFC010000271.3172
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000171.3173.fna -queryname NZ_FUFC010000171.3173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000171.3173.fna -queryname NZ_FUFC010000171.3173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000171.3173.fna -queryname NZ_FUFC010000171.3173
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000211.3174.fna -queryname NZ_FUFC010000211.3174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000211.3174.fna -queryname NZ_FUFC010000211.3174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFC010000211.3174.fna -queryname NZ_FUFC010000211.3174
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000421.3175.fna -queryname NZ_FUFJ010000421.3175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000421.3175.fna -queryname NZ_FUFJ010000421.3175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000421.3175.fna -queryname NZ_FUFJ010000421.3175
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000541.3176.fna -queryname NZ_FUFJ010000541.3176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000541.3176.fna -queryname NZ_FUFJ010000541.3176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000541.3176.fna -queryname NZ_FUFJ010000541.3176
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000461.3177.fna -queryname NZ_FUFJ010000461.3177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000461.3177.fna -queryname NZ_FUFJ010000461.3177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000461.3177.fna -queryname NZ_FUFJ010000461.3177
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000741.3178.fna -queryname NZ_FUFJ010000741.3178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000741.3178.fna -queryname NZ_FUFJ010000741.3178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000741.3178.fna -queryname NZ_FUFJ010000741.3178
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591161.317.fna -queryname NZ_KI2591161.317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591161.317.fna -queryname NZ_KI2591161.317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591161.317.fna -queryname NZ_KI2591161.317
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000401.3179.fna -queryname NZ_FUFJ010000401.3179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000401.3179.fna -queryname NZ_FUFJ010000401.3179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000401.3179.fna -queryname NZ_FUFJ010000401.3179
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000801.3180.fna -queryname NZ_FUFJ010000801.3180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000801.3180.fna -queryname NZ_FUFJ010000801.3180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000801.3180.fna -queryname NZ_FUFJ010000801.3180
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000821.3181.fna -queryname NZ_FUFJ010000821.3181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000821.3181.fna -queryname NZ_FUFJ010000821.3181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000821.3181.fna -queryname NZ_FUFJ010000821.3181
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000481.3182.fna -queryname NZ_FUFJ010000481.3182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000481.3182.fna -queryname NZ_FUFJ010000481.3182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000481.3182.fna -queryname NZ_FUFJ010000481.3182
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000611.3183.fna -queryname NZ_FUFJ010000611.3183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000611.3183.fna -queryname NZ_FUFJ010000611.3183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000611.3183.fna -queryname NZ_FUFJ010000611.3183
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000101.3184.fna -queryname NZ_FUFJ010000101.3184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000101.3184.fna -queryname NZ_FUFJ010000101.3184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000101.3184.fna -queryname NZ_FUFJ010000101.3184
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000051.3185.fna -queryname NZ_FUFJ010000051.3185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000051.3185.fna -queryname NZ_FUFJ010000051.3185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000051.3185.fna -queryname NZ_FUFJ010000051.3185
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000881.3186.fna -queryname NZ_FUFJ010000881.3186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000881.3186.fna -queryname NZ_FUFJ010000881.3186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000881.3186.fna -queryname NZ_FUFJ010000881.3186
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000671.3187.fna -queryname NZ_FUFJ010000671.3187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000671.3187.fna -queryname NZ_FUFJ010000671.3187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000671.3187.fna -queryname NZ_FUFJ010000671.3187
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000521.3188.fna -queryname NZ_FUFJ010000521.3188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000521.3188.fna -queryname NZ_FUFJ010000521.3188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000521.3188.fna -queryname NZ_FUFJ010000521.3188
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592011.318.fna -queryname NZ_KI2592011.318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592011.318.fna -queryname NZ_KI2592011.318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592011.318.fna -queryname NZ_KI2592011.318
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000871.3189.fna -queryname NZ_FUFJ010000871.3189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000871.3189.fna -queryname NZ_FUFJ010000871.3189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000871.3189.fna -queryname NZ_FUFJ010000871.3189
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000711.3190.fna -queryname NZ_FUFJ010000711.3190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000711.3190.fna -queryname NZ_FUFJ010000711.3190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000711.3190.fna -queryname NZ_FUFJ010000711.3190
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000291.3191.fna -queryname NZ_FUFJ010000291.3191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000291.3191.fna -queryname NZ_FUFJ010000291.3191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000291.3191.fna -queryname NZ_FUFJ010000291.3191
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000601.3192.fna -queryname NZ_FUFJ010000601.3192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000601.3192.fna -queryname NZ_FUFJ010000601.3192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000601.3192.fna -queryname NZ_FUFJ010000601.3192
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000531.3193.fna -queryname NZ_FUFJ010000531.3193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000531.3193.fna -queryname NZ_FUFJ010000531.3193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000531.3193.fna -queryname NZ_FUFJ010000531.3193
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000661.3194.fna -queryname NZ_FUFJ010000661.3194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000661.3194.fna -queryname NZ_FUFJ010000661.3194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000661.3194.fna -queryname NZ_FUFJ010000661.3194
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000021.3195.fna -queryname NZ_FUFJ010000021.3195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000021.3195.fna -queryname NZ_FUFJ010000021.3195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000021.3195.fna -queryname NZ_FUFJ010000021.3195
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000791.3196.fna -queryname NZ_FUFJ010000791.3196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000791.3196.fna -queryname NZ_FUFJ010000791.3196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000791.3196.fna -queryname NZ_FUFJ010000791.3196
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000511.3197.fna -queryname NZ_FUFJ010000511.3197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000511.3197.fna -queryname NZ_FUFJ010000511.3197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000511.3197.fna -queryname NZ_FUFJ010000511.3197
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000281.3198.fna -queryname NZ_FUFJ010000281.3198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000281.3198.fna -queryname NZ_FUFJ010000281.3198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000281.3198.fna -queryname NZ_FUFJ010000281.3198
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000681.31.fna -queryname NZ_AJZS010000681.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000681.31.fna -queryname NZ_AJZS010000681.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000681.31.fna -queryname NZ_AJZS010000681.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.fna -queryname NZ_KI2591771.319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.fna -queryname NZ_KI2591771.319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.fna -queryname NZ_KI2591771.319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.AOI.fna -queryname NZ_KI2591771.319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591771.319.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2591771.319
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2591771.319.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000451.3199.fna -queryname NZ_FUFJ010000451.3199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000451.3199.fna -queryname NZ_FUFJ010000451.3199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000451.3199.fna -queryname NZ_FUFJ010000451.3199
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000151.3200.fna -queryname NZ_FUFJ010000151.3200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000151.3200.fna -queryname NZ_FUFJ010000151.3200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000151.3200.fna -queryname NZ_FUFJ010000151.3200
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000011.3201.fna -queryname NZ_FUFJ010000011.3201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000011.3201.fna -queryname NZ_FUFJ010000011.3201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000011.3201.fna -queryname NZ_FUFJ010000011.3201
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000551.3202.fna -queryname NZ_FUFJ010000551.3202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000551.3202.fna -queryname NZ_FUFJ010000551.3202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000551.3202.fna -queryname NZ_FUFJ010000551.3202
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000351.3203.fna -queryname NZ_FUFJ010000351.3203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000351.3203.fna -queryname NZ_FUFJ010000351.3203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000351.3203.fna -queryname NZ_FUFJ010000351.3203
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000031.3204.fna -queryname NZ_FUFJ010000031.3204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000031.3204.fna -queryname NZ_FUFJ010000031.3204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000031.3204.fna -queryname NZ_FUFJ010000031.3204
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000631.3205.fna -queryname NZ_FUFJ010000631.3205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000631.3205.fna -queryname NZ_FUFJ010000631.3205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000631.3205.fna -queryname NZ_FUFJ010000631.3205
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000061.3206.fna -queryname NZ_FUFJ010000061.3206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000061.3206.fna -queryname NZ_FUFJ010000061.3206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000061.3206.fna -queryname NZ_FUFJ010000061.3206
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000171.3207.fna -queryname NZ_FUFJ010000171.3207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000171.3207.fna -queryname NZ_FUFJ010000171.3207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000171.3207.fna -queryname NZ_FUFJ010000171.3207
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000501.3208.fna -queryname NZ_FUFJ010000501.3208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000501.3208.fna -queryname NZ_FUFJ010000501.3208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000501.3208.fna -queryname NZ_FUFJ010000501.3208
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591891.320.fna -queryname NZ_KI2591891.320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591891.320.fna -queryname NZ_KI2591891.320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591891.320.fna -queryname NZ_KI2591891.320
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000681.3209.fna -queryname NZ_FUFJ010000681.3209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000681.3209.fna -queryname NZ_FUFJ010000681.3209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000681.3209.fna -queryname NZ_FUFJ010000681.3209
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000081.3210.fna -queryname NZ_FUFJ010000081.3210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000081.3210.fna -queryname NZ_FUFJ010000081.3210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000081.3210.fna -queryname NZ_FUFJ010000081.3210
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000781.3211.fna -queryname NZ_FUFJ010000781.3211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000781.3211.fna -queryname NZ_FUFJ010000781.3211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000781.3211.fna -queryname NZ_FUFJ010000781.3211
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000861.3212.fna -queryname NZ_FUFJ010000861.3212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000861.3212.fna -queryname NZ_FUFJ010000861.3212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000861.3212.fna -queryname NZ_FUFJ010000861.3212
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000221.3213.fna -queryname NZ_FUFJ010000221.3213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000221.3213.fna -queryname NZ_FUFJ010000221.3213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000221.3213.fna -queryname NZ_FUFJ010000221.3213
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000431.3214.fna -queryname NZ_FUFJ010000431.3214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000431.3214.fna -queryname NZ_FUFJ010000431.3214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000431.3214.fna -queryname NZ_FUFJ010000431.3214
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000331.3215.fna -queryname NZ_FUFJ010000331.3215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000331.3215.fna -queryname NZ_FUFJ010000331.3215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000331.3215.fna -queryname NZ_FUFJ010000331.3215
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000361.3216.fna -queryname NZ_FUFJ010000361.3216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000361.3216.fna -queryname NZ_FUFJ010000361.3216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000361.3216.fna -queryname NZ_FUFJ010000361.3216
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000121.3217.fna -queryname NZ_FUFJ010000121.3217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000121.3217.fna -queryname NZ_FUFJ010000121.3217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000121.3217.fna -queryname NZ_FUFJ010000121.3217
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000841.3218.fna -queryname NZ_FUFJ010000841.3218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000841.3218.fna -queryname NZ_FUFJ010000841.3218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000841.3218.fna -queryname NZ_FUFJ010000841.3218
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591451.321.fna -queryname NZ_KI2591451.321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591451.321.fna -queryname NZ_KI2591451.321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591451.321.fna -queryname NZ_KI2591451.321
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000211.3219.fna -queryname NZ_FUFJ010000211.3219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000211.3219.fna -queryname NZ_FUFJ010000211.3219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000211.3219.fna -queryname NZ_FUFJ010000211.3219
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.fna -queryname NZ_FUFJ010000141.3220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.fna -queryname NZ_FUFJ010000141.3220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.fna -queryname NZ_FUFJ010000141.3220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.AOI.fna -queryname NZ_FUFJ010000141.3220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000141.3220.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_FUFJ010000141.3220
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_FUFJ010000141.3220.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000771.3221.fna -queryname NZ_FUFJ010000771.3221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000771.3221.fna -queryname NZ_FUFJ010000771.3221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000771.3221.fna -queryname NZ_FUFJ010000771.3221
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000131.3222.fna -queryname NZ_FUFJ010000131.3222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000131.3222.fna -queryname NZ_FUFJ010000131.3222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000131.3222.fna -queryname NZ_FUFJ010000131.3222
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000391.3223.fna -queryname NZ_FUFJ010000391.3223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000391.3223.fna -queryname NZ_FUFJ010000391.3223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000391.3223.fna -queryname NZ_FUFJ010000391.3223
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000301.3224.fna -queryname NZ_FUFJ010000301.3224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000301.3224.fna -queryname NZ_FUFJ010000301.3224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000301.3224.fna -queryname NZ_FUFJ010000301.3224
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000471.3225.fna -queryname NZ_FUFJ010000471.3225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000471.3225.fna -queryname NZ_FUFJ010000471.3225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000471.3225.fna -queryname NZ_FUFJ010000471.3225
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000201.3226.fna -queryname NZ_FUFJ010000201.3226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000201.3226.fna -queryname NZ_FUFJ010000201.3226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000201.3226.fna -queryname NZ_FUFJ010000201.3226
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000251.3227.fna -queryname NZ_FUFJ010000251.3227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000251.3227.fna -queryname NZ_FUFJ010000251.3227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000251.3227.fna -queryname NZ_FUFJ010000251.3227
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000581.3228.fna -queryname NZ_FUFJ010000581.3228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000581.3228.fna -queryname NZ_FUFJ010000581.3228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000581.3228.fna -queryname NZ_FUFJ010000581.3228
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591551.322.fna -queryname NZ_KI2591551.322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591551.322.fna -queryname NZ_KI2591551.322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591551.322.fna -queryname NZ_KI2591551.322
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000371.3229.fna -queryname NZ_FUFJ010000371.3229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000371.3229.fna -queryname NZ_FUFJ010000371.3229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000371.3229.fna -queryname NZ_FUFJ010000371.3229
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000111.3230.fna -queryname NZ_FUFJ010000111.3230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000111.3230.fna -queryname NZ_FUFJ010000111.3230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000111.3230.fna -queryname NZ_FUFJ010000111.3230
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000231.3231.fna -queryname NZ_FUFJ010000231.3231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000231.3231.fna -queryname NZ_FUFJ010000231.3231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000231.3231.fna -queryname NZ_FUFJ010000231.3231
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000311.3232.fna -queryname NZ_FUFJ010000311.3232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000311.3232.fna -queryname NZ_FUFJ010000311.3232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000311.3232.fna -queryname NZ_FUFJ010000311.3232
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000041.3233.fna -queryname NZ_FUFJ010000041.3233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000041.3233.fna -queryname NZ_FUFJ010000041.3233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000041.3233.fna -queryname NZ_FUFJ010000041.3233
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000651.3234.fna -queryname NZ_FUFJ010000651.3234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000651.3234.fna -queryname NZ_FUFJ010000651.3234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000651.3234.fna -queryname NZ_FUFJ010000651.3234
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000181.3235.fna -queryname NZ_FUFJ010000181.3235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000181.3235.fna -queryname NZ_FUFJ010000181.3235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000181.3235.fna -queryname NZ_FUFJ010000181.3235
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000411.3236.fna -queryname NZ_FUFJ010000411.3236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000411.3236.fna -queryname NZ_FUFJ010000411.3236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000411.3236.fna -queryname NZ_FUFJ010000411.3236
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000161.3237.fna -queryname NZ_FUFJ010000161.3237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000161.3237.fna -queryname NZ_FUFJ010000161.3237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000161.3237.fna -queryname NZ_FUFJ010000161.3237
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000751.3238.fna -queryname NZ_FUFJ010000751.3238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000751.3238.fna -queryname NZ_FUFJ010000751.3238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000751.3238.fna -queryname NZ_FUFJ010000751.3238
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591681.323.fna -queryname NZ_KI2591681.323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591681.323.fna -queryname NZ_KI2591681.323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591681.323.fna -queryname NZ_KI2591681.323
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000441.3239.fna -queryname NZ_FUFJ010000441.3239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000441.3239.fna -queryname NZ_FUFJ010000441.3239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000441.3239.fna -queryname NZ_FUFJ010000441.3239
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000191.3240.fna -queryname NZ_FUFJ010000191.3240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000191.3240.fna -queryname NZ_FUFJ010000191.3240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000191.3240.fna -queryname NZ_FUFJ010000191.3240
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000381.3241.fna -queryname NZ_FUFJ010000381.3241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000381.3241.fna -queryname NZ_FUFJ010000381.3241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000381.3241.fna -queryname NZ_FUFJ010000381.3241
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000641.3242.fna -queryname NZ_FUFJ010000641.3242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000641.3242.fna -queryname NZ_FUFJ010000641.3242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000641.3242.fna -queryname NZ_FUFJ010000641.3242
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000731.3243.fna -queryname NZ_FUFJ010000731.3243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000731.3243.fna -queryname NZ_FUFJ010000731.3243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000731.3243.fna -queryname NZ_FUFJ010000731.3243
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000321.3244.fna -queryname NZ_FUFJ010000321.3244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000321.3244.fna -queryname NZ_FUFJ010000321.3244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000321.3244.fna -queryname NZ_FUFJ010000321.3244
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000261.3245.fna -queryname NZ_FUFJ010000261.3245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000261.3245.fna -queryname NZ_FUFJ010000261.3245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000261.3245.fna -queryname NZ_FUFJ010000261.3245
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000071.3246.fna -queryname NZ_FUFJ010000071.3246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000071.3246.fna -queryname NZ_FUFJ010000071.3246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000071.3246.fna -queryname NZ_FUFJ010000071.3246
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000241.3247.fna -queryname NZ_FUFJ010000241.3247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000241.3247.fna -queryname NZ_FUFJ010000241.3247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000241.3247.fna -queryname NZ_FUFJ010000241.3247
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000721.3248.fna -queryname NZ_FUFJ010000721.3248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000721.3248.fna -queryname NZ_FUFJ010000721.3248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000721.3248.fna -queryname NZ_FUFJ010000721.3248
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591761.324.fna -queryname NZ_KI2591761.324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591761.324.fna -queryname NZ_KI2591761.324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591761.324.fna -queryname NZ_KI2591761.324
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000851.3249.fna -queryname NZ_FUFJ010000851.3249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000851.3249.fna -queryname NZ_FUFJ010000851.3249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000851.3249.fna -queryname NZ_FUFJ010000851.3249
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000561.3250.fna -queryname NZ_FUFJ010000561.3250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000561.3250.fna -queryname NZ_FUFJ010000561.3250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000561.3250.fna -queryname NZ_FUFJ010000561.3250
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000271.3251.fna -queryname NZ_FUFJ010000271.3251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000271.3251.fna -queryname NZ_FUFJ010000271.3251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000271.3251.fna -queryname NZ_FUFJ010000271.3251
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000341.3252.fna -queryname NZ_FUFJ010000341.3252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000341.3252.fna -queryname NZ_FUFJ010000341.3252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_FUFJ010000341.3252.fna -queryname NZ_FUFJ010000341.3252
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591501.325.fna -queryname NZ_KI2591501.325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591501.325.fna -queryname NZ_KI2591501.325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591501.325.fna -queryname NZ_KI2591501.325
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592151.326.fna -queryname NZ_KI2592151.326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592151.326.fna -queryname NZ_KI2592151.326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592151.326.fna -queryname NZ_KI2592151.326
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591051.327.fna -queryname NZ_KI2591051.327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591051.327.fna -queryname NZ_KI2591051.327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591051.327.fna -queryname NZ_KI2591051.327
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591831.328.fna -queryname NZ_KI2591831.328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591831.328.fna -queryname NZ_KI2591831.328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591831.328.fna -queryname NZ_KI2591831.328
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000431.32.fna -queryname NZ_AJZS010000431.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000431.32.fna -queryname NZ_AJZS010000431.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000431.32.fna -queryname NZ_AJZS010000431.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591741.329.fna -queryname NZ_KI2591741.329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591741.329.fna -queryname NZ_KI2591741.329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591741.329.fna -queryname NZ_KI2591741.329
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591841.330.fna -queryname NZ_KI2591841.330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591841.330.fna -queryname NZ_KI2591841.330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591841.330.fna -queryname NZ_KI2591841.330
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591291.331.fna -queryname NZ_KI2591291.331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591291.331.fna -queryname NZ_KI2591291.331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591291.331.fna -queryname NZ_KI2591291.331
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591321.332.fna -queryname NZ_KI2591321.332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591321.332.fna -queryname NZ_KI2591321.332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591321.332.fna -queryname NZ_KI2591321.332
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592061.333.fna -queryname NZ_KI2592061.333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592061.333.fna -queryname NZ_KI2592061.333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592061.333.fna -queryname NZ_KI2592061.333
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591401.334.fna -queryname NZ_KI2591401.334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591401.334.fna -queryname NZ_KI2591401.334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591401.334.fna -queryname NZ_KI2591401.334
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591231.335.fna -queryname NZ_KI2591231.335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591231.335.fna -queryname NZ_KI2591231.335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591231.335.fna -queryname NZ_KI2591231.335
