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RA	109	.	NC_007793	127078	0	T	C	bias_e_value=55447.7	bias_p_value=0.0190054	consensus_score=127.8	fisher_strand_p_value=0.00275695	frequency=4.396e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=106/10	major_frequency=5.604e-01	minor_base=C	minor_cov=91/0	new_cov=91/0	polymorphism_frequency=4.396e-01	polymorphism_score=171.4	prediction=polymorphism	ref_cov=106/10	total_cov=197/10
RA	110	.	NC_007793	143990	0	G	A	consensus_score=1115.4	frequency=1	major_base=A	major_cov=341/17	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=341/17	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=341/17
RA	111	.	NC_007793	145268	0	G	A	bias_e_value=2176640	bias_p_value=0.746071	consensus_score=930.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.378339	major_base=A	major_cov=290/5	major_frequency=9.966e-01	minor_base=G	minor_cov=1/0	new_cov=290/5	polymorphism_frequency=9.966e-01	polymorphism_score=-5.6	prediction=consensus	ref_cov=1/0	total_cov=291/5
RA	112	.	NC_007793	154432	0	T	G	bias_e_value=3356.67	bias_p_value=0.00115054	consensus_score=32.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.469e-01	ks_quality_p_value=0.000114165	major_base=G	major_cov=35/0	major_frequency=5.469e-01	minor_base=T	minor_cov=29/0	new_cov=35/0	polymorphism_frequency=5.469e-01	polymorphism_score=59.2	prediction=polymorphism	ref_cov=29/0	total_cov=64/0
RA	113	.	NC_007793	156098	1	.	C	bias_e_value=2904820	bias_p_value=0.995663	consensus_score=7.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.846e-01	ks_quality_p_value=0.908324	major_base=.	major_cov=1/7	major_frequency=6.154e-01	minor_base=C	minor_cov=0/5	new_cov=0/5	polymorphism_frequency=3.846e-01	polymorphism_score=15.7	prediction=polymorphism	ref_cov=1/7	total_cov=1/12
RA	114	.	NC_007793	206559	1	.	G	bias_e_value=2826350	bias_p_value=0.968766	consensus_score=17.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.077e-01	ks_quality_p_value=0.760709	major_base=.	major_cov=7/2	major_frequency=6.923e-01	minor_base=G	minor_cov=4/0	new_cov=4/0	polymorphism_frequency=3.077e-01	polymorphism_score=10.9	prediction=polymorphism	ref_cov=7/2	total_cov=11/2
RA	115	.	NC_007793	217786	0	C	T	bias_e_value=168090	bias_p_value=0.0576151	consensus_score=-5.1	fisher_strand_p_value=0.466667	frequency=5.333e-01	ks_quality_p_value=0.0221587	major_base=T	major_cov=0/8	major_frequency=5.333e-01	minor_base=C	minor_cov=1/6	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=5.333e-01	polymorphism_score=11.6	prediction=polymorphism	ref_cov=1/6	total_cov=1/14
RA	116	.	NC_007793	222147	0	C	T	bias_e_value=298145	bias_p_value=0.102193	consensus_score=62.3	fisher_strand_p_value=0.0241836	frequency=2.963e-01	ks_quality_p_value=0.869053	major_base=C	major_cov=10/28	major_frequency=7.037e-01	minor_base=T	minor_cov=0/16	new_cov=0/16	polymorphism_frequency=2.963e-01	polymorphism_score=26.1	prediction=polymorphism	ref_cov=10/28	total_cov=10/44
RA	117	.	NC_007793	240358	0	T	A	consensus_score=48.1	frequency=1	major_base=A	major_cov=15/2	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=15/2	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=15/2
RA	118	.	NC_007793	256664	1	.	C	consensus_score=26.7	frequency=1	major_base=C	major_cov=0/12	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/12	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/12
RA	119	.	NC_007793	256664	2	.	C	consensus_score=26.0	frequency=1	major_base=C	major_cov=0/12	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/12	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/12
RA	120	.	NC_007793	268339	1	.	G	bias_e_value=2542230	bias_p_value=0.871382	consensus_score=99.3	fisher_strand_p_value=0.545654	frequency=3.333e-01	ks_quality_p_value=0.985612	major_base=.	major_cov=43/3	major_frequency=6.667e-01	minor_base=G	minor_cov=23/0	new_cov=23/0	polymorphism_frequency=3.333e-01	polymorphism_score=91.2	prediction=polymorphism	ref_cov=43/3	total_cov=66/3
RA	121	.	NC_007793	307021	0	T	C	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=17.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.636e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=13/1	major_frequency=6.364e-01	minor_base=C	minor_cov=8/0	new_cov=8/0	polymorphism_frequency=3.636e-01	polymorphism_score=11.0	prediction=polymorphism	ref_cov=13/1	total_cov=21/1
RA	122	.	NC_007793	308069	1	.	C	bias_e_value=2290570	bias_p_value=0.785121	consensus_score=5.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.846e-01	ks_quality_p_value=0.42089	major_base=.	major_cov=7/1	major_frequency=6.154e-01	minor_base=C	minor_cov=5/0	new_cov=5/0	polymorphism_frequency=3.846e-01	polymorphism_score=17.0	prediction=polymorphism	ref_cov=7/1	total_cov=12/1
RA	123	.	NC_007793	331125	0	G	A	consensus_score=13.3	frequency=1	major_base=A	major_cov=4/2	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=4/2	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=4/2
RA	124	.	NC_007793	376057	0	C	T	consensus_score=55.0	frequency=1	major_base=T	major_cov=5/15	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=5/15	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=5/15
RA	125	.	NC_007793	376231	0	T	G	consensus_score=17.8	frequency=1	major_base=G	major_cov=1/7	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=1/7	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/7
RA	126	.	NC_007793	377320	0	T	C	bias_e_value=2917060	bias_p_value=0.999861	consensus_score=240.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.180e-01	ks_quality_p_value=0.983367	major_base=T	major_cov=101/3	major_frequency=7.820e-01	minor_base=C	minor_cov=29/0	new_cov=29/0	polymorphism_frequency=2.180e-01	polymorphism_score=41.8	prediction=polymorphism	ref_cov=101/3	total_cov=138/3
RA	127	.	NC_007793	425833	0	A	T	bias_e_value=2754220	bias_p_value=0.944043	consensus_score=27.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.684691	major_base=T	major_cov=11/0	major_frequency=9.167e-01	minor_base=A	minor_cov=1/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=9.167e-01	polymorphism_score=-3.8	prediction=consensus	ref_cov=1/0	total_cov=12/0
RA	128	.	NC_007793	427963	0	A	G	bias_e_value=1130.59	bias_p_value=0.000387525	consensus_score=2584.7	fisher_strand_p_value=0.000984329	frequency=2.171e-01	ks_quality_p_value=0.0349062	major_base=A	major_cov=61/1010	major_frequency=7.829e-01	minor_base=G	minor_cov=4/293	new_cov=4/293	polymorphism_frequency=2.171e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=61/1010	total_cov=66/1553
RA	129	.	NC_007793	429073	0	C	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=3477.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.999837	major_base=T	major_cov=10/1084	major_frequency=9.982e-01	minor_base=A	minor_cov=0/2	new_cov=10/1084	polymorphism_frequency=9.982e-01	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=10/1086
RA	130	.	NC_007793	432732	1	.	T	bias_e_value=1226100	bias_p_value=0.420263	consensus_score=47.7	fisher_strand_p_value=0.293634	frequency=3.111e-01	ks_quality_p_value=0.485498	major_base=.	major_cov=4/27	major_frequency=6.889e-01	minor_base=T	minor_cov=0/14	new_cov=0/14	polymorphism_frequency=3.111e-01	polymorphism_score=51.9	prediction=polymorphism	ref_cov=4/27	total_cov=4/41
RA	131	.	NC_007793	438556	0	T	G	bias_e_value=1.14503e-34	bias_p_value=3.92474e-41	consensus_score=213.3	fisher_strand_p_value=1.06823e-08	frequency=5.556e-01	ks_quality_p_value=3.7251e-35	major_base=G	major_cov=325/0	major_frequency=5.556e-01	minor_base=T	minor_cov=238/22	new_cov=325/0	polymorphism_frequency=5.556e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=238/22	total_cov=568/22
RA	132	.	NC_007793	438565	0	T	G	bias_e_value=13835.9	bias_p_value=0.00474242	consensus_score=973.5	fisher_strand_p_value=0.000558582	frequency=2.917e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=398/22	major_frequency=7.083e-01	minor_base=G	minor_cov=173/0	new_cov=173/0	polymorphism_frequency=2.917e-01	polymorphism_score=54.1	prediction=polymorphism	ref_cov=398/22	total_cov=572/22
RA	133	.	NC_007793	441126	0	G	A	bias_e_value=385658	bias_p_value=0.132189	consensus_score=360.0	fisher_strand_p_value=0.0303415	frequency=3.467e-01	ks_quality_p_value=0.960592	major_base=G	major_cov=236/9	major_frequency=6.533e-01	minor_base=A	minor_cov=130/0	new_cov=130/0	polymorphism_frequency=3.467e-01	polymorphism_score=249.7	prediction=polymorphism	ref_cov=236/9	total_cov=366/9
RA	134	.	NC_007793	460962	0	T	.	consensus_score=54.9	frequency=1	major_base=.	major_cov=12/3	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/3	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/3
RA	135	.	NC_007793	460963	0	A	.	consensus_score=54.9	frequency=1	major_base=.	major_cov=12/3	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/3	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/3
RA	136	.	NC_007793	460964	0	C	.	consensus_score=54.9	frequency=1	major_base=.	major_cov=12/3	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/3	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/3
RA	137	.	NC_007793	460965	0	A	.	consensus_score=54.9	frequency=1	major_base=.	major_cov=12/3	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/3	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/3
RA	138	.	NC_007793	460966	0	G	.	consensus_score=54.9	frequency=1	major_base=.	major_cov=12/3	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/3	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/3
RA	139	.	NC_007793	462816	0	T	A	bias_e_value=2906790	bias_p_value=0.99634	consensus_score=449.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.990e-01	ks_quality_p_value=0.915674	major_base=T	major_cov=216/2	major_frequency=7.010e-01	minor_base=A	minor_cov=93/0	new_cov=93/0	polymorphism_frequency=2.990e-01	polymorphism_score=198.7	prediction=polymorphism	ref_cov=216/2	total_cov=328/2
RA	140	.	NC_007793	462819	0	A	T	bias_e_value=4807.97	bias_p_value=0.00164799	consensus_score=14.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.242e-01	ks_quality_p_value=0.000170281	major_base=A	major_cov=37/1	major_frequency=5.758e-01	minor_base=T	minor_cov=28/0	new_cov=28/0	polymorphism_frequency=4.242e-01	polymorphism_score=71.5	prediction=polymorphism	ref_cov=37/1	total_cov=65/1
RA	141	.	NC_007793	482289	0	A	G	bias_e_value=2477360	bias_p_value=0.849145	consensus_score=49.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.857e-01	ks_quality_p_value=0.50373	major_base=A	major_cov=29/1	major_frequency=7.143e-01	minor_base=G	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.857e-01	polymorphism_score=20.9	prediction=polymorphism	ref_cov=29/1	total_cov=41/1
RA	142	.	NC_007793	482290	0	T	A	bias_e_value=962058	bias_p_value=0.329758	consensus_score=61.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.857e-01	ks_quality_p_value=0.0997826	major_base=T	major_cov=29/1	major_frequency=7.143e-01	minor_base=A	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.857e-01	polymorphism_score=29.4	prediction=polymorphism	ref_cov=29/1	total_cov=41/1
RA	143	.	NC_007793	482292	0	T	C	bias_e_value=2806600	bias_p_value=0.962	consensus_score=55.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.857e-01	ks_quality_p_value=0.737299	major_base=T	major_cov=29/1	major_frequency=7.143e-01	minor_base=C	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.857e-01	polymorphism_score=20.7	prediction=polymorphism	ref_cov=29/1	total_cov=41/1
RA	144	.	NC_007793	482297	0	A	G	bias_e_value=2893260	bias_p_value=0.991702	consensus_score=53.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.927e-01	ks_quality_p_value=0.873972	major_base=A	major_cov=28/1	major_frequency=7.073e-01	minor_base=G	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.927e-01	polymorphism_score=17.9	prediction=polymorphism	ref_cov=28/1	total_cov=40/1
RA	145	.	NC_007793	500876	1	.	A	bias_e_value=2818820	bias_p_value=0.966185	consensus_score=30.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.222e-01	ks_quality_p_value=0.751477	major_base=.	major_cov=14/0	major_frequency=7.778e-01	minor_base=A	minor_cov=4/0	new_cov=4/0	polymorphism_frequency=2.222e-01	polymorphism_score=11.0	prediction=polymorphism	ref_cov=14/0	total_cov=18/0
RA	146	.	NC_007793	503675	0	A	T	bias_e_value=1562220	bias_p_value=0.53547	consensus_score=11.0	fisher_strand_p_value=0.222222	frequency=7.778e-01	ks_quality_p_value=0.938482	major_base=T	major_cov=7/0	major_frequency=7.778e-01	minor_base=A	minor_cov=1/1	new_cov=7/0	polymorphism_frequency=7.778e-01	polymorphism_score=-1.0	prediction=polymorphism	ref_cov=1/1	total_cov=8/1
RA	147	.	NC_007793	508322	0	T	A	bias_e_value=9322.67	bias_p_value=0.00319547	consensus_score=1290.5	fisher_strand_p_value=0.000368773	frequency=3.474e-01	ks_quality_p_value=0.969673	major_base=T	major_cov=591/29	major_frequency=6.526e-01	minor_base=A	minor_cov=328/2	new_cov=328/2	polymorphism_frequency=3.474e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=591/29	total_cov=924/31
RA	148	.	NC_007793	508324	1	.	T	bias_e_value=232748	bias_p_value=0.0797773	consensus_score=1504.5	fisher_strand_p_value=0.0154721	frequency=2.350e-01	ks_quality_p_value=0.997001	major_base=.	major_cov=575/24	major_frequency=7.650e-01	minor_base=T	minor_cov=183/1	new_cov=183/1	polymorphism_frequency=2.350e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=575/24	total_cov=759/25
