/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000321.0.fna -queryname NZ_ACNN010000321.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000321.0.fna -queryname NZ_ACNN010000321.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000321.0.fna -queryname NZ_ACNN010000321.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000061.9.fna -queryname NZ_ACNN010000061.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000061.9.fna -queryname NZ_ACNN010000061.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000061.9.fna -queryname NZ_ACNN010000061.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000161.10.fna -queryname NZ_ACNN010000161.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000161.10.fna -queryname NZ_ACNN010000161.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000161.10.fna -queryname NZ_ACNN010000161.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000251.11.fna -queryname NZ_ACNN010000251.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000251.11.fna -queryname NZ_ACNN010000251.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000251.11.fna -queryname NZ_ACNN010000251.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000361.12.fna -queryname NZ_ACNN010000361.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000361.12.fna -queryname NZ_ACNN010000361.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000361.12.fna -queryname NZ_ACNN010000361.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000291.13.fna -queryname NZ_ACNN010000291.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000291.13.fna -queryname NZ_ACNN010000291.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000291.13.fna -queryname NZ_ACNN010000291.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000191.14.fna -queryname NZ_ACNN010000191.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000191.14.fna -queryname NZ_ACNN010000191.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000191.14.fna -queryname NZ_ACNN010000191.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000201.15.fna -queryname NZ_ACNN010000201.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000201.15.fna -queryname NZ_ACNN010000201.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000201.15.fna -queryname NZ_ACNN010000201.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000171.16.fna -queryname NZ_ACNN010000171.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000171.16.fna -queryname NZ_ACNN010000171.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000171.16.fna -queryname NZ_ACNN010000171.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000341.17.fna -queryname NZ_ACNN010000341.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000341.17.fna -queryname NZ_ACNN010000341.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000341.17.fna -queryname NZ_ACNN010000341.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000111.18.fna -queryname NZ_ACNN010000111.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000111.18.fna -queryname NZ_ACNN010000111.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000111.18.fna -queryname NZ_ACNN010000111.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000091.1.fna -queryname NZ_ACNN010000091.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000091.1.fna -queryname NZ_ACNN010000091.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000091.1.fna -queryname NZ_ACNN010000091.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000211.19.fna -queryname NZ_ACNN010000211.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000211.19.fna -queryname NZ_ACNN010000211.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000211.19.fna -queryname NZ_ACNN010000211.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000261.20.fna -queryname NZ_ACNN010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000261.20.fna -queryname NZ_ACNN010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000261.20.fna -queryname NZ_ACNN010000261.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000071.21.fna -queryname NZ_ACNN010000071.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000071.21.fna -queryname NZ_ACNN010000071.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000071.21.fna -queryname NZ_ACNN010000071.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000241.22.fna -queryname NZ_ACNN010000241.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000241.22.fna -queryname NZ_ACNN010000241.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000241.22.fna -queryname NZ_ACNN010000241.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000351.23.fna -queryname NZ_ACNN010000351.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000351.23.fna -queryname NZ_ACNN010000351.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000351.23.fna -queryname NZ_ACNN010000351.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000331.24.fna -queryname NZ_ACNN010000331.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000331.24.fna -queryname NZ_ACNN010000331.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000331.24.fna -queryname NZ_ACNN010000331.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000181.25.fna -queryname NZ_ACNN010000181.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000181.25.fna -queryname NZ_ACNN010000181.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000181.25.fna -queryname NZ_ACNN010000181.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000121.26.fna -queryname NZ_ACNN010000121.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000121.26.fna -queryname NZ_ACNN010000121.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000121.26.fna -queryname NZ_ACNN010000121.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000051.27.fna -queryname NZ_ACNN010000051.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000051.27.fna -queryname NZ_ACNN010000051.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000051.27.fna -queryname NZ_ACNN010000051.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000021.28.fna -queryname NZ_UGTE010000021.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000021.28.fna -queryname NZ_UGTE010000021.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000021.28.fna -queryname NZ_UGTE010000021.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000231.2.fna -queryname NZ_ACNN010000231.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000231.2.fna -queryname NZ_ACNN010000231.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000231.2.fna -queryname NZ_ACNN010000231.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.fna -queryname NZ_UGTE010000011.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.fna -queryname NZ_UGTE010000011.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.fna -queryname NZ_UGTE010000011.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.AOI.fna -queryname NZ_UGTE010000011.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_UGTE010000011.29.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -queryname NZ_UGTE010000011.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -table NZ_UGTE010000011.29.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000281.3.fna -queryname NZ_ACNN010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000281.3.fna -queryname NZ_ACNN010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000281.3.fna -queryname NZ_ACNN010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000041.4.fna -queryname NZ_ACNN010000041.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000041.4.fna -queryname NZ_ACNN010000041.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000041.4.fna -queryname NZ_ACNN010000041.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000141.5.fna -queryname NZ_ACNN010000141.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000141.5.fna -queryname NZ_ACNN010000141.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000141.5.fna -queryname NZ_ACNN010000141.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.fna -queryname NZ_ACNN010000311.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.fna -queryname NZ_ACNN010000311.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.fna -queryname NZ_ACNN010000311.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.AOI.fna -queryname NZ_ACNN010000311.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000311.6.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -queryname NZ_ACNN010000311.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -table NZ_ACNN010000311.6.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000371.7.fna -queryname NZ_ACNN010000371.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000371.7.fna -queryname NZ_ACNN010000371.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000371.7.fna -queryname NZ_ACNN010000371.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000021.8.fna -queryname NZ_ACNN010000021.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000021.8.fna -queryname NZ_ACNN010000021.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result/NZ_ACNN010000021.8.fna -queryname NZ_ACNN010000021.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Porphyromonadaceae/Porphyromonas_endodontalis.result