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591411.336.fna -queryname NZ_KI2591411.336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591411.336.fna -queryname NZ_KI2591411.336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591411.336.fna -queryname NZ_KI2591411.336
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591491.337.fna -queryname NZ_KI2591491.337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591491.337.fna -queryname NZ_KI2591491.337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591491.337.fna -queryname NZ_KI2591491.337
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591661.338.fna -queryname NZ_KI2591661.338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591661.338.fna -queryname NZ_KI2591661.338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591661.338.fna -queryname NZ_KI2591661.338
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000501.33.fna -queryname NZ_AJZS010000501.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000501.33.fna -queryname NZ_AJZS010000501.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000501.33.fna -queryname NZ_AJZS010000501.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591141.339.fna -queryname NZ_KI2591141.339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591141.339.fna -queryname NZ_KI2591141.339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591141.339.fna -queryname NZ_KI2591141.339
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591191.340.fna -queryname NZ_KI2591191.340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591191.340.fna -queryname NZ_KI2591191.340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591191.340.fna -queryname NZ_KI2591191.340
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591901.341.fna -queryname NZ_KI2591901.341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591901.341.fna -queryname NZ_KI2591901.341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591901.341.fna -queryname NZ_KI2591901.341
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592091.342.fna -queryname NZ_KI2592091.342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592091.342.fna -queryname NZ_KI2592091.342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592091.342.fna -queryname NZ_KI2592091.342
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592031.343.fna -queryname NZ_KI2592031.343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592031.343.fna -queryname NZ_KI2592031.343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592031.343.fna -queryname NZ_KI2592031.343
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591701.344.fna -queryname NZ_KI2591701.344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591701.344.fna -queryname NZ_KI2591701.344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591701.344.fna -queryname NZ_KI2591701.344
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591311.345.fna -queryname NZ_KI2591311.345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591311.345.fna -queryname NZ_KI2591311.345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591311.345.fna -queryname NZ_KI2591311.345
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592101.346.fna -queryname NZ_KI2592101.346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592101.346.fna -queryname NZ_KI2592101.346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592101.346.fna -queryname NZ_KI2592101.346
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591351.347.fna -queryname NZ_KI2591351.347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591351.347.fna -queryname NZ_KI2591351.347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591351.347.fna -queryname NZ_KI2591351.347
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591261.348.fna -queryname NZ_KI2591261.348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591261.348.fna -queryname NZ_KI2591261.348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591261.348.fna -queryname NZ_KI2591261.348
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000531.34.fna -queryname NZ_AJZS010000531.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000531.34.fna -queryname NZ_AJZS010000531.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000531.34.fna -queryname NZ_AJZS010000531.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591921.349.fna -queryname NZ_KI2591921.349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591921.349.fna -queryname NZ_KI2591921.349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591921.349.fna -queryname NZ_KI2591921.349
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591031.350.fna -queryname NZ_KI2591031.350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591031.350.fna -queryname NZ_KI2591031.350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591031.350.fna -queryname NZ_KI2591031.350
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591871.351.fna -queryname NZ_KI2591871.351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591871.351.fna -queryname NZ_KI2591871.351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591871.351.fna -queryname NZ_KI2591871.351
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591081.352.fna -queryname NZ_KI2591081.352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591081.352.fna -queryname NZ_KI2591081.352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591081.352.fna -queryname NZ_KI2591081.352
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591911.353.fna -queryname NZ_KI2591911.353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591911.353.fna -queryname NZ_KI2591911.353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591911.353.fna -queryname NZ_KI2591911.353
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591131.354.fna -queryname NZ_KI2591131.354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591131.354.fna -queryname NZ_KI2591131.354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591131.354.fna -queryname NZ_KI2591131.354
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591111.355.fna -queryname NZ_KI2591111.355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591111.355.fna -queryname NZ_KI2591111.355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591111.355.fna -queryname NZ_KI2591111.355
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591201.356.fna -queryname NZ_KI2591201.356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591201.356.fna -queryname NZ_KI2591201.356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591201.356.fna -queryname NZ_KI2591201.356
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592131.357.fna -queryname NZ_KI2592131.357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592131.357.fna -queryname NZ_KI2592131.357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592131.357.fna -queryname NZ_KI2592131.357
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591631.358.fna -queryname NZ_KI2591631.358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591631.358.fna -queryname NZ_KI2591631.358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591631.358.fna -queryname NZ_KI2591631.358
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000411.35.fna -queryname NZ_AJZS010000411.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000411.35.fna -queryname NZ_AJZS010000411.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000411.35.fna -queryname NZ_AJZS010000411.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592111.359.fna -queryname NZ_KI2592111.359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592111.359.fna -queryname NZ_KI2592111.359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592111.359.fna -queryname NZ_KI2592111.359
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591471.360.fna -queryname NZ_KI2591471.360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591471.360.fna -queryname NZ_KI2591471.360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591471.360.fna -queryname NZ_KI2591471.360
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592191.361.fna -queryname NZ_KI2592191.361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592191.361.fna -queryname NZ_KI2592191.361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592191.361.fna -queryname NZ_KI2592191.361
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592001.362.fna -queryname NZ_KI2592001.362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592001.362.fna -queryname NZ_KI2592001.362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592001.362.fna -queryname NZ_KI2592001.362
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591391.363.fna -queryname NZ_KI2591391.363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591391.363.fna -queryname NZ_KI2591391.363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591391.363.fna -queryname NZ_KI2591391.363
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591591.364.fna -queryname NZ_KI2591591.364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591591.364.fna -queryname NZ_KI2591591.364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591591.364.fna -queryname NZ_KI2591591.364
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592141.365.fna -queryname NZ_KI2592141.365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592141.365.fna -queryname NZ_KI2592141.365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592141.365.fna -queryname NZ_KI2592141.365
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591971.366.fna -queryname NZ_KI2591971.366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591971.366.fna -queryname NZ_KI2591971.366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591971.366.fna -queryname NZ_KI2591971.366
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591341.367.fna -queryname NZ_KI2591341.367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591341.367.fna -queryname NZ_KI2591341.367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591341.367.fna -queryname NZ_KI2591341.367
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591331.368.fna -queryname NZ_KI2591331.368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591331.368.fna -queryname NZ_KI2591331.368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591331.368.fna -queryname NZ_KI2591331.368
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000751.36.fna -queryname NZ_AJZS010000751.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000751.36.fna -queryname NZ_AJZS010000751.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000751.36.fna -queryname NZ_AJZS010000751.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591271.369.fna -queryname NZ_KI2591271.369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591271.369.fna -queryname NZ_KI2591271.369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591271.369.fna -queryname NZ_KI2591271.369
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592121.370.fna -queryname NZ_KI2592121.370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592121.370.fna -queryname NZ_KI2592121.370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592121.370.fna -queryname NZ_KI2592121.370
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591171.371.fna -queryname NZ_KI2591171.371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591171.371.fna -queryname NZ_KI2591171.371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591171.371.fna -queryname NZ_KI2591171.371
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591731.372.fna -queryname NZ_KI2591731.372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591731.372.fna -queryname NZ_KI2591731.372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591731.372.fna -queryname NZ_KI2591731.372
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591561.373.fna -queryname NZ_KI2591561.373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591561.373.fna -queryname NZ_KI2591561.373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591561.373.fna -queryname NZ_KI2591561.373
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592071.374.fna -queryname NZ_KI2592071.374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592071.374.fna -queryname NZ_KI2592071.374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592071.374.fna -queryname NZ_KI2592071.374
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591101.375.fna -queryname NZ_KI2591101.375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591101.375.fna -queryname NZ_KI2591101.375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591101.375.fna -queryname NZ_KI2591101.375
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591301.376.fna -queryname NZ_KI2591301.376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591301.376.fna -queryname NZ_KI2591301.376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591301.376.fna -queryname NZ_KI2591301.376
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591721.377.fna -queryname NZ_KI2591721.377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591721.377.fna -queryname NZ_KI2591721.377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591721.377.fna -queryname NZ_KI2591721.377
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591601.378.fna -queryname NZ_KI2591601.378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591601.378.fna -queryname NZ_KI2591601.378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591601.378.fna -queryname NZ_KI2591601.378
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000121.37.fna -queryname NZ_AJZS010000121.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000121.37.fna -queryname NZ_AJZS010000121.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000121.37.fna -queryname NZ_AJZS010000121.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591251.379.fna -queryname NZ_KI2591251.379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591251.379.fna -queryname NZ_KI2591251.379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591251.379.fna -queryname NZ_KI2591251.379
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591421.380.fna -queryname NZ_KI2591421.380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591421.380.fna -queryname NZ_KI2591421.380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591421.380.fna -queryname NZ_KI2591421.380
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591931.381.fna -queryname NZ_KI2591931.381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591931.381.fna -queryname NZ_KI2591931.381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591931.381.fna -queryname NZ_KI2591931.381
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591481.382.fna -queryname NZ_KI2591481.382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591481.382.fna -queryname NZ_KI2591481.382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591481.382.fna -queryname NZ_KI2591481.382
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591571.383.fna -queryname NZ_KI2591571.383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591571.383.fna -queryname NZ_KI2591571.383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591571.383.fna -queryname NZ_KI2591571.383
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591691.384.fna -queryname NZ_KI2591691.384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591691.384.fna -queryname NZ_KI2591691.384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591691.384.fna -queryname NZ_KI2591691.384
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591861.385.fna -queryname NZ_KI2591861.385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591861.385.fna -queryname NZ_KI2591861.385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591861.385.fna -queryname NZ_KI2591861.385
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591441.386.fna -queryname NZ_KI2591441.386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591441.386.fna -queryname NZ_KI2591441.386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591441.386.fna -queryname NZ_KI2591441.386
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591981.387.fna -queryname NZ_KI2591981.387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591981.387.fna -queryname NZ_KI2591981.387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591981.387.fna -queryname NZ_KI2591981.387
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591581.388.fna -queryname NZ_KI2591581.388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591581.388.fna -queryname NZ_KI2591581.388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591581.388.fna -queryname NZ_KI2591581.388
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000171.38.fna -queryname NZ_AJZS010000171.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000171.38.fna -queryname NZ_AJZS010000171.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000171.38.fna -queryname NZ_AJZS010000171.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592171.389.fna -queryname NZ_KI2592171.389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592171.389.fna -queryname NZ_KI2592171.389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2592171.389.fna -queryname NZ_KI2592171.389
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591241.390.fna -queryname NZ_KI2591241.390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591241.390.fna -queryname NZ_KI2591241.390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591241.390.fna -queryname NZ_KI2591241.390
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591941.391.fna -queryname NZ_KI2591941.391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591941.391.fna -queryname NZ_KI2591941.391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2591941.391.fna -queryname NZ_KI2591941.391
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599551.392.fna -queryname NZ_KI2599551.392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599551.392.fna -queryname NZ_KI2599551.392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599551.392.fna -queryname NZ_KI2599551.392
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599081.393.fna -queryname NZ_KI2599081.393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599081.393.fna -queryname NZ_KI2599081.393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599081.393.fna -queryname NZ_KI2599081.393
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598831.394.fna -queryname NZ_KI2598831.394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598831.394.fna -queryname NZ_KI2598831.394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598831.394.fna -queryname NZ_KI2598831.394
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599541.395.fna -queryname NZ_KI2599541.395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599541.395.fna -queryname NZ_KI2599541.395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599541.395.fna -queryname NZ_KI2599541.395
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599561.396.fna -queryname NZ_KI2599561.396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599561.396.fna -queryname NZ_KI2599561.396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599561.396.fna -queryname NZ_KI2599561.396
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598901.397.fna -queryname NZ_KI2598901.397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598901.397.fna -queryname NZ_KI2598901.397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598901.397.fna -queryname NZ_KI2598901.397
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599251.398.fna -queryname NZ_KI2599251.398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599251.398.fna -queryname NZ_KI2599251.398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599251.398.fna -queryname NZ_KI2599251.398
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000621.3.fna -queryname NZ_AJZS010000621.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000621.3.fna -queryname NZ_AJZS010000621.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000621.3.fna -queryname NZ_AJZS010000621.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000341.39.fna -queryname NZ_AJZS010000341.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000341.39.fna -queryname NZ_AJZS010000341.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000341.39.fna -queryname NZ_AJZS010000341.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598851.399.fna -queryname NZ_KI2598851.399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598851.399.fna -queryname NZ_KI2598851.399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598851.399.fna -queryname NZ_KI2598851.399
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599701.400.fna -queryname NZ_KI2599701.400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599701.400.fna -queryname NZ_KI2599701.400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599701.400.fna -queryname NZ_KI2599701.400
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599311.401.fna -queryname NZ_KI2599311.401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599311.401.fna -queryname NZ_KI2599311.401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599311.401.fna -queryname NZ_KI2599311.401
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599781.402.fna -queryname NZ_KI2599781.402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599781.402.fna -queryname NZ_KI2599781.402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599781.402.fna -queryname NZ_KI2599781.402
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599581.403.fna -queryname NZ_KI2599581.403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599581.403.fna -queryname NZ_KI2599581.403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599581.403.fna -queryname NZ_KI2599581.403
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598701.404.fna -queryname NZ_KI2598701.404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598701.404.fna -queryname NZ_KI2598701.404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598701.404.fna -queryname NZ_KI2598701.404
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599641.405.fna -queryname NZ_KI2599641.405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599641.405.fna -queryname NZ_KI2599641.405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599641.405.fna -queryname NZ_KI2599641.405
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598971.406.fna -queryname NZ_KI2598971.406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598971.406.fna -queryname NZ_KI2598971.406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598971.406.fna -queryname NZ_KI2598971.406
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598771.407.fna -queryname NZ_KI2598771.407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598771.407.fna -queryname NZ_KI2598771.407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598771.407.fna -queryname NZ_KI2598771.407
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599671.408.fna -queryname NZ_KI2599671.408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599671.408.fna -queryname NZ_KI2599671.408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599671.408.fna -queryname NZ_KI2599671.408
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000951.40.fna -queryname NZ_AJZS010000951.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000951.40.fna -queryname NZ_AJZS010000951.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000951.40.fna -queryname NZ_AJZS010000951.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599521.409.fna -queryname NZ_KI2599521.409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599521.409.fna -queryname NZ_KI2599521.409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599521.409.fna -queryname NZ_KI2599521.409
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598991.410.fna -queryname NZ_KI2598991.410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598991.410.fna -queryname NZ_KI2598991.410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598991.410.fna -queryname NZ_KI2598991.410
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598931.411.fna -queryname NZ_KI2598931.411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598931.411.fna -queryname NZ_KI2598931.411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598931.411.fna -queryname NZ_KI2598931.411
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599411.412.fna -queryname NZ_KI2599411.412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599411.412.fna -queryname NZ_KI2599411.412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599411.412.fna -queryname NZ_KI2599411.412
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599101.413.fna -queryname NZ_KI2599101.413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599101.413.fna -queryname NZ_KI2599101.413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599101.413.fna -queryname NZ_KI2599101.413
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599771.414.fna -queryname NZ_KI2599771.414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599771.414.fna -queryname NZ_KI2599771.414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599771.414.fna -queryname NZ_KI2599771.414
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599331.415.fna -queryname NZ_KI2599331.415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599331.415.fna -queryname NZ_KI2599331.415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599331.415.fna -queryname NZ_KI2599331.415
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598871.416.fna -queryname NZ_KI2598871.416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598871.416.fna -queryname NZ_KI2598871.416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598871.416.fna -queryname NZ_KI2598871.416
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599591.417.fna -queryname NZ_KI2599591.417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599591.417.fna -queryname NZ_KI2599591.417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599591.417.fna -queryname NZ_KI2599591.417
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599361.418.fna -queryname NZ_KI2599361.418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599361.418.fna -queryname NZ_KI2599361.418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599361.418.fna -queryname NZ_KI2599361.418
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000221.41.fna -queryname NZ_AJZS010000221.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000221.41.fna -queryname NZ_AJZS010000221.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000221.41.fna -queryname NZ_AJZS010000221.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599401.419.fna -queryname NZ_KI2599401.419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599401.419.fna -queryname NZ_KI2599401.419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599401.419.fna -queryname NZ_KI2599401.419
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599171.420.fna -queryname NZ_KI2599171.420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599171.420.fna -queryname NZ_KI2599171.420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599171.420.fna -queryname NZ_KI2599171.420
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599501.421.fna -queryname NZ_KI2599501.421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599501.421.fna -queryname NZ_KI2599501.421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599501.421.fna -queryname NZ_KI2599501.421
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598811.422.fna -queryname NZ_KI2598811.422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598811.422.fna -queryname NZ_KI2598811.422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598811.422.fna -queryname NZ_KI2598811.422
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599431.423.fna -queryname NZ_KI2599431.423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599431.423.fna -queryname NZ_KI2599431.423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599431.423.fna -queryname NZ_KI2599431.423
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598721.424.fna -queryname NZ_KI2598721.424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598721.424.fna -queryname NZ_KI2598721.424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598721.424.fna -queryname NZ_KI2598721.424
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599231.425.fna -queryname NZ_KI2599231.425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599231.425.fna -queryname NZ_KI2599231.425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599231.425.fna -queryname NZ_KI2599231.425
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599281.426.fna -queryname NZ_KI2599281.426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599281.426.fna -queryname NZ_KI2599281.426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599281.426.fna -queryname NZ_KI2599281.426
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599141.427.fna -queryname NZ_KI2599141.427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599141.427.fna -queryname NZ_KI2599141.427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599141.427.fna -queryname NZ_KI2599141.427
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598861.428.fna -queryname NZ_KI2598861.428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598861.428.fna -queryname NZ_KI2598861.428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598861.428.fna -queryname NZ_KI2598861.428
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000611.42.fna -queryname NZ_AJZS010000611.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000611.42.fna -queryname NZ_AJZS010000611.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000611.42.fna -queryname NZ_AJZS010000611.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598711.429.fna -queryname NZ_KI2598711.429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598711.429.fna -queryname NZ_KI2598711.429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598711.429.fna -queryname NZ_KI2598711.429
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599291.430.fna -queryname NZ_KI2599291.430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599291.430.fna -queryname NZ_KI2599291.430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599291.430.fna -queryname NZ_KI2599291.430
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598911.431.fna -queryname NZ_KI2598911.431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598911.431.fna -queryname NZ_KI2598911.431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598911.431.fna -queryname NZ_KI2598911.431
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599751.432.fna -queryname NZ_KI2599751.432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599751.432.fna -queryname NZ_KI2599751.432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599751.432.fna -queryname NZ_KI2599751.432
