/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000681.0.fna -queryname NZ_BAIV010000681.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000681.0.fna -queryname NZ_BAIV010000681.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000681.0.fna -queryname NZ_BAIV010000681.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000201.9.fna -queryname NZ_BAIV010000201.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000201.9.fna -queryname NZ_BAIV010000201.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000201.9.fna -queryname NZ_BAIV010000201.9
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000211.10.fna -queryname NZ_BAIV010000211.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000211.10.fna -queryname NZ_BAIV010000211.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000211.10.fna -queryname NZ_BAIV010000211.10
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000591.11.fna -queryname NZ_BAIV010000591.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000591.11.fna -queryname NZ_BAIV010000591.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000591.11.fna -queryname NZ_BAIV010000591.11
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000541.12.fna -queryname NZ_BAIV010000541.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000541.12.fna -queryname NZ_BAIV010000541.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000541.12.fna -queryname NZ_BAIV010000541.12
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000661.13.fna -queryname NZ_BAIV010000661.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000661.13.fna -queryname NZ_BAIV010000661.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000661.13.fna -queryname NZ_BAIV010000661.13
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000341.14.fna -queryname NZ_BAIV010000341.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000341.14.fna -queryname NZ_BAIV010000341.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000341.14.fna -queryname NZ_BAIV010000341.14
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000481.15.fna -queryname NZ_BAIV010000481.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000481.15.fna -queryname NZ_BAIV010000481.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000481.15.fna -queryname NZ_BAIV010000481.15
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000231.16.fna -queryname NZ_BAIV010000231.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000231.16.fna -queryname NZ_BAIV010000231.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000231.16.fna -queryname NZ_BAIV010000231.16
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000291.17.fna -queryname NZ_BAIV010000291.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000291.17.fna -queryname NZ_BAIV010000291.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000291.17.fna -queryname NZ_BAIV010000291.17
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000371.18.fna -queryname NZ_BAIV010000371.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000371.18.fna -queryname NZ_BAIV010000371.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000371.18.fna -queryname NZ_BAIV010000371.18
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000041.1.fna -queryname NZ_BAIV010000041.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000041.1.fna -queryname NZ_BAIV010000041.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000041.1.fna -queryname NZ_BAIV010000041.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000121.19.fna -queryname NZ_BAIV010000121.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000121.19.fna -queryname NZ_BAIV010000121.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000121.19.fna -queryname NZ_BAIV010000121.19
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000431.20.fna -queryname NZ_BAIV010000431.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000431.20.fna -queryname NZ_BAIV010000431.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000431.20.fna -queryname NZ_BAIV010000431.20
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000021.21.fna -queryname NZ_BAIV010000021.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000021.21.fna -queryname NZ_BAIV010000021.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000021.21.fna -queryname NZ_BAIV010000021.21
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000091.22.fna -queryname NZ_BAIV010000091.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000091.22.fna -queryname NZ_BAIV010000091.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000091.22.fna -queryname NZ_BAIV010000091.22
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000581.23.fna -queryname NZ_BAIV010000581.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000581.23.fna -queryname NZ_BAIV010000581.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000581.23.fna -queryname NZ_BAIV010000581.23
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.fna -queryname NZ_BAIV010000171.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.fna -queryname NZ_BAIV010000171.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.fna -queryname NZ_BAIV010000171.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.AOI.fna -queryname NZ_BAIV010000171.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000171.24.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -queryname NZ_BAIV010000171.24
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -table NZ_BAIV010000171.24.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000651.25.fna -queryname NZ_BAIV010000651.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000651.25.fna -queryname NZ_BAIV010000651.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000651.25.fna -queryname NZ_BAIV010000651.25
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000181.26.fna -queryname NZ_BAIV010000181.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000181.26.fna -queryname NZ_BAIV010000181.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000181.26.fna -queryname NZ_BAIV010000181.26
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000261.27.fna -queryname NZ_BAIV010000261.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000261.27.fna -queryname NZ_BAIV010000261.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000261.27.fna -queryname NZ_BAIV010000261.27
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000151.28.fna -queryname NZ_BAIV010000151.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000151.28.fna -queryname NZ_BAIV010000151.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000151.28.fna -queryname NZ_BAIV010000151.28
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000571.2.fna -queryname NZ_BAIV010000571.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000571.2.fna -queryname NZ_BAIV010000571.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000571.2.fna -queryname NZ_BAIV010000571.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000351.29.fna -queryname NZ_BAIV010000351.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000351.29.fna -queryname NZ_BAIV010000351.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000351.29.fna -queryname NZ_BAIV010000351.29
