/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070091.0.fna -queryname NZ_LT7070091.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070091.0.fna -queryname NZ_LT7070091.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070091.0.fna -queryname NZ_LT7070091.0
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070141.1.fna -queryname NZ_LT7070141.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070141.1.fna -queryname NZ_LT7070141.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070141.1.fna -queryname NZ_LT7070141.1
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070081.2.fna -queryname NZ_LT7070081.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070081.2.fna -queryname NZ_LT7070081.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070081.2.fna -queryname NZ_LT7070081.2
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070121.3.fna -queryname NZ_LT7070121.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070121.3.fna -queryname NZ_LT7070121.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070121.3.fna -queryname NZ_LT7070121.3
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.fna -queryname NZ_LT7070061.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.fna -queryname NZ_LT7070061.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.fna -queryname NZ_LT7070061.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_annotation.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -model false -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.AOI.fna -queryname NZ_LT7070061.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoterprediction.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_transterm.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070061.4.AOI.fna
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_promoter_term_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -queryname NZ_LT7070061.4
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_GeneTable_2_json.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -table NZ_LT7070061.4.GeneTables
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_hmm_rules.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070161.5.fna -queryname NZ_LT7070161.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_identification_blast_bacteriocins.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -translate true -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070161.5.fna -queryname NZ_LT7070161.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_AOI_merge.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result -dna /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result/NZ_LT7070161.5.fna -queryname NZ_LT7070161.5
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result
/data/pg-molgen/software/bagel4_2022/bagel4_clean_tmpfiles.pl -s /data/pg-molgen/USERS/Vicky/Results_BAGEL4_Peregrine/Results_Bacteroidaceae//Bacteroides_bouchesdurhonensis.result