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598881.433.fna -queryname NZ_KI2598881.433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598881.433.fna -queryname NZ_KI2598881.433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598881.433.fna -queryname NZ_KI2598881.433
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599301.434.fna -queryname NZ_KI2599301.434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599301.434.fna -queryname NZ_KI2599301.434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599301.434.fna -queryname NZ_KI2599301.434
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598981.435.fna -queryname NZ_KI2598981.435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598981.435.fna -queryname NZ_KI2598981.435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598981.435.fna -queryname NZ_KI2598981.435
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599161.436.fna -queryname NZ_KI2599161.436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599161.436.fna -queryname NZ_KI2599161.436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599161.436.fna -queryname NZ_KI2599161.436
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599471.437.fna -queryname NZ_KI2599471.437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599471.437.fna -queryname NZ_KI2599471.437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599471.437.fna -queryname NZ_KI2599471.437
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599001.438.fna -queryname NZ_KI2599001.438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599001.438.fna -queryname NZ_KI2599001.438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599001.438.fna -queryname NZ_KI2599001.438
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000051.43.fna -queryname NZ_AJZS010000051.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000051.43.fna -queryname NZ_AJZS010000051.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000051.43.fna -queryname NZ_AJZS010000051.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599181.439.fna -queryname NZ_KI2599181.439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599181.439.fna -queryname NZ_KI2599181.439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599181.439.fna -queryname NZ_KI2599181.439
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599531.440.fna -queryname NZ_KI2599531.440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599531.440.fna -queryname NZ_KI2599531.440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599531.440.fna -queryname NZ_KI2599531.440
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599621.441.fna -queryname NZ_KI2599621.441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599621.441.fna -queryname NZ_KI2599621.441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599621.441.fna -queryname NZ_KI2599621.441
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598731.442.fna -queryname NZ_KI2598731.442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598731.442.fna -queryname NZ_KI2598731.442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598731.442.fna -queryname NZ_KI2598731.442
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599341.443.fna -queryname NZ_KI2599341.443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599341.443.fna -queryname NZ_KI2599341.443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599341.443.fna -queryname NZ_KI2599341.443
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599261.444.fna -queryname NZ_KI2599261.444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599261.444.fna -queryname NZ_KI2599261.444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599261.444.fna -queryname NZ_KI2599261.444
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599711.445.fna -queryname NZ_KI2599711.445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599711.445.fna -queryname NZ_KI2599711.445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599711.445.fna -queryname NZ_KI2599711.445
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599391.446.fna -queryname NZ_KI2599391.446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599391.446.fna -queryname NZ_KI2599391.446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599391.446.fna -queryname NZ_KI2599391.446
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598661.447.fna -queryname NZ_KI2598661.447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598661.447.fna -queryname NZ_KI2598661.447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598661.447.fna -queryname NZ_KI2598661.447
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.fna -queryname NZ_KI2599351.448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.fna -queryname NZ_KI2599351.448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.fna -queryname NZ_KI2599351.448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.AOI.fna -queryname NZ_KI2599351.448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599351.448.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2599351.448
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2599351.448.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001021.44.fna -queryname NZ_AJZS010001021.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001021.44.fna -queryname NZ_AJZS010001021.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001021.44.fna -queryname NZ_AJZS010001021.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599721.449.fna -queryname NZ_KI2599721.449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599721.449.fna -queryname NZ_KI2599721.449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599721.449.fna -queryname NZ_KI2599721.449
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598891.450.fna -queryname NZ_KI2598891.450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598891.450.fna -queryname NZ_KI2598891.450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598891.450.fna -queryname NZ_KI2598891.450
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599691.451.fna -queryname NZ_KI2599691.451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599691.451.fna -queryname NZ_KI2599691.451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599691.451.fna -queryname NZ_KI2599691.451
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599191.452.fna -queryname NZ_KI2599191.452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599191.452.fna -queryname NZ_KI2599191.452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599191.452.fna -queryname NZ_KI2599191.452
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599131.453.fna -queryname NZ_KI2599131.453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599131.453.fna -queryname NZ_KI2599131.453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599131.453.fna -queryname NZ_KI2599131.453
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599151.454.fna -queryname NZ_KI2599151.454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599151.454.fna -queryname NZ_KI2599151.454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599151.454.fna -queryname NZ_KI2599151.454
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599631.455.fna -queryname NZ_KI2599631.455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599631.455.fna -queryname NZ_KI2599631.455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599631.455.fna -queryname NZ_KI2599631.455
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599571.456.fna -queryname NZ_KI2599571.456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599571.456.fna -queryname NZ_KI2599571.456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599571.456.fna -queryname NZ_KI2599571.456
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599461.457.fna -queryname NZ_KI2599461.457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599461.457.fna -queryname NZ_KI2599461.457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599461.457.fna -queryname NZ_KI2599461.457
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598761.458.fna -queryname NZ_KI2598761.458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598761.458.fna -queryname NZ_KI2598761.458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598761.458.fna -queryname NZ_KI2598761.458
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000821.45.fna -queryname NZ_AJZS010000821.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000821.45.fna -queryname NZ_AJZS010000821.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000821.45.fna -queryname NZ_AJZS010000821.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599121.459.fna -queryname NZ_KI2599121.459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599121.459.fna -queryname NZ_KI2599121.459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599121.459.fna -queryname NZ_KI2599121.459
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599201.460.fna -queryname NZ_KI2599201.460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599201.460.fna -queryname NZ_KI2599201.460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599201.460.fna -queryname NZ_KI2599201.460
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599611.461.fna -queryname NZ_KI2599611.461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599611.461.fna -queryname NZ_KI2599611.461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599611.461.fna -queryname NZ_KI2599611.461
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599221.462.fna -queryname NZ_KI2599221.462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599221.462.fna -queryname NZ_KI2599221.462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599221.462.fna -queryname NZ_KI2599221.462
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599421.463.fna -queryname NZ_KI2599421.463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599421.463.fna -queryname NZ_KI2599421.463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599421.463.fna -queryname NZ_KI2599421.463
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599601.464.fna -queryname NZ_KI2599601.464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599601.464.fna -queryname NZ_KI2599601.464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599601.464.fna -queryname NZ_KI2599601.464
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599071.465.fna -queryname NZ_KI2599071.465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599071.465.fna -queryname NZ_KI2599071.465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599071.465.fna -queryname NZ_KI2599071.465
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599091.466.fna -queryname NZ_KI2599091.466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599091.466.fna -queryname NZ_KI2599091.466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599091.466.fna -queryname NZ_KI2599091.466
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599061.467.fna -queryname NZ_KI2599061.467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599061.467.fna -queryname NZ_KI2599061.467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599061.467.fna -queryname NZ_KI2599061.467
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599371.468.fna -queryname NZ_KI2599371.468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599371.468.fna -queryname NZ_KI2599371.468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599371.468.fna -queryname NZ_KI2599371.468
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000991.46.fna -queryname NZ_AJZS010000991.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000991.46.fna -queryname NZ_AJZS010000991.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000991.46.fna -queryname NZ_AJZS010000991.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598961.469.fna -queryname NZ_KI2598961.469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598961.469.fna -queryname NZ_KI2598961.469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598961.469.fna -queryname NZ_KI2598961.469
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599481.470.fna -queryname NZ_KI2599481.470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599481.470.fna -queryname NZ_KI2599481.470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599481.470.fna -queryname NZ_KI2599481.470
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598671.471.fna -queryname NZ_KI2598671.471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598671.471.fna -queryname NZ_KI2598671.471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598671.471.fna -queryname NZ_KI2598671.471
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599271.472.fna -queryname NZ_KI2599271.472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599271.472.fna -queryname NZ_KI2599271.472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599271.472.fna -queryname NZ_KI2599271.472
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599241.473.fna -queryname NZ_KI2599241.473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599241.473.fna -queryname NZ_KI2599241.473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599241.473.fna -queryname NZ_KI2599241.473
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598681.474.fna -queryname NZ_KI2598681.474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598681.474.fna -queryname NZ_KI2598681.474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598681.474.fna -queryname NZ_KI2598681.474
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598741.475.fna -queryname NZ_KI2598741.475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598741.475.fna -queryname NZ_KI2598741.475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598741.475.fna -queryname NZ_KI2598741.475
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599451.476.fna -queryname NZ_KI2599451.476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599451.476.fna -queryname NZ_KI2599451.476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599451.476.fna -queryname NZ_KI2599451.476
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599321.477.fna -queryname NZ_KI2599321.477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599321.477.fna -queryname NZ_KI2599321.477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599321.477.fna -queryname NZ_KI2599321.477
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598801.478.fna -queryname NZ_KI2598801.478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598801.478.fna -queryname NZ_KI2598801.478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598801.478.fna -queryname NZ_KI2598801.478
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000481.47.fna -queryname NZ_AJZS010000481.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000481.47.fna -queryname NZ_AJZS010000481.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000481.47.fna -queryname NZ_AJZS010000481.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599041.479.fna -queryname NZ_KI2599041.479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599041.479.fna -queryname NZ_KI2599041.479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599041.479.fna -queryname NZ_KI2599041.479
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599491.480.fna -queryname NZ_KI2599491.480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599491.480.fna -queryname NZ_KI2599491.480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599491.480.fna -queryname NZ_KI2599491.480
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598821.481.fna -queryname NZ_KI2598821.481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598821.481.fna -queryname NZ_KI2598821.481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598821.481.fna -queryname NZ_KI2598821.481
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598691.482.fna -queryname NZ_KI2598691.482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598691.482.fna -queryname NZ_KI2598691.482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598691.482.fna -queryname NZ_KI2598691.482
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599021.483.fna -queryname NZ_KI2599021.483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599021.483.fna -queryname NZ_KI2599021.483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599021.483.fna -queryname NZ_KI2599021.483
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599511.484.fna -queryname NZ_KI2599511.484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599511.484.fna -queryname NZ_KI2599511.484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599511.484.fna -queryname NZ_KI2599511.484
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598841.485.fna -queryname NZ_KI2598841.485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598841.485.fna -queryname NZ_KI2598841.485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2598841.485.fna -queryname NZ_KI2598841.485
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601091.486.fna -queryname NZ_KI2601091.486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601091.486.fna -queryname NZ_KI2601091.486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601091.486.fna -queryname NZ_KI2601091.486
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600531.487.fna -queryname NZ_KI2600531.487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600531.487.fna -queryname NZ_KI2600531.487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600531.487.fna -queryname NZ_KI2600531.487
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601491.488.fna -queryname NZ_KI2601491.488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601491.488.fna -queryname NZ_KI2601491.488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601491.488.fna -queryname NZ_KI2601491.488
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000941.48.fna -queryname NZ_AJZS010000941.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000941.48.fna -queryname NZ_AJZS010000941.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000941.48.fna -queryname NZ_AJZS010000941.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600881.489.fna -queryname NZ_KI2600881.489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600881.489.fna -queryname NZ_KI2600881.489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600881.489.fna -queryname NZ_KI2600881.489
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601661.490.fna -queryname NZ_KI2601661.490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601661.490.fna -queryname NZ_KI2601661.490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601661.490.fna -queryname NZ_KI2601661.490
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600321.491.fna -queryname NZ_KI2600321.491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600321.491.fna -queryname NZ_KI2600321.491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600321.491.fna -queryname NZ_KI2600321.491
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600691.492.fna -queryname NZ_KI2600691.492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600691.492.fna -queryname NZ_KI2600691.492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600691.492.fna -queryname NZ_KI2600691.492
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601601.493.fna -queryname NZ_KI2601601.493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601601.493.fna -queryname NZ_KI2601601.493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601601.493.fna -queryname NZ_KI2601601.493
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599791.494.fna -queryname NZ_KI2599791.494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599791.494.fna -queryname NZ_KI2599791.494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599791.494.fna -queryname NZ_KI2599791.494
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600481.495.fna -queryname NZ_KI2600481.495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600481.495.fna -queryname NZ_KI2600481.495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600481.495.fna -queryname NZ_KI2600481.495
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600551.496.fna -queryname NZ_KI2600551.496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600551.496.fna -queryname NZ_KI2600551.496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600551.496.fna -queryname NZ_KI2600551.496
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600361.497.fna -queryname NZ_KI2600361.497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600361.497.fna -queryname NZ_KI2600361.497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600361.497.fna -queryname NZ_KI2600361.497
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600651.498.fna -queryname NZ_KI2600651.498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600651.498.fna -queryname NZ_KI2600651.498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600651.498.fna -queryname NZ_KI2600651.498
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000031.4.fna -queryname NZ_AJZS010000031.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000031.4.fna -queryname NZ_AJZS010000031.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000031.4.fna -queryname NZ_AJZS010000031.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.fna -queryname NZ_AJZS010000151.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.fna -queryname NZ_AJZS010000151.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.fna -queryname NZ_AJZS010000151.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.AOI.fna -queryname NZ_AJZS010000151.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000151.49.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_AJZS010000151.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_AJZS010000151.49.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599861.499.fna -queryname NZ_KI2599861.499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599861.499.fna -queryname NZ_KI2599861.499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599861.499.fna -queryname NZ_KI2599861.499
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600661.500.fna -queryname NZ_KI2600661.500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600661.500.fna -queryname NZ_KI2600661.500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600661.500.fna -queryname NZ_KI2600661.500
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600681.501.fna -queryname NZ_KI2600681.501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600681.501.fna -queryname NZ_KI2600681.501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600681.501.fna -queryname NZ_KI2600681.501
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601421.502.fna -queryname NZ_KI2601421.502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601421.502.fna -queryname NZ_KI2601421.502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601421.502.fna -queryname NZ_KI2601421.502
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601701.503.fna -queryname NZ_KI2601701.503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601701.503.fna -queryname NZ_KI2601701.503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601701.503.fna -queryname NZ_KI2601701.503
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601101.504.fna -queryname NZ_KI2601101.504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601101.504.fna -queryname NZ_KI2601101.504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601101.504.fna -queryname NZ_KI2601101.504
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601451.505.fna -queryname NZ_KI2601451.505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601451.505.fna -queryname NZ_KI2601451.505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601451.505.fna -queryname NZ_KI2601451.505
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600091.506.fna -queryname NZ_KI2600091.506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600091.506.fna -queryname NZ_KI2600091.506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600091.506.fna -queryname NZ_KI2600091.506
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600841.507.fna -queryname NZ_KI2600841.507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600841.507.fna -queryname NZ_KI2600841.507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600841.507.fna -queryname NZ_KI2600841.507
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600101.508.fna -queryname NZ_KI2600101.508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600101.508.fna -queryname NZ_KI2600101.508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600101.508.fna -queryname NZ_KI2600101.508
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000551.50.fna -queryname NZ_AJZS010000551.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000551.50.fna -queryname NZ_AJZS010000551.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000551.50.fna -queryname NZ_AJZS010000551.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600011.509.fna -queryname NZ_KI2600011.509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600011.509.fna -queryname NZ_KI2600011.509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600011.509.fna -queryname NZ_KI2600011.509
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601251.510.fna -queryname NZ_KI2601251.510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601251.510.fna -queryname NZ_KI2601251.510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601251.510.fna -queryname NZ_KI2601251.510
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600641.511.fna -queryname NZ_KI2600641.511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600641.511.fna -queryname NZ_KI2600641.511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600641.511.fna -queryname NZ_KI2600641.511
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600611.512.fna -queryname NZ_KI2600611.512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600611.512.fna -queryname NZ_KI2600611.512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600611.512.fna -queryname NZ_KI2600611.512
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601311.513.fna -queryname NZ_KI2601311.513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601311.513.fna -queryname NZ_KI2601311.513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601311.513.fna -queryname NZ_KI2601311.513
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600221.514.fna -queryname NZ_KI2600221.514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600221.514.fna -queryname NZ_KI2600221.514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600221.514.fna -queryname NZ_KI2600221.514
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600421.515.fna -queryname NZ_KI2600421.515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600421.515.fna -queryname NZ_KI2600421.515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600421.515.fna -queryname NZ_KI2600421.515
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601471.516.fna -queryname NZ_KI2601471.516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601471.516.fna -queryname NZ_KI2601471.516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601471.516.fna -queryname NZ_KI2601471.516
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600731.517.fna -queryname NZ_KI2600731.517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600731.517.fna -queryname NZ_KI2600731.517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600731.517.fna -queryname NZ_KI2600731.517
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601281.518.fna -queryname NZ_KI2601281.518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601281.518.fna -queryname NZ_KI2601281.518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601281.518.fna -queryname NZ_KI2601281.518
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000961.51.fna -queryname NZ_AJZS010000961.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000961.51.fna -queryname NZ_AJZS010000961.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000961.51.fna -queryname NZ_AJZS010000961.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600261.519.fna -queryname NZ_KI2600261.519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600261.519.fna -queryname NZ_KI2600261.519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600261.519.fna -queryname NZ_KI2600261.519
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600181.520.fna -queryname NZ_KI2600181.520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600181.520.fna -queryname NZ_KI2600181.520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600181.520.fna -queryname NZ_KI2600181.520
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600711.521.fna -queryname NZ_KI2600711.521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600711.521.fna -queryname NZ_KI2600711.521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600711.521.fna -queryname NZ_KI2600711.521
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600201.522.fna -queryname NZ_KI2600201.522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600201.522.fna -queryname NZ_KI2600201.522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600201.522.fna -queryname NZ_KI2600201.522
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600511.523.fna -queryname NZ_KI2600511.523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600511.523.fna -queryname NZ_KI2600511.523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600511.523.fna -queryname NZ_KI2600511.523
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600581.524.fna -queryname NZ_KI2600581.524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600581.524.fna -queryname NZ_KI2600581.524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600581.524.fna -queryname NZ_KI2600581.524
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600311.525.fna -queryname NZ_KI2600311.525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600311.525.fna -queryname NZ_KI2600311.525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600311.525.fna -queryname NZ_KI2600311.525
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601361.526.fna -queryname NZ_KI2601361.526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601361.526.fna -queryname NZ_KI2601361.526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601361.526.fna -queryname NZ_KI2601361.526
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599931.527.fna -queryname NZ_KI2599931.527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599931.527.fna -queryname NZ_KI2599931.527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599931.527.fna -queryname NZ_KI2599931.527
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601621.528.fna -queryname NZ_KI2601621.528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601621.528.fna -queryname NZ_KI2601621.528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601621.528.fna -queryname NZ_KI2601621.528