RA	149	.	NC_007793	521024	0	T	A	bias_e_value=156804	bias_p_value=0.0537467	consensus_score=172.0	fisher_strand_p_value=0.0268066	frequency=3.521e-01	ks_quality_p_value=0.354473	major_base=T	major_cov=83/9	major_frequency=6.479e-01	minor_base=A	minor_cov=50/0	new_cov=50/0	polymorphism_frequency=3.521e-01	polymorphism_score=107.2	prediction=polymorphism	ref_cov=83/9	total_cov=133/9
RA	150	.	NC_007793	521025	0	G	T	bias_e_value=146804	bias_p_value=0.0503188	consensus_score=145.4	fisher_strand_p_value=0.0274983	frequency=3.451e-01	ks_quality_p_value=0.319009	major_base=G	major_cov=84/9	major_frequency=6.549e-01	minor_base=T	minor_cov=49/0	new_cov=49/0	polymorphism_frequency=3.451e-01	polymorphism_score=135.1	prediction=polymorphism	ref_cov=84/9	total_cov=133/9
RA	151	.	NC_007793	525615	0	A	.	consensus_score=141.8	frequency=1	major_base=.	major_cov=36/0	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=36/0	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=36/0
RA	152	.	NC_007793	536012	0	C	G	bias_e_value=2916360	bias_p_value=0.99962	consensus_score=170.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.048e-01	ks_quality_p_value=0.972551	major_base=C	major_cov=63/3	major_frequency=7.952e-01	minor_base=G	minor_cov=17/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=2.048e-01	polymorphism_score=35.9	prediction=polymorphism	ref_cov=63/3	total_cov=80/3
RA	153	.	NC_007793	551019	0	G	T	bias_e_value=616840	bias_p_value=0.21143	consensus_score=1281.3	fisher_strand_p_value=0.0579862	frequency=3.321e-01	ks_quality_p_value=0.930171	major_base=G	major_cov=698/8	major_frequency=6.679e-01	minor_base=T	minor_cov=351/0	new_cov=351/0	polymorphism_frequency=3.321e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=698/8	total_cov=1049/8
RA	154	.	NC_007793	553817	0	T	C	bias_e_value=2819870	bias_p_value=0.966546	consensus_score=160.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.159e-01	ks_quality_p_value=0.752744	major_base=T	major_cov=65/4	major_frequency=7.841e-01	minor_base=C	minor_cov=18/1	new_cov=18/1	polymorphism_frequency=2.159e-01	polymorphism_score=33.5	prediction=polymorphism	ref_cov=65/4	total_cov=84/7
RA	155	.	NC_007793	566647	0	G	T	bias_e_value=654234	bias_p_value=0.224247	consensus_score=79.9	fisher_strand_p_value=0.567148	frequency=2.453e-01	ks_quality_p_value=0.10295	major_base=G	major_cov=37/3	major_frequency=7.547e-01	minor_base=T	minor_cov=13/0	new_cov=13/0	polymorphism_frequency=2.453e-01	polymorphism_score=29.4	prediction=polymorphism	ref_cov=37/3	total_cov=50/3
RA	156	.	NC_007793	583396	0	G	A	bias_e_value=2.70208e-41	bias_p_value=9.26174e-48	consensus_score=921.1	fisher_strand_p_value=9.20646e-50	frequency=2.635e-01	ks_quality_p_value=0.882192	major_base=G	major_cov=287/205	major_frequency=7.365e-01	minor_base=A	minor_cov=2/174	new_cov=2/174	polymorphism_frequency=2.635e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=287/205	total_cov=289/381
RA	157	.	NC_007793	593859	0	T	.	bias_e_value=2900800	bias_p_value=0.994285	consensus_score=13877.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.895014	major_base=.	major_cov=3366/53	major_frequency=9.994e-01	minor_base=T	minor_cov=2/0	new_cov=3366/53	polymorphism_frequency=9.994e-01	polymorphism_score=-1.3	prediction=consensus	ref_cov=2/0	total_cov=3371/53
RA	158	.	NC_007793	597939	0	G	.	bias_e_value=1.06265e-09	bias_p_value=3.64236e-16	consensus_score=46.7	fisher_strand_p_value=1.78992e-10	frequency=3.000e-01	ks_quality_p_value=5.05653e-08	major_base=G	major_cov=28/0	major_frequency=7.000e-01	minor_base=.	minor_cov=0/12	new_cov=0/12	polymorphism_frequency=3.000e-01	polymorphism_score=43.1	prediction=polymorphism	ref_cov=28/0	total_cov=28/16
RA	159	.	NC_007793	597944	0	T	C	bias_e_value=4.98442e-09	bias_p_value=1.70847e-15	consensus_score=31.5	fisher_strand_p_value=1.01345e-11	frequency=3.571e-01	ks_quality_p_value=4.36079e-06	major_base=T	major_cov=27/0	major_frequency=6.429e-01	minor_base=C	minor_cov=0/15	new_cov=0/15	polymorphism_frequency=3.571e-01	polymorphism_score=28.7	prediction=polymorphism	ref_cov=27/0	total_cov=27/15
RA	160	.	NC_007793	601778	0	T	G	bias_e_value=26038.3	bias_p_value=0.00892497	consensus_score=376.7	fisher_strand_p_value=0.00139871	frequency=2.513e-01	ks_quality_p_value=0.821319	major_base=T	major_cov=118/22	major_frequency=7.487e-01	minor_base=G	minor_cov=47/0	new_cov=47/0	polymorphism_frequency=2.513e-01	polymorphism_score=90.5	prediction=polymorphism	ref_cov=118/22	total_cov=165/22
RA	161	.	NC_007793	613630	0	T	C	bias_e_value=2902820	bias_p_value=0.99498	consensus_score=14.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=7.407e-01	ks_quality_p_value=0.901492	major_base=C	major_cov=20/0	major_frequency=7.407e-01	minor_base=T	minor_cov=7/0	new_cov=20/0	polymorphism_frequency=7.407e-01	polymorphism_score=9.7	prediction=polymorphism	ref_cov=7/0	total_cov=27/0
RA	162	.	NC_007793	613633	0	T	C	bias_e_value=2868800	bias_p_value=0.983319	consensus_score=6.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=6.818e-01	ks_quality_p_value=0.822995	major_base=C	major_cov=15/0	major_frequency=6.818e-01	minor_base=T	minor_cov=7/0	new_cov=15/0	polymorphism_frequency=6.818e-01	polymorphism_score=11.2	prediction=polymorphism	ref_cov=7/0	total_cov=22/0
RA	163	.	NC_007793	613657	0	T	C	bias_e_value=2152810	bias_p_value=0.737904	consensus_score=-0.1	fisher_strand_p_value=0.391304	frequency=6.087e-01	ks_quality_p_value=0.945633	major_base=C	major_cov=14/0	major_frequency=6.087e-01	minor_base=T	minor_cov=8/1	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=6.087e-01	polymorphism_score=17.1	prediction=polymorphism	ref_cov=8/1	total_cov=22/1
RA	164	.	NC_007793	613663	0	T	C	bias_e_value=1905680	bias_p_value=0.653195	consensus_score=13.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.667e-01	ks_quality_p_value=0.293418	major_base=T	major_cov=18/1	major_frequency=6.333e-01	minor_base=C	minor_cov=11/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=3.667e-01	polymorphism_score=19.9	prediction=polymorphism	ref_cov=18/1	total_cov=29/1
RA	165	.	NC_007793	613669	0	C	T	bias_e_value=2577020	bias_p_value=0.883306	consensus_score=25.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.258e-01	ks_quality_p_value=0.557607	major_base=C	major_cov=23/1	major_frequency=7.742e-01	minor_base=T	minor_cov=7/0	new_cov=7/0	polymorphism_frequency=2.258e-01	polymorphism_score=10.5	prediction=polymorphism	ref_cov=23/1	total_cov=30/1
RA	166	.	NC_007793	613675	0	C	T	bias_e_value=1327010	bias_p_value=0.454848	consensus_score=-5.0	fisher_strand_p_value=0.483871	frequency=5.161e-01	ks_quality_p_value=0.332513	major_base=T	major_cov=16/0	major_frequency=5.161e-01	minor_base=C	minor_cov=14/1	new_cov=16/0	polymorphism_frequency=5.161e-01	polymorphism_score=30.8	prediction=polymorphism	ref_cov=14/1	total_cov=30/1
RA	167	.	NC_007793	613681	0	T	C	bias_e_value=1760560	bias_p_value=0.603454	consensus_score=0.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.516e-01	ks_quality_p_value=0.254999	major_base=T	major_cov=16/1	major_frequency=5.484e-01	minor_base=C	minor_cov=14/0	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=4.516e-01	polymorphism_score=27.7	prediction=polymorphism	ref_cov=16/1	total_cov=30/1
RA	168	.	NC_007793	613687	0	C	T	bias_e_value=1181650	bias_p_value=0.405027	consensus_score=7.0	fisher_strand_p_value=0.366667	frequency=6.333e-01	ks_quality_p_value=0.367762	major_base=T	major_cov=19/0	major_frequency=6.333e-01	minor_base=C	minor_cov=10/1	new_cov=19/0	polymorphism_frequency=6.333e-01	polymorphism_score=16.2	prediction=polymorphism	ref_cov=10/1	total_cov=29/1
RA	169	.	NC_007793	613699	0	T	C	bias_e_value=1261280	bias_p_value=0.432319	consensus_score=-0.7	fisher_strand_p_value=0.413793	frequency=5.862e-01	ks_quality_p_value=0.35964	major_base=C	major_cov=17/0	major_frequency=5.862e-01	minor_base=T	minor_cov=11/1	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=5.862e-01	polymorphism_score=24.3	prediction=polymorphism	ref_cov=11/1	total_cov=28/1
RA	170	.	NC_007793	613711	0	C	.	bias_e_value=659974	bias_p_value=0.226215	consensus_score=30.6	fisher_strand_p_value=0.107143	frequency=1	ks_quality_p_value=0.551431	major_base=.	major_cov=25/0	major_frequency=8.929e-01	minor_base=C	minor_cov=2/1	new_cov=25/0	polymorphism_frequency=8.929e-01	polymorphism_score=7.2	prediction=consensus	ref_cov=2/1	total_cov=27/1
RA	171	.	NC_007793	618172	0	G	A	bias_e_value=1119800	bias_p_value=0.383826	consensus_score=69.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.143e-01	ks_quality_p_value=0.12447	major_base=G	major_cov=33/0	major_frequency=7.857e-01	minor_base=A	minor_cov=9/0	new_cov=9/0	polymorphism_frequency=2.143e-01	polymorphism_score=15.0	prediction=polymorphism	ref_cov=33/0	total_cov=42/0
RA	172	.	NC_007793	635299	0	C	T	consensus_score=40.4	frequency=1	major_base=T	major_cov=14/0	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=14/0
RA	173	.	NC_007793	650181	0	T	A	bias_e_value=1653500	bias_p_value=0.566759	consensus_score=107.5	fisher_strand_p_value=0.368973	frequency=2.037e-01	ks_quality_p_value=0.62102	major_base=T	major_cov=42/1	major_frequency=7.963e-01	minor_base=A	minor_cov=10/1	new_cov=10/1	polymorphism_frequency=2.037e-01	polymorphism_score=17.4	prediction=polymorphism	ref_cov=42/1	total_cov=63/2
RA	174	.	NC_007793	667079	1	.	T	consensus_score=12.9	frequency=1	major_base=T	major_cov=6/0	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=6/0	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=6/0
RA	175	.	NC_007793	685031	1	.	G	bias_e_value=1582600	bias_p_value=0.542457	consensus_score=5.7	fisher_strand_p_value=0.236364	frequency=3.636e-01	ks_quality_p_value=0.901319	major_base=.	major_cov=4/3	major_frequency=6.364e-01	minor_base=G	minor_cov=4/0	new_cov=4/0	polymorphism_frequency=3.636e-01	polymorphism_score=13.9	prediction=polymorphism	ref_cov=4/3	total_cov=8/3
RA	176	.	NC_007793	697246	0	G	A	bias_e_value=262992	bias_p_value=0.0901438	consensus_score=100.5	fisher_strand_p_value=0.0179579	frequency=2.752e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=13/66	major_frequency=7.248e-01	minor_base=A	minor_cov=0/30	new_cov=0/30	polymorphism_frequency=2.752e-01	polymorphism_score=21.3	prediction=polymorphism	ref_cov=13/66	total_cov=13/96
RA	177	.	NC_007793	701325	0	T	C	bias_e_value=2491960	bias_p_value=0.854153	consensus_score=41.5	fisher_strand_p_value=0.511111	frequency=4.000e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=31/2	major_frequency=6.000e-01	minor_base=C	minor_cov=22/0	new_cov=22/0	polymorphism_frequency=4.000e-01	polymorphism_score=36.6	prediction=polymorphism	ref_cov=31/2	total_cov=55/2
RA	178	.	NC_007793	715315	0	T	G	bias_e_value=772022	bias_p_value=0.26462	consensus_score=-2.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.294e-01	ks_quality_p_value=0.0732132	major_base=G	major_cov=9/0	major_frequency=5.294e-01	minor_base=T	minor_cov=8/0	new_cov=9/0	polymorphism_frequency=5.294e-01	polymorphism_score=19.8	prediction=polymorphism	ref_cov=8/0	total_cov=17/0
RA	179	.	NC_007793	715319	0	C	G	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=0.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.667e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=8/0	major_frequency=5.333e-01	minor_base=G	minor_cov=7/0	new_cov=7/0	polymorphism_frequency=4.667e-01	polymorphism_score=13.7	prediction=polymorphism	ref_cov=8/0	total_cov=15/0
RA	180	.	NC_007793	725902	0	G	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=88.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=0/30	major_frequency=9.677e-01	minor_base=C	minor_cov=0/1	new_cov=0/30	polymorphism_frequency=9.677e-01	polymorphism_score=-5.9	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/31
RA	181	.	NC_007793	725905	0	T	C	consensus_score=74.4	frequency=1	major_base=C	major_cov=0/29	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/29	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/29
RA	182	.	NC_007793	732170	0	T	G	bias_e_value=370580	bias_p_value=0.127021	consensus_score=251.5	fisher_strand_p_value=0.0276944	frequency=3.668e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=117/9	major_frequency=6.332e-01	minor_base=G	minor_cov=73/0	new_cov=73/0	polymorphism_frequency=3.668e-01	polymorphism_score=42.9	prediction=polymorphism	ref_cov=117/9	total_cov=191/9
RA	183	.	NC_007793	742078	0	G	.	bias_e_value=5662.09	bias_p_value=0.00194076	consensus_score=67.6	fisher_strand_p_value=0.000210737	frequency=4.130e-01	ks_quality_p_value=0.969868	major_base=G	major_cov=13/14	major_frequency=5.870e-01	minor_base=.	minor_cov=0/19	new_cov=0/19	polymorphism_frequency=4.130e-01	polymorphism_score=65.9	prediction=polymorphism	ref_cov=13/14	total_cov=13/33
RA	184	.	NC_007793	779099	0	A	G	bias_e_value=2520090	bias_p_value=0.863795	consensus_score=0.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.714e-01	ks_quality_p_value=0.525788	major_base=G	major_cov=12/0	major_frequency=5.714e-01	minor_base=A	minor_cov=9/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=5.714e-01	polymorphism_score=14.3	prediction=polymorphism	ref_cov=9/0	total_cov=21/0
RA	185	.	NC_007793	779100	0	C	A	bias_e_value=2526490	bias_p_value=0.865985	consensus_score=4.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=6.111e-01	ks_quality_p_value=0.529213	major_base=A	major_cov=11/0	major_frequency=6.111e-01	minor_base=C	minor_cov=7/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=6.111e-01	polymorphism_score=14.7	prediction=polymorphism	ref_cov=7/0	total_cov=19/0