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000641.30.fna -queryname NZ_BAIV010000641.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000641.30.fna -queryname NZ_BAIV010000641.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000641.30.fna -queryname NZ_BAIV010000641.30
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000451.31.fna -queryname NZ_BAIV010000451.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000451.31.fna -queryname NZ_BAIV010000451.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000451.31.fna -queryname NZ_BAIV010000451.31
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000011.32.fna -queryname NZ_BAIV010000011.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000011.32.fna -queryname NZ_BAIV010000011.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000011.32.fna -queryname NZ_BAIV010000011.32
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000551.33.fna -queryname NZ_BAIV010000551.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000551.33.fna -queryname NZ_BAIV010000551.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000551.33.fna -queryname NZ_BAIV010000551.33
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000441.34.fna -queryname NZ_BAIV010000441.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000441.34.fna -queryname NZ_BAIV010000441.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000441.34.fna -queryname NZ_BAIV010000441.34
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000621.35.fna -queryname NZ_BAIV010000621.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000621.35.fna -queryname NZ_BAIV010000621.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000621.35.fna -queryname NZ_BAIV010000621.35
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000631.36.fna -queryname NZ_BAIV010000631.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000631.36.fna -queryname NZ_BAIV010000631.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000631.36.fna -queryname NZ_BAIV010000631.36
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000031.37.fna -queryname NZ_BAIV010000031.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000031.37.fna -queryname NZ_BAIV010000031.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000031.37.fna -queryname NZ_BAIV010000031.37
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000301.38.fna -queryname NZ_BAIV010000301.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000301.38.fna -queryname NZ_BAIV010000301.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000301.38.fna -queryname NZ_BAIV010000301.38
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000281.3.fna -queryname NZ_BAIV010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000281.3.fna -queryname NZ_BAIV010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000281.3.fna -queryname NZ_BAIV010000281.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000361.39.fna -queryname NZ_BAIV010000361.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000361.39.fna -queryname NZ_BAIV010000361.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000361.39.fna -queryname NZ_BAIV010000361.39
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000251.40.fna -queryname NZ_BAIV010000251.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000251.40.fna -queryname NZ_BAIV010000251.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000251.40.fna -queryname NZ_BAIV010000251.40
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000191.41.fna -queryname NZ_BAIV010000191.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000191.41.fna -queryname NZ_BAIV010000191.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000191.41.fna -queryname NZ_BAIV010000191.41
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000101.42.fna -queryname NZ_BAIV010000101.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000101.42.fna -queryname NZ_BAIV010000101.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000101.42.fna -queryname NZ_BAIV010000101.42
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000161.43.fna -queryname NZ_BAIV010000161.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000161.43.fna -queryname NZ_BAIV010000161.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000161.43.fna -queryname NZ_BAIV010000161.43
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000711.44.fna -queryname NZ_BAIV010000711.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000711.44.fna -queryname NZ_BAIV010000711.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000711.44.fna -queryname NZ_BAIV010000711.44
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000321.45.fna -queryname NZ_BAIV010000321.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000321.45.fna -queryname NZ_BAIV010000321.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000321.45.fna -queryname NZ_BAIV010000321.45
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000521.46.fna -queryname NZ_BAIV010000521.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000521.46.fna -queryname NZ_BAIV010000521.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000521.46.fna -queryname NZ_BAIV010000521.46
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000471.47.fna -queryname NZ_BAIV010000471.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000471.47.fna -queryname NZ_BAIV010000471.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000471.47.fna -queryname NZ_BAIV010000471.47
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000421.48.fna -queryname NZ_BAIV010000421.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000421.48.fna -queryname NZ_BAIV010000421.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000421.48.fna -queryname NZ_BAIV010000421.48
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000071.4.fna -queryname NZ_BAIV010000071.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000071.4.fna -queryname NZ_BAIV010000071.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000071.4.fna -queryname NZ_BAIV010000071.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000271.49.fna -queryname NZ_BAIV010000271.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000271.49.fna -queryname NZ_BAIV010000271.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000271.49.fna -queryname NZ_BAIV010000271.49
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000241.50.fna -queryname NZ_BAIV010000241.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000241.50.fna -queryname NZ_BAIV010000241.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000241.50.fna -queryname NZ_BAIV010000241.50