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000161.52.fna -queryname NZ_AJZS010000161.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000161.52.fna -queryname NZ_AJZS010000161.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000161.52.fna -queryname NZ_AJZS010000161.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600871.529.fna -queryname NZ_KI2600871.529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600871.529.fna -queryname NZ_KI2600871.529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600871.529.fna -queryname NZ_KI2600871.529
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601611.530.fna -queryname NZ_KI2601611.530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601611.530.fna -queryname NZ_KI2601611.530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601611.530.fna -queryname NZ_KI2601611.530
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601011.531.fna -queryname NZ_KI2601011.531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601011.531.fna -queryname NZ_KI2601011.531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601011.531.fna -queryname NZ_KI2601011.531
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600821.532.fna -queryname NZ_KI2600821.532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600821.532.fna -queryname NZ_KI2600821.532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600821.532.fna -queryname NZ_KI2600821.532
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600391.533.fna -queryname NZ_KI2600391.533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600391.533.fna -queryname NZ_KI2600391.533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600391.533.fna -queryname NZ_KI2600391.533
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600141.534.fna -queryname NZ_KI2600141.534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600141.534.fna -queryname NZ_KI2600141.534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600141.534.fna -queryname NZ_KI2600141.534
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601321.535.fna -queryname NZ_KI2601321.535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601321.535.fna -queryname NZ_KI2601321.535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601321.535.fna -queryname NZ_KI2601321.535
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600831.536.fna -queryname NZ_KI2600831.536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600831.536.fna -queryname NZ_KI2600831.536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600831.536.fna -queryname NZ_KI2600831.536
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600491.537.fna -queryname NZ_KI2600491.537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600491.537.fna -queryname NZ_KI2600491.537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600491.537.fna -queryname NZ_KI2600491.537
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601161.538.fna -queryname NZ_KI2601161.538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601161.538.fna -queryname NZ_KI2601161.538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601161.538.fna -queryname NZ_KI2601161.538
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000871.53.fna -queryname NZ_AJZS010000871.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000871.53.fna -queryname NZ_AJZS010000871.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000871.53.fna -queryname NZ_AJZS010000871.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601141.539.fna -queryname NZ_KI2601141.539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601141.539.fna -queryname NZ_KI2601141.539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601141.539.fna -queryname NZ_KI2601141.539
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600801.540.fna -queryname NZ_KI2600801.540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600801.540.fna -queryname NZ_KI2600801.540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600801.540.fna -queryname NZ_KI2600801.540
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601131.541.fna -queryname NZ_KI2601131.541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601131.541.fna -queryname NZ_KI2601131.541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601131.541.fna -queryname NZ_KI2601131.541
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600671.542.fna -queryname NZ_KI2600671.542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600671.542.fna -queryname NZ_KI2600671.542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600671.542.fna -queryname NZ_KI2600671.542
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600571.543.fna -queryname NZ_KI2600571.543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600571.543.fna -queryname NZ_KI2600571.543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600571.543.fna -queryname NZ_KI2600571.543
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601261.544.fna -queryname NZ_KI2601261.544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601261.544.fna -queryname NZ_KI2601261.544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601261.544.fna -queryname NZ_KI2601261.544
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600061.545.fna -queryname NZ_KI2600061.545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600061.545.fna -queryname NZ_KI2600061.545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600061.545.fna -queryname NZ_KI2600061.545
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600111.546.fna -queryname NZ_KI2600111.546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600111.546.fna -queryname NZ_KI2600111.546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600111.546.fna -queryname NZ_KI2600111.546
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599801.547.fna -queryname NZ_KI2599801.547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599801.547.fna -queryname NZ_KI2599801.547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599801.547.fna -queryname NZ_KI2599801.547
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600701.548.fna -queryname NZ_KI2600701.548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600701.548.fna -queryname NZ_KI2600701.548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600701.548.fna -queryname NZ_KI2600701.548
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000711.54.fna -queryname NZ_AJZS010000711.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000711.54.fna -queryname NZ_AJZS010000711.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000711.54.fna -queryname NZ_AJZS010000711.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601581.549.fna -queryname NZ_KI2601581.549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601581.549.fna -queryname NZ_KI2601581.549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601581.549.fna -queryname NZ_KI2601581.549
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600931.550.fna -queryname NZ_KI2600931.550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600931.550.fna -queryname NZ_KI2600931.550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600931.550.fna -queryname NZ_KI2600931.550
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600861.551.fna -queryname NZ_KI2600861.551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600861.551.fna -queryname NZ_KI2600861.551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600861.551.fna -queryname NZ_KI2600861.551
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600231.552.fna -queryname NZ_KI2600231.552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600231.552.fna -queryname NZ_KI2600231.552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600231.552.fna -queryname NZ_KI2600231.552
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601041.553.fna -queryname NZ_KI2601041.553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601041.553.fna -queryname NZ_KI2601041.553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601041.553.fna -queryname NZ_KI2601041.553
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601571.554.fna -queryname NZ_KI2601571.554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601571.554.fna -queryname NZ_KI2601571.554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601571.554.fna -queryname NZ_KI2601571.554
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601021.555.fna -queryname NZ_KI2601021.555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601021.555.fna -queryname NZ_KI2601021.555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601021.555.fna -queryname NZ_KI2601021.555
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600631.556.fna -queryname NZ_KI2600631.556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600631.556.fna -queryname NZ_KI2600631.556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600631.556.fna -queryname NZ_KI2600631.556
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600401.557.fna -queryname NZ_KI2600401.557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600401.557.fna -queryname NZ_KI2600401.557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600401.557.fna -queryname NZ_KI2600401.557
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600041.558.fna -queryname NZ_KI2600041.558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600041.558.fna -queryname NZ_KI2600041.558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600041.558.fna -queryname NZ_KI2600041.558
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000741.55.fna -queryname NZ_AJZS010000741.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000741.55.fna -queryname NZ_AJZS010000741.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000741.55.fna -queryname NZ_AJZS010000741.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600271.559.fna -queryname NZ_KI2600271.559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600271.559.fna -queryname NZ_KI2600271.559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600271.559.fna -queryname NZ_KI2600271.559
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601371.560.fna -queryname NZ_KI2601371.560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601371.560.fna -queryname NZ_KI2601371.560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601371.560.fna -queryname NZ_KI2601371.560
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601121.561.fna -queryname NZ_KI2601121.561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601121.561.fna -queryname NZ_KI2601121.561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601121.561.fna -queryname NZ_KI2601121.561
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600281.562.fna -queryname NZ_KI2600281.562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600281.562.fna -queryname NZ_KI2600281.562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600281.562.fna -queryname NZ_KI2600281.562
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600521.563.fna -queryname NZ_KI2600521.563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600521.563.fna -queryname NZ_KI2600521.563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600521.563.fna -queryname NZ_KI2600521.563
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600351.564.fna -queryname NZ_KI2600351.564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600351.564.fna -queryname NZ_KI2600351.564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600351.564.fna -queryname NZ_KI2600351.564
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600981.565.fna -queryname NZ_KI2600981.565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600981.565.fna -queryname NZ_KI2600981.565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600981.565.fna -queryname NZ_KI2600981.565
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.fna -queryname NZ_KI2601681.566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.fna -queryname NZ_KI2601681.566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.fna -queryname NZ_KI2601681.566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.AOI.fna -queryname NZ_KI2601681.566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601681.566.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2601681.566
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2601681.566.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600191.567.fna -queryname NZ_KI2600191.567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600191.567.fna -queryname NZ_KI2600191.567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600191.567.fna -queryname NZ_KI2600191.567
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601461.568.fna -queryname NZ_KI2601461.568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601461.568.fna -queryname NZ_KI2601461.568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601461.568.fna -queryname NZ_KI2601461.568
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000641.56.fna -queryname NZ_AJZS010000641.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000641.56.fna -queryname NZ_AJZS010000641.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000641.56.fna -queryname NZ_AJZS010000641.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601061.569.fna -queryname NZ_KI2601061.569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601061.569.fna -queryname NZ_KI2601061.569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601061.569.fna -queryname NZ_KI2601061.569
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600851.570.fna -queryname NZ_KI2600851.570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600851.570.fna -queryname NZ_KI2600851.570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600851.570.fna -queryname NZ_KI2600851.570
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601111.571.fna -queryname NZ_KI2601111.571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601111.571.fna -queryname NZ_KI2601111.571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601111.571.fna -queryname NZ_KI2601111.571
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601051.572.fna -queryname NZ_KI2601051.572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601051.572.fna -queryname NZ_KI2601051.572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601051.572.fna -queryname NZ_KI2601051.572
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600591.573.fna -queryname NZ_KI2600591.573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600591.573.fna -queryname NZ_KI2600591.573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600591.573.fna -queryname NZ_KI2600591.573
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601671.574.fna -queryname NZ_KI2601671.574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601671.574.fna -queryname NZ_KI2601671.574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601671.574.fna -queryname NZ_KI2601671.574
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600791.575.fna -queryname NZ_KI2600791.575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600791.575.fna -queryname NZ_KI2600791.575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600791.575.fna -queryname NZ_KI2600791.575
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601531.576.fna -queryname NZ_KI2601531.576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601531.576.fna -queryname NZ_KI2601531.576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601531.576.fna -queryname NZ_KI2601531.576
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601641.577.fna -queryname NZ_KI2601641.577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601641.577.fna -queryname NZ_KI2601641.577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601641.577.fna -queryname NZ_KI2601641.577
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600721.578.fna -queryname NZ_KI2600721.578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600721.578.fna -queryname NZ_KI2600721.578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600721.578.fna -queryname NZ_KI2600721.578
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000191.57.fna -queryname NZ_AJZS010000191.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000191.57.fna -queryname NZ_AJZS010000191.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000191.57.fna -queryname NZ_AJZS010000191.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600431.579.fna -queryname NZ_KI2600431.579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600431.579.fna -queryname NZ_KI2600431.579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600431.579.fna -queryname NZ_KI2600431.579
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601591.580.fna -queryname NZ_KI2601591.580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601591.580.fna -queryname NZ_KI2601591.580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601591.580.fna -queryname NZ_KI2601591.580
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599921.581.fna -queryname NZ_KI2599921.581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599921.581.fna -queryname NZ_KI2599921.581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599921.581.fna -queryname NZ_KI2599921.581
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601481.582.fna -queryname NZ_KI2601481.582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601481.582.fna -queryname NZ_KI2601481.582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601481.582.fna -queryname NZ_KI2601481.582
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599951.583.fna -queryname NZ_KI2599951.583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599951.583.fna -queryname NZ_KI2599951.583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599951.583.fna -queryname NZ_KI2599951.583
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600901.584.fna -queryname NZ_KI2600901.584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600901.584.fna -queryname NZ_KI2600901.584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600901.584.fna -queryname NZ_KI2600901.584
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600741.585.fna -queryname NZ_KI2600741.585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600741.585.fna -queryname NZ_KI2600741.585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600741.585.fna -queryname NZ_KI2600741.585
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601201.586.fna -queryname NZ_KI2601201.586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601201.586.fna -queryname NZ_KI2601201.586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601201.586.fna -queryname NZ_KI2601201.586
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600031.587.fna -queryname NZ_KI2600031.587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600031.587.fna -queryname NZ_KI2600031.587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600031.587.fna -queryname NZ_KI2600031.587
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600961.588.fna -queryname NZ_KI2600961.588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600961.588.fna -queryname NZ_KI2600961.588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600961.588.fna -queryname NZ_KI2600961.588
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000891.58.fna -queryname NZ_AJZS010000891.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000891.58.fna -queryname NZ_AJZS010000891.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000891.58.fna -queryname NZ_AJZS010000891.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600341.589.fna -queryname NZ_KI2600341.589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600341.589.fna -queryname NZ_KI2600341.589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600341.589.fna -queryname NZ_KI2600341.589
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600561.590.fna -queryname NZ_KI2600561.590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600561.590.fna -queryname NZ_KI2600561.590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600561.590.fna -queryname NZ_KI2600561.590
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600891.591.fna -queryname NZ_KI2600891.591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600891.591.fna -queryname NZ_KI2600891.591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600891.591.fna -queryname NZ_KI2600891.591
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600771.592.fna -queryname NZ_KI2600771.592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600771.592.fna -queryname NZ_KI2600771.592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600771.592.fna -queryname NZ_KI2600771.592
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600751.593.fna -queryname NZ_KI2600751.593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600751.593.fna -queryname NZ_KI2600751.593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600751.593.fna -queryname NZ_KI2600751.593
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601631.594.fna -queryname NZ_KI2601631.594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601631.594.fna -queryname NZ_KI2601631.594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601631.594.fna -queryname NZ_KI2601631.594
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600971.595.fna -queryname NZ_KI2600971.595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600971.595.fna -queryname NZ_KI2600971.595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600971.595.fna -queryname NZ_KI2600971.595
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600541.596.fna -queryname NZ_KI2600541.596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600541.596.fna -queryname NZ_KI2600541.596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600541.596.fna -queryname NZ_KI2600541.596
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600441.597.fna -queryname NZ_KI2600441.597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600441.597.fna -queryname NZ_KI2600441.597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600441.597.fna -queryname NZ_KI2600441.597
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601081.598.fna -queryname NZ_KI2601081.598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601081.598.fna -queryname NZ_KI2601081.598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601081.598.fna -queryname NZ_KI2601081.598
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000101.5.fna -queryname NZ_AJZS010000101.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000101.5.fna -queryname NZ_AJZS010000101.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000101.5.fna -queryname NZ_AJZS010000101.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000981.59.fna -queryname NZ_AJZS010000981.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000981.59.fna -queryname NZ_AJZS010000981.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000981.59.fna -queryname NZ_AJZS010000981.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600941.599.fna -queryname NZ_KI2600941.599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600941.599.fna -queryname NZ_KI2600941.599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600941.599.fna -queryname NZ_KI2600941.599
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600601.600.fna -queryname NZ_KI2600601.600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600601.600.fna -queryname NZ_KI2600601.600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600601.600.fna -queryname NZ_KI2600601.600
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600461.601.fna -queryname NZ_KI2600461.601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600461.601.fna -queryname NZ_KI2600461.601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600461.601.fna -queryname NZ_KI2600461.601
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600921.602.fna -queryname NZ_KI2600921.602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600921.602.fna -queryname NZ_KI2600921.602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600921.602.fna -queryname NZ_KI2600921.602
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600951.603.fna -queryname NZ_KI2600951.603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600951.603.fna -queryname NZ_KI2600951.603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600951.603.fna -queryname NZ_KI2600951.603
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601691.604.fna -queryname NZ_KI2601691.604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601691.604.fna -queryname NZ_KI2601691.604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601691.604.fna -queryname NZ_KI2601691.604
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601541.605.fna -queryname NZ_KI2601541.605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601541.605.fna -queryname NZ_KI2601541.605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601541.605.fna -queryname NZ_KI2601541.605
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600151.606.fna -queryname NZ_KI2600151.606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600151.606.fna -queryname NZ_KI2600151.606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600151.606.fna -queryname NZ_KI2600151.606
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600411.607.fna -queryname NZ_KI2600411.607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600411.607.fna -queryname NZ_KI2600411.607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600411.607.fna -queryname NZ_KI2600411.607
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600781.608.fna -queryname NZ_KI2600781.608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600781.608.fna -queryname NZ_KI2600781.608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600781.608.fna -queryname NZ_KI2600781.608
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000211.60.fna -queryname NZ_AJZS010000211.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000211.60.fna -queryname NZ_AJZS010000211.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000211.60.fna -queryname NZ_AJZS010000211.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600911.609.fna -queryname NZ_KI2600911.609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600911.609.fna -queryname NZ_KI2600911.609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600911.609.fna -queryname NZ_KI2600911.609
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600161.610.fna -queryname NZ_KI2600161.610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600161.610.fna -queryname NZ_KI2600161.610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600161.610.fna -queryname NZ_KI2600161.610
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601301.611.fna -queryname NZ_KI2601301.611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601301.611.fna -queryname NZ_KI2601301.611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601301.611.fna -queryname NZ_KI2601301.611
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601431.612.fna -queryname NZ_KI2601431.612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601431.612.fna -queryname NZ_KI2601431.612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601431.612.fna -queryname NZ_KI2601431.612
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601191.613.fna -queryname NZ_KI2601191.613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601191.613.fna -queryname NZ_KI2601191.613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601191.613.fna -queryname NZ_KI2601191.613
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599901.614.fna -queryname NZ_KI2599901.614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599901.614.fna -queryname NZ_KI2599901.614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599901.614.fna -queryname NZ_KI2599901.614
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600371.615.fna -queryname NZ_KI2600371.615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600371.615.fna -queryname NZ_KI2600371.615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600371.615.fna -queryname NZ_KI2600371.615
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601071.616.fna -queryname NZ_KI2601071.616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601071.616.fna -queryname NZ_KI2601071.616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601071.616.fna -queryname NZ_KI2601071.616
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599991.617.fna -queryname NZ_KI2599991.617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599991.617.fna -queryname NZ_KI2599991.617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2599991.617.fna -queryname NZ_KI2599991.617
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601031.618.fna -queryname NZ_KI2601031.618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601031.618.fna -queryname NZ_KI2601031.618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601031.618.fna -queryname NZ_KI2601031.618
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000801.61.fna -queryname NZ_AJZS010000801.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000801.61.fna -queryname NZ_AJZS010000801.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000801.61.fna -queryname NZ_AJZS010000801.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600291.619.fna -queryname NZ_KI2600291.619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600291.619.fna -queryname NZ_KI2600291.619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2600291.619.fna -queryname NZ_KI2600291.619
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601811.620.fna -queryname NZ_KI2601811.620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601811.620.fna -queryname NZ_KI2601811.620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601811.620.fna -queryname NZ_KI2601811.620
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602321.621.fna -queryname NZ_KI2602321.621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602321.621.fna -queryname NZ_KI2602321.621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602321.621.fna -queryname NZ_KI2602321.621
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602381.622.fna -queryname NZ_KI2602381.622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602381.622.fna -queryname NZ_KI2602381.622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602381.622.fna -queryname NZ_KI2602381.622
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602101.623.fna -queryname NZ_KI2602101.623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602101.623.fna -queryname NZ_KI2602101.623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602101.623.fna -queryname NZ_KI2602101.623
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602651.624.fna -queryname NZ_KI2602651.624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602651.624.fna -queryname NZ_KI2602651.624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602651.624.fna -queryname NZ_KI2602651.624