RA	186	.	NC_007793	780590	0	C	G	bias_e_value=2886850	bias_p_value=0.989505	consensus_score=151.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.000e-01	ks_quality_p_value=0.858661	major_base=C	major_cov=63/0	major_frequency=7.000e-01	minor_base=G	minor_cov=27/0	new_cov=27/0	polymorphism_frequency=3.000e-01	polymorphism_score=62.4	prediction=polymorphism	ref_cov=63/0	total_cov=90/0
RA	187	.	NC_007793	782354	0	A	.	bias_e_value=2865730	bias_p_value=0.982265	consensus_score=180.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.174e-01	ks_quality_p_value=0.817677	major_base=A	major_cov=54/0	major_frequency=7.826e-01	minor_base=.	minor_cov=15/0	new_cov=15/0	polymorphism_frequency=2.174e-01	polymorphism_score=40.8	prediction=polymorphism	ref_cov=54/0	total_cov=69/0
RA	188	.	NC_007793	861517	0	C	.	bias_e_value=2583820	bias_p_value=0.885638	consensus_score=49.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.308e-01	ks_quality_p_value=0.561624	major_base=C	major_cov=18/2	major_frequency=7.692e-01	minor_base=.	minor_cov=6/0	new_cov=6/0	polymorphism_frequency=2.308e-01	polymorphism_score=15.1	prediction=polymorphism	ref_cov=18/2	total_cov=24/2
RA	189	.	NC_007793	868118	0	C	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=38.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.963e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=1/18	major_frequency=7.037e-01	minor_base=A	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=2.963e-01	polymorphism_score=16.1	prediction=polymorphism	ref_cov=1/18	total_cov=1/27
RA	190	.	NC_007793	868119	1	.	C	bias_e_value=2882720	bias_p_value=0.988089	consensus_score=79.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.353e-01	ks_quality_p_value=0.84968	major_base=.	major_cov=1/25	major_frequency=7.647e-01	minor_base=C	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=2.353e-01	polymorphism_score=25.1	prediction=polymorphism	ref_cov=1/25	total_cov=1/33
RA	191	.	NC_007793	893036	0	G	T	consensus_score=36.4	frequency=1	major_base=T	major_cov=12/1	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=12/1	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=12/1
RA	192	.	NC_007793	897993	0	T	A	bias_e_value=2880180	bias_p_value=0.987219	consensus_score=699.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.333e-01	ks_quality_p_value=0.84444	major_base=T	major_cov=274/2	major_frequency=7.667e-01	minor_base=A	minor_cov=84/0	new_cov=84/0	polymorphism_frequency=2.333e-01	polymorphism_score=186.9	prediction=polymorphism	ref_cov=274/2	total_cov=358/2
RA	193	.	NC_007793	897996	1	.	C	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=817.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.333e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=274/2	major_frequency=7.667e-01	minor_base=C	minor_cov=84/0	new_cov=84/0	polymorphism_frequency=2.333e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=274/2	total_cov=358/2
RA	194	.	NC_007793	897998	0	A	G	bias_e_value=2917400	bias_p_value=0.999977	consensus_score=568.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.333e-01	ks_quality_p_value=0.99326	major_base=A	major_cov=274/2	major_frequency=7.667e-01	minor_base=G	minor_cov=84/0	new_cov=84/0	polymorphism_frequency=2.333e-01	polymorphism_score=141.3	prediction=polymorphism	ref_cov=274/2	total_cov=358/2
RA	195	.	NC_007793	913580	0	T	A	bias_e_value=228371	bias_p_value=0.0782771	consensus_score=246.2	fisher_strand_p_value=0.581657	frequency=2.017e-01	ks_quality_p_value=0.0259037	major_base=T	major_cov=91/4	major_frequency=7.983e-01	minor_base=A	minor_cov=24/0	new_cov=24/0	polymorphism_frequency=2.017e-01	polymorphism_score=44.4	prediction=polymorphism	ref_cov=91/4	total_cov=117/4
RA	196	.	NC_007793	921951	0	T	G	bias_e_value=2909860	bias_p_value=0.997391	consensus_score=868.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.312e-01	ks_quality_p_value=0.928644	major_base=T	major_cov=306/0	major_frequency=7.688e-01	minor_base=G	minor_cov=92/0	new_cov=92/0	polymorphism_frequency=2.312e-01	polymorphism_score=179.3	prediction=polymorphism	ref_cov=306/0	total_cov=398/0
RA	197	.	NC_007793	922506	0	G	A	bias_e_value=1042940	bias_p_value=0.357482	consensus_score=592.4	fisher_strand_p_value=0.112332	frequency=2.860e-01	ks_quality_p_value=0.998208	major_base=G	major_cov=339/8	major_frequency=7.140e-01	minor_base=A	minor_cov=139/0	new_cov=139/0	polymorphism_frequency=2.860e-01	polymorphism_score=266.7	prediction=polymorphism	ref_cov=339/8	total_cov=478/8
RA	198	.	NC_007793	923111	0	G	A	bias_e_value=2334300	bias_p_value=0.800113	consensus_score=68.2	fisher_strand_p_value=0.545788	frequency=3.407e-01	ks_quality_p_value=0.803682	major_base=G	major_cov=58/2	major_frequency=6.593e-01	minor_base=A	minor_cov=31/0	new_cov=31/0	polymorphism_frequency=3.407e-01	polymorphism_score=57.6	prediction=polymorphism	ref_cov=58/2	total_cov=89/2
RA	199	.	NC_007793	923112	0	T	G	bias_e_value=515.142	bias_p_value=0.000176571	consensus_score=92.3	fisher_strand_p_value=0.548008	frequency=3.371e-01	ks_quality_p_value=2.65449e-05	major_base=T	major_cov=57/2	major_frequency=6.629e-01	minor_base=G	minor_cov=30/0	new_cov=30/0	polymorphism_frequency=3.371e-01	polymorphism_score=60.9	prediction=polymorphism	ref_cov=57/2	total_cov=88/2
RA	200	.	NC_007793	934930	0	G	T	bias_e_value=1878170	bias_p_value=0.643768	consensus_score=46.7	fisher_strand_p_value=0.544464	frequency=3.091e-01	ks_quality_p_value=0.524941	major_base=G	major_cov=35/3	major_frequency=6.909e-01	minor_base=T	minor_cov=17/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=3.091e-01	polymorphism_score=21.7	prediction=polymorphism	ref_cov=35/3	total_cov=52/3
RA	201	.	NC_007793	973709	0	A	.	consensus_score=38.5	frequency=1	major_base=.	major_cov=0/11	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/11	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/11
RA	202	.	NC_007793	1015262	0	G	C	bias_e_value=0.00105953	bias_p_value=3.63169e-10	consensus_score=182.8	fisher_strand_p_value=1.89917e-11	frequency=2.673e-01	ks_quality_p_value=0.735651	major_base=G	major_cov=52/22	major_frequency=7.327e-01	minor_base=C	minor_cov=0/27	new_cov=0/27	polymorphism_frequency=2.673e-01	polymorphism_score=64.0	prediction=polymorphism	ref_cov=52/22	total_cov=53/49
RA	203	.	NC_007793	1018825	0	T	A	bias_e_value=862588	bias_p_value=0.295663	consensus_score=16.5	fisher_strand_p_value=0.333333	frequency=1	ks_quality_p_value=0.256376	major_base=A	major_cov=2/6	major_frequency=8.889e-01	minor_base=T	minor_cov=1/0	new_cov=2/6	polymorphism_frequency=8.889e-01	polymorphism_score=-2.7	prediction=consensus	ref_cov=1/0	total_cov=3/7
RA	204	.	NC_007793	1047102	0	C	T	bias_e_value=2860900	bias_p_value=0.980609	consensus_score=101.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.154e-01	ks_quality_p_value=0.809643	major_base=C	major_cov=3/48	major_frequency=7.846e-01	minor_base=T	minor_cov=0/14	new_cov=0/14	polymorphism_frequency=2.154e-01	polymorphism_score=19.3	prediction=polymorphism	ref_cov=3/48	total_cov=3/62
RA	205	.	NC_007793	1053778	0	G	A	bias_e_value=1464550	bias_p_value=0.501993	consensus_score=129.3	fisher_strand_p_value=0.187872	frequency=2.661e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=7/84	major_frequency=7.339e-01	minor_base=A	minor_cov=0/33	new_cov=0/33	polymorphism_frequency=2.661e-01	polymorphism_score=28.1	prediction=polymorphism	ref_cov=7/84	total_cov=7/117
RA	206	.	NC_007793	1053784	0	T	A	bias_e_value=2631200	bias_p_value=0.901878	consensus_score=304.8	fisher_strand_p_value=0.591092	frequency=2.258e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=5/211	major_frequency=7.742e-01	minor_base=A	minor_cov=0/63	new_cov=0/63	polymorphism_frequency=2.258e-01	polymorphism_score=40.0	prediction=polymorphism	ref_cov=5/211	total_cov=5/274
RA	207	.	NC_007793	1053790	0	G	A	bias_e_value=807409	bias_p_value=0.27675	consensus_score=113.9	fisher_strand_p_value=0.0779091	frequency=4.167e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=5/170	major_frequency=5.833e-01	minor_base=A	minor_cov=0/125	new_cov=0/125	polymorphism_frequency=4.167e-01	polymorphism_score=134.7	prediction=polymorphism	ref_cov=5/170	total_cov=5/295
RA	208	.	NC_007793	1094490	0	C	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=786.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=235/5	major_frequency=9.959e-01	minor_base=A	minor_cov=1/0	new_cov=235/5	polymorphism_frequency=9.959e-01	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=236/5
RA	209	.	NC_007793	1111040	0	A	T	bias_e_value=3.76231	bias_p_value=1.28958e-06	consensus_score=523.0	fisher_strand_p_value=2.29422e-05	frequency=6.503e-01	ks_quality_p_value=0.00322698	major_base=T	major_cov=318/0	major_frequency=6.503e-01	minor_base=A	minor_cov=161/10	new_cov=318/0	polymorphism_frequency=6.503e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=161/10	total_cov=488/10
RA	210	.	NC_007793	1113117	1	.	C	bias_e_value=1936050	bias_p_value=0.663605	consensus_score=89.5	fisher_strand_p_value=0.30201	frequency=2.222e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=6/22	major_frequency=7.778e-01	minor_base=C	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=2.222e-01	polymorphism_score=26.9	prediction=polymorphism	ref_cov=6/22	total_cov=6/30
RA	211	.	NC_007793	1113542	0	G	C	bias_e_value=1.29756e-13	bias_p_value=4.44756e-20	consensus_score=208.8	fisher_strand_p_value=8.99213e-22	frequency=2.800e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=3/69	major_frequency=7.200e-01	minor_base=C	minor_cov=28/0	new_cov=28/0	polymorphism_frequency=2.800e-01	polymorphism_score=69.3	prediction=polymorphism	ref_cov=3/69	total_cov=31/69
RA	212	.	NC_007793	1124434	0	A	G	bias_e_value=2238900	bias_p_value=0.767412	consensus_score=79.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.200e-01	ks_quality_p_value=0.400979	major_base=A	major_cov=39/0	major_frequency=7.800e-01	minor_base=G	minor_cov=11/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=2.200e-01	polymorphism_score=15.0	prediction=polymorphism	ref_cov=39/0	total_cov=55/0
RA	213	.	NC_007793	1126127	0	A	G	bias_e_value=33635.2	bias_p_value=0.0115289	consensus_score=1440.7	fisher_strand_p_value=0.0015435	frequency=2.395e-01	ks_quality_p_value=0.999324	major_base=A	major_cov=682/26	major_frequency=7.605e-01	minor_base=G	minor_cov=223/0	new_cov=223/0	polymorphism_frequency=2.395e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=682/26	total_cov=908/26
RA	214	.	NC_007793	1126132	0	A	G	bias_e_value=84116.6	bias_p_value=0.028832	consensus_score=1237.4	fisher_strand_p_value=0.00474186	frequency=2.066e-01	ks_quality_p_value=0.949599	major_base=A	major_cov=527/26	major_frequency=7.934e-01	minor_base=G	minor_cov=144/0	new_cov=144/0	polymorphism_frequency=2.066e-01	polymorphism_score=234.1	prediction=polymorphism	ref_cov=527/26	total_cov=672/26
RA	215	.	NC_007793	1129043	0	T	.	bias_e_value=108.792	bias_p_value=3.729e-05	consensus_score=546.2	fisher_strand_p_value=0.212174	frequency=2.203e-01	ks_quality_p_value=1.27143e-05	major_base=T	major_cov=168/9	major_frequency=7.797e-01	minor_base=.	minor_cov=50/0	new_cov=50/0	polymorphism_frequency=2.203e-01	polymorphism_score=142.5	prediction=polymorphism	ref_cov=168/9	total_cov=223/9
RA	216	.	NC_007793	1148648	0	T	G	bias_e_value=1706980	bias_p_value=0.585089	consensus_score=58.7	fisher_strand_p_value=0.293088	frequency=2.778e-01	ks_quality_p_value=0.825053	major_base=T	major_cov=21/5	major_frequency=7.222e-01	minor_base=G	minor_cov=10/0	new_cov=10/0	polymorphism_frequency=2.778e-01	polymorphism_score=19.2	prediction=polymorphism	ref_cov=21/5	total_cov=31/5
RA	217	.	NC_007793	1152940	0	T	C	bias_e_value=1141200	bias_p_value=0.391162	consensus_score=49.1	fisher_strand_p_value=0.152958	frequency=2.571e-01	ks_quality_p_value=0.836924	major_base=T	major_cov=7/19	major_frequency=7.429e-01	minor_base=C	minor_cov=0/9	new_cov=0/9	polymorphism_frequency=2.571e-01	polymorphism_score=11.8	prediction=polymorphism	ref_cov=7/19	total_cov=7/30
RA	218	.	NC_007793	1167368	0	T	A	bias_e_value=727171	bias_p_value=0.249247	consensus_score=225.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.054e-01	ks_quality_p_value=0.067423	major_base=T	major_cov=88/1	major_frequency=7.946e-01	minor_base=A	minor_cov=23/0	new_cov=23/0	polymorphism_frequency=2.054e-01	polymorphism_score=38.5	prediction=polymorphism	ref_cov=88/1	total_cov=113/1
RA	219	.	NC_007793	1176325	0	G	A	bias_e_value=161363	bias_p_value=0.0553092	consensus_score=1483.6	fisher_strand_p_value=0.011956	frequency=2.292e-01	ks_quality_p_value=0.822938	major_base=G	major_cov=730/20	major_frequency=7.708e-01	minor_base=A	minor_cov=223/0	new_cov=223/0	polymorphism_frequency=2.292e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=730/20	total_cov=958/20
RA	220	.	NC_007793	1179803	0	T	A	bias_e_value=2305660	bias_p_value=0.790296	consensus_score=296.0	fisher_strand_p_value=0.553286	frequency=3.125e-01	ks_quality_p_value=0.771607	major_base=T	major_cov=129/3	major_frequency=6.875e-01	minor_base=A	minor_cov=60/0	new_cov=60/0	polymorphism_frequency=3.125e-01	polymorphism_score=124.8	prediction=polymorphism	ref_cov=129/3	total_cov=190/3
RA	221	.	NC_007793	1184658	0	A	T	bias_e_value=1357.75	bias_p_value=0.000465387	consensus_score=778.4	fisher_strand_p_value=4.26696e-05	frequency=2.693e-01	ks_quality_p_value=0.984582	major_base=A	major_cov=279/33	major_frequency=7.307e-01	minor_base=T	minor_cov=115/0	new_cov=115/0	polymorphism_frequency=2.693e-01	polymorphism_score=274.6	prediction=polymorphism	ref_cov=279/33	total_cov=394/33