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000401.51.fna -queryname NZ_BAIV010000401.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000401.51.fna -queryname NZ_BAIV010000401.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000401.51.fna -queryname NZ_BAIV010000401.51
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000131.52.fna -queryname NZ_BAIV010000131.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000131.52.fna -queryname NZ_BAIV010000131.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000131.52.fna -queryname NZ_BAIV010000131.52
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000381.53.fna -queryname NZ_BAIV010000381.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000381.53.fna -queryname NZ_BAIV010000381.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000381.53.fna -queryname NZ_BAIV010000381.53
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000501.54.fna -queryname NZ_BAIV010000501.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000501.54.fna -queryname NZ_BAIV010000501.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000501.54.fna -queryname NZ_BAIV010000501.54
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000391.55.fna -queryname NZ_BAIV010000391.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000391.55.fna -queryname NZ_BAIV010000391.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000391.55.fna -queryname NZ_BAIV010000391.55
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000051.56.fna -queryname NZ_BAIV010000051.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000051.56.fna -queryname NZ_BAIV010000051.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000051.56.fna -queryname NZ_BAIV010000051.56
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000691.57.fna -queryname NZ_BAIV010000691.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000691.57.fna -queryname NZ_BAIV010000691.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000691.57.fna -queryname NZ_BAIV010000691.57
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000671.58.fna -queryname NZ_BAIV010000671.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000671.58.fna -queryname NZ_BAIV010000671.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000671.58.fna -queryname NZ_BAIV010000671.58
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000411.5.fna -queryname NZ_BAIV010000411.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000411.5.fna -queryname NZ_BAIV010000411.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000411.5.fna -queryname NZ_BAIV010000411.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000511.59.fna -queryname NZ_BAIV010000511.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000511.59.fna -queryname NZ_BAIV010000511.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000511.59.fna -queryname NZ_BAIV010000511.59
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000561.60.fna -queryname NZ_BAIV010000561.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000561.60.fna -queryname NZ_BAIV010000561.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000561.60.fna -queryname NZ_BAIV010000561.60
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000221.61.fna -queryname NZ_BAIV010000221.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000221.61.fna -queryname NZ_BAIV010000221.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000221.61.fna -queryname NZ_BAIV010000221.61
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000061.62.fna -queryname NZ_BAIV010000061.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000061.62.fna -queryname NZ_BAIV010000061.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000061.62.fna -queryname NZ_BAIV010000061.62
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000311.63.fna -queryname NZ_BAIV010000311.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000311.63.fna -queryname NZ_BAIV010000311.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000311.63.fna -queryname NZ_BAIV010000311.63
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000111.64.fna -queryname NZ_BAIV010000111.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000111.64.fna -queryname NZ_BAIV010000111.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000111.64.fna -queryname NZ_BAIV010000111.64
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000461.65.fna -queryname NZ_BAIV010000461.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000461.65.fna -queryname NZ_BAIV010000461.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000461.65.fna -queryname NZ_BAIV010000461.65
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000701.66.fna -queryname NZ_BAIV010000701.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000701.66.fna -queryname NZ_BAIV010000701.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000701.66.fna -queryname NZ_BAIV010000701.66
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000141.67.fna -queryname NZ_BAIV010000141.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000141.67.fna -queryname NZ_BAIV010000141.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000141.67.fna -queryname NZ_BAIV010000141.67
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000491.68.fna -queryname NZ_BAIV010000491.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000491.68.fna -queryname NZ_BAIV010000491.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000491.68.fna -queryname NZ_BAIV010000491.68
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000081.6.fna -queryname NZ_BAIV010000081.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000081.6.fna -queryname NZ_BAIV010000081.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000081.6.fna -queryname NZ_BAIV010000081.6
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000611.69.fna -queryname NZ_BAIV010000611.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000611.69.fna -queryname NZ_BAIV010000611.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000611.69.fna -queryname NZ_BAIV010000611.69
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000531.70.fna -queryname NZ_BAIV010000531.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000531.70.fna -queryname NZ_BAIV010000531.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000531.70.fna -queryname NZ_BAIV010000531.70
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000601.7.fna -queryname NZ_BAIV010000601.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000601.7.fna -queryname NZ_BAIV010000601.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000601.7.fna -queryname NZ_BAIV010000601.7
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000331.8.fna -queryname NZ_BAIV010000331.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000331.8.fna -queryname NZ_BAIV010000331.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result/NZ_BAIV010000331.8.fna -queryname NZ_BAIV010000331.8
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_reticulotermitis.result