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602821.625.fna -queryname NZ_KI2602821.625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602821.625.fna -queryname NZ_KI2602821.625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602821.625.fna -queryname NZ_KI2602821.625
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602081.626.fna -queryname NZ_KI2602081.626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602081.626.fna -queryname NZ_KI2602081.626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602081.626.fna -queryname NZ_KI2602081.626
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601841.627.fna -queryname NZ_KI2601841.627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601841.627.fna -queryname NZ_KI2601841.627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601841.627.fna -queryname NZ_KI2601841.627
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602521.628.fna -queryname NZ_KI2602521.628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602521.628.fna -queryname NZ_KI2602521.628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602521.628.fna -queryname NZ_KI2602521.628
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000491.62.fna -queryname NZ_AJZS010000491.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000491.62.fna -queryname NZ_AJZS010000491.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000491.62.fna -queryname NZ_AJZS010000491.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602761.629.fna -queryname NZ_KI2602761.629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602761.629.fna -queryname NZ_KI2602761.629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602761.629.fna -queryname NZ_KI2602761.629
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.fna -queryname NZ_KI2602721.630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.fna -queryname NZ_KI2602721.630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.fna -queryname NZ_KI2602721.630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.AOI.fna -queryname NZ_KI2602721.630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602721.630.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI2602721.630
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI2602721.630.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602061.631.fna -queryname NZ_KI2602061.631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602061.631.fna -queryname NZ_KI2602061.631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602061.631.fna -queryname NZ_KI2602061.631
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602421.632.fna -queryname NZ_KI2602421.632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602421.632.fna -queryname NZ_KI2602421.632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602421.632.fna -queryname NZ_KI2602421.632
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602231.633.fna -queryname NZ_KI2602231.633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602231.633.fna -queryname NZ_KI2602231.633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602231.633.fna -queryname NZ_KI2602231.633
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602441.634.fna -queryname NZ_KI2602441.634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602441.634.fna -queryname NZ_KI2602441.634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602441.634.fna -queryname NZ_KI2602441.634
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602341.635.fna -queryname NZ_KI2602341.635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602341.635.fna -queryname NZ_KI2602341.635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602341.635.fna -queryname NZ_KI2602341.635
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601861.636.fna -queryname NZ_KI2601861.636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601861.636.fna -queryname NZ_KI2601861.636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601861.636.fna -queryname NZ_KI2601861.636
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602661.637.fna -queryname NZ_KI2602661.637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602661.637.fna -queryname NZ_KI2602661.637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602661.637.fna -queryname NZ_KI2602661.637
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601871.638.fna -queryname NZ_KI2601871.638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601871.638.fna -queryname NZ_KI2601871.638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601871.638.fna -queryname NZ_KI2601871.638
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001031.63.fna -queryname NZ_AJZS010001031.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001031.63.fna -queryname NZ_AJZS010001031.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001031.63.fna -queryname NZ_AJZS010001031.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602211.639.fna -queryname NZ_KI2602211.639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602211.639.fna -queryname NZ_KI2602211.639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602211.639.fna -queryname NZ_KI2602211.639
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602021.640.fna -queryname NZ_KI2602021.640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602021.640.fna -queryname NZ_KI2602021.640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602021.640.fna -queryname NZ_KI2602021.640
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602571.641.fna -queryname NZ_KI2602571.641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602571.641.fna -queryname NZ_KI2602571.641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602571.641.fna -queryname NZ_KI2602571.641
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602501.642.fna -queryname NZ_KI2602501.642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602501.642.fna -queryname NZ_KI2602501.642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602501.642.fna -queryname NZ_KI2602501.642
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602271.643.fna -queryname NZ_KI2602271.643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602271.643.fna -queryname NZ_KI2602271.643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602271.643.fna -queryname NZ_KI2602271.643
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602671.644.fna -queryname NZ_KI2602671.644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602671.644.fna -queryname NZ_KI2602671.644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602671.644.fna -queryname NZ_KI2602671.644
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602771.645.fna -queryname NZ_KI2602771.645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602771.645.fna -queryname NZ_KI2602771.645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602771.645.fna -queryname NZ_KI2602771.645
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602291.646.fna -queryname NZ_KI2602291.646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602291.646.fna -queryname NZ_KI2602291.646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602291.646.fna -queryname NZ_KI2602291.646
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602481.647.fna -queryname NZ_KI2602481.647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602481.647.fna -queryname NZ_KI2602481.647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602481.647.fna -queryname NZ_KI2602481.647
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602701.648.fna -queryname NZ_KI2602701.648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602701.648.fna -queryname NZ_KI2602701.648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602701.648.fna -queryname NZ_KI2602701.648
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000381.64.fna -queryname NZ_AJZS010000381.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000381.64.fna -queryname NZ_AJZS010000381.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000381.64.fna -queryname NZ_AJZS010000381.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602411.649.fna -queryname NZ_KI2602411.649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602411.649.fna -queryname NZ_KI2602411.649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602411.649.fna -queryname NZ_KI2602411.649
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601921.650.fna -queryname NZ_KI2601921.650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601921.650.fna -queryname NZ_KI2601921.650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601921.650.fna -queryname NZ_KI2601921.650
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602451.651.fna -queryname NZ_KI2602451.651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602451.651.fna -queryname NZ_KI2602451.651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602451.651.fna -queryname NZ_KI2602451.651
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601801.652.fna -queryname NZ_KI2601801.652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601801.652.fna -queryname NZ_KI2601801.652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601801.652.fna -queryname NZ_KI2601801.652
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602741.653.fna -queryname NZ_KI2602741.653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602741.653.fna -queryname NZ_KI2602741.653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602741.653.fna -queryname NZ_KI2602741.653
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602511.654.fna -queryname NZ_KI2602511.654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602511.654.fna -queryname NZ_KI2602511.654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602511.654.fna -queryname NZ_KI2602511.654
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601711.655.fna -queryname NZ_KI2601711.655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601711.655.fna -queryname NZ_KI2601711.655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601711.655.fna -queryname NZ_KI2601711.655
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602351.656.fna -queryname NZ_KI2602351.656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602351.656.fna -queryname NZ_KI2602351.656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602351.656.fna -queryname NZ_KI2602351.656
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602461.657.fna -queryname NZ_KI2602461.657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602461.657.fna -queryname NZ_KI2602461.657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602461.657.fna -queryname NZ_KI2602461.657
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602601.658.fna -queryname NZ_KI2602601.658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602601.658.fna -queryname NZ_KI2602601.658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602601.658.fna -queryname NZ_KI2602601.658
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000881.65.fna -queryname NZ_AJZS010000881.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000881.65.fna -queryname NZ_AJZS010000881.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000881.65.fna -queryname NZ_AJZS010000881.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601741.659.fna -queryname NZ_KI2601741.659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601741.659.fna -queryname NZ_KI2601741.659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601741.659.fna -queryname NZ_KI2601741.659
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602691.660.fna -queryname NZ_KI2602691.660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602691.660.fna -queryname NZ_KI2602691.660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602691.660.fna -queryname NZ_KI2602691.660
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602331.661.fna -queryname NZ_KI2602331.661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602331.661.fna -queryname NZ_KI2602331.661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602331.661.fna -queryname NZ_KI2602331.661
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601751.662.fna -queryname NZ_KI2601751.662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601751.662.fna -queryname NZ_KI2601751.662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601751.662.fna -queryname NZ_KI2601751.662
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602031.663.fna -queryname NZ_KI2602031.663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602031.663.fna -queryname NZ_KI2602031.663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602031.663.fna -queryname NZ_KI2602031.663
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602151.664.fna -queryname NZ_KI2602151.664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602151.664.fna -queryname NZ_KI2602151.664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602151.664.fna -queryname NZ_KI2602151.664
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602141.665.fna -queryname NZ_KI2602141.665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602141.665.fna -queryname NZ_KI2602141.665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602141.665.fna -queryname NZ_KI2602141.665
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601881.666.fna -queryname NZ_KI2601881.666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601881.666.fna -queryname NZ_KI2601881.666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601881.666.fna -queryname NZ_KI2601881.666
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602191.667.fna -queryname NZ_KI2602191.667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602191.667.fna -queryname NZ_KI2602191.667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602191.667.fna -queryname NZ_KI2602191.667
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601961.668.fna -queryname NZ_KI2601961.668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601961.668.fna -queryname NZ_KI2601961.668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601961.668.fna -queryname NZ_KI2601961.668
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000361.66.fna -queryname NZ_AJZS010000361.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000361.66.fna -queryname NZ_AJZS010000361.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000361.66.fna -queryname NZ_AJZS010000361.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602171.669.fna -queryname NZ_KI2602171.669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602171.669.fna -queryname NZ_KI2602171.669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602171.669.fna -queryname NZ_KI2602171.669
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602071.670.fna -queryname NZ_KI2602071.670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602071.670.fna -queryname NZ_KI2602071.670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602071.670.fna -queryname NZ_KI2602071.670
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602631.671.fna -queryname NZ_KI2602631.671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602631.671.fna -queryname NZ_KI2602631.671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602631.671.fna -queryname NZ_KI2602631.671
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602551.672.fna -queryname NZ_KI2602551.672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602551.672.fna -queryname NZ_KI2602551.672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602551.672.fna -queryname NZ_KI2602551.672
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601761.673.fna -queryname NZ_KI2601761.673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601761.673.fna -queryname NZ_KI2601761.673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601761.673.fna -queryname NZ_KI2601761.673
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602491.674.fna -queryname NZ_KI2602491.674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602491.674.fna -queryname NZ_KI2602491.674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602491.674.fna -queryname NZ_KI2602491.674
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602791.675.fna -queryname NZ_KI2602791.675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602791.675.fna -queryname NZ_KI2602791.675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602791.675.fna -queryname NZ_KI2602791.675
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601721.676.fna -queryname NZ_KI2601721.676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601721.676.fna -queryname NZ_KI2601721.676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601721.676.fna -queryname NZ_KI2601721.676
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602001.677.fna -queryname NZ_KI2602001.677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602001.677.fna -queryname NZ_KI2602001.677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602001.677.fna -queryname NZ_KI2602001.677
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602261.678.fna -queryname NZ_KI2602261.678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602261.678.fna -queryname NZ_KI2602261.678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602261.678.fna -queryname NZ_KI2602261.678
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000041.67.fna -queryname NZ_AJZS010000041.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000041.67.fna -queryname NZ_AJZS010000041.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000041.67.fna -queryname NZ_AJZS010000041.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602561.679.fna -queryname NZ_KI2602561.679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602561.679.fna -queryname NZ_KI2602561.679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602561.679.fna -queryname NZ_KI2602561.679
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602201.680.fna -queryname NZ_KI2602201.680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602201.680.fna -queryname NZ_KI2602201.680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602201.680.fna -queryname NZ_KI2602201.680
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601981.681.fna -queryname NZ_KI2601981.681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601981.681.fna -queryname NZ_KI2601981.681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601981.681.fna -queryname NZ_KI2601981.681
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602041.682.fna -queryname NZ_KI2602041.682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602041.682.fna -queryname NZ_KI2602041.682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602041.682.fna -queryname NZ_KI2602041.682
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602391.683.fna -queryname NZ_KI2602391.683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602391.683.fna -queryname NZ_KI2602391.683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602391.683.fna -queryname NZ_KI2602391.683
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601941.684.fna -queryname NZ_KI2601941.684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601941.684.fna -queryname NZ_KI2601941.684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601941.684.fna -queryname NZ_KI2601941.684
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602621.685.fna -queryname NZ_KI2602621.685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602621.685.fna -queryname NZ_KI2602621.685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602621.685.fna -queryname NZ_KI2602621.685
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602401.686.fna -queryname NZ_KI2602401.686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602401.686.fna -queryname NZ_KI2602401.686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602401.686.fna -queryname NZ_KI2602401.686
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601901.687.fna -queryname NZ_KI2601901.687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601901.687.fna -queryname NZ_KI2601901.687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601901.687.fna -queryname NZ_KI2601901.687
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602751.688.fna -queryname NZ_KI2602751.688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602751.688.fna -queryname NZ_KI2602751.688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602751.688.fna -queryname NZ_KI2602751.688
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000241.68.fna -queryname NZ_AJZS010000241.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000241.68.fna -queryname NZ_AJZS010000241.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000241.68.fna -queryname NZ_AJZS010000241.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602301.689.fna -queryname NZ_KI2602301.689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602301.689.fna -queryname NZ_KI2602301.689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602301.689.fna -queryname NZ_KI2602301.689
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602731.690.fna -queryname NZ_KI2602731.690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602731.690.fna -queryname NZ_KI2602731.690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602731.690.fna -queryname NZ_KI2602731.690
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602221.691.fna -queryname NZ_KI2602221.691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602221.691.fna -queryname NZ_KI2602221.691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602221.691.fna -queryname NZ_KI2602221.691
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602091.692.fna -queryname NZ_KI2602091.692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602091.692.fna -queryname NZ_KI2602091.692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602091.692.fna -queryname NZ_KI2602091.692
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602371.693.fna -queryname NZ_KI2602371.693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602371.693.fna -queryname NZ_KI2602371.693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602371.693.fna -queryname NZ_KI2602371.693
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602111.694.fna -queryname NZ_KI2602111.694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602111.694.fna -queryname NZ_KI2602111.694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602111.694.fna -queryname NZ_KI2602111.694
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602241.695.fna -queryname NZ_KI2602241.695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602241.695.fna -queryname NZ_KI2602241.695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602241.695.fna -queryname NZ_KI2602241.695
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602781.696.fna -queryname NZ_KI2602781.696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602781.696.fna -queryname NZ_KI2602781.696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602781.696.fna -queryname NZ_KI2602781.696
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602161.697.fna -queryname NZ_KI2602161.697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602161.697.fna -queryname NZ_KI2602161.697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602161.697.fna -queryname NZ_KI2602161.697
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601851.698.fna -queryname NZ_KI2601851.698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601851.698.fna -queryname NZ_KI2601851.698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601851.698.fna -queryname NZ_KI2601851.698
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000441.6.fna -queryname NZ_AJZS010000441.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000441.6.fna -queryname NZ_AJZS010000441.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000441.6.fna -queryname NZ_AJZS010000441.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000091.69.fna -queryname NZ_AJZS010000091.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000091.69.fna -queryname NZ_AJZS010000091.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000091.69.fna -queryname NZ_AJZS010000091.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601991.699.fna -queryname NZ_KI2601991.699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601991.699.fna -queryname NZ_KI2601991.699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601991.699.fna -queryname NZ_KI2601991.699
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602681.700.fna -queryname NZ_KI2602681.700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602681.700.fna -queryname NZ_KI2602681.700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602681.700.fna -queryname NZ_KI2602681.700
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602431.701.fna -queryname NZ_KI2602431.701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602431.701.fna -queryname NZ_KI2602431.701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602431.701.fna -queryname NZ_KI2602431.701
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601831.702.fna -queryname NZ_KI2601831.702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601831.702.fna -queryname NZ_KI2601831.702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601831.702.fna -queryname NZ_KI2601831.702
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601781.703.fna -queryname NZ_KI2601781.703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601781.703.fna -queryname NZ_KI2601781.703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601781.703.fna -queryname NZ_KI2601781.703
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602581.704.fna -queryname NZ_KI2602581.704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602581.704.fna -queryname NZ_KI2602581.704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602581.704.fna -queryname NZ_KI2602581.704
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602121.705.fna -queryname NZ_KI2602121.705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602121.705.fna -queryname NZ_KI2602121.705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602121.705.fna -queryname NZ_KI2602121.705
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602051.706.fna -queryname NZ_KI2602051.706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602051.706.fna -queryname NZ_KI2602051.706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602051.706.fna -queryname NZ_KI2602051.706
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601791.707.fna -queryname NZ_KI2601791.707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601791.707.fna -queryname NZ_KI2601791.707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601791.707.fna -queryname NZ_KI2601791.707
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602541.708.fna -queryname NZ_KI2602541.708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602541.708.fna -queryname NZ_KI2602541.708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602541.708.fna -queryname NZ_KI2602541.708
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000321.70.fna -queryname NZ_AJZS010000321.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000321.70.fna -queryname NZ_AJZS010000321.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000321.70.fna -queryname NZ_AJZS010000321.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602711.709.fna -queryname NZ_KI2602711.709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602711.709.fna -queryname NZ_KI2602711.709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602711.709.fna -queryname NZ_KI2602711.709
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602281.710.fna -queryname NZ_KI2602281.710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602281.710.fna -queryname NZ_KI2602281.710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602281.710.fna -queryname NZ_KI2602281.710
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601731.711.fna -queryname NZ_KI2601731.711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601731.711.fna -queryname NZ_KI2601731.711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2601731.711.fna -queryname NZ_KI2601731.711
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602841.712.fna -queryname NZ_KI2602841.712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602841.712.fna -queryname NZ_KI2602841.712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI2602841.712.fna -queryname NZ_KI2602841.712
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299441.713.fna -queryname NZ_KI6299441.713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299441.713.fna -queryname NZ_KI6299441.713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299441.713.fna -queryname NZ_KI6299441.713
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299051.714.fna -queryname NZ_KI6299051.714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299051.714.fna -queryname NZ_KI6299051.714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299051.714.fna -queryname NZ_KI6299051.714
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299521.715.fna -queryname NZ_KI6299521.715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299521.715.fna -queryname NZ_KI6299521.715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299521.715.fna -queryname NZ_KI6299521.715
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299141.716.fna -queryname NZ_KI6299141.716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299141.716.fna -queryname NZ_KI6299141.716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299141.716.fna -queryname NZ_KI6299141.716
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298961.717.fna -queryname NZ_KI6298961.717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298961.717.fna -queryname NZ_KI6298961.717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298961.717.fna -queryname NZ_KI6298961.717
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299031.718.fna -queryname NZ_KI6299031.718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299031.718.fna -queryname NZ_KI6299031.718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299031.718.fna -queryname NZ_KI6299031.718
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000301.71.fna -queryname NZ_AJZS010000301.71
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000301.71.fna -queryname NZ_AJZS010000301.71
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000301.71.fna -queryname NZ_AJZS010000301.71
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299111.719.fna -queryname NZ_KI6299111.719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299111.719.fna -queryname NZ_KI6299111.719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299111.719.fna -queryname NZ_KI6299111.719
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298951.720.fna -queryname NZ_KI6298951.720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298951.720.fna -queryname NZ_KI6298951.720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298951.720.fna -queryname NZ_KI6298951.720