RA	222	.	NC_007793	1184659	0	A	C	bias_e_value=325.864	bias_p_value=0.000111694	consensus_score=877.1	fisher_strand_p_value=8.83914e-06	frequency=2.568e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=291/39	major_frequency=7.432e-01	minor_base=C	minor_cov=114/0	new_cov=114/0	polymorphism_frequency=2.568e-01	polymorphism_score=284.0	prediction=polymorphism	ref_cov=291/39	total_cov=408/39
RA	223	.	NC_007793	1186680	0	T	C	bias_e_value=2017800	bias_p_value=0.691626	consensus_score=601.4	fisher_strand_p_value=0.328876	frequency=2.725e-01	ks_quality_p_value=0.991869	major_base=T	major_cov=262/5	major_frequency=7.275e-01	minor_base=C	minor_cov=100/0	new_cov=100/0	polymorphism_frequency=2.725e-01	polymorphism_score=164.4	prediction=polymorphism	ref_cov=262/5	total_cov=362/5
RA	224	.	NC_007793	1204584	0	T	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=102.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.200e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=37/2	major_frequency=7.800e-01	minor_base=A	minor_cov=11/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=2.200e-01	polymorphism_score=16.3	prediction=polymorphism	ref_cov=37/2	total_cov=50/2
RA	225	.	NC_007793	1214264	0	G	A	bias_e_value=2910620	bias_p_value=0.997653	consensus_score=-0.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.762e-01	ks_quality_p_value=0.932273	major_base=G	major_cov=11/0	major_frequency=5.238e-01	minor_base=A	minor_cov=10/0	new_cov=10/0	polymorphism_frequency=4.762e-01	polymorphism_score=15.4	prediction=polymorphism	ref_cov=11/0	total_cov=21/0
RA	226	.	NC_007793	1215913	0	T	C	consensus_score=226.3	frequency=1	major_base=C	major_cov=69/11	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=69/11	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=69/11
RA	227	.	NC_007793	1224094	0	G	A	bias_e_value=853030	bias_p_value=0.292387	consensus_score=171.7	fisher_strand_p_value=0.0857157	frequency=3.802e-01	ks_quality_p_value=0.981512	major_base=G	major_cov=157/6	major_frequency=6.198e-01	minor_base=A	minor_cov=100/0	new_cov=100/0	polymorphism_frequency=3.802e-01	polymorphism_score=232.0	prediction=polymorphism	ref_cov=157/6	total_cov=257/6
RA	228	.	NC_007793	1225367	0	T	C	bias_e_value=217.019	bias_p_value=7.4386e-05	consensus_score=1245.9	fisher_strand_p_value=5.6938e-06	frequency=2.787e-01	ks_quality_p_value=0.999026	major_base=T	major_cov=535/37	major_frequency=7.213e-01	minor_base=C	minor_cov=221/0	new_cov=221/0	polymorphism_frequency=2.787e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=535/37	total_cov=756/37
RA	229	.	NC_007793	1225369	0	T	G	bias_e_value=89.6088	bias_p_value=3.07146e-05	consensus_score=1604.0	fisher_strand_p_value=2.20147e-05	frequency=2.607e-01	ks_quality_p_value=0.0994279	major_base=T	major_cov=587/37	major_frequency=7.393e-01	minor_base=G	minor_cov=220/0	new_cov=220/0	polymorphism_frequency=2.607e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=587/37	total_cov=807/37
RA	230	.	NC_007793	1225501	0	G	A	bias_e_value=1706040	bias_p_value=0.584767	consensus_score=12.9	fisher_strand_p_value=0.248485	frequency=4.364e-01	ks_quality_p_value=0.97224	major_base=G	major_cov=28/3	major_frequency=5.636e-01	minor_base=A	minor_cov=24/0	new_cov=24/0	polymorphism_frequency=4.364e-01	polymorphism_score=54.9	prediction=polymorphism	ref_cov=28/3	total_cov=52/3
RA	231	.	NC_007793	1225505	1	.	G	bias_e_value=16690.2	bias_p_value=0.00572077	consensus_score=49.9	fisher_strand_p_value=0.110444	frequency=5.098e-01	ks_quality_p_value=0.00625793	major_base=G	major_cov=26/0	major_frequency=5.098e-01	minor_base=.	minor_cov=22/3	new_cov=26/0	polymorphism_frequency=5.098e-01	polymorphism_score=100.0	prediction=polymorphism	ref_cov=22/3	total_cov=48/3
RA	232	.	NC_007793	1247550	0	C	G	bias_e_value=1502420	bias_p_value=0.514974	consensus_score=323.2	fisher_strand_p_value=0.207387	frequency=2.042e-01	ks_quality_p_value=0.943807	major_base=C	major_cov=105/8	major_frequency=7.958e-01	minor_base=G	minor_cov=29/0	new_cov=29/0	polymorphism_frequency=2.042e-01	polymorphism_score=67.6	prediction=polymorphism	ref_cov=105/8	total_cov=136/8
RA	233	.	NC_007793	1248004	0	G	A	bias_e_value=1.2352	bias_p_value=4.23379e-07	consensus_score=1.7	fisher_strand_p_value=0.459459	frequency=5.405e-01	ks_quality_p_value=4.95467e-08	major_base=A	major_cov=40/0	major_frequency=5.405e-01	minor_base=G	minor_cov=33/1	new_cov=40/0	polymorphism_frequency=5.405e-01	polymorphism_score=75.2	prediction=polymorphism	ref_cov=33/1	total_cov=73/1
RA	234	.	NC_007793	1248008	0	G	C	bias_e_value=10.9581	bias_p_value=3.75603e-06	consensus_score=-2.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.200e-01	ks_quality_p_value=2.30683e-07	major_base=C	major_cov=39/0	major_frequency=5.200e-01	minor_base=G	minor_cov=36/0	new_cov=39/0	polymorphism_frequency=5.200e-01	polymorphism_score=115.2	prediction=polymorphism	ref_cov=36/0	total_cov=75/0
RA	235	.	NC_007793	1264866	0	G	T	bias_e_value=2862500	bias_p_value=0.981159	consensus_score=143.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.329e-01	ks_quality_p_value=0.812267	major_base=G	major_cov=53/3	major_frequency=7.671e-01	minor_base=T	minor_cov=17/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=2.329e-01	polymorphism_score=39.8	prediction=polymorphism	ref_cov=53/3	total_cov=70/3
RA	236	.	NC_007793	1264868	0	A	G	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=128.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.329e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=53/3	major_frequency=7.671e-01	minor_base=G	minor_cov=17/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=2.329e-01	polymorphism_score=24.0	prediction=polymorphism	ref_cov=53/3	total_cov=70/3
RA	237	.	NC_007793	1265558	0	A	G	bias_e_value=2368070	bias_p_value=0.811686	consensus_score=146.2	fisher_strand_p_value=0.550236	frequency=3.307e-01	ks_quality_p_value=0.823218	major_base=A	major_cov=82/3	major_frequency=6.693e-01	minor_base=G	minor_cov=42/0	new_cov=42/0	polymorphism_frequency=3.307e-01	polymorphism_score=76.8	prediction=polymorphism	ref_cov=82/3	total_cov=125/3
RA	238	.	NC_007793	1266556	0	C	A	bias_e_value=2903660	bias_p_value=0.995267	consensus_score=246.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.000e-01	ks_quality_p_value=0.904299	major_base=C	major_cov=111/1	major_frequency=7.000e-01	minor_base=A	minor_cov=48/0	new_cov=48/0	polymorphism_frequency=3.000e-01	polymorphism_score=116.4	prediction=polymorphism	ref_cov=111/1	total_cov=159/1
RA	239	.	NC_007793	1266556	1	.	A	bias_e_value=809794	bias_p_value=0.277567	consensus_score=141.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.438e-01	ks_quality_p_value=0.0782297	major_base=.	major_cov=104/1	major_frequency=6.562e-01	minor_base=A	minor_cov=55/0	new_cov=55/0	polymorphism_frequency=3.438e-01	polymorphism_score=214.4	prediction=polymorphism	ref_cov=104/1	total_cov=159/1
RA	240	.	NC_007793	1269542	0	A	T	consensus_score=152.5	frequency=1	major_base=T	major_cov=45/1	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=45/1	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=45/1
RA	241	.	NC_007793	1273239	0	T	C	bias_e_value=2916540	bias_p_value=0.999681	consensus_score=44.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.696e-01	ks_quality_p_value=0.974835	major_base=T	major_cov=28/1	major_frequency=6.304e-01	minor_base=C	minor_cov=17/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=3.696e-01	polymorphism_score=27.0	prediction=polymorphism	ref_cov=28/1	total_cov=45/1
RA	242	.	NC_007793	1277749	0	G	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=189.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.339e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=94/1	major_frequency=7.661e-01	minor_base=A	minor_cov=29/0	new_cov=29/0	polymorphism_frequency=2.339e-01	polymorphism_score=47.7	prediction=polymorphism	ref_cov=94/1	total_cov=123/1
RA	243	.	NC_007793	1286986	0	A	G	consensus_score=330.6	frequency=1	major_base=G	major_cov=116/1	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=116/1	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=116/1
RA	244	.	NC_007793	1287660	0	G	A	bias_e_value=2137610	bias_p_value=0.732693	consensus_score=101.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.000e-01	ks_quality_p_value=0.364827	major_base=G	major_cov=46/2	major_frequency=8.000e-01	minor_base=A	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.000e-01	polymorphism_score=16.5	prediction=polymorphism	ref_cov=46/2	total_cov=59/2
RA	245	.	NC_007793	1294295	0	A	G	bias_e_value=2603040	bias_p_value=0.892225	consensus_score=202.7	fisher_strand_p_value=0.57395	frequency=2.222e-01	ks_quality_p_value=0.99878	major_base=A	major_cov=87/4	major_frequency=7.778e-01	minor_base=G	minor_cov=26/0	new_cov=26/0	polymorphism_frequency=2.222e-01	polymorphism_score=38.9	prediction=polymorphism	ref_cov=87/4	total_cov=113/4
RA	246	.	NC_007793	1295497	0	A	G	consensus_score=107.7	frequency=1	major_base=G	major_cov=37/1	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=37/1	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=37/1
RA	247	.	NC_007793	1296455	0	T	G	bias_e_value=1692.84	bias_p_value=0.000580241	consensus_score=80.5	fisher_strand_p_value=5.35533e-05	frequency=4.268e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=28/19	major_frequency=5.732e-01	minor_base=G	minor_cov=34/1	new_cov=34/1	polymorphism_frequency=4.268e-01	polymorphism_score=44.1	prediction=polymorphism	ref_cov=28/19	total_cov=63/20
RA	248	.	NC_007793	1298882	0	T	G	bias_e_value=9.06909e-08	bias_p_value=3.10855e-14	consensus_score=2463.1	fisher_strand_p_value=8.71314e-16	frequency=2.057e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=772/155	major_frequency=7.943e-01	minor_base=G	minor_cov=239/1	new_cov=239/1	polymorphism_frequency=2.057e-01	polymorphism_score=45.6	prediction=polymorphism	ref_cov=772/155	total_cov=1016/157
RA	249	.	NC_007793	1304649	0	C	T	bias_e_value=935186	bias_p_value=0.320547	consensus_score=83.4	fisher_strand_p_value=0.0958208	frequency=2.838e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=45/8	major_frequency=7.162e-01	minor_base=T	minor_cov=21/0	new_cov=21/0	polymorphism_frequency=2.838e-01	polymorphism_score=40.6	prediction=polymorphism	ref_cov=45/8	total_cov=66/8
RA	250	.	NC_007793	1304651	0	T	G	bias_e_value=954118	bias_p_value=0.327036	consensus_score=143.1	fisher_strand_p_value=0.0986048	frequency=2.727e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=48/8	major_frequency=7.273e-01	minor_base=G	minor_cov=21/0	new_cov=21/0	polymorphism_frequency=2.727e-01	polymorphism_score=39.4	prediction=polymorphism	ref_cov=48/8	total_cov=69/8
RA	251	.	NC_007793	1323920	0	A	T	bias_e_value=83565.3	bias_p_value=0.0286431	consensus_score=434.4	fisher_strand_p_value=0.0044697	frequency=3.815e-01	ks_quality_p_value=0.999601	major_base=A	major_cov=262/12	major_frequency=6.185e-01	minor_base=T	minor_cov=169/0	new_cov=169/0	polymorphism_frequency=3.815e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=262/12	total_cov=431/12
RA	252	.	NC_007793	1354028	0	C	T	consensus_score=737.7	frequency=1	major_base=T	major_cov=205/14	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=205/14	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=205/14
RA	253	.	NC_007793	1359009	0	A	G	bias_e_value=2485450	bias_p_value=0.851922	consensus_score=22.9	fisher_strand_p_value=0.511111	frequency=3.889e-01	ks_quality_p_value=0.993528	major_base=A	major_cov=20/2	major_frequency=6.111e-01	minor_base=G	minor_cov=14/0	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=3.889e-01	polymorphism_score=24.9	prediction=polymorphism	ref_cov=20/2	total_cov=34/2
RA	254	.	NC_007793	1359012	0	A	C	bias_e_value=2481650	bias_p_value=0.850616	consensus_score=21.7	fisher_strand_p_value=0.505882	frequency=4.000e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=19/2	major_frequency=6.000e-01	minor_base=C	minor_cov=14/0	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=4.000e-01	polymorphism_score=36.4	prediction=polymorphism	ref_cov=19/2	total_cov=33/2
RA	255	.	NC_007793	1359013	0	T	G	bias_e_value=2481650	bias_p_value=0.850616	consensus_score=30.9	fisher_strand_p_value=0.505882	frequency=4.000e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=19/2	major_frequency=6.000e-01	minor_base=G	minor_cov=14/0	new_cov=14/0	polymorphism_frequency=4.000e-01	polymorphism_score=28.8	prediction=polymorphism	ref_cov=19/2	total_cov=33/2
RA	256	.	NC_007793	1363207	0	A	T	bias_e_value=1945990	bias_p_value=0.667013	consensus_score=167.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.304867	major_base=T	major_cov=54/0	major_frequency=9.818e-01	minor_base=C	minor_cov=1/0	new_cov=54/0	polymorphism_frequency=9.818e-01	polymorphism_score=-4.8	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=55/0
RA	257	.	NC_007793	1390033	0	T	A	bias_e_value=91789.9	bias_p_value=0.0314622	consensus_score=134.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.717e-01	ks_quality_p_value=0.00499445	major_base=T	major_cov=65/2	major_frequency=7.283e-01	minor_base=A	minor_cov=25/0	new_cov=25/0	polymorphism_frequency=2.717e-01	polymorphism_score=58.8	prediction=polymorphism	ref_cov=65/2	total_cov=97/2