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299531.721.fna -queryname NZ_KI6299531.721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299531.721.fna -queryname NZ_KI6299531.721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299531.721.fna -queryname NZ_KI6299531.721
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299351.722.fna -queryname NZ_KI6299351.722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299351.722.fna -queryname NZ_KI6299351.722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299351.722.fna -queryname NZ_KI6299351.722
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298801.723.fna -queryname NZ_KI6298801.723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298801.723.fna -queryname NZ_KI6298801.723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298801.723.fna -queryname NZ_KI6298801.723
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299401.724.fna -queryname NZ_KI6299401.724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299401.724.fna -queryname NZ_KI6299401.724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299401.724.fna -queryname NZ_KI6299401.724
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299411.725.fna -queryname NZ_KI6299411.725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299411.725.fna -queryname NZ_KI6299411.725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299411.725.fna -queryname NZ_KI6299411.725
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299201.726.fna -queryname NZ_KI6299201.726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299201.726.fna -queryname NZ_KI6299201.726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299201.726.fna -queryname NZ_KI6299201.726
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299601.727.fna -queryname NZ_KI6299601.727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299601.727.fna -queryname NZ_KI6299601.727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299601.727.fna -queryname NZ_KI6299601.727
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298991.728.fna -queryname NZ_KI6298991.728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298991.728.fna -queryname NZ_KI6298991.728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298991.728.fna -queryname NZ_KI6298991.728
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000561.72.fna -queryname NZ_AJZS010000561.72
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000561.72.fna -queryname NZ_AJZS010000561.72
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000561.72.fna -queryname NZ_AJZS010000561.72
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.fna -queryname NZ_KI6298861.729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.fna -queryname NZ_KI6298861.729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.fna -queryname NZ_KI6298861.729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.AOI.fna -queryname NZ_KI6298861.729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298861.729.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_KI6298861.729
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_KI6298861.729.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299321.730.fna -queryname NZ_KI6299321.730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299321.730.fna -queryname NZ_KI6299321.730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299321.730.fna -queryname NZ_KI6299321.730
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299581.731.fna -queryname NZ_KI6299581.731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299581.731.fna -queryname NZ_KI6299581.731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299581.731.fna -queryname NZ_KI6299581.731
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299231.732.fna -queryname NZ_KI6299231.732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299231.732.fna -queryname NZ_KI6299231.732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299231.732.fna -queryname NZ_KI6299231.732
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298921.733.fna -queryname NZ_KI6298921.733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298921.733.fna -queryname NZ_KI6298921.733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298921.733.fna -queryname NZ_KI6298921.733
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299001.734.fna -queryname NZ_KI6299001.734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299001.734.fna -queryname NZ_KI6299001.734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299001.734.fna -queryname NZ_KI6299001.734
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298781.735.fna -queryname NZ_KI6298781.735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298781.735.fna -queryname NZ_KI6298781.735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298781.735.fna -queryname NZ_KI6298781.735
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299381.736.fna -queryname NZ_KI6299381.736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299381.736.fna -queryname NZ_KI6299381.736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299381.736.fna -queryname NZ_KI6299381.736
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299571.737.fna -queryname NZ_KI6299571.737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299571.737.fna -queryname NZ_KI6299571.737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299571.737.fna -queryname NZ_KI6299571.737
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299191.738.fna -queryname NZ_KI6299191.738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299191.738.fna -queryname NZ_KI6299191.738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299191.738.fna -queryname NZ_KI6299191.738
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000061.73.fna -queryname NZ_AJZS010000061.73
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000061.73.fna -queryname NZ_AJZS010000061.73
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000061.73.fna -queryname NZ_AJZS010000061.73
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299271.739.fna -queryname NZ_KI6299271.739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299271.739.fna -queryname NZ_KI6299271.739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299271.739.fna -queryname NZ_KI6299271.739
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299421.740.fna -queryname NZ_KI6299421.740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299421.740.fna -queryname NZ_KI6299421.740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299421.740.fna -queryname NZ_KI6299421.740
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299101.741.fna -queryname NZ_KI6299101.741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299101.741.fna -queryname NZ_KI6299101.741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299101.741.fna -queryname NZ_KI6299101.741
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298841.742.fna -queryname NZ_KI6298841.742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298841.742.fna -queryname NZ_KI6298841.742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298841.742.fna -queryname NZ_KI6298841.742
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298821.743.fna -queryname NZ_KI6298821.743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298821.743.fna -queryname NZ_KI6298821.743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298821.743.fna -queryname NZ_KI6298821.743
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299021.744.fna -queryname NZ_KI6299021.744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299021.744.fna -queryname NZ_KI6299021.744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299021.744.fna -queryname NZ_KI6299021.744
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298901.745.fna -queryname NZ_KI6298901.745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298901.745.fna -queryname NZ_KI6298901.745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298901.745.fna -queryname NZ_KI6298901.745
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298891.746.fna -queryname NZ_KI6298891.746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298891.746.fna -queryname NZ_KI6298891.746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298891.746.fna -queryname NZ_KI6298891.746
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299061.747.fna -queryname NZ_KI6299061.747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299061.747.fna -queryname NZ_KI6299061.747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299061.747.fna -queryname NZ_KI6299061.747
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298831.748.fna -queryname NZ_KI6298831.748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298831.748.fna -queryname NZ_KI6298831.748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298831.748.fna -queryname NZ_KI6298831.748
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000141.74.fna -queryname NZ_AJZS010000141.74
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000141.74.fna -queryname NZ_AJZS010000141.74
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000141.74.fna -queryname NZ_AJZS010000141.74
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299331.749.fna -queryname NZ_KI6299331.749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299331.749.fna -queryname NZ_KI6299331.749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299331.749.fna -queryname NZ_KI6299331.749
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298881.750.fna -queryname NZ_KI6298881.750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298881.750.fna -queryname NZ_KI6298881.750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298881.750.fna -queryname NZ_KI6298881.750
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299391.751.fna -queryname NZ_KI6299391.751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299391.751.fna -queryname NZ_KI6299391.751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299391.751.fna -queryname NZ_KI6299391.751
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298941.752.fna -queryname NZ_KI6298941.752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298941.752.fna -queryname NZ_KI6298941.752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298941.752.fna -queryname NZ_KI6298941.752
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299361.753.fna -queryname NZ_KI6299361.753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299361.753.fna -queryname NZ_KI6299361.753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299361.753.fna -queryname NZ_KI6299361.753
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299551.754.fna -queryname NZ_KI6299551.754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299551.754.fna -queryname NZ_KI6299551.754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299551.754.fna -queryname NZ_KI6299551.754
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299131.755.fna -queryname NZ_KI6299131.755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299131.755.fna -queryname NZ_KI6299131.755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299131.755.fna -queryname NZ_KI6299131.755
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299161.756.fna -queryname NZ_KI6299161.756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299161.756.fna -queryname NZ_KI6299161.756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299161.756.fna -queryname NZ_KI6299161.756
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298971.757.fna -queryname NZ_KI6298971.757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298971.757.fna -queryname NZ_KI6298971.757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298971.757.fna -queryname NZ_KI6298971.757
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299611.758.fna -queryname NZ_KI6299611.758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299611.758.fna -queryname NZ_KI6299611.758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299611.758.fna -queryname NZ_KI6299611.758
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000281.75.fna -queryname NZ_AJZS010000281.75
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000281.75.fna -queryname NZ_AJZS010000281.75
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000281.75.fna -queryname NZ_AJZS010000281.75
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298751.759.fna -queryname NZ_KI6298751.759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298751.759.fna -queryname NZ_KI6298751.759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298751.759.fna -queryname NZ_KI6298751.759
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299491.760.fna -queryname NZ_KI6299491.760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299491.760.fna -queryname NZ_KI6299491.760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299491.760.fna -queryname NZ_KI6299491.760
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299261.761.fna -queryname NZ_KI6299261.761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299261.761.fna -queryname NZ_KI6299261.761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299261.761.fna -queryname NZ_KI6299261.761
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299291.762.fna -queryname NZ_KI6299291.762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299291.762.fna -queryname NZ_KI6299291.762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299291.762.fna -queryname NZ_KI6299291.762
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299281.763.fna -queryname NZ_KI6299281.763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299281.763.fna -queryname NZ_KI6299281.763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299281.763.fna -queryname NZ_KI6299281.763
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299311.764.fna -queryname NZ_KI6299311.764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299311.764.fna -queryname NZ_KI6299311.764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299311.764.fna -queryname NZ_KI6299311.764
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298931.765.fna -queryname NZ_KI6298931.765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298931.765.fna -queryname NZ_KI6298931.765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298931.765.fna -queryname NZ_KI6298931.765
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299451.766.fna -queryname NZ_KI6299451.766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299451.766.fna -queryname NZ_KI6299451.766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299451.766.fna -queryname NZ_KI6299451.766
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299471.767.fna -queryname NZ_KI6299471.767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299471.767.fna -queryname NZ_KI6299471.767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299471.767.fna -queryname NZ_KI6299471.767
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299561.768.fna -queryname NZ_KI6299561.768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299561.768.fna -queryname NZ_KI6299561.768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299561.768.fna -queryname NZ_KI6299561.768
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000391.76.fna -queryname NZ_AJZS010000391.76
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000391.76.fna -queryname NZ_AJZS010000391.76
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000391.76.fna -queryname NZ_AJZS010000391.76
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299511.769.fna -queryname NZ_KI6299511.769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299511.769.fna -queryname NZ_KI6299511.769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299511.769.fna -queryname NZ_KI6299511.769
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298791.770.fna -queryname NZ_KI6298791.770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298791.770.fna -queryname NZ_KI6298791.770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298791.770.fna -queryname NZ_KI6298791.770
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299151.771.fna -queryname NZ_KI6299151.771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299151.771.fna -queryname NZ_KI6299151.771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299151.771.fna -queryname NZ_KI6299151.771
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298761.772.fna -queryname NZ_KI6298761.772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298761.772.fna -queryname NZ_KI6298761.772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298761.772.fna -queryname NZ_KI6298761.772
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298551.773.fna -queryname NZ_KI6298551.773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298551.773.fna -queryname NZ_KI6298551.773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298551.773.fna -queryname NZ_KI6298551.773
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298851.774.fna -queryname NZ_KI6298851.774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298851.774.fna -queryname NZ_KI6298851.774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298851.774.fna -queryname NZ_KI6298851.774
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299071.775.fna -queryname NZ_KI6299071.775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299071.775.fna -queryname NZ_KI6299071.775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299071.775.fna -queryname NZ_KI6299071.775
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299181.776.fna -queryname NZ_KI6299181.776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299181.776.fna -queryname NZ_KI6299181.776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299181.776.fna -queryname NZ_KI6299181.776
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299591.777.fna -queryname NZ_KI6299591.777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299591.777.fna -queryname NZ_KI6299591.777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299591.777.fna -queryname NZ_KI6299591.777
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299041.778.fna -queryname NZ_KI6299041.778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299041.778.fna -queryname NZ_KI6299041.778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299041.778.fna -queryname NZ_KI6299041.778
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000811.77.fna -queryname NZ_AJZS010000811.77
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000811.77.fna -queryname NZ_AJZS010000811.77
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000811.77.fna -queryname NZ_AJZS010000811.77
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299081.779.fna -queryname NZ_KI6299081.779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299081.779.fna -queryname NZ_KI6299081.779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299081.779.fna -queryname NZ_KI6299081.779
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298811.780.fna -queryname NZ_KI6298811.780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298811.780.fna -queryname NZ_KI6298811.780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298811.780.fna -queryname NZ_KI6298811.780
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299221.781.fna -queryname NZ_KI6299221.781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299221.781.fna -queryname NZ_KI6299221.781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299221.781.fna -queryname NZ_KI6299221.781
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298871.782.fna -queryname NZ_KI6298871.782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298871.782.fna -queryname NZ_KI6298871.782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298871.782.fna -queryname NZ_KI6298871.782
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299171.783.fna -queryname NZ_KI6299171.783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299171.783.fna -queryname NZ_KI6299171.783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299171.783.fna -queryname NZ_KI6299171.783
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299461.784.fna -queryname NZ_KI6299461.784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299461.784.fna -queryname NZ_KI6299461.784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299461.784.fna -queryname NZ_KI6299461.784
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299541.785.fna -queryname NZ_KI6299541.785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299541.785.fna -queryname NZ_KI6299541.785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299541.785.fna -queryname NZ_KI6299541.785
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299431.786.fna -queryname NZ_KI6299431.786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299431.786.fna -queryname NZ_KI6299431.786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299431.786.fna -queryname NZ_KI6299431.786
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299251.787.fna -queryname NZ_KI6299251.787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299251.787.fna -queryname NZ_KI6299251.787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299251.787.fna -queryname NZ_KI6299251.787
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299481.788.fna -queryname NZ_KI6299481.788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299481.788.fna -queryname NZ_KI6299481.788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299481.788.fna -queryname NZ_KI6299481.788
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001041.78.fna -queryname NZ_AJZS010001041.78
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001041.78.fna -queryname NZ_AJZS010001041.78
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010001041.78.fna -queryname NZ_AJZS010001041.78
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299301.789.fna -queryname NZ_KI6299301.789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299301.789.fna -queryname NZ_KI6299301.789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299301.789.fna -queryname NZ_KI6299301.789
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299211.790.fna -queryname NZ_KI6299211.790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299211.790.fna -queryname NZ_KI6299211.790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299211.790.fna -queryname NZ_KI6299211.790
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299011.791.fna -queryname NZ_KI6299011.791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299011.791.fna -queryname NZ_KI6299011.791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299011.791.fna -queryname NZ_KI6299011.791
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299371.792.fna -queryname NZ_KI6299371.792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299371.792.fna -queryname NZ_KI6299371.792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299371.792.fna -queryname NZ_KI6299371.792
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298911.793.fna -queryname NZ_KI6298911.793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298911.793.fna -queryname NZ_KI6298911.793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298911.793.fna -queryname NZ_KI6298911.793
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299341.794.fna -queryname NZ_KI6299341.794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299341.794.fna -queryname NZ_KI6299341.794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299341.794.fna -queryname NZ_KI6299341.794
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299241.795.fna -queryname NZ_KI6299241.795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299241.795.fna -queryname NZ_KI6299241.795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299241.795.fna -queryname NZ_KI6299241.795
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298771.796.fna -queryname NZ_KI6298771.796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298771.796.fna -queryname NZ_KI6298771.796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298771.796.fna -queryname NZ_KI6298771.796
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299091.797.fna -queryname NZ_KI6299091.797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299091.797.fna -queryname NZ_KI6299091.797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299091.797.fna -queryname NZ_KI6299091.797
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299621.798.fna -queryname NZ_KI6299621.798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299621.798.fna -queryname NZ_KI6299621.798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299621.798.fna -queryname NZ_KI6299621.798
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000581.7.fna -queryname NZ_AJZS010000581.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000581.7.fna -queryname NZ_AJZS010000581.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000581.7.fna -queryname NZ_AJZS010000581.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000451.79.fna -queryname NZ_AJZS010000451.79
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000451.79.fna -queryname NZ_AJZS010000451.79
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000451.79.fna -queryname NZ_AJZS010000451.79
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298541.799.fna -queryname NZ_KI6298541.799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298541.799.fna -queryname NZ_KI6298541.799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298541.799.fna -queryname NZ_KI6298541.799
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298661.800.fna -queryname NZ_KI6298661.800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298661.800.fna -queryname NZ_KI6298661.800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298661.800.fna -queryname NZ_KI6298661.800
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299501.801.fna -queryname NZ_KI6299501.801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299501.801.fna -queryname NZ_KI6299501.801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299501.801.fna -queryname NZ_KI6299501.801
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299121.802.fna -queryname NZ_KI6299121.802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299121.802.fna -queryname NZ_KI6299121.802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6299121.802.fna -queryname NZ_KI6299121.802
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298981.803.fna -queryname NZ_KI6298981.803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298981.803.fna -queryname NZ_KI6298981.803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_KI6298981.803.fna -queryname NZ_KI6298981.803
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.fna -queryname NZ_CP0077561.804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.fna -queryname NZ_CP0077561.804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.fna -queryname NZ_CP0077561.804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.AOI.fna -queryname NZ_CP0077561.804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0077561.804.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0077561.804
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0077561.804.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.fna -queryname NZ_CP0119951.805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.fna -queryname NZ_CP0119951.805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.fna -queryname NZ_CP0119951.805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.AOI.fna -queryname NZ_CP0119951.805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119951.805.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0119951.805
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0119951.805.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.fna -queryname NZ_CP0119961.806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.fna -queryname NZ_CP0119961.806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.fna -queryname NZ_CP0119961.806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.AOI.fna -queryname NZ_CP0119961.806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0119961.806.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0119961.806
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0119961.806.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000131.807.fna -queryname NZ_BCBV010000131.807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000131.807.fna -queryname NZ_BCBV010000131.807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000131.807.fna -queryname NZ_BCBV010000131.807
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001031.808.fna -queryname NZ_BCBV010001031.808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001031.808.fna -queryname NZ_BCBV010001031.808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001031.808.fna -queryname NZ_BCBV010001031.808
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000401.80.fna -queryname NZ_AJZS010000401.80
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000401.80.fna -queryname NZ_AJZS010000401.80
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000401.80.fna -queryname NZ_AJZS010000401.80
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000581.809.fna -queryname NZ_BCBV010000581.809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000581.809.fna -queryname NZ_BCBV010000581.809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000581.809.fna -queryname NZ_BCBV010000581.809
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000031.810.fna -queryname NZ_BCBV010000031.810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000031.810.fna -queryname NZ_BCBV010000031.810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000031.810.fna -queryname NZ_BCBV010000031.810
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000761.811.fna -queryname NZ_BCBV010000761.811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000761.811.fna -queryname NZ_BCBV010000761.811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000761.811.fna -queryname NZ_BCBV010000761.811
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000231.812.fna -queryname NZ_BCBV010000231.812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000231.812.fna -queryname NZ_BCBV010000231.812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000231.812.fna -queryname NZ_BCBV010000231.812
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000171.813.fna -queryname NZ_BCBV010000171.813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000171.813.fna -queryname NZ_BCBV010000171.813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000171.813.fna -queryname NZ_BCBV010000171.813
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000371.814.fna -queryname NZ_BCBV010000371.814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000371.814.fna -queryname NZ_BCBV010000371.814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000371.814.fna -queryname NZ_BCBV010000371.814
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000201.815.fna -queryname NZ_BCBV010000201.815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000201.815.fna -queryname NZ_BCBV010000201.815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000201.815.fna -queryname NZ_BCBV010000201.815
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000041.816.fna -queryname NZ_BCBV010000041.816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000041.816.fna -queryname NZ_BCBV010000041.816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000041.816.fna -queryname NZ_BCBV010000041.816
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000781.817.fna -queryname NZ_BCBV010000781.817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000781.817.fna -queryname NZ_BCBV010000781.817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000781.817.fna -queryname NZ_BCBV010000781.817
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000271.818.fna -queryname NZ_BCBV010000271.818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000271.818.fna -queryname NZ_BCBV010000271.818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000271.818.fna -queryname NZ_BCBV010000271.818
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000901.81.fna -queryname NZ_AJZS010000901.81
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000901.81.fna -queryname NZ_AJZS010000901.81
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000901.81.fna -queryname NZ_AJZS010000901.81
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000821.819.fna -queryname NZ_BCBV010000821.819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000821.819.fna -queryname NZ_BCBV010000821.819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000821.819.fna -queryname NZ_BCBV010000821.819
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000261.820.fna -queryname NZ_BCBV010000261.820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000261.820.fna -queryname NZ_BCBV010000261.820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000261.820.fna -queryname NZ_BCBV010000261.820
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000911.821.fna -queryname NZ_BCBV010000911.821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000911.821.fna -queryname NZ_BCBV010000911.821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000911.821.fna -queryname NZ_BCBV010000911.821
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000611.822.fna -queryname NZ_BCBV010000611.822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000611.822.fna -queryname NZ_BCBV010000611.822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000611.822.fna -queryname NZ_BCBV010000611.822
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000311.823.fna -queryname NZ_BCBV010000311.823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000311.823.fna -queryname NZ_BCBV010000311.823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000311.823.fna -queryname NZ_BCBV010000311.823
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000391.824.fna -queryname NZ_BCBV010000391.824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000391.824.fna -queryname NZ_BCBV010000391.824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000391.824.fna -queryname NZ_BCBV010000391.824
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000341.825.fna -queryname NZ_BCBV010000341.825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000341.825.fna -queryname NZ_BCBV010000341.825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000341.825.fna -queryname NZ_BCBV010000341.825
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000571.826.fna -queryname NZ_BCBV010000571.826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000571.826.fna -queryname NZ_BCBV010000571.826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000571.826.fna -queryname NZ_BCBV010000571.826
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000121.827.fna -queryname NZ_BCBV010000121.827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000121.827.fna -queryname NZ_BCBV010000121.827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000121.827.fna -queryname NZ_BCBV010000121.827
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000181.828.fna -queryname NZ_BCBV010000181.828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000181.828.fna -queryname NZ_BCBV010000181.828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000181.828.fna -queryname NZ_BCBV010000181.828
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000761.82.fna -queryname NZ_AJZS010000761.82
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000761.82.fna -queryname NZ_AJZS010000761.82
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000761.82.fna -queryname NZ_AJZS010000761.82
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000051.829.fna -queryname NZ_BCBV010000051.829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000051.829.fna -queryname NZ_BCBV010000051.829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000051.829.fna -queryname NZ_BCBV010000051.829
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000111.830.fna -queryname NZ_BCBV010000111.830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000111.830.fna -queryname NZ_BCBV010000111.830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000111.830.fna -queryname NZ_BCBV010000111.830
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000091.831.fna -queryname NZ_BCBV010000091.831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000091.831.fna -queryname NZ_BCBV010000091.831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000091.831.fna -queryname NZ_BCBV010000091.831
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000811.832.fna -queryname NZ_BCBV010000811.832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000811.832.fna -queryname NZ_BCBV010000811.832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000811.832.fna -queryname NZ_BCBV010000811.832
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001011.833.fna -queryname NZ_BCBV010001011.833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001011.833.fna -queryname NZ_BCBV010001011.833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001011.833.fna -queryname NZ_BCBV010001011.833
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000241.834.fna -queryname NZ_BCBV010000241.834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000241.834.fna -queryname NZ_BCBV010000241.834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000241.834.fna -queryname NZ_BCBV010000241.834
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000411.835.fna -queryname NZ_BCBV010000411.835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000411.835.fna -queryname NZ_BCBV010000411.835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000411.835.fna -queryname NZ_BCBV010000411.835
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000561.836.fna -queryname NZ_BCBV010000561.836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000561.836.fna -queryname NZ_BCBV010000561.836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000561.836.fna -queryname NZ_BCBV010000561.836
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000021.837.fna -queryname NZ_BCBV010000021.837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000021.837.fna -queryname NZ_BCBV010000021.837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000021.837.fna -queryname NZ_BCBV010000021.837
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000461.838.fna -queryname NZ_BCBV010000461.838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000461.838.fna -queryname NZ_BCBV010000461.838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000461.838.fna -queryname NZ_BCBV010000461.838
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000311.83.fna -queryname NZ_AJZS010000311.83
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000311.83.fna -queryname NZ_AJZS010000311.83
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000311.83.fna -queryname NZ_AJZS010000311.83
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000281.839.fna -queryname NZ_BCBV010000281.839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000281.839.fna -queryname NZ_BCBV010000281.839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000281.839.fna -queryname NZ_BCBV010000281.839
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000071.840.fna -queryname NZ_BCBV010000071.840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000071.840.fna -queryname NZ_BCBV010000071.840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000071.840.fna -queryname NZ_BCBV010000071.840
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000481.841.fna -queryname NZ_BCBV010000481.841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000481.841.fna -queryname NZ_BCBV010000481.841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000481.841.fna -queryname NZ_BCBV010000481.841
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000641.842.fna -queryname NZ_BCBV010000641.842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000641.842.fna -queryname NZ_BCBV010000641.842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000641.842.fna -queryname NZ_BCBV010000641.842
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000011.843.fna -queryname NZ_BCBV010000011.843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000011.843.fna -queryname NZ_BCBV010000011.843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000011.843.fna -queryname NZ_BCBV010000011.843
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000441.844.fna -queryname NZ_BCBV010000441.844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000441.844.fna -queryname NZ_BCBV010000441.844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000441.844.fna -queryname NZ_BCBV010000441.844
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000501.845.fna -queryname NZ_BCBV010000501.845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000501.845.fna -queryname NZ_BCBV010000501.845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000501.845.fna -queryname NZ_BCBV010000501.845
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000691.846.fna -queryname NZ_BCBV010000691.846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000691.846.fna -queryname NZ_BCBV010000691.846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000691.846.fna -queryname NZ_BCBV010000691.846
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.fna -queryname NZ_BCBV010001111.847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.fna -queryname NZ_BCBV010001111.847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.fna -queryname NZ_BCBV010001111.847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.AOI.fna -queryname NZ_BCBV010001111.847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001111.847.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_BCBV010001111.847
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_BCBV010001111.847.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000081.848.fna -queryname NZ_BCBV010000081.848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000081.848.fna -queryname NZ_BCBV010000081.848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000081.848.fna -queryname NZ_BCBV010000081.848
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000541.84.fna -queryname NZ_AJZS010000541.84
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000541.84.fna -queryname NZ_AJZS010000541.84
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000541.84.fna -queryname NZ_AJZS010000541.84
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000221.849.fna -queryname NZ_BCBV010000221.849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000221.849.fna -queryname NZ_BCBV010000221.849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000221.849.fna -queryname NZ_BCBV010000221.849
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000681.850.fna -queryname NZ_BCBV010000681.850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000681.850.fna -queryname NZ_BCBV010000681.850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000681.850.fna -queryname NZ_BCBV010000681.850
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000381.851.fna -queryname NZ_BCBV010000381.851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000381.851.fna -queryname NZ_BCBV010000381.851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000381.851.fna -queryname NZ_BCBV010000381.851
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000211.852.fna -queryname NZ_BCBV010000211.852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000211.852.fna -queryname NZ_BCBV010000211.852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000211.852.fna -queryname NZ_BCBV010000211.852
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000511.853.fna -queryname NZ_BCBV010000511.853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000511.853.fna -queryname NZ_BCBV010000511.853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000511.853.fna -queryname NZ_BCBV010000511.853
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001051.854.fna -queryname NZ_BCBV010001051.854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001051.854.fna -queryname NZ_BCBV010001051.854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001051.854.fna -queryname NZ_BCBV010001051.854
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000351.855.fna -queryname NZ_BCBV010000351.855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000351.855.fna -queryname NZ_BCBV010000351.855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000351.855.fna -queryname NZ_BCBV010000351.855
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000871.856.fna -queryname NZ_BCBV010000871.856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000871.856.fna -queryname NZ_BCBV010000871.856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000871.856.fna -queryname NZ_BCBV010000871.856
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000851.857.fna -queryname NZ_BCBV010000851.857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000851.857.fna -queryname NZ_BCBV010000851.857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000851.857.fna -queryname NZ_BCBV010000851.857
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000191.858.fna -queryname NZ_BCBV010000191.858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000191.858.fna -queryname NZ_BCBV010000191.858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000191.858.fna -queryname NZ_BCBV010000191.858
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000921.85.fna -queryname NZ_AJZS010000921.85
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000921.85.fna -queryname NZ_AJZS010000921.85
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000921.85.fna -queryname NZ_AJZS010000921.85
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000651.859.fna -queryname NZ_BCBV010000651.859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000651.859.fna -queryname NZ_BCBV010000651.859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000651.859.fna -queryname NZ_BCBV010000651.859
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000361.860.fna -queryname NZ_BCBV010000361.860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000361.860.fna -queryname NZ_BCBV010000361.860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000361.860.fna -queryname NZ_BCBV010000361.860
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001091.861.fna -queryname NZ_BCBV010001091.861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001091.861.fna -queryname NZ_BCBV010001091.861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001091.861.fna -queryname NZ_BCBV010001091.861
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000331.862.fna -queryname NZ_BCBV010000331.862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000331.862.fna -queryname NZ_BCBV010000331.862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000331.862.fna -queryname NZ_BCBV010000331.862
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000291.863.fna -queryname NZ_BCBV010000291.863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000291.863.fna -queryname NZ_BCBV010000291.863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010000291.863.fna -queryname NZ_BCBV010000291.863
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001061.864.fna -queryname NZ_BCBV010001061.864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001061.864.fna -queryname NZ_BCBV010001061.864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_BCBV010001061.864.fna -queryname NZ_BCBV010001061.864
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.fna -queryname NZ_CP0128891.865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.fna -queryname NZ_CP0128891.865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.fna -queryname NZ_CP0128891.865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.AOI.fna -queryname NZ_CP0128891.865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0128891.865.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0128891.865
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0128891.865.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.fna -queryname NZ_CP0131311.866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.fna -queryname NZ_CP0131311.866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.fna -queryname NZ_CP0131311.866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.AOI.fna -queryname NZ_CP0131311.866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_CP0131311.866.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_CP0131311.866
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_CP0131311.866.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000361.867.fna -queryname NZ_LOEL010000361.867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000361.867.fna -queryname NZ_LOEL010000361.867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000361.867.fna -queryname NZ_LOEL010000361.867
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000271.868.fna -queryname NZ_LOEL010000271.868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000271.868.fna -queryname NZ_LOEL010000271.868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000271.868.fna -queryname NZ_LOEL010000271.868
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000861.86.fna -queryname NZ_AJZS010000861.86
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000861.86.fna -queryname NZ_AJZS010000861.86
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000861.86.fna -queryname NZ_AJZS010000861.86
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000681.869.fna -queryname NZ_LOEL010000681.869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000681.869.fna -queryname NZ_LOEL010000681.869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000681.869.fna -queryname NZ_LOEL010000681.869
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000431.870.fna -queryname NZ_LOEL010000431.870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000431.870.fna -queryname NZ_LOEL010000431.870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000431.870.fna -queryname NZ_LOEL010000431.870
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000201.871.fna -queryname NZ_LOEL010000201.871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000201.871.fna -queryname NZ_LOEL010000201.871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000201.871.fna -queryname NZ_LOEL010000201.871
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000231.872.fna -queryname NZ_LOEL010000231.872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000231.872.fna -queryname NZ_LOEL010000231.872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000231.872.fna -queryname NZ_LOEL010000231.872
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000151.873.fna -queryname NZ_LOEL010000151.873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000151.873.fna -queryname NZ_LOEL010000151.873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000151.873.fna -queryname NZ_LOEL010000151.873
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000441.874.fna -queryname NZ_LOEL010000441.874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000441.874.fna -queryname NZ_LOEL010000441.874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000441.874.fna -queryname NZ_LOEL010000441.874
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000571.875.fna -queryname NZ_LOEL010000571.875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000571.875.fna -queryname NZ_LOEL010000571.875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000571.875.fna -queryname NZ_LOEL010000571.875
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000011.876.fna -queryname NZ_LOEL010000011.876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000011.876.fna -queryname NZ_LOEL010000011.876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000011.876.fna -queryname NZ_LOEL010000011.876
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000481.877.fna -queryname NZ_LOEL010000481.877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000481.877.fna -queryname NZ_LOEL010000481.877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000481.877.fna -queryname NZ_LOEL010000481.877
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000171.878.fna -queryname NZ_LOEL010000171.878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000171.878.fna -queryname NZ_LOEL010000171.878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000171.878.fna -queryname NZ_LOEL010000171.878
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000631.87.fna -queryname NZ_AJZS010000631.87
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000631.87.fna -queryname NZ_AJZS010000631.87
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000631.87.fna -queryname NZ_AJZS010000631.87
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000181.879.fna -queryname NZ_LOEL010000181.879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000181.879.fna -queryname NZ_LOEL010000181.879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000181.879.fna -queryname NZ_LOEL010000181.879
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000241.880.fna -queryname NZ_LOEL010000241.880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000241.880.fna -queryname NZ_LOEL010000241.880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000241.880.fna -queryname NZ_LOEL010000241.880
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000631.881.fna -queryname NZ_LOEL010000631.881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000631.881.fna -queryname NZ_LOEL010000631.881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000631.881.fna -queryname NZ_LOEL010000631.881
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000651.882.fna -queryname NZ_LOEL010000651.882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000651.882.fna -queryname NZ_LOEL010000651.882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000651.882.fna -queryname NZ_LOEL010000651.882
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000161.883.fna -queryname NZ_LOEL010000161.883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000161.883.fna -queryname NZ_LOEL010000161.883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000161.883.fna -queryname NZ_LOEL010000161.883
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000221.884.fna -queryname NZ_LOEL010000221.884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000221.884.fna -queryname NZ_LOEL010000221.884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000221.884.fna -queryname NZ_LOEL010000221.884
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000471.885.fna -queryname NZ_LOEL010000471.885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000471.885.fna -queryname NZ_LOEL010000471.885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000471.885.fna -queryname NZ_LOEL010000471.885
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000581.886.fna -queryname NZ_LOEL010000581.886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000581.886.fna -queryname NZ_LOEL010000581.886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000581.886.fna -queryname NZ_LOEL010000581.886
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000291.887.fna -queryname NZ_LOEL010000291.887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000291.887.fna -queryname NZ_LOEL010000291.887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000291.887.fna -queryname NZ_LOEL010000291.887
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000301.888.fna -queryname NZ_LOEL010000301.888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000301.888.fna -queryname NZ_LOEL010000301.888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000301.888.fna -queryname NZ_LOEL010000301.888
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000771.88.fna -queryname NZ_AJZS010000771.88
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000771.88.fna -queryname NZ_AJZS010000771.88
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000771.88.fna -queryname NZ_AJZS010000771.88
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000251.889.fna -queryname NZ_LOEL010000251.889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000251.889.fna -queryname NZ_LOEL010000251.889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000251.889.fna -queryname NZ_LOEL010000251.889
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000351.890.fna -queryname NZ_LOEL010000351.890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000351.890.fna -queryname NZ_LOEL010000351.890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000351.890.fna -queryname NZ_LOEL010000351.890
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000561.891.fna -queryname NZ_LOEL010000561.891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000561.891.fna -queryname NZ_LOEL010000561.891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000561.891.fna -queryname NZ_LOEL010000561.891
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000331.892.fna -queryname NZ_LOEL010000331.892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000331.892.fna -queryname NZ_LOEL010000331.892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000331.892.fna -queryname NZ_LOEL010000331.892
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000131.893.fna -queryname NZ_LOEL010000131.893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000131.893.fna -queryname NZ_LOEL010000131.893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000131.893.fna -queryname NZ_LOEL010000131.893
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000421.894.fna -queryname NZ_LOEL010000421.894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000421.894.fna -queryname NZ_LOEL010000421.894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000421.894.fna -queryname NZ_LOEL010000421.894
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000621.895.fna -queryname NZ_LOEL010000621.895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000621.895.fna -queryname NZ_LOEL010000621.895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000621.895.fna -queryname NZ_LOEL010000621.895
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000501.896.fna -queryname NZ_LOEL010000501.896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000501.896.fna -queryname NZ_LOEL010000501.896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000501.896.fna -queryname NZ_LOEL010000501.896
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000281.897.fna -queryname NZ_LOEL010000281.897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000281.897.fna -queryname NZ_LOEL010000281.897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000281.897.fna -queryname NZ_LOEL010000281.897
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000521.898.fna -queryname NZ_LOEL010000521.898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000521.898.fna -queryname NZ_LOEL010000521.898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000521.898.fna -queryname NZ_LOEL010000521.898
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000691.8.fna -queryname NZ_AJZS010000691.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000691.8.fna -queryname NZ_AJZS010000691.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000691.8.fna -queryname NZ_AJZS010000691.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000331.89.fna -queryname NZ_AJZS010000331.89
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000331.89.fna -queryname NZ_AJZS010000331.89
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000331.89.fna -queryname NZ_AJZS010000331.89
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000891.899.fna -queryname NZ_LOEL010000891.899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000891.899.fna -queryname NZ_LOEL010000891.899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000891.899.fna -queryname NZ_LOEL010000891.899
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000111.900.fna -queryname NZ_LOEL010000111.900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000111.900.fna -queryname NZ_LOEL010000111.900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000111.900.fna -queryname NZ_LOEL010000111.900
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000591.901.fna -queryname NZ_LOEL010000591.901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000591.901.fna -queryname NZ_LOEL010000591.901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000591.901.fna -queryname NZ_LOEL010000591.901
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.fna -queryname NZ_LOEL010000121.902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.fna -queryname NZ_LOEL010000121.902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.fna -queryname NZ_LOEL010000121.902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.AOI.fna -queryname NZ_LOEL010000121.902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000121.902.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_LOEL010000121.902
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_LOEL010000121.902.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000381.903.fna -queryname NZ_LOEL010000381.903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000381.903.fna -queryname NZ_LOEL010000381.903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000381.903.fna -queryname NZ_LOEL010000381.903
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000391.904.fna -queryname NZ_LOEL010000391.904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000391.904.fna -queryname NZ_LOEL010000391.904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000391.904.fna -queryname NZ_LOEL010000391.904
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000641.905.fna -queryname NZ_LOEL010000641.905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000641.905.fna -queryname NZ_LOEL010000641.905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000641.905.fna -queryname NZ_LOEL010000641.905