RA	258	.	NC_007793	1390033	1	.	A	bias_e_value=1140890	bias_p_value=0.391056	consensus_score=211.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.020e-01	ks_quality_p_value=0.127963	major_base=.	major_cov=77/2	major_frequency=7.980e-01	minor_base=A	minor_cov=20/0	new_cov=20/0	polymorphism_frequency=2.020e-01	polymorphism_score=72.4	prediction=polymorphism	ref_cov=77/2	total_cov=97/2
RA	259	.	NC_007793	1390037	0	G	C	bias_e_value=2381.24	bias_p_value=0.000816199	consensus_score=12.3	fisher_strand_p_value=0.208772	frequency=5.395e-01	ks_quality_p_value=0.000373823	major_base=C	major_cov=41/0	major_frequency=5.395e-01	minor_base=G	minor_cov=33/2	new_cov=41/0	polymorphism_frequency=5.395e-01	polymorphism_score=108.4	prediction=polymorphism	ref_cov=33/2	total_cov=74/2
RA	260	.	NC_007793	1413921	0	T	G	bias_e_value=2017400	bias_p_value=0.691489	consensus_score=206.9	fisher_strand_p_value=0.333829	frequency=2.407e-01	ks_quality_p_value=0.976787	major_base=T	major_cov=5/77	major_frequency=7.593e-01	minor_base=G	minor_cov=0/26	new_cov=0/26	polymorphism_frequency=2.407e-01	polymorphism_score=62.9	prediction=polymorphism	ref_cov=5/77	total_cov=5/103
RA	261	.	NC_007793	1453129	0	A	.	bias_e_value=2827400	bias_p_value=0.969126	consensus_score=239.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.925e-01	ks_quality_p_value=0.762029	major_base=A	major_cov=2/73	major_frequency=7.075e-01	minor_base=.	minor_cov=0/31	new_cov=0/31	polymorphism_frequency=2.925e-01	polymorphism_score=91.2	prediction=polymorphism	ref_cov=2/73	total_cov=2/105
RA	262	.	NC_007793	1478750	0	T	C	consensus_score=12.3	frequency=1	major_base=C	major_cov=0/6	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/6	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/6
RA	263	.	NC_007793	1502925	0	A	G	consensus_score=1127.8	frequency=1	major_base=G	major_cov=22/366	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=22/366	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=22/366
RA	264	.	NC_007793	1506240	0	T	A	bias_e_value=2170530	bias_p_value=0.743976	consensus_score=167.5	fisher_strand_p_value=0.550323	frequency=3.254e-01	ks_quality_p_value=0.683581	major_base=T	major_cov=82/3	major_frequency=6.746e-01	minor_base=A	minor_cov=41/0	new_cov=41/0	polymorphism_frequency=3.254e-01	polymorphism_score=95.6	prediction=polymorphism	ref_cov=82/3	total_cov=144/3
RA	265	.	NC_007793	1506244	0	A	C	bias_e_value=1738410	bias_p_value=0.595862	consensus_score=39.4	fisher_strand_p_value=0.249487	frequency=4.586e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=69/3	major_frequency=5.414e-01	minor_base=C	minor_cov=61/0	new_cov=61/0	polymorphism_frequency=4.586e-01	polymorphism_score=183.7	prediction=polymorphism	ref_cov=69/3	total_cov=131/3
RA	266	.	NC_007793	1506245	0	C	G	bias_e_value=1710350	bias_p_value=0.586243	consensus_score=123.7	fisher_strand_p_value=0.266704	frequency=4.150e-01	ks_quality_p_value=0.909725	major_base=C	major_cov=83/3	major_frequency=5.850e-01	minor_base=G	minor_cov=61/0	new_cov=61/0	polymorphism_frequency=4.150e-01	polymorphism_score=163.2	prediction=polymorphism	ref_cov=83/3	total_cov=144/3
RA	267	.	NC_007793	1507090	0	G	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=9.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.913e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=13/1	major_frequency=6.087e-01	minor_base=A	minor_cov=9/0	new_cov=9/0	polymorphism_frequency=3.913e-01	polymorphism_score=13.2	prediction=polymorphism	ref_cov=13/1	total_cov=22/1
RA	268	.	NC_007793	1533312	0	A	T	bias_e_value=2901820	bias_p_value=0.994638	consensus_score=707.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.898243	major_base=T	major_cov=1/230	major_frequency=9.914e-01	minor_base=.	minor_cov=0/2	new_cov=1/230	polymorphism_frequency=9.914e-01	polymorphism_score=-2.5	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/232
RA	269	.	NC_007793	1538837	1	.	A	bias_e_value=2491010	bias_p_value=0.853827	consensus_score=46.2	fisher_strand_p_value=0.557471	frequency=2.414e-01	ks_quality_p_value=0.915968	major_base=.	major_cov=3/19	major_frequency=7.586e-01	minor_base=A	minor_cov=0/7	new_cov=0/7	polymorphism_frequency=2.414e-01	polymorphism_score=24.3	prediction=polymorphism	ref_cov=3/19	total_cov=3/26
RA	270	.	NC_007793	1589941	0	G	A	bias_e_value=1915370	bias_p_value=0.656516	consensus_score=120.3	fisher_strand_p_value=0.342881	frequency=2.289e-01	ks_quality_p_value=0.863674	major_base=G	major_cov=57/7	major_frequency=7.711e-01	minor_base=A	minor_cov=19/0	new_cov=19/0	polymorphism_frequency=2.289e-01	polymorphism_score=28.3	prediction=polymorphism	ref_cov=57/7	total_cov=77/7
RA	271	.	NC_007793	1609096	0	T	C	bias_e_value=0.00753616	bias_p_value=2.58312e-09	consensus_score=350.6	fisher_strand_p_value=0.00191036	frequency=6.449e-01	ks_quality_p_value=5.64571e-08	major_base=C	major_cov=365/0	major_frequency=6.449e-01	minor_base=T	minor_cov=195/6	new_cov=365/0	polymorphism_frequency=6.449e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=195/6	total_cov=564/6
RA	272	.	NC_007793	1609097	0	A	G	bias_e_value=7.63704e-14	bias_p_value=2.61769e-20	consensus_score=379.5	fisher_strand_p_value=0.00193433	frequency=6.439e-01	ks_quality_p_value=2.70649e-19	major_base=G	major_cov=340/0	major_frequency=6.439e-01	minor_base=A	minor_cov=182/6	new_cov=340/0	polymorphism_frequency=6.439e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=182/6	total_cov=523/6
RA	273	.	NC_007793	1613132	0	C	T	bias_e_value=1035890	bias_p_value=0.355065	consensus_score=186.0	fisher_strand_p_value=0.115911	frequency=2.018e-01	ks_quality_p_value=0.957879	major_base=C	major_cov=11/76	major_frequency=7.982e-01	minor_base=T	minor_cov=0/22	new_cov=0/22	polymorphism_frequency=2.018e-01	polymorphism_score=32.1	prediction=polymorphism	ref_cov=11/76	total_cov=11/98
RA	274	.	NC_007793	1625515	0	C	T	bias_e_value=64828.2	bias_p_value=0.0222207	consensus_score=109.7	fisher_strand_p_value=0.021023	frequency=6.141e-01	ks_quality_p_value=0.157512	major_base=T	major_cov=0/113	major_frequency=6.141e-01	minor_base=C	minor_cov=4/67	new_cov=0/113	polymorphism_frequency=6.141e-01	polymorphism_score=140.6	prediction=polymorphism	ref_cov=4/67	total_cov=4/180
RA	275	.	NC_007793	1630757	0	T	A	consensus_score=15.6	frequency=1	major_base=A	major_cov=0/7	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/7	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/7
RA	276	.	NC_007793	1658052	0	T	A	bias_e_value=2579450	bias_p_value=0.884141	consensus_score=220.3	fisher_strand_p_value=0.571193	frequency=2.500e-01	ks_quality_p_value=0.978724	major_base=T	major_cov=4/89	major_frequency=7.500e-01	minor_base=A	minor_cov=0/31	new_cov=0/31	polymorphism_frequency=2.500e-01	polymorphism_score=69.2	prediction=polymorphism	ref_cov=4/89	total_cov=4/125
RA	277	.	NC_007793	1686226	0	C	A	consensus_score=155.2	frequency=1	major_base=A	major_cov=6/45	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=6/45	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=6/45
RA	278	.	NC_007793	1692192	0	T	A	consensus_score=588.9	frequency=1	major_base=A	major_cov=9/167	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=9/167	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=9/167
RA	279	.	NC_007793	1720987	1	.	G	bias_e_value=3286.51	bias_p_value=0.00112649	consensus_score=55.2	fisher_strand_p_value=0.0518341	frequency=5.088e-01	ks_quality_p_value=0.00215147	major_base=G	major_cov=0/29	major_frequency=5.088e-01	minor_base=.	minor_cov=4/24	new_cov=0/29	polymorphism_frequency=5.088e-01	polymorphism_score=107.1	prediction=polymorphism	ref_cov=4/24	total_cov=4/53
RA	280	.	NC_007793	1720990	0	T	C	bias_e_value=6351.95	bias_p_value=0.00217721	consensus_score=-4.7	fisher_strand_p_value=0.0214486	frequency=5.172e-01	ks_quality_p_value=0.0108369	major_base=C	major_cov=0/30	major_frequency=5.172e-01	minor_base=T	minor_cov=5/23	new_cov=0/30	polymorphism_frequency=5.172e-01	polymorphism_score=63.6	prediction=polymorphism	ref_cov=5/23	total_cov=5/54
RA	281	.	NC_007793	1755411	0	C	T	bias_e_value=447895	bias_p_value=0.153522	consensus_score=34.4	fisher_strand_p_value=0.0360743	frequency=4.030e-01	ks_quality_p_value=0.980052	major_base=C	major_cov=7/33	major_frequency=5.970e-01	minor_base=T	minor_cov=0/27	new_cov=0/27	polymorphism_frequency=4.030e-01	polymorphism_score=50.4	prediction=polymorphism	ref_cov=7/33	total_cov=7/60
RA	282	.	NC_007793	1764752	0	A	G	bias_e_value=37105.3	bias_p_value=0.0127183	consensus_score=322.9	fisher_strand_p_value=0.00172782	frequency=4.202e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=16/242	major_frequency=5.798e-01	minor_base=G	minor_cov=1/186	new_cov=1/186	polymorphism_frequency=4.202e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=16/242	total_cov=17/429
RA	283	.	NC_007793	1764756	0	C	T	bias_e_value=19849.9	bias_p_value=0.0068038	consensus_score=195.9	fisher_strand_p_value=0.000859048	frequency=4.347e-01	ks_quality_p_value=0.980264	major_base=C	major_cov=16/235	major_frequency=5.653e-01	minor_base=T	minor_cov=1/192	new_cov=1/192	polymorphism_frequency=4.347e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=16/235	total_cov=17/427
RA	284	.	NC_007793	1765020	0	A	C	bias_e_value=54182.2	bias_p_value=0.0185716	consensus_score=538.6	fisher_strand_p_value=0.00543478	frequency=1	ks_quality_p_value=0.493768	major_base=C	major_cov=0/183	major_frequency=9.946e-01	minor_base=T	minor_cov=1/0	new_cov=0/183	polymorphism_frequency=9.946e-01	polymorphism_score=-4.9	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/183
RA	285	.	NC_007793	1781115	0	T	G	consensus_score=111.1	frequency=1	major_base=G	major_cov=3/36	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=3/36	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=3/36
RA	286	.	NC_007793	1789112	0	C	T	consensus_score=24.7	frequency=1	major_base=T	major_cov=2/8	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=2/8	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=2/8
RA	287	.	NC_007793	1791688	0	A	G	bias_e_value=461273	bias_p_value=0.158107	consensus_score=94.4	fisher_strand_p_value=0.0367347	frequency=2.000e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=0/40	major_frequency=8.000e-01	minor_base=G	minor_cov=2/8	new_cov=2/8	polymorphism_frequency=2.000e-01	polymorphism_score=10.7	prediction=polymorphism	ref_cov=0/40	total_cov=2/50
RA	288	.	NC_007793	1798432	0	T	C	bias_e_value=2854050	bias_p_value=0.978261	consensus_score=63.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.105e-01	ks_quality_p_value=0.798867	major_base=T	major_cov=3/27	major_frequency=7.895e-01	minor_base=C	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=2.105e-01	polymorphism_score=10.1	prediction=polymorphism	ref_cov=3/27	total_cov=4/36
RA	289	.	NC_007793	1799467	0	C	T	bias_e_value=2491310	bias_p_value=0.853927	consensus_score=235.1	fisher_strand_p_value=0.581758	frequency=2.042e-01	ks_quality_p_value=0.877985	major_base=C	major_cov=4/109	major_frequency=7.958e-01	minor_base=T	minor_cov=0/29	new_cov=0/29	polymorphism_frequency=2.042e-01	polymorphism_score=45.8	prediction=polymorphism	ref_cov=4/109	total_cov=4/138
RA	290	.	NC_007793	1801894	0	T	A	bias_e_value=2585230	bias_p_value=0.886119	consensus_score=98.8	fisher_strand_p_value=0.56246	frequency=2.174e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=32/4	major_frequency=7.826e-01	minor_base=A	minor_cov=10/0	new_cov=10/0	polymorphism_frequency=2.174e-01	polymorphism_score=15.0	prediction=polymorphism	ref_cov=32/4	total_cov=42/4
RA	291	.	NC_007793	1823432	0	T	.	bias_e_value=13644.5	bias_p_value=0.00467683	consensus_score=1558.6	fisher_strand_p_value=0.000607716	frequency=2.126e-01	ks_quality_p_value=0.904754	major_base=T	major_cov=33/441	major_frequency=7.874e-01	minor_base=.	minor_cov=0/128	new_cov=0/128	polymorphism_frequency=2.126e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=33/441	total_cov=33/569
RA	292	.	NC_007793	1838609	0	C	T	bias_e_value=2917120	bias_p_value=0.99988	consensus_score=60.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.036e-01	ks_quality_p_value=0.984553	major_base=C	major_cov=2/37	major_frequency=6.964e-01	minor_base=T	minor_cov=0/17	new_cov=0/17	polymorphism_frequency=3.036e-01	polymorphism_score=30.1	prediction=polymorphism	ref_cov=2/37	total_cov=2/54
RA	293	.	NC_007793	1853170	0	A	G	bias_e_value=2779490	bias_p_value=0.952705	consensus_score=83.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.292e-01	ks_quality_p_value=0.708653	major_base=A	major_cov=1/36	major_frequency=7.708e-01	minor_base=G	minor_cov=0/11	new_cov=0/11	polymorphism_frequency=2.292e-01	polymorphism_score=12.4	prediction=polymorphism	ref_cov=1/36	total_cov=1/63
RA	294	.	NC_007793	1857182	0	G	A	bias_e_value=1804760	bias_p_value=0.618605	consensus_score=300.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.810e-01	ks_quality_p_value=0.266266	major_base=G	major_cov=6/254	major_frequency=6.190e-01	minor_base=A	minor_cov=3/157	new_cov=3/157	polymorphism_frequency=3.810e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=6/254	total_cov=9/411
RA	295	.	NC_007793	1857188	0	C	T	bias_e_value=2024540	bias_p_value=0.693938	consensus_score=283.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.985e-01	ks_quality_p_value=0.328272	major_base=C	major_cov=5/238	major_frequency=6.015e-01	minor_base=T	minor_cov=3/158	new_cov=3/158	polymorphism_frequency=3.985e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=5/238	total_cov=8/396
RA	296	.	NC_007793	1857201	0	T	C	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=367.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.687e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=5/233	major_frequency=6.313e-01	minor_base=C	minor_cov=2/137	new_cov=2/137	polymorphism_frequency=3.687e-01	polymorphism_score=297.5	prediction=polymorphism	ref_cov=5/233	total_cov=7/370
RA	297	.	NC_007793	1857202	0	G	A	bias_e_value=2786210	bias_p_value=0.95501	consensus_score=293.3	fisher_strand_p_value=0.715439	frequency=3.757e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=5/226	major_frequency=6.243e-01	minor_base=A	minor_cov=2/137	new_cov=2/137	polymorphism_frequency=3.757e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=5/226	total_cov=7/363
RA	298	.	NC_007793	1857213	0	T	C	bias_e_value=1963180	bias_p_value=0.672905	consensus_score=354.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.700e-01	ks_quality_p_value=0.309862	major_base=T	major_cov=6/229	major_frequency=6.300e-01	minor_base=C	minor_cov=3/135	new_cov=3/135	polymorphism_frequency=3.700e-01	polymorphism_score=305.6	prediction=polymorphism	ref_cov=6/229	total_cov=9/364
RA	299	.	NC_007793	1857215	0	T	C	bias_e_value=2849630	bias_p_value=0.976748	consensus_score=362.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.673e-01	ks_quality_p_value=0.792252	major_base=T	major_cov=6/230	major_frequency=6.327e-01	minor_base=C	minor_cov=3/134	new_cov=3/134	polymorphism_frequency=3.673e-01	polymorphism_score=301.1	prediction=polymorphism	ref_cov=6/230	total_cov=9/364
RA	300	.	NC_007793	1857232	0	T	C	bias_e_value=2917360	bias_p_value=0.999962	consensus_score=364.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.274e-01	ks_quality_p_value=0.99125	major_base=T	major_cov=6/262	major_frequency=5.726e-01	minor_base=C	minor_cov=5/195	new_cov=5/195	polymorphism_frequency=4.274e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=6/262	total_cov=11/457
RA	301	.	NC_007793	1857258	0	C	T	bias_e_value=190212	bias_p_value=0.0651976	consensus_score=125.7	fisher_strand_p_value=0.221	frequency=5.057e-01	ks_quality_p_value=0.054425	major_base=T	major_cov=8/215	major_frequency=5.057e-01	minor_base=C	minor_cov=3/215	new_cov=8/215	polymorphism_frequency=5.057e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=3/215	total_cov=11/430
RA	302	.	NC_007793	1857276	0	C	T	bias_e_value=1466070	bias_p_value=0.502514	consensus_score=10.0	fisher_strand_p_value=0.195233	frequency=5.549e-01	ks_quality_p_value=0.963893	major_base=T	major_cov=8/194	major_frequency=5.549e-01	minor_base=C	minor_cov=2/160	new_cov=8/194	polymorphism_frequency=5.549e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=2/160	total_cov=10/354
RA	303	.	NC_007793	1857712	0	A	G	bias_e_value=862800	bias_p_value=0.295736	consensus_score=394.2	fisher_strand_p_value=0.0854882	frequency=2.207e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=26/140	major_frequency=7.793e-01	minor_base=G	minor_cov=13/34	new_cov=13/34	polymorphism_frequency=2.207e-01	polymorphism_score=73.9	prediction=polymorphism	ref_cov=26/140	total_cov=44/186
RA	304	.	NC_007793	1868605	0	G	A	bias_e_value=8.52002e-49	bias_p_value=2.92035e-55	consensus_score=128.5	fisher_strand_p_value=2.22166e-57	frequency=4.008e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=8/134	major_frequency=5.992e-01	minor_base=A	minor_cov=95/0	new_cov=95/0	polymorphism_frequency=4.008e-01	polymorphism_score=186.3	prediction=polymorphism	ref_cov=8/134	total_cov=103/134
RA	305	.	NC_007793	1868610	0	T	G	bias_e_value=1.87393e-56	bias_p_value=6.42315e-63	consensus_score=203.7	fisher_strand_p_value=4.40561e-65	frequency=4.108e-01	ks_quality_p_value=0.977123	major_base=T	major_cov=3/139	major_frequency=5.892e-01	minor_base=G	minor_cov=99/0	new_cov=99/0	polymorphism_frequency=4.108e-01	polymorphism_score=219.7	prediction=polymorphism	ref_cov=3/139	total_cov=102/139
RA	306	.	NC_007793	1884824	0	G	T	bias_e_value=2917230	bias_p_value=0.999917	consensus_score=87.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.593e-01	ks_quality_p_value=0.987121	major_base=G	major_cov=0/40	major_frequency=7.407e-01	minor_base=T	minor_cov=0/14	new_cov=0/14	polymorphism_frequency=2.593e-01	polymorphism_score=29.2	prediction=polymorphism	ref_cov=0/40	total_cov=0/54
RA	307	.	NC_007793	1913228	0	C	T	bias_e_value=634693	bias_p_value=0.217549	consensus_score=17.7	fisher_strand_p_value=0.133333	frequency=1	ks_quality_p_value=0.42035	major_base=T	major_cov=0/13	major_frequency=8.667e-01	minor_base=C	minor_cov=1/1	new_cov=0/13	polymorphism_frequency=8.667e-01	polymorphism_score=-3.2	prediction=consensus	ref_cov=1/1	total_cov=1/14
RA	308	.	NC_007793	1923107	0	A	T	bias_e_value=433529	bias_p_value=0.148598	consensus_score=15.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.0338907	major_base=T	major_cov=11/0	major_frequency=8.462e-01	minor_base=A	minor_cov=2/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=8.462e-01	polymorphism_score=0.7	prediction=consensus	ref_cov=2/0	total_cov=13/0
RA	309	.	NC_007793	1929062	0	G	A	bias_e_value=1920410	bias_p_value=0.658244	consensus_score=13.0	fisher_strand_p_value=0.466667	frequency=1	ks_quality_p_value=0.637628	major_base=A	major_cov=4/4	major_frequency=8.000e-01	minor_base=G	minor_cov=0/2	new_cov=4/4	polymorphism_frequency=8.000e-01	polymorphism_score=-1.9	prediction=consensus	ref_cov=0/2	total_cov=4/6
RA	310	.	NC_007793	1929092	0	T	.	bias_e_value=287524	bias_p_value=0.0985526	consensus_score=48.6	fisher_strand_p_value=0.357708	frequency=1	ks_quality_p_value=0.0561348	major_base=.	major_cov=13/7	major_frequency=8.000e-01	minor_base=T	minor_cov=2/3	new_cov=13/7	polymorphism_frequency=8.000e-01	polymorphism_score=15.9	prediction=consensus	ref_cov=2/3	total_cov=15/10
RA	311	.	NC_007793	1929093	0	A	.	bias_e_value=1699750	bias_p_value=0.582611	consensus_score=33.9	fisher_strand_p_value=0.671498	frequency=7.143e-01	ks_quality_p_value=0.357517	major_base=.	major_cov=13/7	major_frequency=7.143e-01	minor_base=A	minor_cov=4/4	new_cov=13/7	polymorphism_frequency=7.143e-01	polymorphism_score=29.1	prediction=polymorphism	ref_cov=4/4	total_cov=17/11
RA	312	.	NC_007793	1929098	0	C	A	bias_e_value=2052900	bias_p_value=0.703657	consensus_score=24.2	fisher_strand_p_value=0.472003	frequency=6.061e-01	ks_quality_p_value=0.714197	major_base=A	major_cov=13/7	major_frequency=6.061e-01	minor_base=C	minor_cov=6/7	new_cov=13/7	polymorphism_frequency=6.061e-01	polymorphism_score=31.4	prediction=polymorphism	ref_cov=6/7	total_cov=19/14
RA	313	.	NC_007793	1929111	0	T	C	bias_e_value=1992980	bias_p_value=0.68312	consensus_score=16.2	fisher_strand_p_value=0.48365	frequency=6.176e-01	ks_quality_p_value=0.658921	major_base=C	major_cov=13/8	major_frequency=6.176e-01	minor_base=T	minor_cov=6/7	new_cov=13/8	polymorphism_frequency=6.176e-01	polymorphism_score=24.8	prediction=polymorphism	ref_cov=6/7	total_cov=19/15
RA	314	.	NC_007793	1929112	1	.	T	bias_e_value=418506	bias_p_value=0.143448	consensus_score=0.6	fisher_strand_p_value=0.0381769	frequency=4.118e-01	ks_quality_p_value=0.848143	major_base=.	major_cov=8/12	major_frequency=5.882e-01	minor_base=T	minor_cov=11/3	new_cov=11/3	polymorphism_frequency=4.118e-01	polymorphism_score=59.7	prediction=polymorphism	ref_cov=8/12	total_cov=19/15
RA	315	.	NC_007793	1929114	0	A	T	bias_e_value=1061950	bias_p_value=0.363997	consensus_score=64.7	fisher_strand_p_value=0.199347	frequency=2.059e-01	ks_quality_p_value=0.577516	major_base=A	major_cov=17/10	major_frequency=7.941e-01	minor_base=T	minor_cov=2/5	new_cov=2/5	polymorphism_frequency=2.059e-01	polymorphism_score=13.7	prediction=polymorphism	ref_cov=17/10	total_cov=19/15
RA	316	.	NC_007793	1929115	0	A	C	bias_e_value=305048	bias_p_value=0.104559	consensus_score=14.9	fisher_strand_p_value=0.0381769	frequency=4.118e-01	ks_quality_p_value=0.56662	major_base=A	major_cov=8/12	major_frequency=5.882e-01	minor_base=C	minor_cov=11/3	new_cov=11/3	polymorphism_frequency=4.118e-01	polymorphism_score=40.1	prediction=polymorphism	ref_cov=8/12	total_cov=19/15
RA	317	.	NC_007793	1929116	0	G	T	bias_e_value=2167710	bias_p_value=0.743011	consensus_score=14.9	fisher_strand_p_value=0.480876	frequency=5.806e-01	ks_quality_p_value=0.780252	major_base=T	major_cov=11/7	major_frequency=5.806e-01	minor_base=G	minor_cov=6/7	new_cov=11/7	polymorphism_frequency=5.806e-01	polymorphism_score=37.2	prediction=polymorphism	ref_cov=6/7	total_cov=19/15
RA	318	.	NC_007793	1929117	0	G	T	bias_e_value=2070250	bias_p_value=0.709606	consensus_score=22.8	fisher_strand_p_value=0.48365	frequency=6.176e-01	ks_quality_p_value=0.708395	major_base=T	major_cov=13/8	major_frequency=6.176e-01	minor_base=G	minor_cov=6/7	new_cov=13/8	polymorphism_frequency=6.176e-01	polymorphism_score=36.9	prediction=polymorphism	ref_cov=6/7	total_cov=19/15
RA	319	.	NC_007793	1929120	0	A	C	bias_e_value=2645560	bias_p_value=0.906801	consensus_score=28.6	fisher_strand_p_value=0.715694	frequency=6.364e-01	ks_quality_p_value=0.839185	major_base=C	major_cov=13/8	major_frequency=6.364e-01	minor_base=A	minor_cov=6/6	new_cov=13/8	polymorphism_frequency=6.364e-01	polymorphism_score=31.9	prediction=polymorphism	ref_cov=6/6	total_cov=19/14
RA	320	.	NC_007793	1929122	0	G	A	bias_e_value=2645560	bias_p_value=0.906801	consensus_score=24.6	fisher_strand_p_value=0.715694	frequency=6.364e-01	ks_quality_p_value=0.839185	major_base=A	major_cov=13/8	major_frequency=6.364e-01	minor_base=G	minor_cov=6/6	new_cov=13/8	polymorphism_frequency=6.364e-01	polymorphism_score=21.3	prediction=polymorphism	ref_cov=6/6	total_cov=19/14
RA	321	.	NC_007793	1929123	0	C	A	bias_e_value=2203620	bias_p_value=0.755318	consensus_score=22.0	fisher_strand_p_value=0.472003	frequency=6.061e-01	ks_quality_p_value=0.821982	major_base=A	major_cov=13/7	major_frequency=6.061e-01	minor_base=C	minor_cov=6/7	new_cov=13/7	polymorphism_frequency=6.061e-01	polymorphism_score=32.3	prediction=polymorphism	ref_cov=6/7	total_cov=19/14
RA	322	.	NC_007793	1929125	0	T	C	bias_e_value=2108140	bias_p_value=0.722591	consensus_score=17.1	fisher_strand_p_value=0.715694	frequency=6.364e-01	ks_quality_p_value=0.495941	major_base=C	major_cov=13/8	major_frequency=6.364e-01	minor_base=T	minor_cov=6/6	new_cov=13/8	polymorphism_frequency=6.364e-01	polymorphism_score=24.1	prediction=polymorphism	ref_cov=6/6	total_cov=19/14
RA	323	.	NC_007793	1929167	0	C	T	bias_e_value=2047300	bias_p_value=0.701739	consensus_score=-2.9	fisher_strand_p_value=0.366516	frequency=4.444e-01	ks_quality_p_value=0.914947	major_base=C	major_cov=5/5	major_frequency=5.556e-01	minor_base=T	minor_cov=6/2	new_cov=6/2	polymorphism_frequency=4.444e-01	polymorphism_score=14.0	prediction=polymorphism	ref_cov=5/5	total_cov=11/7
RA	324	.	NC_007793	1929168	0	A	G	bias_e_value=1460940	bias_p_value=0.500756	consensus_score=1.4	fisher_strand_p_value=0.366516	frequency=4.444e-01	ks_quality_p_value=0.510573	major_base=A	major_cov=5/5	major_frequency=5.556e-01	minor_base=G	minor_cov=6/2	new_cov=6/2	polymorphism_frequency=4.444e-01	polymorphism_score=11.8	prediction=polymorphism	ref_cov=5/5	total_cov=11/7
RA	325	.	NC_007793	1957938	0	C	T	consensus_score=16.0	frequency=1	major_base=T	major_cov=0/7	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=0/7	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=0/7
RA	326	.	NC_007793	1961354	0	C	T	consensus_score=185.2	frequency=1	major_base=T	major_cov=3/58	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=3/58	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=3/58
RA	327	.	NC_007793	1966912	0	A	T	bias_e_value=2538380	bias_p_value=0.870063	consensus_score=62.1	fisher_strand_p_value=0.690565	frequency=2.222e-01	ks_quality_p_value=0.775716	major_base=A	major_cov=15/13	major_frequency=7.778e-01	minor_base=T	minor_cov=3/5	new_cov=3/5	polymorphism_frequency=2.222e-01	polymorphism_score=13.0	prediction=polymorphism	ref_cov=15/13	total_cov=22/20
RA	328	.	NC_007793	1997489	0	G	C	bias_e_value=2532930	bias_p_value=0.868193	consensus_score=398.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.086e-01	ks_quality_p_value=0.532701	major_base=G	major_cov=1/147	major_frequency=7.914e-01	minor_base=C	minor_cov=0/39	new_cov=0/39	polymorphism_frequency=2.086e-01	polymorphism_score=93.7	prediction=polymorphism	ref_cov=1/147	total_cov=1/187
RA	329	.	NC_007793	2016024	0	C	G	bias_e_value=2580650	bias_p_value=0.884552	consensus_score=93.1	fisher_strand_p_value=0.559748	frequency=2.593e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=3/37	major_frequency=7.407e-01	minor_base=G	minor_cov=0/14	new_cov=0/14	polymorphism_frequency=2.593e-01	polymorphism_score=31.0	prediction=polymorphism	ref_cov=3/37	total_cov=3/51
RA	330	.	NC_007793	2073215	0	T	C	bias_e_value=595533	bias_p_value=0.204127	consensus_score=-4.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.357e-01	ks_quality_p_value=0.0514558	major_base=C	major_cov=0/15	major_frequency=5.357e-01	minor_base=T	minor_cov=0/13	new_cov=0/15	polymorphism_frequency=5.357e-01	polymorphism_score=25.8	prediction=polymorphism	ref_cov=0/13	total_cov=0/28
RA	331	.	NC_007793	2073220	0	C	G	bias_e_value=493464	bias_p_value=0.169141	consensus_score=9.1	fisher_strand_p_value=1	frequency=5.806e-01	ks_quality_p_value=0.04012	major_base=G	major_cov=0/18	major_frequency=5.806e-01	minor_base=C	minor_cov=0/13	new_cov=0/18	polymorphism_frequency=5.806e-01	polymorphism_score=34.2	prediction=polymorphism	ref_cov=0/13	total_cov=0/31