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000401.906.fna -queryname NZ_LOEL010000401.906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000401.906.fna -queryname NZ_LOEL010000401.906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000401.906.fna -queryname NZ_LOEL010000401.906
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000141.907.fna -queryname NZ_LOEL010000141.907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000141.907.fna -queryname NZ_LOEL010000141.907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000141.907.fna -queryname NZ_LOEL010000141.907
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000491.908.fna -queryname NZ_LOEL010000491.908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000491.908.fna -queryname NZ_LOEL010000491.908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000491.908.fna -queryname NZ_LOEL010000491.908
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000571.90.fna -queryname NZ_AJZS010000571.90
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000571.90.fna -queryname NZ_AJZS010000571.90
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000571.90.fna -queryname NZ_AJZS010000571.90
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000101.909.fna -queryname NZ_LOEL010000101.909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000101.909.fna -queryname NZ_LOEL010000101.909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000101.909.fna -queryname NZ_LOEL010000101.909
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000041.910.fna -queryname NZ_LOEL010000041.910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000041.910.fna -queryname NZ_LOEL010000041.910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000041.910.fna -queryname NZ_LOEL010000041.910
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000061.911.fna -queryname NZ_LOEL010000061.911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000061.911.fna -queryname NZ_LOEL010000061.911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000061.911.fna -queryname NZ_LOEL010000061.911
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000541.912.fna -queryname NZ_LOEL010000541.912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000541.912.fna -queryname NZ_LOEL010000541.912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000541.912.fna -queryname NZ_LOEL010000541.912
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000321.913.fna -queryname NZ_LOEL010000321.913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000321.913.fna -queryname NZ_LOEL010000321.913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000321.913.fna -queryname NZ_LOEL010000321.913
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000511.914.fna -queryname NZ_LOEL010000511.914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000511.914.fna -queryname NZ_LOEL010000511.914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000511.914.fna -queryname NZ_LOEL010000511.914
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000411.915.fna -queryname NZ_LOEL010000411.915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000411.915.fna -queryname NZ_LOEL010000411.915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000411.915.fna -queryname NZ_LOEL010000411.915
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000551.916.fna -queryname NZ_LOEL010000551.916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000551.916.fna -queryname NZ_LOEL010000551.916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000551.916.fna -queryname NZ_LOEL010000551.916
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000311.917.fna -queryname NZ_LOEL010000311.917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000311.917.fna -queryname NZ_LOEL010000311.917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000311.917.fna -queryname NZ_LOEL010000311.917
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000051.918.fna -queryname NZ_LOEL010000051.918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000051.918.fna -queryname NZ_LOEL010000051.918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000051.918.fna -queryname NZ_LOEL010000051.918
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000461.91.fna -queryname NZ_AJZS010000461.91
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000461.91.fna -queryname NZ_AJZS010000461.91
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000461.91.fna -queryname NZ_AJZS010000461.91
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000081.919.fna -queryname NZ_LOEL010000081.919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000081.919.fna -queryname NZ_LOEL010000081.919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000081.919.fna -queryname NZ_LOEL010000081.919
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000781.920.fna -queryname NZ_LOEL010000781.920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000781.920.fna -queryname NZ_LOEL010000781.920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000781.920.fna -queryname NZ_LOEL010000781.920
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000031.921.fna -queryname NZ_LOEL010000031.921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000031.921.fna -queryname NZ_LOEL010000031.921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000031.921.fna -queryname NZ_LOEL010000031.921
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000451.922.fna -queryname NZ_LOEL010000451.922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000451.922.fna -queryname NZ_LOEL010000451.922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000451.922.fna -queryname NZ_LOEL010000451.922
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000601.923.fna -queryname NZ_LOEL010000601.923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000601.923.fna -queryname NZ_LOEL010000601.923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000601.923.fna -queryname NZ_LOEL010000601.923
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000211.924.fna -queryname NZ_LOEL010000211.924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000211.924.fna -queryname NZ_LOEL010000211.924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000211.924.fna -queryname NZ_LOEL010000211.924
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000611.925.fna -queryname NZ_LOEL010000611.925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000611.925.fna -queryname NZ_LOEL010000611.925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000611.925.fna -queryname NZ_LOEL010000611.925
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000531.926.fna -queryname NZ_LOEL010000531.926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000531.926.fna -queryname NZ_LOEL010000531.926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000531.926.fna -queryname NZ_LOEL010000531.926
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000671.927.fna -queryname NZ_LOEL010000671.927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000671.927.fna -queryname NZ_LOEL010000671.927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000671.927.fna -queryname NZ_LOEL010000671.927
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000261.928.fna -queryname NZ_LOEL010000261.928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000261.928.fna -queryname NZ_LOEL010000261.928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000261.928.fna -queryname NZ_LOEL010000261.928
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000021.92.fna -queryname NZ_AJZS010000021.92
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000021.92.fna -queryname NZ_AJZS010000021.92
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000021.92.fna -queryname NZ_AJZS010000021.92
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000021.929.fna -queryname NZ_LOEL010000021.929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000021.929.fna -queryname NZ_LOEL010000021.929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000021.929.fna -queryname NZ_LOEL010000021.929
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000461.930.fna -queryname NZ_LOEL010000461.930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000461.930.fna -queryname NZ_LOEL010000461.930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000461.930.fna -queryname NZ_LOEL010000461.930
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000071.931.fna -queryname NZ_LOEL010000071.931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000071.931.fna -queryname NZ_LOEL010000071.931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000071.931.fna -queryname NZ_LOEL010000071.931
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000191.932.fna -queryname NZ_LOEL010000191.932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000191.932.fna -queryname NZ_LOEL010000191.932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000191.932.fna -queryname NZ_LOEL010000191.932
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000661.933.fna -queryname NZ_LOEL010000661.933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000661.933.fna -queryname NZ_LOEL010000661.933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000661.933.fna -queryname NZ_LOEL010000661.933
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000091.934.fna -queryname NZ_LOEL010000091.934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000091.934.fna -queryname NZ_LOEL010000091.934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000091.934.fna -queryname NZ_LOEL010000091.934
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000341.935.fna -queryname NZ_LOEL010000341.935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000341.935.fna -queryname NZ_LOEL010000341.935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000341.935.fna -queryname NZ_LOEL010000341.935
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000371.936.fna -queryname NZ_LOEL010000371.936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000371.936.fna -queryname NZ_LOEL010000371.936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000371.936.fna -queryname NZ_LOEL010000371.936
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000691.937.fna -queryname NZ_LOEL010000691.937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000691.937.fna -queryname NZ_LOEL010000691.937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_LOEL010000691.937.fna -queryname NZ_LOEL010000691.937
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000231.938.fna -queryname NZ_NHRU010000231.938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000231.938.fna -queryname NZ_NHRU010000231.938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000231.938.fna -queryname NZ_NHRU010000231.938
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000271.93.fna -queryname NZ_AJZS010000271.93
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000271.93.fna -queryname NZ_AJZS010000271.93
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000271.93.fna -queryname NZ_AJZS010000271.93
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000241.939.fna -queryname NZ_NHRU010000241.939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000241.939.fna -queryname NZ_NHRU010000241.939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000241.939.fna -queryname NZ_NHRU010000241.939
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000091.940.fna -queryname NZ_NHRU010000091.940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000091.940.fna -queryname NZ_NHRU010000091.940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000091.940.fna -queryname NZ_NHRU010000091.940
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000211.941.fna -queryname NZ_NHRU010000211.941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000211.941.fna -queryname NZ_NHRU010000211.941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000211.941.fna -queryname NZ_NHRU010000211.941
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000081.942.fna -queryname NZ_NHRU010000081.942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000081.942.fna -queryname NZ_NHRU010000081.942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000081.942.fna -queryname NZ_NHRU010000081.942
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000161.943.fna -queryname NZ_NHRU010000161.943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000161.943.fna -queryname NZ_NHRU010000161.943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000161.943.fna -queryname NZ_NHRU010000161.943
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000171.944.fna -queryname NZ_NHRU010000171.944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000171.944.fna -queryname NZ_NHRU010000171.944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000171.944.fna -queryname NZ_NHRU010000171.944
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000141.945.fna -queryname NZ_NHRU010000141.945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000141.945.fna -queryname NZ_NHRU010000141.945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000141.945.fna -queryname NZ_NHRU010000141.945
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000121.946.fna -queryname NZ_NHRU010000121.946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000121.946.fna -queryname NZ_NHRU010000121.946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000121.946.fna -queryname NZ_NHRU010000121.946
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000041.947.fna -queryname NZ_NHRU010000041.947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000041.947.fna -queryname NZ_NHRU010000041.947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000041.947.fna -queryname NZ_NHRU010000041.947
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000191.948.fna -queryname NZ_NHRU010000191.948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000191.948.fna -queryname NZ_NHRU010000191.948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000191.948.fna -queryname NZ_NHRU010000191.948
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000181.94.fna -queryname NZ_AJZS010000181.94
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000181.94.fna -queryname NZ_AJZS010000181.94
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000181.94.fna -queryname NZ_AJZS010000181.94
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000031.949.fna -queryname NZ_NHRU010000031.949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000031.949.fna -queryname NZ_NHRU010000031.949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000031.949.fna -queryname NZ_NHRU010000031.949
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000051.950.fna -queryname NZ_NHRU010000051.950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000051.950.fna -queryname NZ_NHRU010000051.950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000051.950.fna -queryname NZ_NHRU010000051.950
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000061.951.fna -queryname NZ_NHRU010000061.951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000061.951.fna -queryname NZ_NHRU010000061.951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000061.951.fna -queryname NZ_NHRU010000061.951
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000181.952.fna -queryname NZ_NHRU010000181.952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000181.952.fna -queryname NZ_NHRU010000181.952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000181.952.fna -queryname NZ_NHRU010000181.952
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000101.953.fna -queryname NZ_NHRU010000101.953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000101.953.fna -queryname NZ_NHRU010000101.953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000101.953.fna -queryname NZ_NHRU010000101.953
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000131.954.fna -queryname NZ_NHRU010000131.954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000131.954.fna -queryname NZ_NHRU010000131.954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000131.954.fna -queryname NZ_NHRU010000131.954
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000021.955.fna -queryname NZ_NHRU010000021.955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000021.955.fna -queryname NZ_NHRU010000021.955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000021.955.fna -queryname NZ_NHRU010000021.955
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000201.956.fna -queryname NZ_NHRU010000201.956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000201.956.fna -queryname NZ_NHRU010000201.956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000201.956.fna -queryname NZ_NHRU010000201.956
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000221.957.fna -queryname NZ_NHRU010000221.957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000221.957.fna -queryname NZ_NHRU010000221.957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000221.957.fna -queryname NZ_NHRU010000221.957
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.fna -queryname NZ_NHRU010000011.958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.fna -queryname NZ_NHRU010000011.958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.fna -queryname NZ_NHRU010000011.958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.AOI.fna -queryname NZ_NHRU010000011.958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000011.958.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -queryname NZ_NHRU010000011.958
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -table NZ_NHRU010000011.958.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000251.95.fna -queryname NZ_AJZS010000251.95
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000251.95.fna -queryname NZ_AJZS010000251.95
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000251.95.fna -queryname NZ_AJZS010000251.95
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000151.959.fna -queryname NZ_NHRU010000151.959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000151.959.fna -queryname NZ_NHRU010000151.959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000151.959.fna -queryname NZ_NHRU010000151.959
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000111.960.fna -queryname NZ_NHRU010000111.960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000111.960.fna -queryname NZ_NHRU010000111.960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000111.960.fna -queryname NZ_NHRU010000111.960
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000071.961.fna -queryname NZ_NHRU010000071.961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000071.961.fna -queryname NZ_NHRU010000071.961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_NHRU010000071.961.fna -queryname NZ_NHRU010000071.961
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000181.962.fna -queryname NZ_ASYN010000181.962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000181.962.fna -queryname NZ_ASYN010000181.962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000181.962.fna -queryname NZ_ASYN010000181.962
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001111.963.fna -queryname NZ_ASYN010001111.963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001111.963.fna -queryname NZ_ASYN010001111.963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001111.963.fna -queryname NZ_ASYN010001111.963
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001561.964.fna -queryname NZ_ASYN010001561.964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001561.964.fna -queryname NZ_ASYN010001561.964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001561.964.fna -queryname NZ_ASYN010001561.964
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000241.965.fna -queryname NZ_ASYN010000241.965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000241.965.fna -queryname NZ_ASYN010000241.965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000241.965.fna -queryname NZ_ASYN010000241.965
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001261.966.fna -queryname NZ_ASYN010001261.966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001261.966.fna -queryname NZ_ASYN010001261.966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001261.966.fna -queryname NZ_ASYN010001261.966
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001691.967.fna -queryname NZ_ASYN010001691.967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001691.967.fna -queryname NZ_ASYN010001691.967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001691.967.fna -queryname NZ_ASYN010001691.967
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000011.968.fna -queryname NZ_ASYN010000011.968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000011.968.fna -queryname NZ_ASYN010000011.968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000011.968.fna -queryname NZ_ASYN010000011.968
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000931.96.fna -queryname NZ_AJZS010000931.96
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000931.96.fna -queryname NZ_AJZS010000931.96
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000931.96.fna -queryname NZ_AJZS010000931.96
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000151.969.fna -queryname NZ_ASYN010000151.969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000151.969.fna -queryname NZ_ASYN010000151.969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000151.969.fna -queryname NZ_ASYN010000151.969
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001171.970.fna -queryname NZ_ASYN010001171.970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001171.970.fna -queryname NZ_ASYN010001171.970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001171.970.fna -queryname NZ_ASYN010001171.970
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001541.971.fna -queryname NZ_ASYN010001541.971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001541.971.fna -queryname NZ_ASYN010001541.971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001541.971.fna -queryname NZ_ASYN010001541.971
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001861.972.fna -queryname NZ_ASYN010001861.972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001861.972.fna -queryname NZ_ASYN010001861.972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001861.972.fna -queryname NZ_ASYN010001861.972
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000391.973.fna -queryname NZ_ASYN010000391.973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000391.973.fna -queryname NZ_ASYN010000391.973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000391.973.fna -queryname NZ_ASYN010000391.973
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000681.974.fna -queryname NZ_ASYN010000681.974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000681.974.fna -queryname NZ_ASYN010000681.974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000681.974.fna -queryname NZ_ASYN010000681.974
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000101.975.fna -queryname NZ_ASYN010000101.975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000101.975.fna -queryname NZ_ASYN010000101.975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000101.975.fna -queryname NZ_ASYN010000101.975
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001211.976.fna -queryname NZ_ASYN010001211.976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001211.976.fna -queryname NZ_ASYN010001211.976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001211.976.fna -queryname NZ_ASYN010001211.976
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001801.977.fna -queryname NZ_ASYN010001801.977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001801.977.fna -queryname NZ_ASYN010001801.977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001801.977.fna -queryname NZ_ASYN010001801.977
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000121.978.fna -queryname NZ_ASYN010000121.978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000121.978.fna -queryname NZ_ASYN010000121.978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000121.978.fna -queryname NZ_ASYN010000121.978
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000731.97.fna -queryname NZ_AJZS010000731.97
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000731.97.fna -queryname NZ_AJZS010000731.97
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000731.97.fna -queryname NZ_AJZS010000731.97
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001441.979.fna -queryname NZ_ASYN010001441.979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001441.979.fna -queryname NZ_ASYN010001441.979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001441.979.fna -queryname NZ_ASYN010001441.979
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001771.980.fna -queryname NZ_ASYN010001771.980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001771.980.fna -queryname NZ_ASYN010001771.980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001771.980.fna -queryname NZ_ASYN010001771.980
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001721.981.fna -queryname NZ_ASYN010001721.981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001721.981.fna -queryname NZ_ASYN010001721.981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001721.981.fna -queryname NZ_ASYN010001721.981
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001531.982.fna -queryname NZ_ASYN010001531.982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001531.982.fna -queryname NZ_ASYN010001531.982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001531.982.fna -queryname NZ_ASYN010001531.982
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001891.983.fna -queryname NZ_ASYN010001891.983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001891.983.fna -queryname NZ_ASYN010001891.983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001891.983.fna -queryname NZ_ASYN010001891.983
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000341.984.fna -queryname NZ_ASYN010000341.984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000341.984.fna -queryname NZ_ASYN010000341.984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000341.984.fna -queryname NZ_ASYN010000341.984
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000061.985.fna -queryname NZ_ASYN010000061.985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000061.985.fna -queryname NZ_ASYN010000061.985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000061.985.fna -queryname NZ_ASYN010000061.985
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001731.986.fna -queryname NZ_ASYN010001731.986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001731.986.fna -queryname NZ_ASYN010001731.986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001731.986.fna -queryname NZ_ASYN010001731.986
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000201.987.fna -queryname NZ_ASYN010000201.987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000201.987.fna -queryname NZ_ASYN010000201.987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000201.987.fna -queryname NZ_ASYN010000201.987
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001631.988.fna -queryname NZ_ASYN010001631.988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001631.988.fna -queryname NZ_ASYN010001631.988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001631.988.fna -queryname NZ_ASYN010001631.988
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000011.98.fna -queryname NZ_AJZS010000011.98
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000011.98.fna -queryname NZ_AJZS010000011.98
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_AJZS010000011.98.fna -queryname NZ_AJZS010000011.98
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001291.989.fna -queryname NZ_ASYN010001291.989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001291.989.fna -queryname NZ_ASYN010001291.989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001291.989.fna -queryname NZ_ASYN010001291.989
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001161.990.fna -queryname NZ_ASYN010001161.990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001161.990.fna -queryname NZ_ASYN010001161.990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001161.990.fna -queryname NZ_ASYN010001161.990
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001301.991.fna -queryname NZ_ASYN010001301.991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001301.991.fna -queryname NZ_ASYN010001301.991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001301.991.fna -queryname NZ_ASYN010001301.991
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001221.992.fna -queryname NZ_ASYN010001221.992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001221.992.fna -queryname NZ_ASYN010001221.992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001221.992.fna -queryname NZ_ASYN010001221.992
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001411.993.fna -queryname NZ_ASYN010001411.993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001411.993.fna -queryname NZ_ASYN010001411.993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001411.993.fna -queryname NZ_ASYN010001411.993
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001941.994.fna -queryname NZ_ASYN010001941.994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001941.994.fna -queryname NZ_ASYN010001941.994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001941.994.fna -queryname NZ_ASYN010001941.994
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001391.995.fna -queryname NZ_ASYN010001391.995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001391.995.fna -queryname NZ_ASYN010001391.995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001391.995.fna -queryname NZ_ASYN010001391.995
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001651.996.fna -queryname NZ_ASYN010001651.996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001651.996.fna -queryname NZ_ASYN010001651.996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001651.996.fna -queryname NZ_ASYN010001651.996
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001551.997.fna -queryname NZ_ASYN010001551.997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001551.997.fna -queryname NZ_ASYN010001551.997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010001551.997.fna -queryname NZ_ASYN010001551.997
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000271.998.fna -queryname NZ_ASYN010000271.998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000271.998.fna -queryname NZ_ASYN010000271.998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result/NZ_ASYN010000271.998.fna -queryname NZ_ASYN010000271.998
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_gingivalis.result