RA	332	.	NC_007793	2073222	0	A	T	bias_e_value=35871.8	bias_p_value=0.0122955	consensus_score=2.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=6.000e-01	ks_quality_p_value=0.00166156	major_base=T	major_cov=0/18	major_frequency=6.000e-01	minor_base=A	minor_cov=0/12	new_cov=0/18	polymorphism_frequency=6.000e-01	polymorphism_score=30.9	prediction=polymorphism	ref_cov=0/12	total_cov=0/30
RA	333	.	NC_007793	2079416	0	A	G	bias_e_value=62.0397	bias_p_value=2.12649e-05	consensus_score=96.7	fisher_strand_p_value=1.47391e-06	frequency=2.182e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=10/33	major_frequency=7.818e-01	minor_base=G	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=2.182e-01	polymorphism_score=14.6	prediction=polymorphism	ref_cov=10/33	total_cov=22/33
RA	334	.	NC_007793	2123531	1	.	G	bias_e_value=136.546	bias_p_value=4.68029e-05	consensus_score=107.1	fisher_strand_p_value=4.26212e-06	frequency=4.475e-01	ks_quality_p_value=0.808745	major_base=.	major_cov=101/20	major_frequency=5.525e-01	minor_base=G	minor_cov=98/0	new_cov=98/0	polymorphism_frequency=4.475e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=101/20	total_cov=199/20
RA	335	.	NC_007793	2123534	0	T	C	bias_e_value=49.291	bias_p_value=1.68951e-05	consensus_score=85.2	fisher_strand_p_value=1.19064e-06	frequency=4.744e-01	ks_quality_p_value=0.966971	major_base=T	major_cov=93/20	major_frequency=5.256e-01	minor_base=C	minor_cov=102/0	new_cov=102/0	polymorphism_frequency=4.744e-01	polymorphism_score=201.6	prediction=polymorphism	ref_cov=93/20	total_cov=197/20
RA	336	.	NC_007793	2123541	0	A	G	bias_e_value=925.51	bias_p_value=0.000317231	consensus_score=113.3	fisher_strand_p_value=2.80431e-05	frequency=3.933e-01	ks_quality_p_value=0.983838	major_base=A	major_cov=71/20	major_frequency=6.067e-01	minor_base=G	minor_cov=59/0	new_cov=59/0	polymorphism_frequency=3.933e-01	polymorphism_score=111.6	prediction=polymorphism	ref_cov=71/20	total_cov=131/20
RA	337	.	NC_007793	2132065	0	G	A	consensus_score=16.6	frequency=1	major_base=A	major_cov=2/5	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=2/5	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=2/5
RA	338	.	NC_007793	2150257	1	.	C	bias_e_value=2842610	bias_p_value=0.974342	consensus_score=204.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.782193	major_base=C	major_cov=4/67	major_frequency=9.595e-01	minor_base=.	minor_cov=0/3	new_cov=4/67	polymorphism_frequency=9.595e-01	polymorphism_score=3.6	prediction=consensus	ref_cov=0/3	total_cov=4/70
RA	339	.	NC_007793	2210223	0	A	G	bias_e_value=1947730	bias_p_value=0.667609	consensus_score=61.8	fisher_strand_p_value=0.310213	frequency=2.439e-01	ks_quality_p_value=0.984388	major_base=A	major_cov=26/5	major_frequency=7.561e-01	minor_base=G	minor_cov=10/0	new_cov=10/0	polymorphism_frequency=2.439e-01	polymorphism_score=13.2	prediction=polymorphism	ref_cov=26/5	total_cov=44/5
RA	340	.	NC_007793	2210233	1	.	G	bias_e_value=683248	bias_p_value=0.234192	consensus_score=36.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=7.727e-01	ks_quality_p_value=0.0619258	major_base=G	major_cov=17/0	major_frequency=7.727e-01	minor_base=.	minor_cov=5/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=7.727e-01	polymorphism_score=13.8	prediction=polymorphism	ref_cov=5/0	total_cov=22/0
RA	341	.	NC_007793	2210233	2	.	G	bias_e_value=96439.2	bias_p_value=0.0330558	consensus_score=35.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=7.727e-01	ks_quality_p_value=0.00529686	major_base=G	major_cov=17/0	major_frequency=7.727e-01	minor_base=.	minor_cov=5/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=7.727e-01	polymorphism_score=13.8	prediction=polymorphism	ref_cov=5/0	total_cov=22/0
RA	342	.	NC_007793	2210993	0	G	A	consensus_score=100.4	frequency=1	major_base=A	major_cov=30/6	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=30/6	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=30/6
RA	343	.	NC_007793	2226043	0	C	T	bias_e_value=477763	bias_p_value=0.16376	consensus_score=604.5	fisher_strand_p_value=0.040167	frequency=2.731e-01	ks_quality_p_value=0.957437	major_base=C	major_cov=11/303	major_frequency=7.269e-01	minor_base=T	minor_cov=0/118	new_cov=0/118	polymorphism_frequency=2.731e-01	polymorphism_score=228.5	prediction=polymorphism	ref_cov=11/303	total_cov=11/421
RA	344	.	NC_007793	2228730	1	.	C	bias_e_value=3204.08	bias_p_value=0.00109824	consensus_score=2338.4	fisher_strand_p_value=0.00010842	frequency=2.525e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=32/720	major_frequency=7.475e-01	minor_base=C	minor_cov=0/254	new_cov=0/254	polymorphism_frequency=2.525e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=32/720	total_cov=32/974
RA	345	.	NC_007793	2232890	0	T	.	bias_e_value=360380	bias_p_value=0.123525	consensus_score=323.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.340e-01	ks_quality_p_value=0.0267244	major_base=T	major_cov=1/107	major_frequency=7.660e-01	minor_base=.	minor_cov=0/33	new_cov=0/33	polymorphism_frequency=2.340e-01	polymorphism_score=91.0	prediction=polymorphism	ref_cov=1/107	total_cov=1/140
RA	346	.	NC_007793	2241394	0	C	T	bias_e_value=2810860	bias_p_value=0.963457	consensus_score=39.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.191e-01	ks_quality_p_value=0.742133	major_base=C	major_cov=2/30	major_frequency=6.809e-01	minor_base=T	minor_cov=0/15	new_cov=0/15	polymorphism_frequency=3.191e-01	polymorphism_score=25.2	prediction=polymorphism	ref_cov=2/30	total_cov=2/45
RA	347	.	NC_007793	2272018	0	T	G	bias_e_value=5.85752e-17	bias_p_value=2.00774e-23	consensus_score=90.4	fisher_strand_p_value=5.42219e-25	frequency=3.960e-01	ks_quality_p_value=0.646093	major_base=T	major_cov=3/58	major_frequency=6.040e-01	minor_base=G	minor_cov=40/0	new_cov=40/0	polymorphism_frequency=3.960e-01	polymorphism_score=100.8	prediction=polymorphism	ref_cov=3/58	total_cov=43/58
RA	348	.	NC_007793	2272021	0	T	C	bias_e_value=8.99697e-17	bias_p_value=3.08383e-23	consensus_score=72.1	fisher_strand_p_value=5.42219e-25	frequency=3.960e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=3/58	major_frequency=6.040e-01	minor_base=C	minor_cov=40/0	new_cov=40/0	polymorphism_frequency=3.960e-01	polymorphism_score=77.6	prediction=polymorphism	ref_cov=3/58	total_cov=43/58
RA	349	.	NC_007793	2272026	0	T	G	bias_e_value=1.27054e-15	bias_p_value=4.35492e-22	consensus_score=108.1	fisher_strand_p_value=8.0382e-24	frequency=3.918e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=3/56	major_frequency=6.082e-01	minor_base=G	minor_cov=38/0	new_cov=38/0	polymorphism_frequency=3.918e-01	polymorphism_score=80.7	prediction=polymorphism	ref_cov=3/56	total_cov=41/56
RA	350	.	NC_007793	2272029	0	T	C	bias_e_value=2.63576e-15	bias_p_value=9.03442e-22	consensus_score=82.4	fisher_strand_p_value=1.90172e-23	frequency=3.854e-01	ks_quality_p_value=0.889065	major_base=T	major_cov=3/56	major_frequency=6.146e-01	minor_base=C	minor_cov=37/0	new_cov=37/0	polymorphism_frequency=3.854e-01	polymorphism_score=65.6	prediction=polymorphism	ref_cov=3/56	total_cov=40/56
RA	351	.	NC_007793	2272032	0	G	A	bias_e_value=6.63968e-15	bias_p_value=2.27584e-21	consensus_score=71.9	fisher_strand_p_value=4.56413e-23	frequency=3.789e-01	ks_quality_p_value=0.949915	major_base=G	major_cov=3/56	major_frequency=6.211e-01	minor_base=A	minor_cov=36/0	new_cov=36/0	polymorphism_frequency=3.789e-01	polymorphism_score=68.6	prediction=polymorphism	ref_cov=3/56	total_cov=39/56
RA	352	.	NC_007793	2291981	0	T	A	bias_e_value=2916940	bias_p_value=0.99982	consensus_score=554.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.088e-01	ks_quality_p_value=0.981099	major_base=T	major_cov=2/195	major_frequency=7.912e-01	minor_base=A	minor_cov=0/52	new_cov=0/52	polymorphism_frequency=2.088e-01	polymorphism_score=136.3	prediction=polymorphism	ref_cov=2/195	total_cov=3/266
RA	353	.	NC_007793	2292257	0	T	A	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=64.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.023e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=6/24	major_frequency=6.977e-01	minor_base=A	minor_cov=3/10	new_cov=3/10	polymorphism_frequency=3.023e-01	polymorphism_score=30.6	prediction=polymorphism	ref_cov=6/24	total_cov=9/39
RA	354	.	NC_007793	2357119	0	G	.	consensus_score=74.4	frequency=1	major_base=.	major_cov=1/19	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=1/19	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/19
RA	355	.	NC_007793	2364856	1	.	T	bias_e_value=2917290	bias_p_value=0.99994	consensus_score=2110.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.331e-01	ks_quality_p_value=0.989044	major_base=.	major_cov=20/806	major_frequency=7.669e-01	minor_base=T	minor_cov=6/245	new_cov=6/245	polymorphism_frequency=2.331e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=20/806	total_cov=26/1051
RA	356	.	NC_007793	2370859	0	A	C	bias_e_value=1091380	bias_p_value=0.374084	consensus_score=2343.5	fisher_strand_p_value=0.122401	frequency=2.515e-01	ks_quality_p_value=0.97905	major_base=A	major_cov=9/860	major_frequency=7.485e-01	minor_base=C	minor_cov=0/292	new_cov=0/292	polymorphism_frequency=2.515e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=9/860	total_cov=9/1155
RA	357	.	NC_007793	2370860	0	A	G	bias_e_value=1089490	bias_p_value=0.373437	consensus_score=1911.7	fisher_strand_p_value=0.12217	frequency=2.554e-01	ks_quality_p_value=0.978405	major_base=A	major_cov=9/857	major_frequency=7.446e-01	minor_base=G	minor_cov=0/297	new_cov=0/297	polymorphism_frequency=2.554e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=9/857	total_cov=9/1161
RA	358	.	NC_007793	2370864	0	C	T	bias_e_value=787605	bias_p_value=0.269962	consensus_score=1751.9	fisher_strand_p_value=0.0752672	frequency=2.511e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=11/878	major_frequency=7.489e-01	minor_base=T	minor_cov=0/298	new_cov=0/298	polymorphism_frequency=2.511e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=11/878	total_cov=11/1176
RA	359	.	NC_007793	2375836	0	G	C	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=49.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.500e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=G	major_cov=1/20	major_frequency=7.500e-01	minor_base=C	minor_cov=0/7	new_cov=0/7	polymorphism_frequency=2.500e-01	polymorphism_score=11.7	prediction=polymorphism	ref_cov=1/20	total_cov=1/27
RA	360	.	NC_007793	2375839	1	.	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=44.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.500e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=1/20	major_frequency=7.500e-01	minor_base=T	minor_cov=0/7	new_cov=0/7	polymorphism_frequency=2.500e-01	polymorphism_score=21.5	prediction=polymorphism	ref_cov=1/20	total_cov=1/27
RA	361	.	NC_007793	2411457	0	A	T	bias_e_value=2866350	bias_p_value=0.982477	consensus_score=2.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=6.000e-01	ks_quality_p_value=0.818731	major_base=T	major_cov=0/9	major_frequency=6.000e-01	minor_base=A	minor_cov=0/6	new_cov=0/9	polymorphism_frequency=6.000e-01	polymorphism_score=12.0	prediction=polymorphism	ref_cov=0/6	total_cov=0/16
RA	362	.	NC_007793	2432141	0	C	T	bias_e_value=16.8785	bias_p_value=5.78532e-06	consensus_score=5.1	fisher_strand_p_value=5.16221e-05	frequency=5.500e-01	ks_quality_p_value=0.00708341	major_base=T	major_cov=0/22	major_frequency=5.500e-01	minor_base=C	minor_cov=10/8	new_cov=0/22	polymorphism_frequency=5.500e-01	polymorphism_score=35.4	prediction=polymorphism	ref_cov=10/8	total_cov=10/30
RA	363	.	NC_007793	2433026	0	T	C	bias_e_value=10.0636	bias_p_value=3.44942e-06	consensus_score=10.4	fisher_strand_p_value=2.24346e-07	frequency=4.400e-01	ks_quality_p_value=0.939078	major_base=T	major_cov=0/14	major_frequency=5.600e-01	minor_base=C	minor_cov=11/0	new_cov=11/0	polymorphism_frequency=4.400e-01	polymorphism_score=16.6	prediction=polymorphism	ref_cov=0/14	total_cov=11/14
RA	364	.	NC_007793	2449125	0	A	C	consensus_score=15.1	frequency=1	major_base=C	major_cov=1/6	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=1/6	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/6
RA	365	.	NC_007793	2485042	0	C	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=136.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.179e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=0/61	major_frequency=7.821e-01	minor_base=T	minor_cov=0/17	new_cov=0/17	polymorphism_frequency=2.179e-01	polymorphism_score=24.2	prediction=polymorphism	ref_cov=0/61	total_cov=0/78
RA	366	.	NC_007793	2503744	1	.	C	bias_e_value=860575	bias_p_value=0.294973	consensus_score=85.3	fisher_strand_p_value=0.0864217	frequency=3.333e-01	ks_quality_p_value=0.985612	major_base=.	major_cov=39/7	major_frequency=6.667e-01	minor_base=C	minor_cov=23/0	new_cov=23/0	polymorphism_frequency=3.333e-01	polymorphism_score=97.9	prediction=polymorphism	ref_cov=39/7	total_cov=62/7
RA	367	.	NC_007793	2528525	0	A	C	bias_e_value=9.21221e-06	bias_p_value=3.1576e-12	consensus_score=480.2	fisher_strand_p_value=3.87039e-10	frequency=4.487e-01	ks_quality_p_value=0.000263919	major_base=A	major_cov=36/415	major_frequency=5.513e-01	minor_base=C	minor_cov=0/367	new_cov=0/367	polymorphism_frequency=4.487e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=36/415	total_cov=36/795
RA	368	.	NC_007793	2528527	0	C	G	bias_e_value=0.0257031	bias_p_value=8.81006e-09	consensus_score=350.2	fisher_strand_p_value=4.13384e-10	frequency=4.463e-01	ks_quality_p_value=0.940169	major_base=C	major_cov=36/423	major_frequency=5.537e-01	minor_base=G	minor_cov=0/370	new_cov=0/370	polymorphism_frequency=4.463e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=36/423	total_cov=36/798
RA	369	.	NC_007793	2535688	1	.	G	bias_e_value=0.000156208	bias_p_value=5.35424e-11	consensus_score=114.5	fisher_strand_p_value=1.91345e-12	frequency=2.759e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=2/40	major_frequency=7.241e-01	minor_base=G	minor_cov=16/0	new_cov=16/0	polymorphism_frequency=2.759e-01	polymorphism_score=62.5	prediction=polymorphism	ref_cov=2/40	total_cov=18/40
RA	370	.	NC_007793	2567723	1	.	T	bias_e_value=1627440	bias_p_value=0.557825	consensus_score=20.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.500e-01	ks_quality_p_value=0.22313	major_base=.	major_cov=0/12	major_frequency=7.500e-01	minor_base=T	minor_cov=0/4	new_cov=0/4	polymorphism_frequency=2.500e-01	polymorphism_score=11.1	prediction=polymorphism	ref_cov=0/12	total_cov=0/16
RA	371	.	NC_007793	2577966	0	A	T	bias_e_value=11909.4	bias_p_value=0.0040821	consensus_score=1.1	fisher_strand_p_value=0.231707	frequency=5.122e-01	ks_quality_p_value=0.00203439	major_base=T	major_cov=0/21	major_frequency=5.122e-01	minor_base=A	minor_cov=2/18	new_cov=0/21	polymorphism_frequency=5.122e-01	polymorphism_score=54.9	prediction=polymorphism	ref_cov=2/18	total_cov=2/39
RA	372	.	NC_007793	2588640	0	G	C	bias_e_value=2914430	bias_p_value=0.998957	consensus_score=26.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.478e-01	ks_quality_p_value=0.954682	major_base=G	major_cov=1/14	major_frequency=6.522e-01	minor_base=C	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=3.478e-01	polymorphism_score=15.6	prediction=polymorphism	ref_cov=1/14	total_cov=1/22
RA	373	.	NC_007793	2588641	0	C	G	bias_e_value=2914430	bias_p_value=0.998957	consensus_score=23.6	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.478e-01	ks_quality_p_value=0.954682	major_base=C	major_cov=1/14	major_frequency=6.522e-01	minor_base=G	minor_cov=0/8	new_cov=0/8	polymorphism_frequency=3.478e-01	polymorphism_score=17.6	prediction=polymorphism	ref_cov=1/14	total_cov=1/22
RA	374	.	NC_007793	2590246	0	G	A	consensus_score=63.0	frequency=1	major_base=A	major_cov=18/4	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=18/4	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=18/4
RA	375	.	NC_007793	2597258	0	C	T	bias_e_value=275.797	bias_p_value=9.45329e-05	consensus_score=1096.7	fisher_strand_p_value=7.57968e-06	frequency=4.617e-01	ks_quality_p_value=0.973045	major_base=C	major_cov=19/1071	major_frequency=5.383e-01	minor_base=T	minor_cov=0/935	new_cov=0/935	polymorphism_frequency=4.617e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=19/1071	total_cov=19/2007
RA	376	.	NC_007793	2597266	0	T	C	bias_e_value=29835.6	bias_p_value=0.0102265	consensus_score=2050.1	fisher_strand_p_value=0.00134337	frequency=4.022e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=14/1193	major_frequency=5.978e-01	minor_base=C	minor_cov=0/812	new_cov=0/812	polymorphism_frequency=4.022e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=14/1193	total_cov=14/2007
RA	377	.	NC_007793	2597271	0	T	A	bias_e_value=307.905	bias_p_value=0.000105538	consensus_score=2312.5	fisher_strand_p_value=8.3115e-06	frequency=3.850e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=T	major_cov=25/1216	major_frequency=6.150e-01	minor_base=A	minor_cov=0/777	new_cov=0/777	polymorphism_frequency=3.850e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=25/1216	total_cov=25/1999
RA	378	.	NC_007793	2597274	0	A	C	bias_e_value=32.2395	bias_p_value=1.10505e-05	consensus_score=1796.6	fisher_strand_p_value=7.30386e-07	frequency=4.937e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=25/982	major_frequency=5.063e-01	minor_base=C	minor_cov=1/981	new_cov=1/981	polymorphism_frequency=4.937e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=25/982	total_cov=26/1979
RA	379	.	NC_007793	2604197	0	T	A	bias_e_value=1123520	bias_p_value=0.3851	consensus_score=24.5	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.182e-01	ks_quality_p_value=0.125082	major_base=T	major_cov=13/2	major_frequency=6.818e-01	minor_base=A	minor_cov=7/0	new_cov=7/0	polymorphism_frequency=3.182e-01	polymorphism_score=13.8	prediction=polymorphism	ref_cov=13/2	total_cov=21/2
RA	380	.	NC_007793	2604198	1	.	G	bias_e_value=2302940	bias_p_value=0.789362	consensus_score=4.8	fisher_strand_p_value=0.494737	frequency=4.000e-01	ks_quality_p_value=0.860708	major_base=.	major_cov=10/2	major_frequency=6.000e-01	minor_base=G	minor_cov=8/0	new_cov=8/0	polymorphism_frequency=4.000e-01	polymorphism_score=34.1	prediction=polymorphism	ref_cov=10/2	total_cov=19/2
RA	381	.	NC_007793	2607909	0	C	.	bias_e_value=2914300	bias_p_value=0.998914	consensus_score=333.4	fisher_strand_p_value=1	frequency=1	ks_quality_p_value=0.953764	major_base=.	major_cov=5/79	major_frequency=9.882e-01	minor_base=C	minor_cov=0/1	new_cov=5/79	polymorphism_frequency=9.882e-01	polymorphism_score=-3.3	prediction=consensus	ref_cov=0/1	total_cov=5/80
RA	382	.	NC_007793	2608704	0	T	C	bias_e_value=902745	bias_p_value=0.309428	consensus_score=91.0	fisher_strand_p_value=0.0920453	frequency=2.000e-01	ks_quality_p_value=0.99005	major_base=T	major_cov=12/28	major_frequency=8.000e-01	minor_base=C	minor_cov=0/10	new_cov=0/10	polymorphism_frequency=2.000e-01	polymorphism_score=11.4	prediction=polymorphism	ref_cov=12/28	total_cov=12/38
RA	383	.	NC_007793	2631954	0	G	.	bias_e_value=2910120	bias_p_value=0.99748	consensus_score=176.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.667e-01	ks_quality_p_value=0.929854	major_base=G	major_cov=1/65	major_frequency=7.333e-01	minor_base=.	minor_cov=0/24	new_cov=0/24	polymorphism_frequency=2.667e-01	polymorphism_score=77.5	prediction=polymorphism	ref_cov=1/65	total_cov=1/90
RA	384	.	NC_007793	2651710	0	G	A	consensus_score=11.4	frequency=1	major_base=A	major_cov=5/1	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=5/1	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=5/1
RA	385	.	NC_007793	2657602	0	A	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=4.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=4.118e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=9/1	major_frequency=5.882e-01	minor_base=T	minor_cov=7/0	new_cov=7/0	polymorphism_frequency=4.118e-01	polymorphism_score=13.7	prediction=polymorphism	ref_cov=9/1	total_cov=16/1
RA	386	.	NC_007793	2664310	0	C	G	consensus_score=24.9	frequency=1	major_base=G	major_cov=5/6	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=5/6	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=5/6
RA	387	.	NC_007793	2670189	0	C	T	bias_e_value=2002240	bias_p_value=0.686294	consensus_score=97.5	fisher_strand_p_value=0.32464	frequency=2.500e-01	ks_quality_p_value=0.990244	major_base=C	major_cov=6/45	major_frequency=7.500e-01	minor_base=T	minor_cov=0/17	new_cov=0/17	polymorphism_frequency=2.500e-01	polymorphism_score=25.5	prediction=polymorphism	ref_cov=6/45	total_cov=6/62
RA	388	.	NC_007793	2678862	0	A	T	bias_e_value=2517450	bias_p_value=0.862887	consensus_score=235.1	fisher_strand_p_value=0.552749	frequency=3.469e-01	ks_quality_p_value=0.948674	major_base=A	major_cov=125/3	major_frequency=6.531e-01	minor_base=T	minor_cov=68/0	new_cov=68/0	polymorphism_frequency=3.469e-01	polymorphism_score=184.0	prediction=polymorphism	ref_cov=125/3	total_cov=193/3
RA	389	.	NC_007793	2678863	0	G	C	bias_e_value=2480040	bias_p_value=0.850065	consensus_score=251.7	fisher_strand_p_value=0.552341	frequency=3.420e-01	ks_quality_p_value=0.914425	major_base=G	major_cov=124/3	major_frequency=6.580e-01	minor_base=C	minor_cov=66/0	new_cov=66/0	polymorphism_frequency=3.420e-01	polymorphism_score=197.8	prediction=polymorphism	ref_cov=124/3	total_cov=190/3
RA	390	.	NC_007793	2678864	0	T	G	bias_e_value=157369	bias_p_value=0.0539402	consensus_score=230.8	fisher_strand_p_value=0.552434	frequency=3.438e-01	ks_quality_p_value=0.0172759	major_base=T	major_cov=123/3	major_frequency=6.562e-01	minor_base=G	minor_cov=66/0	new_cov=66/0	polymorphism_frequency=3.438e-01	polymorphism_score=159.7	prediction=polymorphism	ref_cov=123/3	total_cov=190/3
RA	391	.	NC_007793	2685939	0	T	G	consensus_score=81.8	frequency=1	major_base=G	major_cov=29/0	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=29/0	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=29/0
RA	392	.	NC_007793	2686792	0	A	G	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=33.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.429e-01	ks_quality_p_value=0.999172	major_base=A	major_cov=23/0	major_frequency=6.571e-01	minor_base=G	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=3.429e-01	polymorphism_score=18.0	prediction=polymorphism	ref_cov=23/0	total_cov=35/0
RA	393	.	NC_007793	2686795	0	A	G	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=33.8	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.429e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=A	major_cov=23/0	major_frequency=6.571e-01	minor_base=G	minor_cov=12/0	new_cov=12/0	polymorphism_frequency=3.429e-01	polymorphism_score=17.8	prediction=polymorphism	ref_cov=23/0	total_cov=35/0
RA	394	.	NC_007793	2735004	0	C	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=152.3	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.453e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=C	major_cov=3/77	major_frequency=7.547e-01	minor_base=T	minor_cov=0/26	new_cov=0/26	polymorphism_frequency=2.453e-01	polymorphism_score=40.3	prediction=polymorphism	ref_cov=3/77	total_cov=3/103
RA	395	.	NC_007793	2742999	0	T	G	bias_e_value=2915790	bias_p_value=0.999425	consensus_score=26.2	fisher_strand_p_value=1	frequency=7.083e-01	ks_quality_p_value=0.966268	major_base=G	major_cov=17/0	major_frequency=7.083e-01	minor_base=T	minor_cov=7/0	new_cov=17/0	polymorphism_frequency=7.083e-01	polymorphism_score=13.8	prediction=polymorphism	ref_cov=7/0	total_cov=27/0
RA	396	.	NC_007793	2743321	0	T	A	bias_e_value=3.26037e-111	bias_p_value=1.11753e-117	consensus_score=2018.4	fisher_strand_p_value=4.70544e-120	frequency=2.652e-01	ks_quality_p_value=0.860777	major_base=T	major_cov=568/219	major_frequency=7.348e-01	minor_base=A	minor_cov=0/284	new_cov=0/284	polymorphism_frequency=2.652e-01	polymorphism_score=inf	prediction=polymorphism	ref_cov=568/219	total_cov=568/503
RA	397	.	NC_007793	2743958	0	G	A	bias_e_value=70699.7	bias_p_value=0.0242332	consensus_score=-2.2	fisher_strand_p_value=0.113065	frequency=4.286e-01	ks_quality_p_value=0.0324332	major_base=G	major_cov=4/12	major_frequency=5.714e-01	minor_base=A	minor_cov=0/12	new_cov=0/12	polymorphism_frequency=4.286e-01	polymorphism_score=27.1	prediction=polymorphism	ref_cov=4/12	total_cov=4/24
RA	398	.	NC_007793	2753074	0	T	C	bias_e_value=2917470	bias_p_value=0.999999	consensus_score=115.0	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.763e-01	ks_quality_p_value=0.998543	major_base=T	major_cov=53/2	major_frequency=7.237e-01	minor_base=C	minor_cov=21/0	new_cov=21/0	polymorphism_frequency=2.763e-01	polymorphism_score=31.2	prediction=polymorphism	ref_cov=53/2	total_cov=88/2
RA	399	.	NC_007793	2774365	0	T	.	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=76.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.632e-01	ks_quality_p_value=0.999248	major_base=T	major_cov=1/27	major_frequency=7.368e-01	minor_base=.	minor_cov=0/10	new_cov=0/10	polymorphism_frequency=2.632e-01	polymorphism_score=23.9	prediction=polymorphism	ref_cov=1/27	total_cov=1/38
RA	400	.	NC_007793	2778264	0	T	.	bias_e_value=1884100	bias_p_value=0.645799	consensus_score=67.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.143e-01	ks_quality_p_value=0.287437	major_base=T	major_cov=1/21	major_frequency=7.857e-01	minor_base=.	minor_cov=0/6	new_cov=0/6	polymorphism_frequency=2.143e-01	polymorphism_score=12.7	prediction=polymorphism	ref_cov=1/21	total_cov=1/27
RA	401	.	NC_007793	2797610	0	T	A	bias_e_value=2503290	bias_p_value=0.858033	consensus_score=43.9	fisher_strand_p_value=1	frequency=2.903e-01	ks_quality_p_value=0.516942	major_base=T	major_cov=21/1	major_frequency=7.097e-01	minor_base=A	minor_cov=9/0	new_cov=9/0	polymorphism_frequency=2.903e-01	polymorphism_score=13.8	prediction=polymorphism	ref_cov=21/1	total_cov=30/1
RA	402	.	NC_007793	2803422	0	T	C	consensus_score=50.4	frequency=1	major_base=C	major_cov=1/19	major_frequency=1.000e+00	minor_base=N	minor_cov=0/0	new_cov=1/19	polymorphism_frequency=1.000e+00	polymorphism_score=NA	prediction=consensus	ref_cov=0/0	total_cov=1/19
RA	403	.	NC_007793	2853237	1	.	T	bias_e_value=2917470	bias_p_value=1	consensus_score=8.7	fisher_strand_p_value=1	frequency=3.333e-01	ks_quality_p_value=1	major_base=.	major_cov=9/1	major_frequency=6.667e-01	minor_base=T	minor_cov=5/0	new_cov=5/0	polymorphism_frequency=3.333e-01	polymorphism_score=15.8	prediction=polymorphism	ref_cov=9/1	total_cov=14/1
RA	404	.	NC_007793	2853880	0	T	A	bias_e_value=1274190	bias_p_value=0.436744	consensus_score=5.7	fisher_strand_p_value=0.215686	frequency=4.444e-01	ks_quality_p_value=0.700784	major_base=T	major_cov=7/3	major_frequency=5.556e-01	minor_base=A	minor_cov=8/0	new_cov=8/0	polymorphism_frequency=4.444e-01	polymorphism_score=15.7	prediction=polymorphism	ref_cov=7/3	total_cov=15/3
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